青苗法还要继续推行吗？在司马光提出“有治人无治法”的理论之后，神宗犹豫了，犹豫了一个多月。
时光走到熙宁三年（1070）正月二十一日，他下诏说，青苗法本为抑制兼并，救助贫民，未料官吏“追呼均配、抑勒，反成搔扰”[1]。此诏本为纠偏，但被许多人理解为要取消青苗法了。
从政见分歧到政治搏杀
司马光先后提出了“体要论”、“修补论”、“有治人无治法论”，企图筑起一座座理论“堤坝”，挡住变法的“洪水猛兽”。而保守派真正的大佬们躲在“堤坝”的后面，看着司马光冲在最前面摇旗呐喊。在神宗的上述诏书发布后，已外放两年的三朝宰相、河北安抚使韩琦，不安于当“观众”了。对司马光冲锋在前的表现，他很满意，但老谋深算的他明白：要彻底动摇神宗，驳倒王安石，最重要的是拿事实说话。去年九月，青苗法刚在河北试行时，他沉住气，耐心等待着问题暴露。四个月后，问题暴露出来了，他毅然打破沉默，于二月初一日上疏，指出了四大问题：
第一，“抑配”，即摊派。官府规定了五等户（宋朝农户有产者由富至贫分五等）借贷数额，且越富数额越大，甚至摊派到坊郭户（市民），已不是抑兼并、济贫民，而是一种敛财手段。
第二，把散青苗钱当作了考核官员的标准。对不愿贷青苗钱的，各县须结罪申报，如果常平司派人查出其中有愿意者，则处分县官。各县怕受处分，宁可强行摊派。
第三，为了保证利息能收回，官吏将富户贫户混编为保，由富户为甲头。一保之内，富户不愿贷，贫户贷了无力还，到时若有贫户无法偿还贷款时，难免甲头代赔，全保遭殃。
第四，利息不是规定的二分，而是三分。
结论：“陛下励精求治，若但躬行节俭以先天下，自然国用不乏，何必使兴利之臣，纷纷四出，以致远迩之疑哉！乞尽罢诸路提举官，依常平旧法施行。”
到底姜还是老的辣，韩琦讲的尽管是片面的事实，但已经打动了神宗。初二日，在召见宰执时，他从袖中取出韩琦的奏章，要他们都看一看，说：“琦真忠臣，虽在外，不忘王室。（青苗法）朕始谓可以利民，不意乃害民如此！且坊郭安得青苗，而亦强与之乎！”
王安石看了韩琦的奏章，怒形于色，接着神宗话说：“苟从其欲，虽坊郭何害？”韩琦把推行青苗法的提举官称为“兴利之臣”，他反驳说：“陛下修常平法以助民，至于收息，亦周公遗法也[2]。如桑弘羊笼天下货财以奉人主私用，乃可谓兴利之臣。今抑兼并，振贫弱，置官理财，非以佐私欲，安可谓兴利之臣乎？”
见神宗实际上表了态，曾公亮、陈升之两个宰相马上顺竿爬，指斥王安石非是。陈升之本为枢密副使，在与王安石同领条例司时，处处迎合王安石。神宗欲在二人中拔一人为宰相，王安石极力推荐他，希望两人能在政府中联手推动变法。谁知他一当宰相就反戈一击，提出撤销条例司。王安石没有看透陈升之，司马光也把陈升之看扁了。在提拨陈升之为宰相后，神宗曾经问他外面的反映如何，司马光回答说：“闽人狡险，楚人轻易。今二相皆闽人，二参政皆楚人（赵抃为浙江人，王安石为江西人，两省战国时属楚），必将援引乡党之士，充塞朝廷，风俗何以更得淳厚。”[3]且不说司马光对南方人的偏见，只说陈升之和赵抃都坚决反对变法，在神宗面前与王安石激辩。
对他们的辩论，神宗虽未置评，但态度从一开始就是明朗的。第二天王安石“病”了，不来上班，并且打了辞职报告，请求放外任。神宗不准，让司马光草拟批复。司马光本就窝着一肚子火，火气自然流于笔端：
今士夫沸腾，黎民骚动，乃欲委还事任，退取便安。卿之私谋，固为无憾，朕之所望，将与委谁？
神宗是要挽留王安石，但司马光起草的这个批复，似乎不是要留人而是在赶人。果然王安石立即上章自辩，去意更坚。神宗慌了，不得不写手诏给王安石道歉：“诏中二语，失于详阅，今览之甚愧。”又派吕惠卿去传达御旨：“不可去职。”一个坚决要辞，一个坚决不准，如此僵持了十八天，直到二十一日，王安石才出门上班。
