瑞典入侵时期。瑞典是北欧的一个封建王国。16世纪末国王依靠自由农民的支持完成了宗教改革，消除了瑞典贵族对王权的限制，国势开始强盛，被喻为“北方新升的流星”。瑞典历来的统治者都把控制经北欧到俄国的航道以及在波罗的海建立自己的霸权视为生命线。17岁登上王位的古斯塔夫阿道尔夫二世（GustavⅡAdolf，1594—1632），立即投入争夺波罗的海霸权的斗争。为了“和那个华伦斯坦决一雌雄”，瑞典开始积极备战。瑞典有一支强大的军队，它不同于欧洲其他国家的雇佣军，是由征兵制征来的自由农民组成，经古斯塔夫阿道尔夫国王的严格训练和整顿之后，成为一支勇猛善战的军队。按照瑞典统治阶级历来的用兵原则：“只可在敌国领土上逐鹿打仗，不要在自己本土上兴兵作战”，古斯塔夫阿道尔夫决定对德意志兰进行袭击。1630年7月，一支由1.2万人组成的瑞典军从北德奥得河口登陆，迅速向德意志中部推进。勃兰登堡选侯和萨克森选侯很快就同瑞典国王一致行动。新教诸侯们由于天主教联盟部队肆无忌惮地执行皇帝1629年颁布的归还教产敕令而备受胁迫和侵害。根据这道敕令，凡在1552年以后还俗的教会产业均应归还原主，并予强制执行，例如马格德堡城就因此被悌里将军的部队几乎完全摧毁，居民大部分遭到杀害。归还教产敕令驱使新教诸侯纷纷归附瑞典国王。前普法尔茨选侯也回来投入瑞典怀抱。1631年初，法国正式与瑞典缔结盟约，答应每年付给古斯塔夫阿道尔夫40万塔勒（当时德国的一种银币）巨款的财政资助。同年9月17日，皇帝天主教联盟同瑞典国王新教联盟会战于莱比锡附近的布来登费尔德，瑞典国王采用新式战术，几乎全歼悌里的主力，天主教联盟部队遭到毁灭性打击。这一战役结束后，皇帝势力被赶出北德，南德的门户也向瑞典洞开。1632年春，瑞典国王进入南德，攻下纽伦堡，强渡莱希河（悌里受伤身死），5月进逼慕尼黑。古斯塔夫阿道尔夫夺取了南德和西德的大片地区，作为瑞典采邑封给德意志新教诸侯们。他的入侵实在同他的“挽救德意志信仰自由”没有多少关系。
皇帝不得不再次向华伦斯坦求援，任命他为统帅。1632年秋，华伦斯坦用高价募集了一支雇佣军，连同皇帝的军队共约4万人，以最快速度突入德意志中部，长驱直入萨克森。瑞典人不得不掉头转向，北上救援萨克森。11月16日，两军在吕岑城附近列队交锋，瑞典人喊着：“上帝和我们同在”，华伦斯坦军队喊着：“圣母玛丽亚”，互相拼命冲杀。鏖战到天黑，华伦斯坦新募的雇佣军还是敌不住自由农民组成的瑞典军的进攻，只好撤退。瑞典军队虽然取得胜利，他们的国王却在战斗中死去，士气被瓦解。新教诸侯乘机摆脱了瑞典人的控制，独立行动。1634年9月，瑞典军在诺德林根被华伦斯坦击败，急急往北撤退。北方的流星消逝了。
华伦斯坦兵权在握，踌躇满志，成了风云人物。当他再次要求皇帝执行他的中央集权化计划，并采取同瑞典和萨克森讲和的行动时，他不仅成为天主教诸侯的眼中钉，而且遭到自己部下一些将领和军官的背弃。皇帝也受到“功高盖主”的威胁。他们暗中勾结起来。华伦斯坦突然被宣布为“叛国者”。1634年2月，皇帝派军官刺杀了华伦斯坦。1635年皇帝同萨克森、勃兰登堡正式签订和约，答应在北德不执行归还教产敕令，北德的新教诸侯则承认皇帝的“统治”。
哈布斯堡家族取得越来越多的成就，促使法国亲自参战，战争进入第四个也是最后一个时期。
法国参战时期。三十年战争初期，黎塞留正忙于同国内的贵族以及新教徒的斗争，无力顾及反哈布斯堡家族的战争，就支持和怂恿别国参加。30年代以后，黎塞留在国内斗争中取得胜利，国内形势渐趋稳定，同时在德意志战场上双方都已疲惫不堪，法国就乘机出来收拾残局，争夺欧洲霸主地位。
