四十年辛酉，倭自漳州掠同安。正月，历刧晋江、屿头、沙塘、陈坑、石菌等处。分巡佥事万民英募永春蓬壶吕尚四等，兵至石菌与贼战，败死者五百余人。千户王道成委罪于吕尚四，吕尚四遂萌逆念而回。倭寻至吴店市新桥南头烧房杀人，又至临漳城外烧房掳人。四月，又来晋江岭后、南安卢内等处，遍焚民屋。杨参将领兵未战而退，仍至笋江桥，参将黎鹏举未战走还，分巡佥事万民英断桥梁一间拒守。七月，出仙游大路截掳应试诸生，给票勒赎，不计其数。万历府志载：是年十月，参将黎鹏举招抚兴化贼首潘若海，分巡佥事万民英优以冠带，安置城中，欲资杀贼。若海不悛，部党横行，不时掳掠，动伤市民。鹏举乃白万分巡，计擒斩首双门前，民始帖席。数年，田亩遍为草莽，斗米直钱百二十文，民逃生入城，无食待毙，瘟疫盛行，死者枕藉。知县邓洪震措置收埋，万分巡于开元寺设法施粥，民饿极，有食粥立毙者。是时，晋江人张佥宪冕分巡岭东，谕潮民及铉钟等处贾人，从海道运谷来泉，平糶以济，前后谷艘至者千余，七邑之人，多赖全活，立碑颂德。邑人林参议一新记略曰：泉介山海为郡，高确而下卤，所可耕牧壤土，十仅四三。往岁稔时，厚产家粗给足。其微薄无赀产者，犹仰于粤东粟米，而后赡粤东为泉之外府，自昔然也。嘉靖辛酉，倭贼交乱，向之耕牧壤土，变为荒翳。越岁壬戌，倭贼益横，粟米之由粤东至者益梗，斗米直百二十钱，饥饿民聚城闉，传染疾疫，死相枕藉。幸存者，息奄奄如线。监司郡县大夫先后赈贷，藏积皆尽。会侍御我渡陈君，将按粤郡，父老遮陈君，言乞通粤粟济时急，陈君诺之。忽粤艘连樯，运米钜百万至，以佥宪惺吾张君牒白郡中，且如张君令平粟直毋敢溢。众便贸易达七县，皆活之，所全活若干万人。父老杨仕澄等相与言，张君之心，先得陈君所同，不俟吾民遮告，辄与恤。且是时倭贼横甚，粤艘人摧其锋走之双溪，乱是用熄。张君实生吾民，实能赞吾监司郡县大夫之子惠。其相与状上监司郡县，明张君之德，曰：是宜碑于郡中。
四十一年壬戌二月，倭寇永宁卫城，指挥王国瑞失守，城陷，据城大掠数日而去。时卫中军民遁脱奔郡城者，分巡万民英悉遣还卫。三月，倭复来攻城，再陷，军民为其杀伤几尽，至今永宁卫城每逢四月廿四日，有陷城风暴焉。先是，倭寇入泉，皆漳人为向导，后悉本州人借倭名纠党肆掠。是时，晋江贼谢爱夫等哨永春，苏光祚等哨仙游，施思备等屯南安，高老等屯晋江，江一峰等屯双溪口，清江老等屯英林、潘迳，刧掠无宁日，掳人挟赎，既而民贫无赎，遍发大家坟墓，劫死勒赎，惨不可言。郡人致仕佥事庄用宾与弟生员用晦，痛父坟被劫，募死士百余人，直抵双溪口贼巢，与南安兵合，连破十余寨，负父骸以归，用晦殿后，与贼格斗死之。明苏浚《忠孝殊恩论》：吾乡之有倭患，三十余年所矣。当倭初发难，时值承平久，百余年不习兵，楼船校尉之族，揭竿持梃，如婴子搏沙然。大将军戏下，漫不甲乙，吏兹土者，闻钲鼓声，惴惴无人色。则为婴城自守计，至严镝鑰不纳一编户。