最大的问题在于语言问题。《扬州十日记》中记载的清军多为满洲兵而非汉军，其中多处明确写明是满人，如“领此者三满卒也”；“突遇众骑至，中一与卒满语一二，遂舍予妇去”；“自相奋击，内一卒劝解，作满语”等等。但离奇的是，身为汉人的王秀楚居然能听懂满语，文章中多次记述“满兵”的讲话，甚至他与“满兵”对答如流的情节，如其中一段摘抄如下：红衣者熟视予，指而问曰：“视尔非若俦辈，实言何等人？”予念时有以措大而获全者，亦有以措大而立毙者，不敢不以实告，红衣者遂大笑谓黄衣者曰：“汝服否？吾固知此蛮子非常等人也。”复指洪妪及予问为谁，具告之。红衣者曰：“明日王爷下令封刀，汝等得生矣，幸勿自毙。”命随人付衣几件、金一锭，问：“汝等几日不食？”予答以五日，则曰：“随我来。”诸如此类的谈话，还有多处，如：“一骑独指予呼后骑曰：‘为我索此蓝衣者’”；“卒固嘱我于诸妇曰：‘看守之，无使逸去’”，等等。
关于屠杀的人数也颇成问题。按《扬州十日记》所说，“查焚尸簿载其数，前后约计八十万余，其落井投河，闭户自焚，及深入自缢者不与焉”。王秀楚所说的“焚尸簿”，系屠杀停止后交由僧人收尸焚烧所录，但以幸存僧人的这点人数与力量，在如此短的时间内如何能收集统计“八十万的尸体”，又上哪里找到如此多的草木燃料呢？
“八十万”的数字还不是最多的，明末清初的泰州诗人吴嘉纪在《李家娘》一诗中称：“城中山白死人骨，城外水赤死人血；杀人一百四十万，新旧城内几人活？”这里140万的数字，比王秀楚说得还要吓人。
中国古代经常夸大数字而少有精确的概念，如三国赤壁之战，曹操号称八十万大军，实则不过十七八万；东晋淝水之战前，前秦苻坚声称率百万大军南下，投鞭即可断流，其实也是虚张声势。更有离奇者，清人笔记中有称张献忠屠杀四川“六万万有奇”（6亿人），这当然是不可想象的。
扬州地处长江要道，既是拱卫南京的屏障，又是商业繁华之中心，历来为兵家必争之地，由此也屡遭兵焚。据历史所载，元右丞相阿杰曾于宋朝末年兵围扬州，日久无功，城中食尽，死者枕籍满道。元明鼎革之际，明太祖麾下大将缪大亨在扬州一带大战，战后城内止余民十八家，可见战祸杀戮之惨。
顾诚在《南明史》中认为，“八十万”这一数目有可能夸大，因为当时扬州城内未必有这么多居民。吴子辉在《扬州建置笔谈》中对历代扬州府县人口做了一统计表，其中万历六年（1578年）扬州府的总人口为81万，但当时扬州辖州县10座，并非单指扬州城的人口。明朝时扬州府与江都县同在一城，府县为一，按《万历江都新志·食货志》的记载，洪武九年（1376年）江都县人口约6万余，至万历九年（1581年）为11万余，这个数字与当时的扬州城内人口可能比较接近。
学者萧一山曾引用史可法被俘后所说的一段话：“城亡与亡，我意已决，即劈尸万段，甘之如饴，但扬州百万生灵，即属于尔，当示宽大，万不可杀”，由此其认为焚尸簿上记载的80万数字大体可信。但是，“百万生灵”很可能是虚指，或有可能是指扬州府全部人口，如果指的是全扬州的人口，尚能勉强搭边。据戴名世《扬州城守纪略》中说，“初，高杰兵之至扬州也，士民皆迁湖潴避之，多为贼所害，有举室沦丧者。及北警戒严，郊外人皆相扶携入城，不得入者，稽首长号，哀声震地。公辄令开城纳之”，这说明当时发生了城外百姓进城避难的事情。不过，《明史·史可法传》又做了相反的记载，说战争前夕扬州城内民众恐慌不已，他们冲开守城军士的拦阻倾城逃亡，有选择陆路的，也有选择水路的，逃命的百姓甚至把运河上的船只租用一空。
从常理上说，民众逃避战乱往往会尽量避开交通要道，躲往人迹罕至的山野或乡村，而作为兵家必至的城池，其风险性可想而知。但也有另一种说法，说在嘉靖年间的抗倭战争中，一些城池因城墙高大而得以保全，所以也会有一些乡民入城寻求庇护，这种可能性当然也不能排除。不过，张德芳先生在“《扬州十日记》辨误”一文中提出了另一种质疑，那就是清军进军扬州的时间很短，如果扬州外县乡民选择入城避难的话，从时间上说是来不及的。