促使他来上班的原因，不是神宗的道歉，也不是吕惠卿的劝说，而是一个消息。在他告病期间，神宗指示中书拟旨，废除青苗法。宰相曾公亮、陈升之要立即奉诏，而参知政事赵抃说，此法乃王安石所定，还是等他上班后自己废除为好。王安石听说后，“病”马上就好了，上班的第一件事就是让条例司逐条批驳韩琦的奏章。不说赵抃因此后悔不迭，只说这么一批驳，本已想废除青苗法的神宗又回心转意了。和历史上的封建皇帝一样，在臣僚意见相反时便求助于宦官，他派了两个宦官去河北考察。司马光《温公日记》第八条[4]记载：
赵阅道（赵抃）曰：介甫（王安石）每有中使宣召，及赐予所赠之物，常倍旧例，阴结内侍都知张若水、押班蓝元振，因能固上之宠。上使中使二人潜察府界青苗，还，皆言民便乐之，故上坚行，盛崇介甫，用之不疑。
听了两个宦官的报告，神宗于是召见王安石，说：“青苗法，朕诚为众论所惑。寒食假中，静思此事，一无所害。极不过少（稍）失陷钱物，亦何足恤？”王安石说：“但力行之，不叫小人故意坏法，必无失钱物之理。”因此，青苗法咸鱼翻身了，而王安石与司马光的分歧，也从政见之争演变成了政治搏杀了。
有我没新法，有新法没我
在青苗法起死回生的过程中，司马光被任命为枢密副使，这标志着他将进入执政大臣的行列。
他阻止青苗法推行的努力失败了，怎么反而升了官？宋朝皇帝遵循“异论相搅”的原则，让不同政治派别相互牵制。现在，神宗的想法是，王安石在政府（中书省），让他改革行政，发展经济，而让司马光在枢府（枢密院）掌握军队。这样即使有什么不测，他也能进退自如。王安石是副相，那就任命司马光为枢密副使。在他征求王安石的意见时，王安石毫不客气地说：“（司马）光外托劘上（敢于批评皇帝）之名，内怀附下（迎合保守派）之实，所言皆害政之事，所与尽害政之人，而欲置之左右，使预国政，是为异论者立赤帜也。”[5]其实，不论他当不当枢密副使，这面保守派大旗早已立起来了。
进入执政大臣行列，按司马光的说法，“何异于自地升天”。此时让他当枢密副使，固然可以表明神宗对保守派的大度与包容，但同时又可能传达出另一个信号：司马光向改革派妥协了。他生怕这一美职玷污了他的旗手地位，不惜以辞职来表明其绝不妥协的立场。
二月十二日，宦官陈承礼来到司马光府邸宣布敕令，传达神宗御旨：令即日领受敕告。司马光跪而不谢，拒接敕令。他让陈承礼转告皇上：“陛下诚能罢制置条例司，追还提举官，不行青苗、助役等法，虽不用臣，臣受赐多矣。”公开表示我不要官，只要废新法。
次日，他上呈《辞枢密副使劄子》[6]，神宗又派宦官黎永德来宣布敕令，令其入见，司马光仍不接敕令，拒绝入见。
十五日，司马光上《辞枢密副使第二劄子》[7]，十九日上第三劄子，说自己之所以不接受任命，不是如外界所传的“不慕荣贵”，或者是“饰诈邀名”，而是“正欲辞所不能而已”。臣“素有目疾，不能远视”，近又“颇多健忘”，日常供职“犹惧废阙”，何能担此大任？
这里所说的近视眼、健忘症都不过是虚晃一枪，倒是在他二十日所上的《乞罢条例司常平使疏》[8]中，道出了辞职的真正意图。在这个劄子中，他认为青苗法将使民间普遍贫穷，而国家的投入也将血本无归，“十年之外，贫者既尽，富者亦贫，常平又废，加之以师旅，因之以饥馑，民之羸者必委死沟壑，壮者必聚而为盗贼，此事之必至者也”。所以，“臣愿尽纳官爵，但得为天平之民，以终余年，其幸甚矣！苟言不足采，陛下虽引而窴（填）诸二府，徒使天下指臣为贪荣冒宠之人，未审陛下当何所用之？”他似乎完全是在为民请命，为国分忧，其实这个劄子中的一段十分要害的话屡屡被人故意“隐匿”了。这段话是：
夫民之所以有贫富者，由其材性愚智不同，富者智识差长，忧深思远，宁苦劳筋骨，恶衣菲食，终不肯取债于人，故其家常有赢余，而不致狼狈也。贫者呰窳（懒惰）偷生，不为远虑，一醉日富，无复赢余，急则取债于人，积不能偿，至于鬻妻卖子，冻馁填沟壑，而不知自悔也。是以富者常假贷贫民以自饶，而贫者常假贷富民以自存，虽苦乐不均，然犹彼此相资以保其生。
对这一奏章，宋史泰斗漆侠先生如此评论：
司马光的这篇鸿文，似乎炙手可热，使20世纪80年代以来那些吹捧司马光的学者们“望望然而去”，不敢正视，其所以如此，原因在于被这些学者们吹捧为为国为民的伟大人物的司马光，居然成为豪强兼并势力的辩护师。[9]