看来这场战争真的到了一触即发的地步。西班牙人的驻兵令新教徒们惊恐万分，而荷兰人的军队也令天主教徒们彻夜难安。似乎战争将要在西部地区爆发，谁也没有想到的是，真正引燃战火的却是东部地区的事变。
波希米亚的变故
马蒂亚斯刚来到科林，波希米亚的邦等级会议就开始反对他，这让他非常尴尬。他本来幻想波西米亚能够帮助他，没想到对方只是想利用他的皇帝身份。很多年之后，皇帝为了向人民证实自己的存在，又去参加了布拉格的邦等级议会。正如预料的一样，要求特权和宗教自由权的声音在会上也是此起彼伏。皇帝虽然很担心，但是由于目前的状况紧迫，他被迫答应了除此之外的其他要求。关于最棘手的宗教问题，皇帝打算延缓到下一届邦议会时再进行解决。
波希米亚人没有达到最终目的，于是准备自卫，内战随时就会打起来。在这种情况下，鲁道夫二世急切地宣布放弃奥地利和匈牙利的王位，并让他的大公爵兄弟当上波西米亚的国王，他希望用这种忍让的方式阻止战争的爆发。
但皇帝还是接二连三的陷入困境。1609年，邦等级议会关于波希米亚宗教事务如期举行。会议要求：宗教习俗自由；建立教会监理会；使用布拉格科学院；准许自筹资金设立保护人或自由卫士。由于天主教左右着皇帝的决定，不管邦等级会议如何威逼利诱，皇帝仍然没有答应他们的要求。这次会议没有取得一丝进展，恼怒的邦等级会议决定自行在布拉格集会。
越来越多的人不把皇帝放在眼里，他们都来布拉格集会商议事情。皇帝最开始答应的一些条件让他们觉得皇帝是害怕他们的，但皇帝在关键问题上仍不让步。于是，他们擅自实行宗教自由，设立保护人，派出防御使，毫不理会皇帝的困境，并建立军事力量，任命屠尔恩伯爵为总卫官。他们想以此要挟皇帝答应他们的条件。由于担心这些人与匈牙利的人结合在一起，皇帝迫不得已签订了《波希米亚大诏书》。在大诏书的掩盖下，他们的骚乱变成了合法。波希米亚大诏书签订后，波希米亚教派与天主教派权利平等，并拥有布拉格大学和受自己管理的教会监理会。各地的教会均属波西米亚教徒，新教会向所有人开放。
大诏书的签订鼓舞了波希米亚的新教徒。皇帝没有了任何实权，打着“保卫自由”幌子的人意识到这一点，他们准备发动暴动。波西米亚的成功也刺激了周围的世袭邦国，这些国家都打算以自由的形式向皇帝索要特权。波西利亚新教徒们的成功利用了奥地利亲王之间的罅隙，目的达到后，他们就很迫切地希望皇帝和匈牙利国王能够和解。由于此次事件深深地伤害了鲁道夫，他十分憎恨马蒂亚斯，不愿和解。他诅咒波西米亚王位将来也会落到像马蒂亚斯一样可恶的人手上。在当时，假如马蒂亚斯没有继承王位，斐迪南·格拉茨的大公爵便会坐上王位的宝座。鲁道夫对这两个人都不喜欢，为了不让波西米亚王位真的落入恶人之手，为了党派和报复，他想让斐迪南的兄弟——莱奥波德大公爵获得继承权。这个人是他最喜欢的亲属，有助于他实现计划。
事已至此，显然拥有一支独立的武装力量是十分必要的，这样才能贯彻他的计划。很快，一支队伍在帕骚主教区成立，不过当时其他人并不知道这支军队成立的目的。管理这支仓促成立的武装力量显然不是一件容易的事情，由于没有按时发放军饷，这支队伍连个招呼也没打就展开了对波希米亚的突袭，这一下子把皇帝推到了一个十分尴尬的境地。人们对军队的胡作非为十分不满，纷纷展开谴责，并站出来批判皇帝。这下皇帝百口莫辩，眼见解释没有起到效果，皇帝又急忙命令军队收敛自身的行为，但此时这支军队已经不服从任何命令。大家认为皇帝的目的可能是想毁掉大诏书，为了阻止皇帝达到目的，整个信奉新教的波希米亚被自由保卫者武装了起来，人们召回了马蒂亚斯。虽然皇帝费了九牛二虎之力，好不容易才将自己的部队驱散，但显然为时已晚。所谓失道者寡助，就连皇帝的所有顾问也都拂袖而去，如今皇帝真的成了“孤家寡人”，像个囚犯似的孤零零地待在布拉格的宫殿里。此时的布拉格城中，人们欢呼着迎来了马蒂亚斯，尽管百般不愿，可鲁道夫不得不承认马蒂亚斯为波希米亚国王。就这样，鲁道夫将王位拱手让给了他人，对他而言，他是宁死也不愿意让位的。命运有时就是这么残酷，如今鲁道夫真是深刻地体会到了这一点。更令他难过的是，悲剧还远远没有结束。紧接着，他又被迫亲笔签字，放弃了自己在波希米亚、西里西亚和劳西茨拥有的所有职责。
