在1529年召开的斯派耶尔帝国议会上形势陡变。皇帝在同法朗索瓦一世的战争中打了几次胜仗，加强了斐迪南和天主教集团在帝国议会的地位。查理五世的代表宣布，废止1526年斯派耶尔帝国议会的决议，重申沃尔姆斯敕令。会议通过决议：严格执行沃尔姆斯敕令，不得实行宗教改革，不宽容新教各派和再洗礼派，不得剥夺天主教会的财产和权力。路德派群起抗议。帝国议会中的路德派同情者宣布他们不受会议决议的约束。在抗议书上签名的有萨克森选侯、勃兰登堡选侯、黑森伯爵以及斯特拉斯堡、纽伦堡等14个城市的代表。从此以后，路德教的追随者开始被称为抗议宗新教徒（Protestant）。在翌年皇帝亲临的奥格斯堡帝国议会上，抗议宗新教徒用书面形式提出他们的主张和要求，这份冠名《奥格斯堡告白》系由路德的密友和亲信、人文主义者梅兰希通（Philipp Melanchthon，1497—1560）拟就并经路德审定的。《告白》主要强调教会、合法国家和社会制度都应符合上帝的意志，应予尊重和服从；主张基督教各派要宽容、温和与平心静气地协商。路德以往生气勃勃的宗教改革演变成一种官方性的宗教改革。即使如此，《告白》还是受到天主教营垒的攻击。新教徒的努力完全徒劳，帝国议会在路德派缺席的情况下投票表决，废除一切改革。不过皇帝查理五世当时尚明白，他并不能压服路德派，这时又适逢土耳其人围攻维也纳，需要新旧教力量团结对外，乃决定暂时妥协，暂时不实施奥格斯堡决议。但是路德派仍有遭审判和镇压的危险。
新教诸侯和城市面对这一挑战立即团结起来。他们的代表集会于萨克森西南山城施马尔卡尔登，并于1531年2月结成了施马尔卡尔登同盟。到此时为止，路德新教已传遍全德。加入新教的邦和城市，除萨克森和黑森外，重要的还有安斯巴赫拜罗伊特，安哈尔特，曼斯菲尔德，不伦瑞克吕纳堡，石勒苏益格荷尔斯坦因，东弗里斯兰，勃兰登堡，梅克伦堡，普鲁士，西里西亚部分地区，以及马格德堡、纽伦堡、乌尔姆、罗伊特林根、康斯坦茨、斯特拉斯堡、汉堡、卢卑克、罗斯托克诸城市。从地理上看，美茵河以北广大北德土地和东德的广大平原地区，大部分落入新教手中。而南德地区和奥地利，还是天主教诸侯的堡垒。
不仅如此，新教在欧洲也传播开来。瑞典、挪威和丹麦都已成了新教国家。较路德更激进的宗教改革家慈温格利（HyldrychZwingli，1484—1531）和喀尔文（JohannCalvin，1509—1564）的改革已经在瑞士确立起来。1541年喀尔文还在日内瓦建立起他的神权政治国家。喀尔文派在苏格兰扎下了根，在法国和匈牙利形成为重要的少数派，在荷兰成为占优势的新教集团。其他一些新教派别如波希米亚兄弟会等也纷纷出现。欧洲的新教运动已同北德的路德教运动联成一气。当皇帝查理五世在1546年最终战胜法国从而能专注于解决德意志的宗教冲突时，可说为时已晚，无法控制。不仅新教诸侯反对他，天主教诸侯也不支持他。教俗诸侯都已经看到，皇帝反对宗教改革运动，无非是一种重新确立皇帝对于德意志帝国乃至整个欧洲的至高权力的努力。中央集权的统一的德国是同诸侯分离主义利益绝对不相容的。在1538年组成有皇帝参加的天主教同盟，虽然同施马尔卡尔登同盟武装对峙，但两个集团在六、七年间却保持着和平。直到1546年由新教同盟首先发难的施马尔卡尔登战争中，皇帝的意图变得清晰了：他把这场反对德意志新教徒的局部战争，变成一次皇帝同诸侯间最后和决定性的较量，作为将德意志诸侯置于皇帝统治下的最后一次尝试。查理五世的军队取得了军事上的胜利，在米尔贝格战役中击败了萨克森选侯，占领整个萨克森，进而征服维滕贝格，并把萨克森选侯称号给予萨克森阿伯丁家族的莫里斯，一个与皇帝结盟的新教徒。皇帝的西班牙和意大利雇佣军还在南德征服新教城市和地区。但是他的中央集权的政治图谋却遭到失败。同盟者莫里斯选侯首先出来反对，他现在坚决要求保持诸侯的独立性。