这是一个信号。德意志诸侯立刻分裂成两个敌对阵营，开始集结军队。外国军队也开始行动起来。1608年，新教诸侯结成“新教联盟”。一年以后，天主教诸侯建立了“天主教联盟”进行对抗。“新教联盟”由普法尔茨选侯领导，属该联盟的有勃兰登堡选侯，黑森伯爵以及一些帝国自由市。它同英国、丹麦、荷兰有联系，且得到法国的特别支持；“天主教联盟”由巴伐利亚公爵领导，属该联盟的有马格德堡兼美茵茨大主教，科隆大主教和特利尔大主教三大宗教选侯。它得到皇帝、教皇和西班牙的支持。这两个联盟虽标榜宗教上的不同，但目的却是相同的，那就是要牺牲“信仰上的敌人”来加强诸侯的权力，削弱皇帝的势力以巩固自己。此外，两个联盟的内部也远非一致：巴伐利亚公爵同皇帝存在矛盾；新教诸侯中最强大的萨克森选侯却不参加“新教联盟”。
就在这敌对双方严阵以待的时刻，边远的捷克首府布拉格发生的所谓“掷出窗外事件”（Defenestration）成了三十年战争的导火线。
捷克原是神圣罗马帝国中的诸侯波希米亚王国，后来由于选举哈布斯堡家族的成员为国王，成了奥地利哈布斯堡家族的世袭领地。1609年皇帝卢道尔夫二世在捷克民族的要求压力下，签署了有名的“大诏书”，承认捷克人有信教自由；有权按自己的宗教仪式举行礼拜，建立新教会和创办学校；有权选出三十名“保护人”来保护这些权利和督促执行“大诏书”。1617年新皇帝马提“亚指定狂热的耶稣会追随者、斯提里亚大公斐迪南为捷克国王，公开破坏了“大诏书”。捷克议会中的新教等级代表自动开会，拒绝承认斐迪南，斐迪南则残酷镇压新教，终于激起捷克民族的愤慨。1618年5月23日，一群武装群众拥入宫殿，按照捷克古老的习惯，把两名国王最忠实的官吏，从七丈多高的窗口掷出去（正好落在御城河沟的垃圾堆上，一伤其足，一被摔昏，均未死）。这个事件震动了欧洲所有宫廷。奥地利决心征伐，捷克民族决定起义。
通常史书把三十年战争分为四个时期，但没有一致的时期冠名，各时期的内容重点也不尽相同。我在这里分别称为捷克起义时期（1618—1623），丹麦干涉时期（1624—1629），瑞典入侵时期（1630—1635）和法国参战时期（1635—1648），所述内容则侧重于同德意志国家和民族运动命运攸关的部分。
捷克起义时期。1618年的“掷出窗外事件”是捷克民族起义的信号，也是三十年战争的开端。捷克民族起义的目的是反对哈布斯堡的民族压迫，争取民族独立，因而得到全民的响应。人民选出三十名保护人（其中大部分是新教贵族）组成政府，由屠恩伯爵率领的起义军，很快突入奥地利，进逼首府维也纳。1619年皇帝去世，憎恶捷克人的斐迪南即位，为斐迪南二世（1619—1631在位），仍兼任捷克国王。捷克议会各等级通过决议，废黜斐迪南，选举“新教联盟”的领袖普法尔茨选侯弗里德里希为捷克国王。但是捷克起义军的军事行动却停止下来。捷克的贵族幻想通过同皇帝谈判获得成果，并把胜利的希望寄托在普法尔茨选侯和“新教联盟”的支援上。在这种情况下，皇帝乞援于“天主教联盟”，普法尔茨选侯（1619年11月即捷克国王位）则向“新教联盟”求助。从1619年开始，“天主教联盟”和“新教联盟”相继介入战争，只是“新教联盟”拒绝给普法尔茨选侯以实际的军事援助，而“天主教联盟”却派来2.5万精锐部队和相应金钱供皇帝调用。巴伐利亚公爵的交换条件是把普法尔茨的选侯资格转封给他。天主教联盟军在悌里将军统帅下侵入捷克，同时有一支西班牙人组成的2.4万精锐大军袭击普法尔茨选侯的领地。“新教联盟”及其背后的英法诸国，袖手旁观，让皇帝“天主教联盟”放手镇压捷克起义。
1620年11月8日，两军在布拉格附近的白山进行决战，捷克军队被占优势的敌军所击败。皇帝天主教联盟军队乘胜进攻布拉格，普法尔茨选侯则抛下王冠，一直逃到荷兰。西班牙军队也直驱普法尔茨，纵兵抢掠。捷克起义失败了。接着而来的是血腥的报复。斐迪南二世亲手撕毁“大诏书”，取消捷克人民的信教自由，宣布天主教为捷克国教，驱逐喀尔文教和路德教教徒。捷克成为哈布斯堡奥地利的一个行省，由奥地利官员管辖。战争进入第二时期。
