匈牙利王室的苦恼
在这个时期，斐迪南一世和他的儿子马克西米利安二世执掌匈牙利王国。斐迪南一世是一位正直的、有极大忍耐力的英雄，他顶着巨大压力，让天主教和新教之间达成暂时的和解，签订了奥格斯堡宗教和约。他为自己能促成两教握手言和而沾沾自喜，梦想着有朝一日能通过他来实现两大宗教的统一。虽然想法很好，可事实并不会按照他的意愿来发展。他的侄子——西班牙腓力二世的干预，让他的一切努力付诸东流。在他竭尽全力维护两教间的和平以防帝国四分五裂的时候，土耳其军队却经常骚扰西本彪根和匈牙利。斐迪南一世内外交困，他不想让辛苦经营起来的帝国葬送在他的手上，因此，他无论如何也不会违背合约让两派起冲突。再有，因为和土耳其的战争，国库已经没有了钱，领地的税收也无法支撑军费的开支。为了打败土耳其，他必须用合约把帝国统一起来，只有帝国统一了，他才有精力在帝国寻求经济上的帮助。斐迪南一世认为新教和天主教同样重要，所以他采取平等对待的态度，但新教和天主教的关系却和皇帝的要求截然相反。他想两碗水端平非常难，他为了消除这场对子孙后代不利的战争，对新教徒采取了较为宽容的态度，希望新教徒和天主教相安无事，但现实的情况很让人难堪，斐迪南的美好愿望落空了。这种遗憾也留给了他的儿子马克西米利安。对新教徒的态度，儿子承袭了父亲的做法，这种态度对新教徒而言，得来的非常容易，也非常廉价。新教徒的狂妄把这种宽容继续强加给了马克西米利安。他和他父亲统治时期的情况很紧迫，马克西米利安在世的时间也很短，因此也没发生大的争端，但是当王位传到斐迪南一世的孙子时，他完全改变了父亲和爷爷的做法，结果他为改革付出了惨重的代价。
马克西米利安把王位传给了长子鲁道夫大公，其他五个儿子只继承了很少的遗产，他还留给他的伯父卡尔几个附属领地，除去这几个领地外，奥地利其他地方现在连成一气，可是没有形成强大的力量。这些领地后来在斐迪南二世当政期间合并了。
鲁道夫二世是个有良好品德的人，如果他能按照他的本性，他将会是一个不错的君主。虽然略微有点抑郁和胆怯，但他热爱和平，喜欢科学，对天文、博物、化学、古玩有着极大的兴趣，尤其是痴迷于星象学。在那个混乱的时代，不允许这个一国之君把注意力全部放到爱好上面，他的国库已经很空虚了，可他还是专注于自己的事，并且生活非常奢靡。由于他的个性，还有对耶稣会会士的偏听偏信，最后他完全听命于西班牙宫廷。他过于迷恋他的嗜好，对自己是国君一事完全不在乎，他胆子很小，一个可笑的预言就能把他吓得惊慌失措。他顺从西班牙的习俗，避见臣民，在实验室和宫廷马厩把玩珍品。此时国内的争端愈演愈烈，已经危及到德意志的体制，在这危难之际，身为皇帝的他不理朝政，也不接见任何人，激起了人们的愤怒，而这愤怒也威胁到了他的皇位。他本来可以通过迎娶伊莎贝拉公主来改善国内的经济问题，但犹豫的性格让他错失这一良机。整个国家群龙无首，鲁道夫二世没有子嗣，可他又不肯从罗马选一个继承人出来。于是，奥地利各邦等级会议、匈牙利、西本彪根、波希米亚相继叛变。让世人敬仰的查理五世的后代面临着灾难：土耳其人和新教徒在争夺他们的财产，并且他们还得小心翼翼地对付诸侯联盟。鲁道夫二世把德意志治理得如此混乱，各等级开始摒弃皇帝，组成联盟来对付目前的状况。从此，德意志就分裂成了两大联盟。而鲁道夫二世这个不招任何一方喜欢的皇帝，显得很多余，他不能保护他的子民，更不能召集力量摧毁一方。德意志帝国已经不对他抱一点希望，为了不让奥地利毁在鲁道夫二世手中，皇亲国戚们开始叛乱，把他驱逐出去。因为恐惧和绝望，他带着他的皇帝身份去世了。
他是德意志最差的皇帝，在那个时代需要足智多谋的人当皇帝，只有能力超强的人才可以拯救处在水深火热当中的人民。如果鲁道夫二世统治的时期天下太平，人民富饶平和，那么他完全可以像其他国君一样掩饰缺点，但道德上的缺失向世人证实了他的软弱无能。德意志需要一位强大的国君来自救，但金玉其外、败絮其中的奥地利王国处境让这位君主极其窘迫尴尬。
