被看成“温和的”、“有妥协性的”农民战争纲领《十二条款》，则更多地反映农民的切身利益。1525年3月，士瓦本地区六支农军队伍（总数达4万人）的领袖在梅明根城举行集会，通过了著名的《十二条款》。这是一份重要的反封建文献，其中农民要求废除农奴的人身依附关系（第3条），要求“公正的裁判”（第9条）；归还被领主侵占的公地（第4、5、10条）；减轻劳役、地租和其他徭役（第6、7、8条）；也要求取消各种什一税和不合理的捐费（第2、11条）以及选举本地区牧师的权利（第1条）。这些内容中的一部分涉及到取消数百年来对农民的不公正状况，一部分是要求取消16世纪初随着商品经济的发展而新加给农民的沉重负担，一部分包括由宗教改革的教义中产生的热切愿望，主要是符合新教教义的热切愿望。还有一条不成文的精神，那就是只反封建领主，不反皇帝。显然，《十二条款》和闵采尔门徒所奉行的《书简》不同，它在原则上并不反对现存制度，只是反对封建制度中特别巨大的祸害。这也就决定了恪守《十二条款》的农民义军会不断受封建领主之欺骗而最终被镇压的命运。但是从另一个角度来看，《十二条款》要求世俗的和教会的封建贵族作出让步，是不会得到封建贵族的同意的，后者除非处于生死关头才不得不作出欺骗和妥协的姿态。农民必须战斗。他们的实际行动往往会接近《书简》提出的要求。农民战争在客观上就推动了人民宗教改革和国家统一的进程。
1525年3月末爆发的法兰克尼亚农民起义是这方面的有力补充证明。以诺德林根、安斯巴赫、洛腾堡、武尔茨堡、班贝格和比尔德豪森为中心的六支农军，以及以雪茵塔尔为中心的光明军，相继奉《十二条款》为自己的纲领，并在这一纲领下联合战斗，酿成1525年德意志农民战争史上规模最大、斗争最激烈的历史场景。他们占领了几百个城堡和修道院，惩办土豪劣绅，处死罪大恶极的魏茵斯贝格伯爵黑芬斯坦因，给封建地方势力以沉重打击。一些地方贵族和骑士纷纷归附农军。
第三个重要的农民战争纲领是所谓《海尔布琅纲领》，或称帝国改革纲领。这个纲领出现在士瓦本农军主力被各个击破、法兰克尼亚农军相继被解除武装、萨克森图林根农军遭到围剿的1525年5月12日。在这个危难的时刻，法兰克尼亚、士瓦本和阿尔萨斯的农军代表集会于符腾姆贝格城市海尔布琅，讨论帝国改革方案和下一步行动计划。骑士贵族、前光明军领袖文德尔·希普勒（WendelHipler，1465—1526）提出十四条改革方案，即海尔布琅纲领。纲领要求建立一个强有力的中央政权，其基础是有低级贵族参加的市民和农民的巩固联盟。纲领规定农民可以付二十倍常年租额的钱来赎免对领主的封建依附；要求取消一切阻碍建立统一经济地区的限制，废除国内关税，统一货币和度量衡；答应把没收来的教会土地分给低级贵族作为共同行动的报酬。可见这个纲领更明显地反映了城市市民阶级的利益，像是一个民族性质的共同纲领，只是在“兵临城下”的情况下，只有很少的农民知道，根本没有实现的机会。
从上述的三个农民战争的纲领可见，德意志农民战争既是民族运动的继续，又是社会运动的革命。民族运动由于没有中央王权作中坚和皇帝的支持而没有结果，社会运动则没有得到城市的支持和市民阶级的领导而归于失败。这同样是一出历史的悲壮剧，但意义和教训却较之骑士起义远为深刻。这从农民战争的大过程中可以得见。
农民战争初起之时，形势甚为有利。南德的诸侯和封建主正忙于参加皇帝反对法兰西的战争，无暇顾及南德的农民起义。原先由诸侯、骑士、帝国城市组成的以斯图加特为中心的所谓“士瓦本联盟”变得松弛和内部矛盾重重。它所保有的由军事首领特鲁赫泽斯统帅的常备雇佣军，较之当时武装的农民，力量上处于劣势。而从农民方面来说，南德两大农民战争中心士瓦本和法兰克尼亚，不仅获得几乎所有农民阶层的拥护，而且也得到一些新教中小城市的支持。士瓦本六支农民起义军的中心，都在城市地区，他们是黑森林黑郜农民军、巴尔特林根农民军、梅明根肯普滕考夫伯伦的上阿尔郜农民军、贝马廷根为中心的湖军、乌尔察黑周边城区的下阿尔郜农民军以及莱普海姆农民军。而接着起事的法兰克尼亚六支农军，也是以比较著名的城市为中心的。许多城市依靠农民的支持，夺得了城市统治权，武尔茨堡，海尔布琅等城市都是如此。一系列的城市以供给金钱和武装为条件，确保中立地位。农民并没有系统地占领城市，多半满足于占领和破坏封建主的设防和堡垒。法兰克尼亚的农军，还由于一些骑士的参加而增强了军事战斗力，其中最著名的骑士是弗洛里安盖叶尔（Florian Geyer，？—1525）和哥茨·冯·贝利欣根（GtzvonBerlichingen，1480—1562）。
