1853年年底，在籍侍郎、奉旨帮办湖南团练事务的曾国藩设厂于衡阳，仿造广西、广东内河水师船型，并自广州购买西洋熟铁前膛炮（俗称“洋庄”），建立了湘军水师。1854年春，湘军水师（10营、5000人，战船240艘）出湘江，经湘潭、岳州、武汉、田家镇诸战，焚毁太平军大小船只数千艘，一度肃清了上游江面。1855年年初，湘军水师乘胜进逼九江、湖口，试图将太平军水师一举全歼于鄱阳湖内，太平军名将翼王石达开、冬官正丞相罗大纲等利用曾国藩急于求成的心理，以及湘军水师每营由大小船只组成[3]、一旦分拆则战斗力大减的破绽，在湖口会战中引诱湘军水师三板小船冲入鄱阳湖口，然后将湖口封锁，致使湖中小船失去大船依托，无法休息、补给，官兵疲惫不堪；而外江大船失去小船，几乎完全丧失自卫能力，结果被太平军各个击破，武汉三镇重新落入太平军手中。此刻的曾国藩正坐镇南昌，紧张应付着从湖北转战而来的太平军石达开部与从广东、湖南源源涌入的数万天地会“红军”，湘军内河水师遭到重创后，剩下的三板驻泊在南昌、樟树镇等地的内河，而只剩大船的湘军外江水师，则在胡林翼的统带下驻扎金口。新堤船厂里正热火朝天地制造崭新的三板小船，在这些得力内河战船造成前，湘军水师只能偃旗息鼓。
下游的情形则有很大差异。
1854年7月，50艘红单船在吴全美的率领下抵达镇江焦山江面，接受江南大营主帅向荣调度。向荣分其中一半，在当年和次年两次溯江而上，一直攻到三山矶、芜湖一带。太平军当时的战船多为民船改造，大小不一，水军又缺乏水战经验，故连战连败，就连“水贼”出身的头号水师名将罗大纲，也在1855年年底反攻芜湖时身负重伤，因无法忍受剧痛而“吞金自毙”。不过红单船水师属于绿营体系，沾染了绿营所特有的习气，且其官兵多数为广东人，在外征战既久，人心浮动，战意渐懈，对天京、镇江、瓜洲等坚城构不成重大威胁；不过，红单船掌握下游“制江权”，便截断了天京、镇江、瓜洲三座要塞间的联系。
清廷也知道，仅凭水师是无法肃清长江的，因此一方面催促上游湘军尽快沿江东下，另一方面不断强化江南、江北两大营的实力，力图水陆配合，“犁庭扫穴”，夺取天京，消灭太平天国。然而上游湘军欲速则不达，九江、湖口一败之后，便被分割在湖北、江西两地，对天京暂时鞭长莫及，因此，下游的江南、江北大营，成了1856年年初清廷的希望所系。
江南大营是1853年3月31日（清咸丰三年二月廿二日，太平天国癸好三年正月廿日）由从广西一路追击太平军至天京城下的钦差大臣向荣所建。1856年大本营设在天京城东孝陵卫，并控制了秣陵关、七桥瓮等城外要塞，对天京城构成直接威胁。江南大营可调动的八旗、绿营总兵力共为32615人，其中天京附近27435人，直接部署在一线的为17800人。江北大营于1853年4月在扬州城北组建，当时的主帅为钦差大臣琦善。此时琦善已死，由江宁将军托明阿接任。这支负责浦口以下北岸江防的清军，可调动兵力24000人，直接部署在一线的兵力也是17800人，此时兵分两路，驻扎运河两岸的秦家桥、桂家庄。1853年12月，太平军已放弃了扬州，此刻江北大营的主要使命，一是守住运河口，防范太平军渡江北上，威胁中原和京畿；二是围攻夺取太平军在江北的最后一个据点——瓜洲，并配合江南大营进逼天京、镇江。
这时的镇江、瓜洲是清军围攻的重点。1855年2月，小刀会在上海失败，原本围攻上海县城的清江苏巡抚吉尔杭阿部近4000人得以抽调回顾上游。此刻的吉尔杭阿已挂上了帮办江南大营军务头衔，率领本部、围困镇江的原有清军（4000余人），以及从江南大营抽调的清军共约万余人围攻镇江。这些清军主力分别部署在镇江城西的九华山和镇江城东的京岘山。此外，湖南提督余万清、宜昌镇总兵虎嵩林分别屯兵镇江以西的下蜀、高资，兵力分别为2300人和1600人，这两路人马部署在天京、镇江之间，目的是阻击从天京经陆路来援的太平军。