时海滨诸妇女环城下，不亿哭声震原野，乡大夫用宾庄公闻之，嘅然曰：此曹独非土之毛哉？居食其力，急而弃之。鸟兽犹不忍，而况婴儿！则白之令君，令启筦鑰，吾为司户，有一不逞，吾以家殉矣。令君信之，所全活者数万人。公又谓：郡材官脆弱百不当一，则募乡人敢死士，真行间练以什伍，俟贼入犯，辄歼之。贼恚甚，遂发公先大夫塚而甘心焉。公益发愤，誓不与贼俱生，遂偕弟文学用晦公，帅敢死士直驰贼垒，斩级有差，夺父尸返。贼复尾其后，公负亲骸骨以归，而用晦公为殿，卒以身殉之。时中丞公昌言于朝，有“在国忠臣，在家孝子”之语。司马下台使者核其事，公独恚曰：亲骸之谓何又因以为功，其孰能说之。乃力辞于郡大夫。郡大夫重伤公志，事遂寝。又三十年，公之木拱矣。公之子太学生凤章君，谓先大人谊不求名，顾为人子，而令若亲忠孝大节湮没不彰，即百死其何赎，遂具疏以请。天子下其事宗伯令观风使者采实，以闻诸掌故及三老五更，成谓公受知晚也。比核实疏上，天子嘉之，赠公太仆寺少卿，用晦公世袭百户。时濬方修朝宗故事入都门，睹兹盛典，则叹圣天子厉世之意，何其殷哉！方公在先帝时，秩不过佥宪，宦不踰十载，乃其躬为人齮龁，龙渊未试，投杼旋疑，樵夫田叟，熟非帝恩者。顾其髒骯之气，郁而未宣，挥霍之才，沉而未奋，偶遭家难，谊不顾身，公不求名，而名已随之矣。李光缙《忠孝殊恩论》：世庙季，郡中倭寇攻城掠地，焚庐发塚，贼势猖獗甚，海滨诸妇女逃窜郡城，城闭不得入，贼猝至，直薄城下，老少哭声震野，时方塘庄先生亟白令启筦籥纳之，全活者数万家。公于是自募敢死士，寘行间杀贼。贼大怒，发公先大夫墓中藏以去。公偕弟用晦，帅麾下驰入贼垒夺父尸归，用晦死之，闽中丞公列其事于朝。又三十年，公之子凤章复具疏请，今上诏赠太仆少卿，用晦世袭卫百户。李光缙曰：公亢直不阿，枘凿于时，久已谢事家居矣，邑屋封疆，危急存亡，非其所帅寄也。假公当是时袖手于孤城之婴，观望于贼拥之临，或兵破士北，城池失守，生灵亡幸，夫谁得以纵寇敌罪公者？而公不难以其身尝贼，以亲尸殉之，其弟殿而死之，而又出父骸于万死一生之危，卒使贼酋授首，四郊安盂，可谓难矣。是年，分巡万民英檄指挥欧阳深，率兵攻东田贼施思备等，破走之。深又同参将黎鹏举、千户王道成，进攻青阳等处，高老遁。五月，参将黎鹏举、指挥桂某、千户王道成、百希周等，率兵由水进，欧阳深由陆进，至尾岭，连破七寨，擒杀韦老等二百余徒。又追剿水田、下浯等处，斩获百余级，遣人宣谕谢爱夫、黄元爵等，一时俱听顺，各散从贼四千余人。贼酋苏光祚、康大福等，拥众万余，同爱夫等听抚，亦来归顺。江一峰等遁，众尚万余。六月，深遣人抚谕其党，夜解散万余人，黎明进击，擒江一峰、李五官等一百一十八名，斩于教场。赵恒《平寇记略》：今以中国之大，困于不及一县之倭，何也？则有吾民乡道之者矣，则又有转货赀以通其有无者，戈兵之下，则有胁之而从者，加之饥疫相仍，而无以赈之，则皆乐从之矣。