在17世纪，真正阻碍法国取得西欧霸权的是哈布斯堡的西班牙。为了打击这个主要对手，法国一面和瑞典、荷兰、威尼斯、匈牙利等结成反哈布斯堡同盟，另一面又和德意志新教诸侯结成反皇帝“天主教联盟”的同盟。1635年5月，法国军队在德意志兰、尼德兰、意大利和西班牙同时开始反击哈布斯堡的军事行动。留在北德的瑞典军队，趁机再次侵入中德和南德，并且力图摆脱法国的控制。法国既要对付实力强劲的西班牙陆军，又要监视和牵制同盟者瑞典的行动，分不出重兵去对付皇帝，因此，在德意志兰进行的战争就变成旷日持久的拉锯战。
30年代后期同西班牙的战争没有取得决定性的结果。1643年法军同西班牙军会战于法国比利时交界处的罗克鲁瓦，法军大胜，西班牙精锐部队几乎丧失殆尽，失去任何反击的能力。法军调兵东向，溯莱茵河南下，赶来和瑞典军“会师”。德意志领土上的战事开始激烈起来。1644年法军在弗赖堡和1645年在诺德林根相继战胜了皇帝的军队。
德意志兰遭到欧洲各国军队的蹂躏，受害极深。在1635—1648年这段长达12年的时间里，德意志兰受到历史上空前未有的破坏和洗劫。交战双方相互竞杀德意志居民。大股的暴兵和小股的散兵游勇，对当地居民奸淫烧杀，疯狂掠夺。当时一位目击者说，连死尸身上的衣裤鞋袜都被剥得精光。农民们忍无可忍，纷纷逃入山林，有的聚集起来袭击任何一方的军队。
1646年，瑞典军队攻入巴伐利亚，法国军队也同时进入。两军合同进攻奥地利。“天主教联盟”在失去西班牙援助后已无力再战。疲惫不堪的皇帝和“天主教联盟”只得求和。同样疲惫不堪的瑞典和法国，面对英国反封建的资产阶级革命的巨大影响，也不得不同意停战议和。这才出现了1648年的威斯特伐利亚和约。
由于法国和瑞典之间的争议，和谈分别在德意志兰威斯特伐利亚的两个城市进行。参加明斯特谈判的有皇帝斐迪南三世（1637—1657在位）、西班牙、德意志天主教诸侯与法国；参加奥斯纳布律克谈判的有皇帝、德意志新教诸侯、城市代表和瑞典。因此就出现了缔约于明斯特的皇帝同法国之间的条约，和缔约于奥斯纳布律克的皇帝同瑞典、德意志新教诸侯之间的条约。两个条约均于1648年10月24日在明斯特正式签字。
和约保证战胜国获得大片土地。法国不仅获得上文提到过的梅斯、图尔、凡尔登各主教区，而且割去了上阿尔萨斯、下阿尔萨斯以及西南德的一些地区，阿尔萨斯和洛林自此就成为德法世代争执之地。瑞典得到整个西波美拉尼亚，包括鲁根岛在内，还获得东波美拉尼亚的一些地区和城市，包括海口城市斯台廷和奥得河口地区。瑞典还以帝国采邑的名义从皇帝那里得到威悉河口地区从而也成了神圣罗马帝国的诸侯。另外还获得500万杜卡登（当时德意志的一种金币）的巨额赔款。
条约正式承认荷兰独立；正式承认瑞士脱离神圣罗马帝国成为独立国。为了保证战胜国的利益，条约确定了大小国地位平等、信教自由的原则。
至于德意志帝国，中央政权（皇帝）不但没有加强，反而进一步削弱了。德意志各地方诸侯成了完全独立的势力。勃兰登堡选侯获得东波美拉尼亚的大部分地区和马格德堡地区，成为帝国内继奥地利后的最大邦国。巴伐利亚得到上普法尔茨（在中南德），成为第八个选侯。下普法尔茨（在西德）仍由原选侯弗里德里希的儿子继承，恢复选侯资格。萨克森选侯则获得劳西茨。在法国和瑞典的参与下，皇帝同诸侯拟定了一部帝国宪法。宪法规定，所有帝国的等级，包括选侯、各级诸侯、帝国城市，都保有完整的主权，也就是保有内政和外交上的全部主权；对外可以单独与别国订立同盟条约，对内具有无上的君主权力。宪法意味着帝国的瓦解，并用法律的形式确保帝国的无政府状态。法国和欧洲其他国家可以随时干涉德意志事务。