此时的太平军则沿着长江，摆出了“一字长蛇阵”。
上游的武汉，由北王韦昌辉的亲弟弟、国宗提督军务韦俊任主帅，因为遭到上游荆州和下游金口方向清军的进逼，目前稍显不利；由金口而下，九江、湖口牢牢掌握在太平军守将林启荣、黄文金手里，而上游太平军最高军政负责人——左军主将翼王石达开，则正在江西腹地对曾国藩的湘军展开咄咄逼人的攻势；再往下游，皖南、皖北都是拉锯态势，皖南太平军丧失了沿江最大城市芜湖，却仍坚守着东西梁山的要塞，皖北重镇庐州得而复失，不过安徽省城安庆和众多郡县，却是太平军此际最巩固的根据地和最可靠的粮源。
天京附近，太平军占据江中八卦洲、九洑洲、七里洲等据点，控扼江南京郊众多要塞，令江南大营始终难以真正合围，但江北浦口为清军占据，江面上往来巡弋的红单船，也令太平军船队无力驶出夹江正面决战，更难突破水路封锁，增援、补给下游的镇江、瓜洲。
镇江、瓜洲此时已被围困了三年之久，自扬州、焦山失守后，这两座城镇的补给，主要靠天京从水路运来，但红单船抵达后，这种补给变得越来越困难，至1856年年初已近乎断绝。镇江守将原本是罗大纲，但此时已去世，此刻的主将是殿左五检点吴如孝，此人在太平军中资格很老，曾参加过天地会，还是受过洗礼的基督教徒，他不仅以钦差大臣头衔负责镇江军政、民政，而且还要兼辖江北瓜洲防务。作为下游江北太平军唯一据点，瓜洲孤悬敌后，驻军很少但防御严密，此刻守将为指挥谢锦章，他的要塞周围，是西起仪征土桥江边，东至扬州新桥江边，绵亘40余里的土墙，以及沿墙密布的40多座江北大营营盘、炮台。
1856年年初，清廷已经发现，撬开天京坚城缝隙、打通长江这条命脉的关键点，是与天京成掎角之势的镇江、瓜洲，并正逐步将兵力、装备移向这里，缓慢、但有效地取得进展；而此时实际主持太平天国军政事务的左辅正军师东王杨秀清也同样意识到了这点，并正试图组建一支足以在镇江战场打开局面，甚至能发挥更大作用的机动部队。
静观时变
至于外国人方面，自1854年6月16日至7月7日，英国公使包令爵士（Sir John Bowring）之子小包令（Lowin Bowring）和翻译麦华陀爵士[4]所率使团访问天京。在与太平天国官方进行了很不愉快的正式交涉后，英、法、美似乎达成了心照不宣的默契：尽管长江“黄金水道”的开埠、通商、通航，是他们梦寐以求的，但在目前中国内战双方战局胶着、未来赢家尚不明朗之际，长江对外国人及其商务而言，仍是“高危地域”。因此，暂且顺水推舟地回到华南珠江流域，跟清廷所指派的与洋人办交涉的唯一合法官方代表——两广总督叶名琛交涉，似乎更有利些。至于长江，也只能先满足于占据江尾一隅的上海租界和“五口通商”中的上海开港，这点已不再是“纸面上的开放”，而是千真万确成了现实。
[1]原为广东商船，因入广州港贸易需要领取海关“红单”而得名，这种船体积大、吃水深，船体坚固且能深入内河，可在船上安防火炮20至30门，“左、右、船头三面轮放，周流不息，船工运棹如飞，无论炮弹所中可以洞穿数船，即乘风击撞，亦复当之立碎”，是当时长江下游和沿海较得力的旧式战船。
[2]既有闽、粤大型商船改造的战船，也有苏北平底旧式“沙船”型战船，还有雇来或买来的葡萄牙式炮艇和少量西洋式帆船。
[3]湘军水师每营快蟹一艘、长龙十艘为大船，不便作战，用于水兵住宿、办公和仓储，三板十艘为小船用于战斗。
[4]麦华陀爵士（Sir Walter Henry Medhurst）后官至英国驻上海总领事。其父是早期来华伦敦传道会传教士、著名汉学家麦都思（Walter Henry Medhurst）。在太平天国官方印书中，唯一由外国“凡人”撰写的《天理要论》，便是麦都思同名宗教理论著作的前八章。