甚者，则为之侦吾虚而谋以应之，总而皆谓之倭，倭众至三十余万，横行四五年。困于倭者，十二三；困于从倭者，十六七。至壬戌春，永凝陷而郡城急矣，公时纳级家居，不忍桑梓之难，受数百之兵，持不数月之粮，以抗十余万方张之贼徒，以平日信义，为众所归，又从征漳南，新立奇功，先声所加，弃戈铤而来款者，日数万，公赈而遣之，皆为农民。择可为兵者，勉以大义，慰劳出于至诚，众咸踊跃，争欲杀贼自效，旬月之间，士气百倍，数战数胜，功出诸将之右。至湖尾、〈氵丙〉洲二役，则公皆以盛夏独率偏师，夜衔枚檮巢，出贼意外，而元凶授首，贼众先后破灭，解散尽矣，诸众非所与也。凯旋之日，百万生灵，莫不惧呼相庆，且喜且悲。公雅性爱人，视财如弃，平居人以急投无不应者。及其为将，县官所给，丝毫不以入于家，不足则以家赀继之。号令严明，兵所次舍，与民杂居而不敢犯。临敌风生，突至阵前，奋勇大呼，部下乘之，贼皆披靡。尝以匹骑从数十士，深入贼垒，大呼其酋江一峰而切数之，曰：我欧阳将军也。贼错愕下拜，不敢加害，其为所畏如此。噫！虽古名将，何以加诸？功成之后，天子知其名，诏陛今官，公益感奋。莆城之陷，公扼其冲，力战而亡。一时部下争先赴敌，而天下之人服其烈。自是倭亦不敢复窥郡城矣。天子嘉公之烈，立祠推恩之典，一如旧章，惜公不可复作矣。百世之后，山川如故，将有陟清源之巅，望雉堞之雄壮，西指筍江，嵂〈山上兀下〉先数峰，将坛在焉，公尝于此誓师而受降者也。凌沧海之怒涛，绝姑山之顶，则潘迳、英林、石菌、〈氵丙〉洲诸渚皆在目中，公尝夏以偏师，用寡击众，而生擒江玺、李五官之处也。则相与慷慨，兴怀感极，悲歌公之忠魂，虽与山川相为久可也。乡耆老不忘公者，请记其碑，以永其思。是年秋，新倭自海口登岸，攻围兴化城数月。十一月二十八日，城陷。据城三月，官民被杀无数。至四十二年正月，始去。屯平海卫都督戚继光，与广东总兵俞大猷，把截海口，毋令船得脱去，指挥欧阳深奉遣应援，与倭贼战于平海之东萧，死之。戚总兵领兵直抵平海卫，破贼巢，歼灭无遗。
四十三年正月，倭贼入泉郡境涧埕、湖美等处，杀掠男女而去。又至安平攻城，三日弗克，戚总兵兵续至，贼闻引去。戚追剿直至漳州，贼复奔潮州，为广东总兵俞大猷截杀无余。
四十五年，有倭航百余徒，突至永凝，戚总兵截杀之。晋江下浯抚贼谢爱夫至家占地筑堡，奸谋叵测，知府万庆设策擒获，置诸狱杀之。自是以后，郡人稍安。
隆庆三年四月，倭二百余人入同安，为指挥张奇峰斩俘无遗，倭始绝迹。
崇祯五年，海寇刘香老泊舟石井，夜出肆掠，兵至遁海中，执男子以要赎，南、同二邑，俱被其害。
国朝顺治元年八月，郑鸿逵攻泉州，列营于桃花山。九月，漳州王进来援围解，溜石炮城被破，参将解应龙死之。
九年九月，固山金砺率兵万骑屯泉州。
十二年三月，官军自泉州出攻两岛，为暴风飘回。分兵攻白沙，弗克而还。