但是农民战争也暴露出许多致命的弱点。首先是轻信和各自为战；其次是农民队伍中成分的复杂和利益的分歧；第三是同盟军城市的动摇和倒戈。农民的敌对阵营士瓦本联盟在不利的形势下总是采取虚与委蛇的诺言策略，稳住农民的进攻，防止各股农军的一致出击，一旦形势有利，立马背信弃约，突袭农军，各个击破。特鲁赫泽斯的“谈判和约袭击”策略居然屡屡得手。1525年3月初，士瓦本联盟允诺把农民的要求提交仲裁法庭“公正”裁决，农军则同意停战。特鲁赫泽斯一边与巴尔特林根农军、上阿尔郜农军和湖军谈判，一边加紧集结和加强军事力量。农军严格遵守停战之约，而且在中旬拟订出《教会官厅和世俗官厅的所有农民和依附农民向上述官厅申诉的基本的和正当的主要条款》，即《十二条款》。仅仅十天之后，特鲁赫泽斯集结了万人兵力，朝乌尔姆方向进发，从背后袭击并消灭了莱普海姆农军，农民领袖都被处决。士瓦本农军决定团结战斗，特鲁赫泽斯的进军遭到联合起来的农军的激烈抵抗，处境不利，于是再度抛出诺言，劝说农军领袖同意停战。他又成功了。1525年4月17日士瓦本联盟同士瓦本起义农民达成梵茵加尔腾和约。特鲁赫泽斯则乘机突出重围，把部队调去反对法兰克尼亚和符腾姆贝格的起义农民。
在法兰克尼亚，各股农军正开始联合行动。农军中战斗力最强的是由小店主出身的格奥尔格·梅茨勒（Georg Metzler）和骑士文德尔·希普勒领导的光明军，特别当骑士弗洛里安盖叶尔领导的黑军（一支由雇佣兵组成的精锐部队）加盟后，声威大震。许多贵族和城市慑于声势也都加入农民军。但是不久光明军的军事指挥被骑士哥茨·冯·贝利欣根所掌握，这是一个军事上强而有力政治上却朝秦暮楚的人物，今天可以帮助诸侯反对农民，明天又帮助农民反对贵族，也许他是想利用农民起义之力达到骑士的“理想”目标。光明军开始分裂。忠于农民起义的弗洛里安盖叶尔和雅克莱因·罗尔巴赫（JckleinRohrbach）各带自己的队伍脱离光明军。尽管农军日益各自为战，但在1525年4月下旬还是占领了斯图加特城，符腾姆贝格的起义农民组织了光明基督教农民军，在波伯林根附近阻击特鲁赫泽斯的军队。特鲁赫泽斯重施故技，5月初与农民达成停战协议，接着出其不意加以袭击，给以歼灭性的打击。农军这一次的失败还因城市市民阶级的反水并支援特鲁赫泽斯而加速。罗尔巴赫被俘并被残酷处死。光明基督教农军和整个符腾姆贝格的起义也都被瓦解。现在特鲁赫泽斯与普法尔茨选侯的部队联合起来，向法兰克尼亚的起义农军进攻。
在此期间，文德尔·希普勒在海尔布琅主持召开法兰克尼亚农军代表大会，拟订了著名的《海尔布琅纲领》。但就在会议期间，城市的市民阶级就背着农军与特鲁赫泽斯谈判城市的转让问题，特鲁赫泽斯很快占领了海尔布琅城。农军退向武尔茨堡，同当地的农军汇合，人数估计有2万到2.5万人，却没有形成反击特鲁赫泽斯的共同行动。农军大部分士气不振或开始逃跑。光明军的军事领袖贝利欣根见大势不妙，就离开了农军，还准备用武力帮助特鲁赫泽斯反对农民。
特鲁赫泽斯同法兰克尼亚农军的第一次遭遇战发生在6月2日的柯尼斯霍芬，农军惨遭败绩。几天后的第二次遭遇战，农军完全被击败。弗洛里安盖叶尔不久也被杀死。武尔茨堡市政当局为特鲁赫泽斯打开城门。最后一支法兰克尼亚农军被解除武装。特鲁赫泽斯与法兰克尼亚的贵族结成联盟，进而完全镇压了南德的农民起义。
