从名义上说，端方还是当时的署理四川总督，但实际上他一天也没有真正上任过。入川后，端方为平息民愤而以钦差大臣的名义发布告示：“蒲罗九人释放，王周四人参办；尔等哀命请求，天恩各如尔愿；良民各自回家，匪徒从速解散；非持枪刀抗拒，官军绝不剿办。”最初，端方的和平姿态颇具效果，但在前往成都的途中，形势因武昌起义爆发而迅即变化。在各省独立消息相继传来后，成都被“保路同志军”包围，而后方重庆也已被革命党占据，端方一行人进退失据，四顾茫然，最后彷徨于资州十余日，欲静观其变而不可得。
据某士兵回忆，端方为稳定军心而极力笼络部下，士兵生病了，端方派弟弟至军营问候；士兵不幸亡故了，端方修书哀悼；沿途官民送吃送喝来劳军时，端方做出先尝毒的姿态；更有甚者，个别士兵受不了长途跋涉之苦，端方竟然下令雇轿抬着。
但在“种族革命”的风潮下，悲剧还是发生了。端方被杀的原因及具体情形有多个版本，但大体上说实为军中“排满”所致。据各版本的归纳，端方被杀的当天，所带新军拒绝站岗，军中的高级军官在无力约束士兵的情况下，与旗兵、幕僚等纷纷逃亡，行馆中最后只剩下端方兄弟。11月28日下午，一小队士兵在革命党的率领下向端方寻杀。端方称：“我待你们不薄，何以如此？”革命党回答：“待我等不薄纯属私情，今日排满乃是公谊，不杀你便不是炎黄子孙。”端方自辩说：“我本是汉人，投旗才四代，现回归汉姓如何？”革命党说：“晚了！”于是端方兄弟被乱刀砍死，首级也被割了下来。最后，端方兄弟的头颅被浸在煤油桶里，一路传示后送到了武昌。
历史教授张海林在《端方与清末新政》一书中认为，除了排满风潮外，端方被杀还可能与士兵索饷未就相关。另外，军中的革命党与湖北籍士兵担心回去后无法洗脱入川镇压的干系，于是在“争做反正英雄”及“自明心迹”的心态下聚合起来，最终以小队突袭的方式杀死端方兄弟，而其将受害者首领送往武昌的做法，正是向新政府“邀功求官”及“亟求自明”的心理外露。
在当时的革命语境中，杀死两个满人高官自然是值得喝彩的“英勇之举”。但揭开革命暴力的华丽外衣，此等残杀事件背后的动机却很难经得起正当性与合理性的拷问。譬如《泰晤士报》记者莫理逊即在写给报社的报告中称：“被叛兵杀害的端方和他兄弟的首级装在煤油桶中已送到宜昌示众，革命党负责的领袖们并不同情这种残酷的暴行。端方在中国享有广泛的威信。他是满人，但属于满人中的佼佼者，野蛮杀害端方，引起人们普遍的谴责。”
当然，辛亥革命中被杀的高官远不止端方一人。据统计，革命中被杀或自杀的督抚共4人，其中包括：闽浙总督松寿（满族，自杀）、四川总督赵尔丰（汉军，被杀）、江西巡抚冯汝骙（汉族，自杀）、山西巡抚陆钟琦（汉族，被杀）；被杀或自杀的将军4人，即西安将军文瑞、伊犁将军志锐、广州将军凤山、福州将军朴寿；其他被杀或自杀的高级武将共计11人，其中包括黄忠浩（汉族，提督）、良弼（满族，都统）、载穆（满族，都统）、谢宝胜（汉族，总兵）、王有宏（汉族，总兵）、何师程（汉族，总兵）、张嘉钰（汉族，总兵）、谭振德（汉族，协都统）、恒龄（满族，副都统）、锺麟同（汉族，统制）、刘锡祺（汉族，协都统）；除此之外，还有一名提法使（张毅，汉族）自杀，一名布政使（祖世增，汉军）被杀；另外，至少有31名实任知县或知州在这场风暴中被杀或自杀。