1551年新教诸侯与天主教诸侯在托尔高结成诸侯同盟，联合起来反对皇帝。他们甚至和教皇以及法国国王结成同盟，不惜把梅斯、图尔、凡尔登、康布雷等城市交给法国，以换取法国的财政支援。1552年春，诸侯联军在南德发起进攻，迫使皇帝逃亡。查理五世在这些力量的迫使下，不得不放弃在施马尔卡尔登战役中所得到的一切，不得不放弃他的中央集权计划，并于1556年退位。皇位传给他的弟弟斐迪南，统治着德意志帝国，包括奥地利及其领地捷克和部分匈牙利。他的儿子腓力浦则统治西班牙、尼德兰和海外领地。查理帝国分解，形成哈布斯堡王室的两个统治支系。
诸侯宗教改革和反宗教改革较量的结果，是新教诸侯和天主教诸侯在1555年签订了著名的奥格斯堡宗教和约。和约规定，出席帝国议会的各等级有权在信仰路德新教和信仰天主教之间任择其一；新教享有与天主教平等的权利；各邦诸侯和各自由市被授予举行礼拜的自由和邦内实行宗教改革的权利。根据“cuiusregioeiusreligio”（“在谁的邦信谁的教”或译“教随国定”）原则，各邦当局可以规定邦内居民信仰何种宗教。凡邦内信仰其他宗教者有权迁往其他宗教区域，当地官员也有强迫其他信教者改宗信本邦的宗教之权。这样一来，不仅各邦路德新教教会的形成被肯定下来，而且各邦的世俗权力和教会权力都归统诸侯一身的事实也被肯定下来。此外，和约还规定1552年以前已经完俗了的教会产业都保留在诸侯手中。
在路德宗教改革结束的时候，德意志诸侯赢得了完全的胜利。德意志居民分裂成天主教徒和新教徒。德意志帝国政治上的分崩离析实际上进一步加深了。
五、三十年战争：宗教改革时代的悲惨结局
发生在1618—1648年的三十年战争，是1555年奥格斯堡宗教和约以来欧洲宗教改革进程的结果。首先是天主教会，虽然丧失了对欧洲大部分地区的统治权，但并未完全丧失他们的势力，依旧是封建统治阶级的一个重要思想支柱。从16世纪下半叶起开始了反对新教的反宗教改革。此外，天主教会为巩固内部和加强集中而进行一系列的内部改革，消除了一些最坏的弊病，例如解除渎职和不守教规的教士职务，规定教士必须独身，取消赎罪券买卖等。1545—1563年间常常是每隔几年又接着举行的特兰托宗教会议，就是主要解决这些问题的。教皇对一切出版物的严格检查制度建立起来。教皇可随时开列“禁书目录”，禁止所有天主教徒去研究新教书籍或自然科学新著作。除了这种思想控制外，天主教会还建立了耶稣会作为反宗教改革的最重要工具。耶稣会的创立者是西班牙贵族伊格那基俄·德·罗耀拉（IgnaciodeLoyola，1491或1495—1556）。
他主张耶稣会的成员不应只在修道院修行，而应完成世俗的使命，为教皇和天主教会服务。在他所拟的该会章程中，除安贫和守贞的宣誓外，还强调对该会会长的绝对服从的宣誓，并规定一切事务按教皇意旨办理。1540年教皇批准该章程，确认了耶稣会的合法性，罗耀拉成为该会第一任会长。
耶稣会是一个有严格纪律的准军事性质机构。成员经过审慎选择，严格服从纪律。罗耀拉的训词这样写道：“下属必须服从上级，像一具可以随意移动的尸体，像一根可以任意转动的棍子，像一块可以任意捏扁或拉长的蜡团。”耶稣会的宗旨是维护天主教的权威，扩大天主教的影响，到处建立和巩固天主教会的统治。为达此目的，耶稣会士对一切天主教的反对者进行不择手段的报复（其口号是：“只问目的，不择手段”）。会士们常常以便装同世人自由交往。他们开办学校、医院，跻身于欧洲各大学，占据显要位子，打入各国宫廷，结交显贵，担任宫廷神甫和高级官吏。他们还利用自己雄厚的财力争取某些诸侯改皈天主教会。但是在德意志兰，耶稣会却无法改变部分新教部分天主教的信仰状况，无法改变新教诸侯邦和天主教诸侯邦并立的局面。隐藏在宗教外衣下的德意志各封建势力之间的政治纷争，无法得到解决，德意志兰终于成为三十年战争的主战场。
