全国各重要城市，如上海、北京、武汉、广州、天津、长沙、厦门、烟台、济南、芜湖等，相继成立各种组织，开展反英斗争。中共中央为此在《向导》周报发表告民众书，号召“民众起来，用自己的力量，使用一切方法对付这个强盗的帝国主义。”万县惨案极大地激怒了中国人民，全国掀起一场声势浩大的反对英帝国主义的群众运动。
就是全国反英斗争群众运动不断高涨之时，已经攻下汉阳、汉口的国民革命军，对武昌展开强大攻势。北伐军攻下汉阳、汉口并正在围攻武昌的消息传到了万县，迫使杨森不得不重新考虑自己的前途。他仔细分析了一下目前的局势，拨了拨心中的小九九算盘，觉得按照目前北伐军的发展势头来看，说不定将来的天下真是国民党的。他思忖再三，决定转向广东国民政府。这一次，他主动向朱德表示愿意“效忠”国民党，也愿意把部队改编为国民革命军，并希望朱德到汉口为他具体操办此事。
朱德来到汉口，先是到中共湖北区委机关汇报工作。之后，找到国民革命军总司令政治部主任兼武汉行营主任、湖北政务委员会主任邓演达，向这位在德国留学时的老朋友谈了杨森要求接受国民革命军改编的问题。邓演达同意了杨森的要求，同时决定派朱德并让他亲自挑选一批政治工作人员，带回四川，在杨森的军队里建立政治委员制度。
在汉口期间，朱德还参加了旅鄂川人万县惨案后援会成立大会。在会上，朱德发表演讲时说：“此次开炮，兄弟亲与此役，英人之强横可笑，亦复可怜。他以为他的枪才可以杀人。我们川军这回也不客气，为正当防卫，还他几枪，彼此都有伤亡。不过人民无辜，为他杀得太多了。”“但是，我4万万民众为他打醒了！尽都知道帝国主义非打倒不可，总望军民一致团结起来。”郭沫若等人也在这次大会上讲了话。
9月24日，国民革命军总司令部委任杨森为国民革命军第二十军军长兼川鄂边防督办，朱德为党代表。由于第二十军政治部主任陈启修还在汉口办《中央日报》副刊而不能到职，委任朱德暂代军政治部主任一职。28日，朱德率20余名政治工作人员化装成商人或学生等离开汉口前往万县。
江轮抵达万县，已经得到消息的杨森早在码头上等候。他一面吩咐参谋长朱连元给政治工作人员安排住处，一面即陪同朱德来到南津街的宝隆洋行，这里已改作杨森的招待所。
朱德将委任状交给杨森，并催促他早日宣布就职。而杨森却极力回避就职一事，皮笑肉不笑地旧话重提：“朱将军，国民政府让你带多少钱来改编我的部队？”朱德淡然一笑：“我早对你讲过，没有钱呀！你也知道，国民政府正在进行北伐战争，面临严重的经费困难。”
杨森哪里知道，朱德当时拿的军饷，只是最低限度的生活费。过了片刻，朱德直截了当地说：“不错，你这部分官兵也需要粮饷。可你在川东收的捐税和田赋，完全能够维持最低限度的生活费。”
杨森原本企望有了国民革命军这个称号后可以得到军饷，现在一听他大失所望。同时，朱德向他提及，随行的政治工作人员来万县的主要任务是向官兵及民众宣传三民主义的主张，宣传北伐革命，使民众了解国民革命的意义，与军队团结一致，共同奋斗，完成北伐革命大业。杨森听后大吃一惊：“我的士兵不需要什么政治教育，道理很简单，士兵的职责就是接受命令，哪怕战死沙场。这些文质彬彬的人，和士兵谈些与他们毫无关系的事，有什么用呢？”此后，杨森惶恐不安起来，竟然派出了暗探和特务去监视朱德和政工人员。
不久，朱德得到杨森派兵东下援吴的消息。原来，国民革命军攻占汉口、汉阳后，武昌仍在吴军手中，北伐军久攻不下，因此杨森对吴佩孚仍抱有希望。尽管对杨森此举早有所思想准备，但朱德对杨森这种出尔反尔的态度十分气愤。他当面质问杨森，并晓以大义，规劝杨森不要执迷不悟，因为吴佩孚的垮台只是时间早晚的问题了，对吴佩孚的任何幻想都是不能成为事实的，希望杨森尽早悔悟。然而杨森仍不为所动，仍要坚持观察一段时间再作抉择。最后，两人谈话不欢而散。
