天主教思想家还在克吕尼派运动前就已宣称，教皇的权力高于皇帝的权力，教皇是上帝的代理人，皇帝是从教皇手中获得皇冠的。教皇格雷戈利七世是这种主张的狂热代表，专注于教会的独立和权力的巩固，尽力利用教会改革来达到目的并削弱皇权。他认为作为上帝的代理人在尘世间有任免君王之权，行动中不受任何世俗法庭的约束。他在教会内部执行了严格的中央集权制；为教皇的选举制定了新的选举制度，按此教皇只能由枢机主教（俗称红衣主教）组成的教会会议（密室会议）推选出来。格雷戈利七世还下了禁止教士娶妻令，要求教士们以毕生精力为教会服务。禁止娶妻令的经济意义更为深远。由于教会领主都不娶妻，教会产业由领主后代继承和瓜分的危险就不复存在。巨大的教会地产财富长期留在教会当权者手中，教会保持着牢固的经济基础。格雷戈利七世还禁止出卖教会职位（禁止买卖圣职令），废止了当时已成常规的重利盘剥行为。引起最大纠纷的是格雷戈利废除世俗君王授职（所谓授职权或叙任权）的谕令。迄今为止主教或修道院院长的授职都由皇帝执行，现在教皇要把授职权归到自己手中。
贯彻教皇的这些改革，在意大利本土没有多少困难。但为了削弱皇权，教皇促动德意志教会摆脱皇帝权力的干预。在一段时间中，德意志兰的高级主教同皇帝关系紧密，是巩固中央皇权的主要支柱之一，因此教皇的行动没有引起德意志王国现状的改变。教会职务的买卖继续进行，废除世俗授职权的谕令没有被尊重。但当年轻的皇帝亨利四世在位期间（Heinrich Ⅳ，1056—1106年在位），强有力的中央皇权有些松弛，德意志封建主乘机扩大自己的独立和加强自己的势力。亨利四世欲制止他们的飞扬跋扈，一些封建主就公然造反。亨利四世好不容易把造反镇压下去。他不仅依靠德意志主教们的紧密联盟（德意志主教从自身利益着眼拒绝教皇干预德意志教会内部事务），而且第一次依靠了莱茵兰城市的力量（虽然这时候莱茵城市的力量还很微弱），具有特殊的意义。亨利四世在这些联盟者的支持下，又依靠着下级贵族（骑士），开始为恢复旧有的皇权而对教皇展开斗争。1075年底，格雷戈利七世警告亨利四世不要干预米兰大主教职位的确定和授职，否则将受到逐出教会的惩罚。这就爆发了一场形式为授职权之争的皇帝和教皇之间的公开冲突。
亨利四世把教皇的行动看作是公开的宣战。1076年初在皇帝的倡议和主持下，在沃尔姆斯召开德意志主教和部分高级世俗贵族参加的高级宗教会议（后演化成帝国议会），在大部分德意志主教团的同意下，宣布废黜教皇格雷戈利七世。决议的末尾这样写道：“你呀，我们所有的主教以及我们大家都宣判你有罪，滚下来！离开你不配占有的使徒座位！应该让另外一个不用神圣教规的外衣来掩盖暴行而以真正圣彼得的教谕教导人的人来登圣彼得的宝座。朕亨利，上帝恩宠的国王，以及我们主教们全体都对你说，滚下来，滚下来！”
教皇对这个决议的回答是宣布所谓破门律：开除、废黜和放逐亨利四世。按照破门律，如果被惩罚者不在一年以内获得教皇的宽赦，他的臣民都要对他解除效忠宣誓。教皇和教会手中的这一政治武器在以后的时期中大都不起作用，而在当时的政治格局下却作用明显。德意志的大封建主反对派立即作为罗马教廷的同盟者，反对德意志皇权。士瓦本公爵鲁道夫、巴伐利亚公爵韦尔夫和克恩滕公爵贝特霍尔德等在乌尔姆会集筹选一位新国王。许多贵族则要求亨利四世尊重大封建主的自由权，要他在一年内设法解除破门律的惩罚，否则就不承认他为君王。亨利四世陷于困难境地。他只得接受德意志封建主们的要求以图保持王位。1077年他带少数随从到意大利北部的卡诺莎（托斯卡纳伯爵夫人的城堡，教皇当时在此），赤足披毡，在风雪中等候三天，向教皇忏悔赎罪。
卡诺莎事件由此成为世俗权力对教会权力卑躬屈节的象征，意味着罗马教廷权力达到顶峰，但却也是亨利四世的一个政治成就，一个聪明的策略。忏悔赎罪之举使教皇不得不取消破门律，他要立一个听命的皇帝进而加强对世俗权力的影响的可能失去了；德意志大封建主们另立国王的借口也失却依据，反对派的结合垮了。亨利四世得到喘息之机来巩固自己的王权，并重新聚积力量以图恢复旧有的皇权。中断一个短时期后，皇帝和教皇的斗争又起。德意志大封建主反对派按照教皇的指示选出士瓦本的鲁道夫为国王，与亨利四世进行争夺。但这时的亨利得到了巴伐利亚的低级贵族、士瓦本的贵族，特别是莱茵城市的支持，终于占得上风。1080年鲁道夫在与亨利的战斗中死去，反对派瓦解。次年亨利第二次进军意大利，1084年攻陷罗马，另立教皇。格雷戈利七世南逃萨莱诺，次年去世。