丹麦干涉时期。捷克起义被镇压后，皇帝的权力大为加强。在一次帝国议会会议上，他压制了新教诸侯的反抗，把普法尔茨选侯爵位和部分领土赐给巴伐利亚公爵。他俨然以真正的帝国皇帝凌驾于所有诸侯之上。他把势力伸向西德和北德。皇帝的同盟西班牙则想重新统治荷兰。这种情况使西北部的新教徒非常惊恐。英法荷等国也行动起来，促动受皇帝威胁最大的新教国家丹麦出兵。1624年，一支受英国和荷兰金钱与武器支援的丹麦雇佣军（约6万人），在国王克里斯提安四世统帅下进入北德，一批新教诸侯和城市也参加了丹麦军队的行动。其实丹麦人的力量并不很强，但皇帝的军队居然没有抵挡住丹麦人的进攻。天主教联盟在开战的瞬间拒绝给皇帝以支援，他们畏惧皇权的进一步增长，而天主教法国当时当政的红衣主教黎塞留又想方设法制造皇帝“天主教联盟”内部的分裂。在这种困急无奈的情况下，皇帝接受了一个叫华伦斯坦的军人的建议：建立一支不受巴伐利亚掣肘的独立的军队。华伦斯坦对皇帝说，他已经募集了一支3万人的军队，不需皇帝出经费，只要皇帝给他一个名义，即可出战。皇帝于是委任他为军队司令。
阿尔布莱希特·冯·华伦斯坦（Albrechtvon Wallenstein，1583—1634）是一名德意志化了的捷克贵族，天主教徒，曾参与镇压捷克人起义。由于长期在皇帝军中服役，他把自己看成是一个纯粹的德意志人。他是一个军事家，具有优秀的统帅才能和组织才能。他野心勃勃，想乘战乱时机把自己造就成一个显赫的人物。当丹麦与皇帝开战时，他把从人民那里掠来的财物作为军饷，召募雇佣军，进行严格训练。此时他把这支军队用来为皇帝效劳。当他的军队同丹麦人打了几次前哨战之后，就显示出这是一支劲旅，丹麦人抵挡不住。为了维持这支庞大军队的给养，华伦斯坦纵容士兵抢掠占领地的粮食和财富，凡攻克一地，他的军队就像蝗虫过境一样。华伦斯坦的军事胜利惊动了“天主教联盟”，巴伐利亚选侯唯恐胜利果实被华伦斯坦独占，于是决定出兵。悌里再次率军与华伦斯坦一起，对丹麦新教联军作战。1626年，华伦斯坦在匈牙利境内击溃了新教联军，接着迅速攻克勃兰登堡、梅克伦堡、什勒苏益格，很快控制了整个萨克森。不久与丹麦军会战于北德的路特尔，丹麦国王大败，华伦斯坦乘胜攻入荷尔斯坦因，克里斯提安四世被迫求和。1629年3月，双方缔结卢卑克和约，丹麦国王同意不再干涉德意志事务，放弃不来梅、维尔顿以及一些主教区的宗主权，华伦斯坦军队则从丹麦撤退。皇帝趁机把势力伸延到波罗的海。
华伦斯坦得到了赏赐，封为弗里德兰公爵，并且成为皇家水、陆军统帅。就在这胜利后的最初时刻，天主教诸侯一致联合起来，反对华伦斯坦，实则是反对他图谋推行损害诸侯利益的政治计划。华伦斯坦不仅是一个军事家，更重要的是一个政治家，他所追求的目标，不是像诸侯那样的纷争不休、小邦割据的局面，而是想按西欧国家尤其是法国的榜样，把德意志兰变成一个统一的、中央集权的强国，皇帝凌驾于诸侯之上，具有至高无上的权力。华伦斯坦虽是一个天主教徒，而且受耶稣会士的教育，但他对宗教争执感到厌恶。他认为诸侯不除，国无宁日，因此极力主张削平诸侯，统一全国。此外，根据华伦斯坦计划，要建设一支强大的舰队，控制北海和波罗的海，使德国成为一个商业强国。可以说，华伦斯坦的计划是一个目标明确而又宏伟的计划。一个统一的德意志国家是符合当时德意志民族利益的，客观上也是符合人民的愿望，具有进步的意义。正因如此，华伦斯坦才招致诸侯的特别仇恨。皇帝每天收到一百多封弹劾华伦斯坦的奏章。诸侯们公然威胁皇帝，如不免去华伦斯坦的职务，解散其军队，就不选举他的儿子作皇帝的继承人。1630年皇帝免去华伦斯坦的职务，命令其军队解散。就在这个时候，瑞典军从北部侵入德意志兰，战争进入第三阶段。