奥地利亲王们都信奉天主教，这些诸侯也都在支撑着罗马教廷的生存，但是在离奥地利比较远的诸侯国，新教的势力正在缓缓蔓延。斐迪南对他的国家放任自流，马克西米利安能接纳一切新鲜事物，所以在这些地方，新教能迅速发展。在奥地利诸邦境内，由于天主教的势力比其他地方大些，因此，新教的传播比在德意志稍差一些。在奥地利，贵族、骑士和市民们大多数信仰福音新教。新教徒带着雄厚的资金去往全国各地，凭着机遇和努力，不知不觉中他们就把天主教徒从各个行业排挤出去了。在邦等级会议面前，信仰新教的贵族、骑士占了优势，他们的人数盖过了高级教士的声音。他们把天主教徒从邦议会中排挤了出去，奥地利邦等级会议成了新教徒的天下。自此以后，宗教改革正大光明了，他们加快了改革的进程。以新教为主的邦等级会议现在能够决定君主的主意，富裕的新教徒利用整个奥地利国内萧条的经济状况来要挟诸侯，如果不答应给予宗教自由的权利，他们便不缴税。最终，马克西米利安的诸侯和贵族、骑士等级达成协议：仅局限于在自己的领地和宫殿内行使宗教自由权。可是狂热的福音新教传教士逾越了禁令，他们无所顾忌地传教，致使大批人改变信仰。他们在传播新教的同时，对天主教徒进行大肆言语攻击，新教狂热分子煽风点火的做法更加剧了两派间的仇恨。
在奥地利的邦国中，匈牙利和西本彪根是最让人头疼的两个领地。当土耳其攻打这两个诸侯国时，他们软弱退缩，让斐迪南脸上无光，致使土耳其以一种特别的方式占领了这两个地方，土耳其每年以纳贡的方式换取对西本彪根的统治。这是一个很危险的做法，斐迪南和土耳其之间的协议刺激了蠢蠢欲动的贵族们，匈牙利人开始不安分起来，因为有土耳其做靠山，他们便跟奥地利皇族要求自由选举国王，要求获得所有等级权利。奥地利王国肯定是不同意的，他们便接近奥斯曼，后来对奥斯曼有成见后，他们又转过身来接受德意志人的统治。这种左右摇摆、想脚踩两只船的做法让他们举棋不定，在思想上不知道该服从德意志人还是奥斯曼人。西本彪根和匈牙利越来越不安，他们急于找个君主来做领袖。土耳其的总督巴夏他们举荐了一位反对奥地利的人选，奥地利人愉快地接受了。这位人选只要乐意担当国王这一重任，能够带领人们反对土耳其人就行，因此，贝托里、博克斯凯、拉科奇和贝特伦大贵族依次当上了国王。但天下没有免费的午餐，这个国王也不是那么容易当的，必须肩负纳贡的义务。当他们上任之后，都采用和敌人结盟的手段来震慑君主。
奥地利的三任统治者斐迪南、马克西米利安和鲁道夫，为了能保住西本彪根和匈牙利、抵制土耳其的侵略，耗尽了帝国的国库。遗憾的是，他们祖孙三任耗尽心血却还是没能换来安宁。在这两个邦国的土地上，战争随时爆发，原本肥沃的土地变得十分荒凉，人民受够了战争带来的苦难，他们开始反抗。当宗教改革之风刮到这里时，新教徒在保护等级自由的旗帜下取得了很大的进步。一些宗教狂热分子开始鼓动政治上的派别分歧，首先博克斯凯打响了反抗的第一枪，继而，西本彪根和匈牙利的贵族们纷纷响应起来。他们预备联合奥地利、摩拉维亚和波希米亚的新教徒大干一场，鼓动更多的人叛变，如果计划成功的话，将会使奥地利王室迅速败落。到时候，教皇的命运也不会好到哪去。
奥地利大公们的行动
看着奥地利日益没落，皇帝的兄弟们早已不满，更让人焦急的是西本彪根和匈牙利倒戈，贵族叛变，新教猖狂，这一切的变故促使他们必须站出来支撑将要倒塌的帝国大厦。马克西米利安的二儿子——马蒂亚斯大公是个血气方刚的年轻人，他受人蛊惑，想要出人头地，到尼德兰去和他的亲戚腓力二世作对。马蒂亚斯偏听偏信，以为尼德兰个别派别的召唤代表了整个邦国人民的心声。事实上，他所做的一切没能达到反叛者的要求，于是他灰溜溜地从叛乱中逃出来。这一次失败的经历，为他第二次登上政治舞台积累了丰富的经验。