十三年，海贼陈霸等窃踞〈氵丙〉洲，勒饷烧毁房屋，夜则入内地掳掠男女，至康熙二年，方讨平之。
康熙十三年三月，耿精忠反，伪檄至泉州，提督王进功纵诸将焚掠，诸县俱降。郑经遣刘国轩、何祐、冯鍚范入厦门。五月，郑经复据厦门。六月，经入泉州，遣刘国轩败精忠兵于涂岭。
十六年二月，大兵至泉郡，经走厦门，各县以次恢复。
十七年七月，刘国轩寇同安，都统雅大里遁归泉州，国轩遂围泉州。时国轩水陆并进，攻南安，杀守将，诸县守兵相继弃城遁，遂攻泉州南门。城堕四十余丈，我师筑短墙以守，会天大雨，城不克拔，相持两月，援兵四集，围乃解。
十八年己未，有红巾贼众以千计，由安溪来同安，沿乡焚劫，官兵击散之。
十九年二月，提督万正色兵至泉州，合巡抚吴兴祚军与战于围头。克厦门，进扼料罗，贼惧遁归澎湖。万正色疏：臣等于二月初六日攻复海坛，其全胜情形，业于二月初七日具疏题报外，随探逆贼朱天贵率〈舟宗〉遁据南日、湄洲等澳，希图抗御。臣即咨会抚臣吴，统师由陆路声援。臣审候风利，亲率大〈舟宗〉，于二月十四日白海壇进取，鼓励将士，乘锐攻击，逆贼望风披遁，我师奋勇尾追，直至平海与抚臣会师。而朱天贵又将败遁逆〈舟宗〉，窜合伪右武卫将军林升、伪左武卫江钦、伪镇黄应、黄德等，会〈舟宗〉三百余艘，并力坚踞崇武。经抚臣先以陆师于二月十七日抬运红衣炮火，直抵崇武缘岸，设伏炮击，贼取水路绝，惊惶游移，栖泊不安。臣随于二十日乘风顺自平海扬帆南下，贼径率逆〈舟宗〉，分列大洋，数股迎战。臣指挥将士，分作六股攻击，自巳至酉，钩撘大战，犁沉贼舟大小一十二只，贼溃飘海面大洋外，遂克获崇武，安泊船只。贼复于二十一日午时，乘南风大发，径会各港逆〈舟宗〉，前来拚命死战。抚臣仍于崇武缘岸炮击，臣指挥两股占据上风，以两股从下风诱战，以中两股冲〈舟宗〉砲击，上下夹至，犁沉贼舟一十七只，烧毁六只，擒获三只。阵斩伪总兵吴丙、伪骁翼营副将林勋、伪副领薛春、伪翼将林熊、俞硕筹、方国发等。阵斩贼兵六百余人，活擒五十二名，击沉溺死贼兵二千五百余众。得获器械、伪印、剳、火药、旗帜等项。鏖战两日夜，贼势莫支，我师乘胜追至泉州港，又得臭涂地方，而贼〈舟宗〉遂飘洋南遁，回顾巢穴。是役也，破海坛，取湄洲、南日、平海，攻复崇武、臭涂，皆贼所连年据扼边海要地以肆毒螫者，幸赖我上威灵，一旦肃静，而福、兴、泉沿边居民，获安袵席矣。
二十年正月，郑经死，子克塽袭。
二十二年六月，靖海将军施烺（琅）会各镇官兵破澎湖。七月，我师入台湾，郑克塽降，设一府二县。
康熙六十年，朱一贵据台湾作乱，泉郡骚动。总督觉罗满保、水师提督施世骠旋讨平之。
乾隆五十一年，台湾林爽文滋事，提督任承恩，率兵由蚶江渡入鹿港征战。五十二年六月，陕督福康安为将军，统兵由晋渡台平之。
五十七年七月十七日，同安匪徒苏叶寇安平，事觉，余党僧佛赐、罗赐等，肆掠兴、泉、永、德、泰，泉州府墙见羹率兵拏获问罪，安平乃免。