1555年奥格斯堡宗教和约不过是德意志诸侯之间、诸侯同皇帝之间的暂时妥协。新教诸侯并不遵守和约，继续争夺领土，没收教会财产，天主教诸侯则力图重整旗鼓，扩大势力范围，取消新教已取得的地位。16世纪后半期的历史特点，就是德意志诸侯之间以及诸侯同皇帝之间的不断冲突，目的都在扩大自己的势力范围。只是这些争权夺利的斗争都被罩上神赐的圣光。天主教诸侯把自己的行动说成是“反对异端”，新教诸侯则打出“争取新福音”的旗号与之对抗。诸侯反对皇帝（中央政权）的斗争也用“争取福音信仰自由”的口号伪装起来。新教中蕴藏的资本主义精神并没有为新教国家或新教邦开辟有利的前景，资本主义的进步性完全被封建的争夺所掩蔽，为封建的混战所扼杀。
德意志帝国这种政治反动和诸侯割据局面还由于16世纪下半叶开始的经济衰落而加固。欧洲人发现新航路和美洲大陆后，世界商路开始转移。以往东方国家到大西洋沿岸各国的贸易往来必须经过德意志兰，德意志兰在国际贸易中具有头等重要意义，现在却由沿大西洋岸绕道好望角的新航路所代替，从此，同北意大利进行贸易的南德城市也逐渐失去优势。本来是商旅不绝的阿尔卑斯山大道和旅舍，越来越罕见人迹。经济上较发达的英国商人以及刚刚摆脱西班牙统治而独立的荷兰资产阶级，在欧洲各地到处排挤德意志人的商业活动。特别在德意志农民战争失败后，农奴制在东德和北德开始恢复起来，不仅阻碍了城市资本主义生产的发展，而且摧毁了农村资本主义生产的萌芽，随之而来的是国内市场缩小，工业生产锐减，商业萧条，城市衰落，国内各地间的经济联系日益减少。地方割据势力却大大加强。与英法等国相比较，德意志兰是一个四分五裂的经济落后国家。著名诗人海涅（Heinrich Heine，1797—1856）在其讽刺诗中写道：
“法国人和俄国人占有了陆地，海洋是属于英国人的。
只有在梦想的空中王国里，
德意志人的威力才是无可争辩的。”
德意志兰这种落后、分裂和错综复杂的形势，还由于16世纪末17世纪初欧洲形势的不稳定而更显复杂。主要的变化就是奥地利哈布斯堡家族的加强和由此引起的欧洲矛盾的扩大。从15世纪30年代起，神圣罗马帝国的皇帝一直是从奥地利的哈布斯堡家族中选出的。哈布斯堡家族除了垄断皇位外，还统辖着波希米亚（捷克）、匈牙利西部、士瓦本和阿尔萨斯。哈布斯堡家族的另一支控制着西班牙。西班牙是当时欧洲最强大的天主教封建王国之一。17世纪初以来，奥地利和西班牙越来越采取共同行动，制定各种联合计划，打出了反宗教改革的旗帜。他们的目的是要建立一个包括德意志兰、意大利和尼德兰的大哈布斯堡国，实现哈布斯堡的欧洲霸权。
哈布斯堡的意图首先遭到法国的强烈反对。法国国王认为，欧洲霸权应该属于他。法国还担心，如果奥地利和西班牙的大哈布斯堡国计划得以实现，不仅会阻遏法国向南和向东的扩张势头，而且会形成对法国的包围之势。因此，法王坚决主张同哈布斯堡一战。他一再怂恿德意志新教诸侯同法国结盟，反对“共同的敌人”——皇帝。另外，英国政府也不愿哈布斯堡家族在北海沿岸增强势力。英国还力图削弱西班牙的势力，压制奥地利在尼德兰和下莱茵兰的扩展。北欧诸国对于德意志兰领土上的冲突和对欧事务的态度也是明确的。丹麦和北德在政治和经济上都有着密切的联系。丹麦自认是北海商路东西方贸易的唯一中介人，不能容忍哈布斯堡在北德建立统治。丹麦国王还占领着一些领土，如不来梅、维尔顿等主教区，因而也是神圣罗马帝国的一名诸侯，当然不愿看到皇帝势力的增强。瑞典力图在波罗的海继续扩展势力，把波罗的海变成“内海”，进而争夺北海的势力范围。瑞典同样反对哈布斯堡在北德建立统治。
这样一来，原先在德意志兰存在的两种急待解决的矛盾，即诸侯之间的对立和诸侯同皇帝之间的对立，现在由于哈布斯堡同法国之间的尖锐矛盾而出现第三种对立。德意志内部的社会矛盾同欧洲的紧张局势错综在一起。1607年，天主教的巴伐利亚公爵伙同耶稣会士和皇帝，无端用武力攻击信奉新教的小小帝国自由市多瑙弗特，并把它并入自己的领地。