对“扬州府城池图”的考证是近年来一个重大突破。有学者结合《扬州府志》上记载的数据进行换算，扬州府城区面积约2144760平方米，新城区面积约1651255平方米，由此，整个扬州府城的面积约为3795985平方米。在这些面积中，民房、官廨、寺庙、学校、厅堂楼阁、园院场桥等建筑物及河渠等占地约60％，如果王秀楚说的“八十万”属实，即使不把幸存者及清军算进去，这“八十万”人的人均占有土地面积不足1.9平方米。换句话说，这些人在城破前必然以“摩肩擦背”的状态存在，而死后必须要像柴火一样码起来才能够安放得下。这听起来确实有点不可想象。必须说明的是，王秀楚在《扬州十日记》中记述的是扬州城内的大屠杀，而不是扬州府全境的大屠杀。
一般情况下，进攻方在攻城时遭到守军顽强抵抗而导致己方重大伤亡时，往往会诱发报复性的屠杀（蒙古军队的“逢抵抗即屠城”，则更多是一种威慑战略和心理战术）。但从攻打扬州的进程来看，清军只用一天即破城而入，伤亡情况显然不会太大。当然，一些军纪败坏的军队也会在破城后大肆抢掠屠戮，这也是战乱年代不可避免的。《扬州十日记》对此也做了详细的记载。但从清军数量上看，豫亲王多铎攻打扬州时所率兵力只有2万余人。在一个冷兵器时代，在10天内屠戮80万人（屠杀时间也有称5日或7日的），似乎难以想象。因为在热兵器时代的1937年“南京大屠杀”，也仅为30万人左右。由此，学者金宝森认为，《扬州十日记》作为孤记，在严肃史学中引其资料应当慎重；另一位扬州学者韦明铧也认为，清兵屠杀80万人不太现实，8万或许是有可能的。
就事论事，《扬州十日记》中说的屠杀应该是存在的，只是“八十万”的数字可能大为夸大。然而，屠杀8个人对于受害者而言是一场悲剧，但屠杀8万人对历史来说可能仅仅是一个冰冷的数字。对革命党人而言，排满重在攻击，考据无关紧要。因为他们毕竟不是历史学家，而是宣传家、行动者。“扬州十日”中的死难者究竟是8万还是80万，这都不是他们要认真考虑的问题。因为数字越大，就越有煽动力。这种痛史在一说再说，一传再传之后，历史事实与政治宣传往往混为一谈，历史的事实和数字反而成为无关紧要的东西。
事实上，“八十万”的说法也不是《扬州十日记》最有煽动力的地方。在英译本《扬州十日记》的序言中，美国学者贝德博士对该书的文学价值给予高度评价，称“其叙事生动逼真，而以其逼真之故，读来令人惊心动魄。其故事之倏忽、鲜明与真切，前后踵接，不啻一幕近代影剧，读者感其事，激于情，莫不惊心咋舌焉。而此种紧张情绪，逐步开展，洵可与一部好剧本相媲美。”
贝德博士说得很对，《扬州十日记》最成功的地方在于对清军奸淫掳掠、刀砍火烧的种种暴行给予了深刻而逼真的揭露。如这段：“一卒提刀前导，一卒横槊后逐，一卒居中，或左或右以防逃逸。数十人如驱犬羊，稍不前，即加捶挞，或即杀之；诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一蹶，遍身泥土；满地皆婴儿，或衬马蹄，或藉人足，肝脑涂地，泣声盈野。行过一沟一池，堆尸贮积，手足相枕，血入水碧赭，化为五色，塘为之平。”这是描写清兵的残暴与受害者的软弱与悲惨的。
再如这段：“入门，已有一卒拘数美妇在内简检筐篚彩缎如山，见三卒至，大笑，即驱予辈数十人至后厅，留诸妇女置旁室；中列二方几，三衣匠一中年妇人制衣；妇扬人，浓抹丽妆，鲜衣华饰，指挥言笑。欣然有得色，每遇好物，即向卒乞取，曲尽媚态，不以为耻；予恨不能夺卒之刀，断此淫孽。卒尝谓人曰：‘我辈征高丽，掳妇女数万人，无一失节者，何堂堂中国，无耻至此？’”邹容读完此段后大为愤激，称：“可知当日好淫之至极！”
