南京五军都督府，左、右都督，都督同知，都督佥事，不全设。其掌印、佥书，皆以勋爵及三等都督为之。分掌南京卫所，以达于南京兵部。凡管领大教场及江上操备等事，各府奉敕分掌之。城门之管钥，中府专掌之。初设城门郎，洪武十八年革，以门禁锁钥铜牌，命中军都督府掌之。）其属，经历、都事各一人。
南京卫指挥使司，（设官详京卫）凡四十有九。分隶五都督府者三十有二。
曰留守左卫，曰镇南卫，曰水军左卫，曰骁骑右卫，曰龙虎卫，曰龙虎左卫，曰英武卫，曰龙江右卫，曰沈阳左卫，曰沈阳右卫，隶左府。曰留守右卫，曰虎贲右卫，曰水军右卫，曰武德卫，曰广武卫，隶右府。曰留守中卫，曰神策卫，曰广洋卫，曰广天卫，曰和阳卫，及牧马千户所，隶中府。曰留守前卫，曰龙江左卫，曰龙骧卫，曰飞熊卫，曰天策卫，曰豹韬卫，曰豹韬左卫，隶前府。曰留守后卫，曰横海卫，曰鹰扬卫，曰兴武卫，曰江阴卫，隶后府。又亲军卫指挥使司十有七：曰金吾前卫，曰金吾后卫，曰金吾左卫，曰金吾右卫，曰羽林左卫，曰羽林右卫，曰羽林前卫，曰府军卫，曰府军左卫，曰府军右卫，曰府军后卫，曰虎贲左卫，曰锦衣卫，曰旗手卫，曰江淮卫，曰济州卫，曰孝陵卫。与左府所属十卫，右府所属五卫，前府所属七卫，后府所属五卫，并听中府节制。各卫领所一百一十有八。
王府护卫指挥使司，设官如京卫。
王府仪卫司。仪卫正一人，（正五品）仪卫副二人，（从五品）典仗六人。
（正六品）仪卫，掌侍卫仪仗。护卫，掌防御非常，护卫王邸。有征调，则听命于朝。明初，诸王府置护军府。洪武三年，置仪卫司，司设正、副各一人，秩比正、副千户；司仗六人，秩比百户。四年，改司仗为典仗。五年，置亲王护卫指挥使司，每王府设三护卫，卫设左、右、前、后、中五所，所千户二人，百户十人。又设围子手二所，每所千户一人。九年，罢护军府。建文中，改仪卫司为仪仗司，增置吏目一人。成祖初复旧制。
总兵官、副总兵、参将、游击将军、守备、把总，无品级，无定员。总镇一方者为镇守，独镇一路者为分守，各守一城一堡者为守备，与主将同守一城者为协守。又有提督、提调、巡视、备御、领班、备倭等名。
凡总兵、副总兵，率以公、侯、伯、都督充之。其总兵挂印称将军者，云南曰征南将军，大同曰征西前将军，湖广曰平蛮将军，两广曰征蛮将军，辽东曰征虏前将军，宣府曰镇朔将军，甘肃曰平羌将军，宁夏曰征西将军，交阯曰副将军，延绥曰镇西将军。（诸印，洪熙元年制颁。）其在蓟镇、贵州、湖广、四川及儹运淮安者，不得称将军挂印。宣德间，又设山西、陕西二总兵。嘉靖间，分设广东、广西、贵州、湖广二总兵为四，改设福建、保定副总兵为总兵，又添设浙江总兵。万历间，又增设于临洮、山海。天启间，增设登莱。至崇祯时，益纷不可纪，而位权亦非复当日。盖明初，虽参将、游击、把总，亦多有充以勋戚都督等官，至后则杳然矣。
镇守蓟州总兵官一人，旧设。隆庆二年，改为总理练兵事务兼镇守，驻三屯营。协守副总兵三人。（东路副总兵，隆庆二年添设，驻建昌营，管理燕河营、台头营、石门寨、山海关四路。中路副总兵，万历四年改设，驻三屯营，带管马兰峪、松棚峪、喜峰口、太平寨四路。西路副总兵，隆庆三年添设，驻石匣营，管理墙子岭、曹家寨、古北口、石塘岭四路。）分守参将十一人，（曰通州参将，曰山海关参将，曰石门寨参将，曰燕河营参将，曰石塘岭参将，曰台头营参将，曰太平寨参将，曰马兰峪参将，曰墙子岭参将，曰古北口参将，曰喜峰口参将。）
游击将军六人，统领南兵游击将军三人，领班游击将军七人，坐营官八人，守备八人，把总一人，提调官二十六人。
镇守昌平总兵官一人，旧设副总兵，又有提督武臣。嘉靖三十八年，裁副总兵，以提督改为镇守总兵，驻昌平城，听总督节制。分守参将三人，（曰居庸关参将，曰黄花镇参将，曰横岭口参将。）游击将军二人，坐营官三人，守备十人，提调官一人。
镇守辽东总兵官一人，旧设，驻广宁。隆庆元年，令冬月移驻河东辽阳适中之地，调度防御，应援海州、沈阳。协守副总兵一人，（辽阳副总兵旧为分守，嘉靖四十五年改为协守，驻辽阳城，节制开原、海州、险山、沈阳等处。）分守参将五人。（曰开原参将，曰锦义右参将，曰海盖右参将，曰宁远参将，曰宽奠堡参将。）游击将军八人，守备五人，坐营中军官一人，备御十九人。