和约也对宗教问题作了规定。首先是教产还俗问题，规定1624年（捷克起义被镇压的一年）为“标准年”，凡是1624年1月1日就已掌握在诸侯手中的还俗教产，诸侯都可以保留下来。而在普法尔茨及其联盟地区，则以1619年（捷克起义的一年）为“标准年”。这就完全恢复到三十年战争开始时的状态。其次是宗教事务问题，除承认新旧教完全平等以外，仍然确定“在谁的邦，信谁的教”原则。异教徒除非迁居，否则仍会遭到迫害。
威斯特伐利亚和约一方面确定了欧洲大陆各国的国界，承认国际之间大小国平等、信教自由原则；结束了自中世纪以来由“一个教皇、一个皇帝”统治欧洲的局面，开始了欧洲近代国际关系；另一方面最终确立了德意志帝国内部的政治制度，确定了它的政治分裂局面，皇帝成了一个只是统辖奥地利及其世袭领地的大诸侯。第三方面标志着西班牙失去一等强国的地位，瑞典成为北欧强国，法国成为欧洲大陆的霸主。
三十年战争标志着一个时代的结束：德意志宗教改革时代的结束。1517年由路德发动的德意志民族国家统一运动的目标没有实现。德意志兰依旧是一个四分五裂、残破不堪的国家，依旧生活在古旧的封建生产关系中，它的发展大大落后于西欧其他国家。
作者评曰：
许多研究宗教改革的国人专家，都把路德宗教改革说成是世界历史上最早的一次资产阶级革命，根据大概就是恩格斯1892年在《社会主义从空想到科学的发展·英文版导言》中所写的那段论述。窃以为这样的定性并不贴切，起码是一种“革命的拔高”，不符合当时德意志社会运动发展的实际。决定一场大的社会运动的性质，应有三个前提：一是提到历史日程上所要解决的主要任务；二是运动的主要领导力量及其阶级属性；三是时代。就16世纪初的德意志王国神圣罗马帝国而言，提到历史日程上急需解决的主要任务，是建立统一的民族国家和加强中央皇权，而不是推翻以皇帝为代表的整个封建制度，还根本谈不上资产阶级反封建制度的革命斗争；就路德宗教改革到德意志农民战争的全过程来看，运动中既没有一个“资产阶级”的独立力量的出现，更没有一个资产阶级政治集团领导运动的前进，有的不过是一些城市和市民的被动的活动，他们倾向于宗教改革，但在宗教改革和反宗教改革阵营的搏斗中“风吹两面倒”，这是自然的事，说明他们只是运动中的被胁从者，而不是什么“领导”或是“叛徒”。当然我们也必须看到，德意志宗教改革正处于一个“新时代”的开端，这个“新时代”主要区别于“中世纪”，就在于一种新的或者叫做资本主义生产方式的萌芽和发展。宗教改革正是“新时代”开端的标志之一，本身就带有新时代的品格和科学的特性。因此，我以为，把德意志宗教改革和农民战争判定为“带有资产阶级性质的民族统一运动的发端”，是可以成立的，也许更符合实际。
把马丁·路德说成是运动的“叛徒”和诸侯的“奴仆”，而把托玛斯·闵采尔说成是“人民宗教改革领袖”和“民族英雄”，同样有失公允。这种评价的标准多半源于上述的对宗教改革运动的资产阶级革命的定性。其实路德和闵采尔都是16世纪初宗教改革运动的最卓越的代表，他们之间的区别就在于，路德是作为全民族的代表发起向天主教会进攻，要求一个统一的民族国家；闵采尔是作为下层人民的代表，发起对整个封建剥削制度的进攻，要求一个无阶级无剥削的尘世天国。路德是主张使用温和的和平手段来达到目的，闵采尔则主张使用暴力和发起战争的手段来达到目的。如果不是用一种“资产阶级革命”的评价线，而是以“资产阶级性质的民族统一运动的发端”这一评价线来评论，路德显然更能代表德意志民族的利益，而闵采尔的激进的、空想的主张和行动局限于代表城乡下层群众，或者说代表着运动的未来。当路德参与创立德意志民族语言这一伟大的工作后，他就成为德意志民族运动的最早代表，一位真正意义上的民族英雄。