看了令人血脉贲张乃至于冷血的段落还有：“三卒随令诸妇女尽解湿衣，自表至里，自顶至踵，诸妇女因威逼不已，遂至裸体相向，隐私尽露，羞涩欲死之状，难以言喻。易衣毕，乃拥之饮酒，哗笑不已；一卒忽横刀跃起向后疾呼曰：‘蛮子来，蛮子来！’……是时男子被执者共五十余人，提刀一呼，魂魄已飞，无一人不至前者；街前每数骑过，必有数十男妇哀号随其后，遇一卒至，南人不论多寡，皆垂首匐伏，引颈受刃，无一敢逃者；所掳一少妇一幼女一小儿，小儿呼母索食，卒怒一击，脑裂而死，复挟妇与女去；有数卒掳四五个妇人，内二老者悲泣，两少者嬉笑自若；后有二卒追上夺妇，自相奋击，内一卒劝解作满语，忽一卒将少妇负至树下野合，余二妇亦就被污，老妇哭泣求免，两少妇恬不为耻，数十人互为奸淫，仍交与追来二卒，而其中一少妇已不能起走矣。予认知为焦氏之媳，其家平日所为，应至于此，惊骇之下，不胜叹息。”
但蹊跷的是，《扬州十日记》中又记载了清兵“以钱数万日给难民”及某穿红衣的清将领知道他全家五日未食后，亲自将他带到一宅院，命人给他烧鱼做饭，吃完饭后还允许他把饭带走喂他受伤家人的事情，前后反差很大，亦不知何谓。说句实话，这本小册子关于虐杀、虐奸的写法与明清笔记大不相类，即便闻名遐迩的禁书《金瓶梅》，在它面前恐怕也要甘拜下风。这种写法，和日本的AV文化倒有几分脉络可循；而且，文中说的“高丽”，这正是日本人当时对朝鲜的叫法，难怪会有人认为此书存在日本人从中窜改的嫌疑。
不管怎么说，《扬州十日记》大大激怒了清末的年青志士，反满怒火的高涨似也在情理当中。此后，原本发黄发脆的《扬州十日记》进入了最为炫目的时期并成为革命党人最强有力的宣传武器。从传播途径而言，《扬州十日记》《革命军》等反满小册子大多在日本大量印刷后偷运回国，类似的记载在很多回忆录中都可以找到蛛丝马迹。
蒋梦麟在《西潮》中回忆说，1905年他在南洋公学就读时，“到礼拜六和礼拜天时，常常到福州路的奇芳茶馆去坐坐。那时候，上海所有的学生都喜欢到奇芳去吃茶，同时参加热烈的讨论。茶馆里有一位叫‘野鸡大王’的，每日在那里兜售新书。他那副样子，去过奇芳的人没有一个会忘记的。他穿着一身破烂的西装，头上戴着一顶灰色的满是油垢的鸭舌帽。他专门贩卖革命书刊给学生。他的货色当中还包括一本叫《性学新论》的小册子。据他解释，那只是用来吸引读者的。谁也不知道他的名字。吴稚晖先生说，他知道他是谁，并告诉了我他的名字，我却忘记了。我们也不晓得他住在什么地方。任何革命书刊都可以从他那里买得到。这些书，因租界当局应中国政府之请，在名义上是禁止贩卖的。”
“野鸡大王”是谁，又贩卖了哪些革命书刊呢？幸好冯自由在《革命逸史》中做了专门记载：“在清光绪末年，凡住上海稍久者，莫不知有‘野鸡大王’其人。‘大王’徐姓，号敬吾，广东香山县人，上海《苏报》案前后最摇旗呐喊之革命宣传家也。尝手撰《野鸡花榜》揭载小报，时人遂以‘野鸡大王’称之。‘大王’专以出售革命书报为业，是时各种革命书报虽受社会欢迎，但各书局制于官力，咸有戒心，不敢直接出售，有志购读者，多无从问津。‘大王’恒挈其女公子宝妣出入于福州路青莲阁等茶馆，叫卖各著名犯禁之书报，如《革命军》《黄帝魂》《驳康有为政见书》《孙逸仙》《沈荩》《自由血》《女界钟》《俄罗斯大风潮》《猛回头》《警世钟》《扬州十日记》《孔孟心肝》《〈苏报〉案纪事》《三十三年落花梦》《廿世纪大舞台》等书，不下百数十种，行人趋之若鹜，至为畅销。又每于星期日假味莼园演说革命，听者如堵，海上耳目，为之震骇。其女公子亦议论风生，批评时政，淋漓痛快，大王之得力助手也。章太炎尝戏以《水浒传》人物作《上海志士梁山泊点将录》，号敬吾为‘鼓上蚤时迁’。”
据冯自由所说，在《苏报》案发生后，徐敬吾依旧到处演说，后为清吏密探盯上，“乃设法诱致南京，欲借以罗织党狱。有某吏谓其人名不雅驯，必非真正革党，遂责其立功自赎。纵之回沪，诸志士闻之，颇怀戒心。然敬吾自是韬光养晦，不复如前此之狂热，亦不屑为清吏所用，后竟不知所终”。