但是这一胜利并不意味着对德意志封建主的分离活动的胜利，他们依然反对皇帝掌握强大的中央政权；这一胜利也不意味着对教皇的彻底胜利。罗马教廷的改革派很快恢复过来，选出新教皇，并与南德的大封建主反对派联合。皇帝的最可靠同盟者是城市，城市希望不受扰乱顺利贸易而需要一个统一的帝国和一个强有力的皇权。皇帝反对教皇以及与教皇联盟的大封建主的斗争继续了很长时间，直到亨利四世和格雷戈利七世都死了以后，斗争还是由他们的后继者们继续下去。由于得不到了结，皇帝和教皇在1122年进行和解，达成了所谓沃尔姆斯宗教和约，和约规定，在德意志兰，皇帝有权干预主教和修道院长的选举，国王对当选者先授予象征世俗权力的权标，然后由教廷授予象征宗教权力的指环和权杖；在意大利和勃艮第，皇帝无权干预主教和修道院长的选举，由教廷对当选者授予宗教权力，六个月后皇帝方可授予世俗权力。实质性的话就是，主教们由教皇授予教职，而领地和特权则仍由皇帝授予。
皇权和教权的纷争结果是什么呢？就教皇方面而言，并没有实现教权高于皇权的目标；同样，就皇帝方面而言，也没有恢复对教皇的控制。双方力量形成某种均势。就德意志王国内部而言，皇帝也没能恢复强有力的中央皇权以及抑制住大封建主们的分离活动。原先作为皇帝支柱的高级教会贵族，此后对皇帝的依附减少，他们也像世俗封建主一样不断扩展自己的独立性，同世俗封建主有越来越多的共同利益。教俗高级贵族都对加强中央皇权不感兴趣，而是尽一切力量来阻止中央皇权的加强。沃尔姆斯宗教和约结束了长达半个多世纪的关于授职权的斗争，这一斗争耗尽了德意志王国的国力，而德意志诸侯的势力和独立性却同步增大，皇权衰落。
德意志皇权再一次经历外观上光彩夺目的回光返照时期，一直要到霍亨斯陶芬王朝（1138—1254年）的弗里德里希一世在位时期（Friedrich Ⅰ，1152—1190年在国王位，1155—1190年在皇帝位）。这位绰号“巴巴洛莎”（Barbarossa，意为红胡子）的强悍君主，把对意大利的统治作为他建立并巩固中央政权的基本国策。为使这种掠夺政策在德意志兰得到后援，他便向德意志大封建主们作出种种让步，而对城市却采取反对和劫掠之政策。巴巴洛莎所增强的德意志皇权本身，就潜伏着皇权彻底衰落和国家分崩离析的危险。
为什么弗里德里希一世要把统治意大利作为基本国策？一方面，如果神圣罗马帝国不想徒具空名的话，那就必须占有意大利；另一方面，意大利经济发达，城市富有，占有意大利不仅能使国库充盈，而且有可能维持雇佣军队，不受极不可靠的德意志封建主们的“兵援”挟制；第三方面，就是打击教皇的权势。即位之初，他就力图恢复和加强皇权：他不断扩大在法兰克尼亚、符腾姆贝格和阿尔萨斯的世袭领地，给为他服军役的骑士以封土；他不遵守沃尔姆斯和约，仍然任命主教，截取教会收入；他为换取大封建主出兵支持侵略意大利，让最强大的萨克森公爵狮子亨利（HeinrichderLwe，约1129—1195年）放手侵占易北河以东的土地，并授予授职权；类似的权力也授予奥地利边区伯爵，并晋升为公爵；这些公爵逐渐取得了公国的世袭权和其他独立性特权。1154年，弗里德里希一世利用上意大利的混乱和诺曼人进逼罗马教廷之机，率渴望掠夺的骑士为主力的军队，开始入侵意大利。此后皇帝还曾五次远征意大利，持续近30年之久。他的红胡子也就被意大利人说成是用他们鲜血染成的。
弗里德里希一世入侵的目标首先是那些富裕而强大的城市，这些城市拥有自己的政府并独立行事。城市付给皇帝很高数额的金钱，以求皇帝不予骚扰。但是弗里德里希一世希图占有城市的全部财富及其来源。当他1155年在罗马加冕为“神圣”罗马帝国皇帝时，就重申皇帝享有对意大利的特权，并用残酷的暴力迫使意大利北部城市放弃自己的权利。他把关税、赋税的征收权，渔业、盐业和矿山的收益权，货币铸造权以及委派德意志人为城市总督权都划归己有。据不完全统计，他每年从意大利掠得的财富价值3万镑之多，远远超过在德意志兰的收入。