他一次又一次地给皇帝提建议，但皇帝对他的话置若罔闻。看到皇帝这样的态度，他决定把兄弟和堂兄弟召集起来，商量如何拯救危难中的国家，这帮无能的兄弟把他们继承的权力和财产全部交给马蒂亚斯大公。带着兄弟们的信任，马蒂亚斯立刻跟土耳其领导者和匈牙利叛乱者交涉。经过和谈，他和土耳其人、匈牙利签订了条约，把失去的领土重新收了回来。马蒂亚斯的智慧让鲁道夫嫉恨，他利用君主权力，在双方中间进行阻挠，他认为绕开他签订合约是对他的蔑视、是违法的行为，他把马蒂亚斯说成是想谋权篡位的小人。
马蒂亚斯积极地做这些事，也是有私心的。在和谈之后，加上皇帝对他的指责，他就很积极地把合约给匈牙利送了过去。这么做，既平息了战争，保住了匈牙利贵族的利益，又得到奥地利人的赞成。有了邦国内外的支持，他开始和皇帝对话。因为马蒂亚斯答应给奥地利和摩拉维亚的新教徒宗教自由权，所以现在当他开始起义的时候，这些新教徒拿起武器准备响应。这种局面其实早已被预示过，但没有引起皇帝足够的警戒心。现在为了保住皇位，皇帝打算改过自新，而反叛者已经不给他任何机会了。在最后时刻，他希望通过奋力一搏来战胜反叛的联盟，可是由于他的过错，现在整个国家的人民都不再效忠这个昏庸的皇帝。当马蒂亚斯奔赴波希米亚跟皇帝夺权的时候，匈牙利、奥地利和摩拉维亚都表示要对新皇帝誓死效忠。
波希米亚王国与匈牙利都不是安分守己的国家，波希米亚制造事端是因为政治原因，匈牙利则是因为宗教原因。历史上，波希米亚就发生过宗教战争，那是在一百年前，路德教引发了战争之火。一百年后，波西米亚引发了欧洲三十年的战争之火。波西米亚人现在还记得那次战争，当时路德教的教徒——约翰·胡司带领教徒发起反抗。这个教派在仪式和教义上与罗马教会区别不大，有相通之处。当时有一个《波希米亚条约》，这个条约规定：胡司教徒们享有两种身份，可以用这两种身份享用两种不同的圣餐。这对他们来说是一种特权，这种特权只有教皇才能享有。因此，教皇对这个条约非常反感，他竭尽全力地想毁掉这个条约，但让教皇失望的是，法律认可这个条约。胡司教徒心安理得地享受他们的特权。这个教派只为国王服务，这也是它跟其他教派不同的地方，所以人们称它们为圣杯派。这个称呼的由来是因为该派的教徒享受着一项特殊的权利，把带有轻蔑的称呼送给他们，他们也无话可说，好歹这称呼与特权有某种联系。与之相反的是另一个教规严格的派别，这个派别隐藏在波希米亚和摩拉维亚。在一些重要问题上，这一教派不认同当时处于主导地位的教会，反而和德意志新教徒能达成共识。德意志和瑞士的宗教改革因为这两个关系近的教派受益不浅。这两个教派传教时对外宣称是圣杯派，即使改变了传教原则，他们也会说这是我们圣杯派的特点，于是就没有人敢来迫害他们。这一教派与享有特权的那个圣杯派称呼相同，实际上，他们不是圣杯派。这个教派有点狂妄自大，他们靠着拥有众多信徒、靠着皇帝对他们的庇护，便对皇帝肆无忌惮地提起要求来。在马克西米利安的眼皮底下，他们学习德意志人的做法，成立教派，承认路德教义和改革派教义同时存在，更可气的是，他们要求享有圣杯派教会的一切特权。天主教各等级严词拒绝了这个过分的要求，为了不激怒天主教，这个新教派只好答应皇帝对他们的口头许诺。
这个新教派所做的一切还是得到了马克西米利安的认可。当马克西米利安去世后，新帝斐迪南二世登基剥夺了他们的宗教自由权利，为此还颁布了一条法令：波希米亚教徒与其他所有教徒的权利平等，任何教派都不享有特权。这条法令一颁布便引起所有人的反对，但皇帝及天主教各等级用法律和条约来解释这项法令，可是法律中根本就没有维护宗教利益的法规，合约中也没有。新教徒很愤怒，皇帝竟然违背已故的克西米利安皇帝的口头承诺，用旧条约来规定新教义。尽管他们努力让皇帝改变主意，可都无济于事。