11月上旬，进犯武汉的杨森部遭到国民革命军围歼，前敌总指挥曾子唯被俘。这才使杨森被迫派代表赴武汉“请罪”，并多次找朱德表示“悔悟”。21日，杨森在宜昌通电就任国民革命军第二十军军长，同时将五色旗换成青天白日旗。但是在同一天，杨森又致电吴佩孚，表示他对吴的“忠诚”，充分暴露出他的反革命两面派的本性。
这一时期，中共中央加紧了在四川的工作，先后派吴玉章、刘伯承、欧阳钦等人入川，策反军阀部队，争取在四川打开军事斗争的新局面。11月中旬，以杨闇公为书记，朱德、刘伯承为委员的中共重庆地方委员会军事委员会在重庆成立。刘伯承后来回忆道：“当时我们的策略：对四川军阀一面拉拢使之有利北伐进军，一方面培养自己的实力。所以在战略上是‘前面抵，后面拉’的办法。利用川军矛盾，在顺庆起义以为根据地，在沪州起义——互相策应。”会后，刘伯承赴沪州具体指挥工作，朱德返回万县继续进行争取杨森的工作。
杨森易帜后，在朱德的建议下，设立中国国民党第二十军党部，由朱德任主任委员（当时中国国民党四川省临时省党部常务委员是杨闇公等3人，执行委员还有朱德、刘伯承等6人，党部设在重庆，由国民党中央党部领导），并且在万县杜家花园建立第二十军军事政治学校。由朱德带到万县的政治工作人员卢振纲、文强、熊荫寰、江亚中、滕代顺、湛杰分别担任教育长和5个大队的大队长。朱德曾到校讲话，勉励学员说：“一个军人要有崇高品德的修养，要有坚强的革命方向，要为国家为人民做一些光辉事业。”
与此同时，朱德还通过政工人员加强对杨森部队的改造。朱德虽然担任二十军党代表兼代政治部主任，但生活仍然十分俭朴。每天到杨森总部办公、汇报，都是身着布军服，手拿公文包，胸前佩着总部出入证，与一个普通的工作人员一样，徒步来去。他总是和蔼可亲地与人交谈，当面圆满地解决问题，使人心悦诚服地离去。这种作风在旧军队高级官员中是很少见到的，因而博得军内广大官兵的尊敬。
12月初，沪顺起义在中共重庆地委军委领导下爆发了。1日，袁品文、陈兰亭率部在沪州起义。3日，秦汉三、杜伯乾率部在顺庆起义。5日，黄慕颜率部在合川起义。刘伯承在顺庆就任国民革命军四川各路总指挥。
这时，国内的形势出现了新的变化。蒋介石竭力反对国民政府迁都武汉，企图在南昌另立中央，并开始同帝国主义、封建买办势力相勾结，准备公开反共。变色龙般的杨森看到蒋介石与武汉国民政府貌合神离的关系，开始与将介石派往四川的代表暗中来往，随时准备投靠蒋介石。同时，他和北洋军阀仍然保持着密切的关系。
而且，第二十军在政治工作人员的教育指导下出现新面貌，引起了杨森的疑忌，他担心长期下去，自己的部队将被分化瓦解。为了不撕破情面，杨森动了番脑筋，思来想去，最后决定以委婉的方式支走朱德。一天，他告诉朱德，称他最近正在考虑组织一个考察团去武汉，详细考察一下国民革命军的军事政治情况，希望对武汉非常熟悉的朱德能够任这个团的团长。对于杨森要把自己支走，朱德是早有思想准备的。因此，朱德很爽快地同意率团前往武汉。接着，以自愿报名的方法，成立了一个八九十名中下级军官组成的“军事政治考察团”。
12月下旬，朱德率团乘“永丰”号江轮离开万县，脱离了杨森的部队……
2.参与领导南昌起义
朱德率第二十军军事政治考察团来到武汉不久，中共中央军委指示他利用原来在滇军时的声望和同僚等关系，选定国民革命军第三军为目标，到江西南昌着手创办军官学校，培养革命武装工作干部，以便从各方面展开革命活动。
那时，驻扎在南昌、九江、吉安、进贤一带的是国民革命军第三军朱培德部。1927年1月初召开的北伐军军务善后会议后，第三军编为北伐军总预备队（后改为第五方面军）。朱德同这支滇军部队的高级军官们有着很深的历史关系。总预备队总指挥朱培德和师长王均、金汉鼎都是朱德在云南陆军讲武堂的同班同学，以后又长期在滇军共事，交谊很深。朱德还有一些旧部和老同事也在这支部队里。因此，他一到南昌，朱培德立刻委任他担任第三军军官教育团团长，并为他及家眷安排了住所——百花洲畔的花园角2号，一幢独门的二层小楼。不久，又委任朱德为第五方面军总参议。