皇帝的掠夺和压迫激起意大利城市的反抗。以米兰为首的北意大利城市结成伦巴德城市同盟，教皇也参加进来。1176年皇帝终于被击败。伦巴德城市同盟的胜利之所以特别值得一提，乃是城市对骑士军队取得的第一次胜利。这一胜利还为意大利北部城市争取到组织自由公社的权利。城市对皇帝的依附已经微乎其微。1177年，弗里德里希一世不得不与教皇亚历山大三世缔结威尼斯和约，答应归还所占教产，不折不扣执行沃尔姆斯和约，并屈辱地吻了教皇的脚。此后皇帝还与伦巴德城市同盟签订康斯坦茨和约，皇帝仅保留形式上的最高授职权。弗里德里希一世在意大利的扩张以惨败告终。
皇帝在意大利的失败并非完全由于德意志最强大的封建主萨克森公爵狮子亨利拒绝听命之故。狮子亨利只是关心扩充自己的权势地位，他在这个时期夺取了斯拉夫人地区的梅克伦堡和波美拉尼亚，势力扩充到奥得河畔。其他大封建主也在不择手段地扩充权势，造成德意志王国内部尾大不掉之势。弗里德里希一世晚年虽也一度粉碎了萨克森公爵的权势，巩固了皇帝权力，但这个权力不是以兴盛起来的城市这一进步力量为基础，而是建立在封建阶级相互矛盾和对立之上，它只能是暂时的，而且虚有其表。弗里德里希一世在死前不久还通过儿子的婚姻关系取得了西西里，目的之一就是要从北、南两方包围教皇和意大利城市，起码可以对教皇和意大利城市加强自己的影响。然而机关算尽，还是没有达到他要建立一个欧洲君主国的目的。
德意志皇室权力江河日下，已无法再恢复了。它的意大利政策和德意志政策，造成两个始料不及的严重后果。一个后果是帝国的政治重心南移意大利，忽略了德意志民族国家的建设；另一个后果是德意志王国的政治重心东移，散失了建立民族国家的中心基地。1212年即王位的弗里德里希二世（Friedrich Ⅱ，1212—1250年在位），是红胡子巴巴洛莎的孙子，也就是那位联姻西西里的儿子的儿子，不仅是德意志国王、神圣罗马帝国皇帝，还兼任西西里国王。小弗里德里希自幼随母在西西里长大，一生大部时间住在意大利南部，连德语都不大会说。他把政治重心放在意大利，力图把西西里建成征服意大利北部城市和教皇国的基地。为了换取德意志大封建主的支持，他把关税权、开办市集权以及铸币权等都归入封建主的统治权益；禁止城市间结成同盟；禁止城市收留农民。正是在弗里德里希二世统治时期，德意志大封建主变成了各邦诸侯。诸侯的称号第一次见诸于1232年的文献，其上把各邦诸侯称为“邦君”。1237年小弗里德里希一度击败伦巴德同盟，教皇立即宣布开除他的“教籍”，还要召开大会罢黜他。小弗里德里希不甘示弱，进而包围罗马（1241年）。意大利城市维泰博首先起义（1243年），坚持四年之久。德意志的科伦、特利尔和美茵茨三位大主教在教皇唆使下另立新君（1246年）。意大利的帕尔马、拉文那等大城市爆发大起义（1248—1249）。弗里德里希二世顾此失彼，于1250年突然死去，帝国随之分裂。此后德意志皇帝完全成了德意志诸侯和教皇的“玩偶”。霍亨斯陶芬王朝最后一名代表康拉丁，于1268年在那不勒斯被处决。与此同时，德意志封建主向东部的拓殖运动进行得如火如荼，包括参加历次的十字军东侵。到13世纪中叶，德意志封建主占领了勃兰登堡、梅克伦堡、波美拉尼亚和普鲁士广大地区，教皇在此中也分得大量土地，仅在勃兰登堡就有1／3土地属于罗马教廷。这样一来，不仅改变了统治阶级内部的力量对比，而且使几个世纪以来起政治重心作用的德意志西部和西南部地区（可视作德意志兰的“中原”地区），让位给易北河萨勒河以东地区的边区马克伯爵和公爵。萨克森公爵、勃兰登堡马克伯爵和波希米亚国王，稍后都成为选侯，在选举德意志国王中起决定性作用。
在皇权与教权、中央皇权与地方封建主之间的斗争中，胜利者是教权和分离主义势力。德意志兰的发展也开始落后了。