值得关注的是，由于满城与外界的隔绝，很多旗人妇女儿童在恐惧与绝望下主动选择了自杀，譬如南京、荆州等地，“城内旗营多有以火焚其室，举家而殉者”；在西安，“妇孺投井自尽者甚众”；在福州，“旗兵及妇女投河死者数百人”，甚至有一家十几口自尽的。满城中发生这样的事件并不是偶然，事实上，类似的事件在第一次鸦片战争的乍浦、太平天国时期的南京与杭州、庚子年的北京，都曾发生过多次。
值得一提的是，清廷在革命大潮中的克制尚有可圈可点之处。譬如西安屠城的消息传到北京后，在旗人社会中引起了很大的震动，城内一度风传满人要屠杀京中的汉人作为报复，然后退回盛京。在此情势下，清廷内阁、军咨府、陆军部于10月31日致电各省督抚及将军都统，称“现外间纷传荆州驻防有排汉之举，虽属毫无影响，然此事颇与大局有关，诚恐各省以讹传讹，多滋误会。应即责成各该督抚、将军、都统严查所属驻防旗营，不得误信谣传，妄思暴动。如有不服缔禁，即以军法从事，以此观之，政府绝无听凭满人排汉之意。”
不久，清廷又谕令主要由旗人组成的禁卫军：“朝廷对于此次乱事，绝无种族观念，无论满汉，一体同视。尔军士人等务宜仰体朝廷意旨，毋得激生事端，以致大局决裂，招外人干涉之祸，倘有诬造谣诼，是即违背朝廷，即按军法严惩。”据时任交通部承政厅长兼铁路总局长的叶恭绰回忆，当时“民政部尚书某，因有杀城内汉人之语，复招旗籍巡警二千人，将陆续以代巡警之汉籍者。人心益恐，几酿巨变”。此处的“尚书某”，指的是代民政部大臣桂春。为辟除京城旗人将大杀汉人的谣言，清廷还有意将其革职而重新启用原巡警部尚书赵秉钧，以安人心。应该说，清廷的这些举措对防止满汉关系的进一步恶化起到了一定的积极作用。
同样需要指出的是，摄政王载沣在消除“满汉畛域”问题上的优柔寡断、一再拖延，也是各地驻防旗人辛亥年遭到重创的原因。正因为旗人们被长期圈禁在满城之中，这不仅为革命党的宣传造就了口实，也在地理因素上造就了革命中旗人大量伤亡的结果。换句话说，如果载沣在执政的三年中按既定计划将旗人削籍为民，剪除长辫，并促使旗人迁出满城，自由迁徙，自由择业，在满汉民众间了解加深的基础上，这些悲剧原本是不应该发生的。
从某种程度上说，革命暴力对旗人所造成的震慑与恐怖，其实要比直接的屠杀要深重得多。如武昌起义后，南京出现针对宁、杭旗兵的宣传单，其中不无严厉地警告：“尔若梗顽不化，开炮乱击，但有伤吾汉人一房者，城破之后，必将尔等少壮老幼尽数全戮。尔等试举目以观，今日大势，全在汉人之手，区区两城，尚能抗拒大命乎？”
在江西，原在省城候补的满人官员纷纷扯下标有衔籍公馆的名条，改穿汉装，以避燃眉之祸。不仅如此，贡院附近的八旗会馆及百花洲八旗奉直公馆名牌也都纷纷卸下，内中物品搬运一空，以免遭不测。在杭州，甚至在光复以后，民军在制定安置旗人办法中规定旗人可领取一笔生活费用；但在恐慌情绪下，大多数旗人此时都已逃跑，就算知道的，也害怕由此暴露旗人身份而遭汉人报复，因此几乎没什么人敢去领这笔款子。