1月下旬，第三军军官教育团招生的消息一传开，慕朱德之名的滇军各部队的进步青年军官纷纷来报考。仅一个来月，即接收学员1100余人，编为3个营，地址设在永和门内的原江西陆军讲武堂。学员大部分是朱培德部的下级军官，编为第一、二营，共700余人；还有一个第三营，是学兵营，主要招收省内的中学生，也有一部分从上海来的北方宣传队队员，共400余人。教育团内的中下级军官和教官，除从第三军抽调外，还有随朱德来南昌的原二十军考察团成员以及原来在广州的第三军军事政治训练班的毕业生。他们在任职前，先经过测验，再到广场逐个考察军事实地指挥的能力，然后按照他们的实际成绩，分别委任连、排级职务。这种量才任用的做法，在当时军队中是少见的。
朱德十分重视提高学员政治思想的进步和军事素质的提高。政治方面的课程，有孙中山在国民党“一大”重新解释过的三民主义，还有中国革命和世界革命问题、工人问题、农民问题和社会问题等。他们经常请国民革命军总政治部副主任郭沫若和共产党人***、邵式平、曾天宇等讲课，使学员们耳目一新，深受启发。在军事教育和训练方面，要求也十分严格。开学后不久，教育团就呈现出一派生机勃勃的新气象。
当年曾跟随朱德到南昌的徐震球回忆说：朱德平时“对学员非常关心，吃饭同大家一起在大食堂里，晚上查夜给学员盖被子。教育团实行说服教育，严禁打骂，军官、学员一律平等。星期六野外演习，往返五六十里，他有马不骑，让给体弱或临时生病的学员乘坐，自己同大家一起走路。回到团里大操场上，还要带领全团一起跑30分钟的步。在出操时，他亲自向学员作示范动作，耐心纠正学员做错的动作。真是诲人不倦，处处以身作则”。曾随朱德从万县到南昌担任军官教育团排长的莫湘回忆说：在这些日子里，“从未见他冒过火，发过脾气，一直是和蔼可亲地与人交谈，发觉到人的思想有问题时，总是旁敲侧击，循循诱导；见人行动上有错误的，总是明白指出，以理诲人”。
这时的朱德，一心扑在党的革命事业上，过着极为简朴的生活。他平时只穿一套粗布军服，裹一副粗布绑腿，穿一双旧皮鞋，有时还打赤脚穿草鞋。时任军官教育团排长的莫湘回忆说：朱德“上班总是夹个皮包走路，很少坐黄包车。他的住房只有简朴的床铺和一张旧方桌，几张木凳子，简单得像个旅店。他常因开会或工作忙，便买个烧饼充饥”。
军官教育团名义上虽然隶属于第三军，实际上是在中共中央军委和江西省委的直接领导下，成为培养革命人才的基地。在每个连队很快都秘密建立起共产党的小组，有的连党员达到学员的三分之一，参谋长陈奇涵担任党支部书记。一般工作人员也经常举行生活检讨会，开展批评和自我批评。当时江西的工农运动正在高涨，不少工人运动和农民运动的干部参加了教育团举办的短期训练班。整个教育团内呈现出浓重的革命气氛。
3月5日，军官教育团补行开学典礼。当时驻在南昌的国民革命军总司令蒋介石也来参加，打着孙中山的旗号来抬高自己，说：“国民革命军在各个战场上取得了决定性的胜利，本总司令甚感欣慰。当初，总理在世，一切由总理作主，现在总理已经过世，中正肩上的担子加重了……我们要作总理的信徒，总理在世，我们一切信赖总理，现在总理不在世了，我们必须选择一个作为我们信赖的中心……总理在世，一切服从总理，现在总理已去世，我们作为一个革命军人，就必须有一个服从的中心。”
蒋介石挥舞着手臂，情绪愈发激动起来。台上、台下的人听他说了半天，只有一个意思，就是要绝对服从他的领导。
就在蒋介石参加开学典礼的第二天，驻江西的新编第一师在蒋介石指使下，伙同反共的AB团分子杀害了江西省总工会副委员长、赣州总工会委员长陈赞贤。3月16日，蒋介石离开南昌时，强行解散原来由国民党左派掌握的国民党南昌市党部和江西省学联等民众团体。17日，到达九江的蒋介石唆使总司令部特务处处长杨虎纠合一伙流氓歹徒蓄意滋事，围攻国民党九江市党部、总工会，在市党部打死3人，在总工会打死1人。