不断失去世袭邦国的鲁道夫，连维护好皇帝的尊严也难以做到了。在德意志兰境内，各宗教派别之间的斗争更加激烈了。皇权的软弱对于各宗教派别而言，绝对是个巩固自身教权的绝佳时机，天主教徒和新教徒之间的猜疑和戒备更是愈演愈烈。特别是对于新教徒而言，耶稣会士、西班牙人左右着皇权，这绝不是一个好现象。更严重的是，耶稣会士对待宗教和约有效性的态度令他们感到更加不安，他们就像是惊弓之鸟，感觉天主教的任何行动，哪怕这种行动无关紧要，可能都会给他们带来某种危险。
如今，新教徒高度紧张，他们对皇帝世袭邦国中任何一种对福音新教采取的限制行为都十分警觉。由于能在德意志兰其他地方的教友那里找到强大的后援，奥地利福音新教臣民的表现相对强硬了不少。在某种程度上，马蒂亚斯的迅速走运也是得益于此。人们觉得，由于皇帝在世袭邦国的内乱中陷入了困境，所以才无暇顾及宗教事务，这样大家才能较长时间享受宗教和约。对于皇帝的困境，人们并不急于伸出援手。
现在整个国家机器几乎处于瘫痪的状态，帝国议会中的所有事务几乎都被搁置在那里。新教徒们心里也憋着一股火，对于皇帝践踏宗教和约、治国不利和帝国王家枢密院非法扩权，他们感到极为不满。帝国王家枢密院为了扩大司法权，在皇帝的管辖下，开始损害议会法院的权限。对于一些不太重要的事，一般是由皇帝自行决定，而需要处理一些重要事宜时，诸侯们则被邀请过来，由最高法院解决，或由皇家法官裁决。早在15世纪末，设在施佩耶尔的议会法院即被授权作为最高法院。现如今，建议权和检查权不再是以往各等级的专有权利，路德教徒不但享有这两项权利，而且新教的法官也拥有了新教徒诉讼的发言权。新旧两个宗教在最高法院中起码形成了表面的均势。
遗憾的是，哪怕是这种表面的均势也难以维持很久。对于新教势力的崛起，旧有的势力是非常反感的，他们想尽办法设置一些障碍，帝国王家枢密院是他们实现企图的绝佳工具。本来帝国王家枢密院——也就是皇帝私人法院设置的最初目的，不过是帮助皇帝个人出谋划策。由于人员和待遇都是由皇帝指定并提供的，所以帝国王家枢密院简直可以说是唯皇命是从，拼命维护天主教的利益。后来，帝国王家枢密院逐渐演变成了法庭，在很大程度上代替了议会法院的职责，行使起对帝国各等级的最高司法权，处理不同宗教的各等级间的诉讼。了解了帝国王家枢密院的历史背景，不难看出法院做出的裁决并不公平，他们肯定是站在天主教和皇帝的利益立场上的。对于这种滥用职权、显失公正的行为，德意志的任何一个等级都有抨击的权利。不过，最早站出来的只有受皇帝压迫最深的新教徒，他们抗议这种处于最神圣地方的专制机构对公正的践踏，呼吁扞卫德意志的自由。由于皇家审判权的存在，人们发现在废除了武力自卫权之后，并没有带来多大的改观。
当这些不满的情绪在私底下蔓延开来的时候，伴随着一些特殊事件的发生，压抑在新教徒心中的忧虑逐渐发酵，并演变成为极度的不信任。为了逃避西班牙在尼德兰进行的宗教迫害，帝国城市亚琛成为不少新教家庭外逃的首选目的地。伴随着他们的定居和对追随者的发展，新教在当地的影响力逐渐增大，他们计划建立自己的教会和举行公开的礼拜仪式。为了达到目的，他们想方设法让自己的人进入市议会，随后提出了他们的计划。不幸的是，他们的要求并没有得到满足。心有不甘的新教徒们便采取了暴力的方式，夺取了城市的统治权，并实现了他们的主张。这对于皇帝和天主教而言，简直就像是当头一棒，他们绝不会甘心失去这样一个重要的城市。为了恢复往日的统治秩序，皇帝颁布了一系列的警告和命令，可惜均未奏效。很快，皇帝使出了他的最后一招，由皇帝国王家枢密院宣布褫夺该城市法律保护的命令，并由下届政府开始执行。
两个宗教派别的战争