农民战争的第三个中心地区是中德的萨克森图林根。这里是宗教改革的发源地。起义的中心城市是帝国城市缪尔豪森。1525年3月17日，在闵采尔领导下，城市平民和矿工便推翻了城市贵族政权，建立了“永久议会”，闵采尔以牧师身份出席议会。差不多与此同时，中德的图林根、哈尔茨、萨克森、福格特兰和黑森的农民都起来了，响应南德的总起义。闵采尔同中德和南德的农民起义迅速建立了密切联系。与南德农军不同，中德农军的战斗力不强，武器装备较差，很少有人懂得军事作战，就是闵采尔也不掌握军事知识和经验。另外在中德的城市里，平民也加入战斗，闵采尔特别注重农民和平民的紧密联盟，认定这是运动成功的基础。但实际上农民和平民的联盟并未能建立起来，而城市的有产阶层全都倒向敌方营垒。中德农民的敌人集结在黑森伯爵和萨克森公爵周围。4月，黑森伯爵拼凑了一支雇佣军，短时间内就战胜了黑森农军，然后转攻法兰肯豪森。闵采尔在这里集结了约8000人的军队应战。萨克森公爵的军队则从东方向闵采尔军营推进。开始，贵族们依然施展特鲁赫泽斯在南德一再取得成功的策略，用虚假诺言与农民缔结了停战协议。5月16日诸侯部队进行袭击，农军被击溃，3000多人遭杀害。闵采尔受伤被俘，诸侯们对他施行特别残酷的报复。经过长期的苦刑之后，坚贞不屈的闵采尔终于在缪尔豪森附近被斩首。5月25日，缪尔豪森城投降。
德意志农民战争的最后一个余波是1534年明斯特的再洗礼派起义。
明斯特城的城市贵族企图使城市归属于主教，城市的民主势力和穷苦居民对此进行反抗。后者的大部分属于再洗礼派，在巷战中推翻了城市贵族的统治，一个新的市政机构被选出来。面包师约翰·马笃斯和裁缝师约翰·梵·莱顿成为新市政机构的领导。他们提出的目标是通过建立公社来消除财产的不平均现象。一些激进的、平均主义的措施被执行：禁止高利贷和投机业；没收金子和银子以辅公共需要；平均分配储存粮食等。
明斯特公社对主教和邻近封建主雇佣军的抵抗长达16个月之久，到1535年7月才被战败，连最后一个人都被雇佣军杀死。明斯特公社证明，人们没有封建贵族也能生活。
四、诸侯宗教改革和反宗教改革
路德的宗教改革，正处在德意志社会内部萌生新的早期资本主义经济关系之时，因此路德教教义除了代表一种民族国家的要求外，还贯穿一种德意志特有的新教资本主义精神。由于民族运动和社会力量不足以克服封建主义，路德教教义的社会内涵也就发生变化，新教资本主义精神也遭到扭曲和阻遏。这就是为什么路德本人竭力反对农民战争的暴力行为以及城市市民阶级不支持农民起义的深层原因。路德的宗教改革被德意志诸侯所利用，成为他们劫掠和坐收渔人之利的工具。在许多诸侯邦内，仿效萨克森选侯的榜样，组织起本邦新教教会，诸侯则成为本邦教会的首脑，集本邦的国家权力和教会权力于一身，巩固了自己的权力和独立性。教士们在新教邦内成为诸侯的官员和诸侯统治的重要支柱。不仅如此，新教邦诸侯还在教产还俗的浪潮中发了大财，加强了财政实力。
这种诸侯宗教改革的传播，不仅扩大了正统天主教派同宗教改革运动之间的裂痕，也遭到德皇查理五世的反对。查理五世看出，德意志各邦诸侯权力的加强，是对皇帝中央集权计划的巨大威胁。不过当时的政治形势让皇帝抽不出手来，他为了获得意大利的支配权而卷入同法国国王弗朗索瓦一世长达20年的系列战争中。在天主教集团首领皇帝不在的情况下，1522年帝国议会在纽伦堡开会。在萨克森选侯弗里德里希影响下的新教福音派（Evangelium，即路德派）集团不仅公然蔑视教皇及其使臣，而且迫使帝国议会宣布上年的沃尔姆斯敕令不予施行。1525年普鲁士宗教骑士团国家宣布世俗化，把路德教作为领地宗教。1526年黑森伯爵腓力浦与萨克森选侯约翰，加上吕纳堡、普鲁士、马格德堡诸诸侯，形成同情路德教的第一个诸侯组织托尔高联盟，在同年的斯派耶尔帝国议会上否定了奥地利大公提出的施行沃尔姆斯敕令以及禁止宗教改革的意见，通过一些有利于路德派教义的法令：把有关信仰的决定交由各邦自行处理。在天主教阵营中，巴伐利亚公爵和几位来自南德的主教，则与查理五世的弟弟，奥地利亲王斐迪南联合起来。