镇守保定总兵官一人。弘治十八年，初设保定副总兵，后改为参将。正德九年，复为分守副总兵。嘉靖二十年，改为镇守。三十年，改设镇守总兵官。万历元年，令春秋两防移驻浮图峪，遇有警，移驻紫荆关，以备入援。分守参将四人，（曰紫荆关参将，曰龙固二关参将，曰马水口参将，曰倒马关参将。）游击将军六人，坐营中军官一人，守备七人，把总七人，忠顺官二人。
镇守宣府总兵官一人，旧设，驻宣府镇城。协守副总兵一人，（副总兵旧亦驻镇城，嘉靖二十八年移驻永宁城。）分守参将七人，（曰北路独石马营参将，曰东路怀来永宁参将，曰上西路万全右卫参将，曰南路顺圣蔚广参将，曰中路葛峪堡参将，曰下西路柴沟堡参将，曰南山参将。）游击将军三人，坐营中军官二人，守备三十一人，领班备御二人。（万历八年革。）
镇守大同总兵官一人，旧设，驻大同镇城。协守副总兵一人，（旧为左副总兵，万历五年去左字，驻左卫城。）分守参将九人，（曰东路参将，曰北东路参将，曰中路参将，曰西路参将，曰北西路参将，曰井坪城参将，曰新坪堡参将，曰总督标下左掖参将，曰威远城参将，万历八年革。）游击将军二人，入卫游击四人，坐营中军官二人，守备三十九人。
镇守山西总兵官一人，旧为副总兵，嘉靖二十年改设，驻宁武关。防秋移驻阳方口，防冬移驻偏关。协守副总兵一人，（嘉靖四十四年添设，初驻偏关，后移驻老营堡。）分守参将六人，（曰东路代州左参将，曰西路偏头关右参将，曰太原左参将，曰中路利民堡右参将，曰河曲县参将，曰北楼口参将。）游击将军一人，坐营中军官一人，守备十三人，操守二人。
镇守延绥总兵官一人，旧设，驻镇城。协守副总兵一人，（定边右副总兵，嘉靖四十一年添设，分守安定、镇静等处，提调大墙及墙口等处。）分守参将六人，（曰孤山参将，曰东路右参将，曰西路左参将，曰中路参将，曰清平参将，曰榆林保宁参将。）游击将军二人，入卫游击四人，守备十一人，坐营中军官一人。
镇守宁夏总兵官一人，旧设，驻镇城。协守副总兵一人，（亦旧设，同驻镇城。）分守参将四人，（曰东路右参将，曰西路左参将，曰灵州左参将，曰北路平虏城参将。）游击将军三人，入卫游击一人，（万历八年革）守备三人，备御领班二人，（万历九年革，坐营中军官二人，管理镇城都司一人，领班都司二人）（万历九年革）管理水利屯田都司一人。
镇守甘肃总兵官一人，旧设，驻镇城。协守副总兵一人，（甘肃左副总兵，旧设，嘉靖四十四年，移驻高台防御，隆庆四年，回驻镇城。）分守副总兵一人，（凉州右副总兵，旧设。）分守参将四人，（曰庄浪左参将，曰肃州右参将，曰西宁参将，曰镇番参将）游击将军四人，坐营中军官一人，守备十一人，领班备御都司四人。
镇守陕西总兵官一人，旧驻会城，后移驻固原。分守副总兵一人，（洮泯副总兵，万历六年改设，驻洮州。）分守参将五人，（曰河州参将，曰兰州参将，曰靖虏参将，曰陕西参将，曰阶文西固参将。）游击将军四人，坐营中军官二人，守备八人。
镇守四川总兵官一人，隆庆五年添设，驻建武所。分守副总兵一人，（松潘副总兵，旧设）协守参将二人，（曰松潘东路左参将，曰松潘南路右参将。）游击将军二人，守备六人。
镇守云南总兵官一人，旧设，驻云南府。分守参将三人，（曰临元参将，曰永昌参将，曰顺蒙参将，守备二人。）巡抚中军坐营官一人。
镇守贵州总兵官一人，旧设，嘉靖三十二年，加提督麻阳等处地方职衔，驻铜仁府。分守参将二人，（曰提督清浪右参将，曰提督川贵迤西左参将。）守备七人，巡抚中军官一人。
镇守广西总兵官一人，旧为副总兵，嘉靖四十五年改设，驻桂林府。分守参将五人，（曰浔梧左参将，曰柳庆右参将，曰永宁参将，曰思恩参将，曰昭平参将。）守备三人，坐营官一人。
镇守湖广总兵官一人，旧设，嘉靖十年罢，十二年复设，万历八年又罢，十二年仍复设，驻省城。分守参将三人，（曰黎平参将，曰镇参将，曰郧阳参将。）守备十一人，把总一人。