科隆选侯格布哈德的家族拥有“特鲁赫泽斯·冯·瓦尔德堡”的世袭官职，因此他一生下来就承袭了这一职位，后来他深深地爱上了伯爵夫人阿格娜斯·冯·曼斯费尔德，并且这位年轻的伯爵夫人也钟情于他。由于两个人的宗教信仰不同，所以这场爱恋十分引人关注。伯爵夫人的兄弟信仰喀尔文教，兄弟俩要求格布哈德赔礼道歉，并不得损害其家族声誉。除非选侯放弃天主教的信仰、放弃主教的身份，如果做不到这一点，他和阿格娜斯·冯·曼斯费尔德将被处死。但是这位选侯心里装满了美人的影子，他什么也看不见、听不见，一切都被抛在脑后了。
大家都以为这种要求会使格布哈德知难而退，但出人意料的是，格布哈德明确表示要娶曼斯费尔德为妻，并且放弃以前的信仰。如果这样，根据教规他将失去所有的主教权利，首先是失去领地。这样的抉择，的确能够显示出选侯对爱情的忠贞。但是奥格斯堡和约中第四款条约是有争议的，即放弃信仰是否要剥夺其享有的一切。众多信奉新教的成员支持格布哈德。在亲近的人的支持下，他根据德意志兰的承诺，宣布不放弃主教的领地。
于是，格布哈德必须为他的决定进行斗争。天主教的成员阻挠他在科隆邦领开放新教的礼拜仪式，皇帝也为这事出面了，罗马教廷方面要把这个叛徒逐出教门，并且剥夺承袭的官职，也有人武装反对他。为了自卫，选侯迅速拉起一支自己的队伍。修士会也组织了队伍以示应对，并把一位巴伐利亚的亲王、烈日地方的主教推选为新选侯。
德意志兰两个宗教派别因为这一事件互不退让，内战自此爆发。新教徒们很气愤，因为教皇自古以来就没有权力剥夺选侯世袭的官职，更不用说现在使用暴力镇压了。这件事情让教皇的威信扫地。在皇帝面前，德意志兰的所有新教徒为他们的行为请愿，纳瓦拉的国王亨利四世也极力维护，选侯委员会针对这一事件进行表决时，新教徒以四比三的比例战胜了天主教徒，取得绝对优势。
但格布哈德选侯是不幸的，改革教会派和路德派势不两立，而他依靠的是改革教会派。他们都不允许选侯和福音新教的帝国等级打成一片，所以除了喀尔文教徒普法尔茨家族的封禄亲王——普法尔茨伯爵约翰·卡西米尔之外，没有人真正愿意去帮助他。这位亲王义无反顾地带着队伍来支援格布哈德时，格布哈德却无法脱身迎接他。那位新选举的巴伐利亚亲王进展却很顺利，他的亲戚和西班牙人也都赶来支援。由于格布哈德没有给士兵们发过军饷，士兵们再也没有力气帮他卖命，战争屡屡失败。虽然他在英国和荷兰做过多次努力想重整旗鼓，但最终均以失败告终，最后他死在了斯特拉斯堡这个主教领地。格布哈德成了宗教改革的牺牲品。
格布哈德死后不久，斯特拉斯堡又起了争端。许多被逐出教门的新教徒逃到斯特拉斯堡的修道院，天主教徒犹豫着是否给他们发放俸禄时，这些外来者就已经把这里当作自己的地盘，并且发展了大批新教徒。天主教的大教主逃到阿尔萨斯-察贝恩，他在这个地方宣布唯一合法的修士会在这里。而此时，占领斯特拉斯堡的新教徒担任了修士会的众多高级职位。他们让勃兰登堡亲王约翰·格奥尔格担任新教主教，可天主教的大教堂主希望由洛林亲王梅斯主教出任新主教，双方互不退让，战火再次燃烧起来。
斯特拉斯堡城的人民拿起武器，都想夺回财产，战争持续了很长时间。皇帝想用他的权力裁决这场战争的胜负，让两个宗教派别同时保管教区财产，直到新教亲王能够得到同等的财产后才放弃教区财产。这场战争平息之后，在士瓦本帝国城市多瑙沃尔特发生了更不可思议的事情。这个城市以前是由天主教统治，新教占领这里后，天主教的教徒只能在小教堂里进行祈祷。新教徒憎恨天主教，迫使他们改变原有的宗教习惯。有一位天主教修道院的院长忍受不了这种宗教压迫，他冒着危险举行了一个公开的天主教宗教仪式，但立刻被人们取消了。第二年，这位修道院院长在皇帝的支持下再次举行公开仪式时，狂热的暴民便使用武力来抗议。皇帝要传唤暴民的领导者出庭，但是愤激的人们把皇帝的特使挡了回去，人们也由此把和平解决问题的可能给断送了。皇帝大怒，让巴伐利亚的马克西米利安公爵带兵去惩治这些暴民。人们害怕起来，不做任何抵抗便投降了。皇帝命令在斯特拉斯堡彻底取消新教信仰，并且把这个城市从士瓦本分裂出来归到巴伐利亚。