话说车师王投奔乌孙，汉朝在立军宿为车师王的同时，也把车师国民尽数迁移到了渠犁，把车师故地留给了匈奴。车师王与汉朝屯田官相邻，从此与匈奴隔绝，对汉朝倒是很亲近。可惜车师故地这片肥美沃土，拱手让给了匈奴。不过这也是汉朝反复研究的结果，毕竟车师既远离汉朝又远离渠犁，想要守住这块地方，光军费就是个天文数字。昭宣之际，承武帝之敝，国力已不雄厚，罢车师屯田也是明智之举。
事情真是奇怪，说争，大家争得你死我活，说不争，都不争了。汉朝主动放弃车师，仅过四年，即宣帝神爵二年（公元前60年），负责管理西域的匈奴日逐王降汉，车师自然归了汉朝。至此，西域及南、北二道都在汉朝掌握之中，汉朝设置都护负责西域事务，车师的历史也进入汉朝统治下的壁垒时代。
三、且耕且戍：建壁筑垒定西域
公元前60年，匈奴日逐王降汉，车师彻底从汉匈争夺中解脱出来。汉朝政府设立了西域都护府管辖南北两道，北道又置戊己校尉屯戍以备匈奴，高昌壁大致就在此时产生。后来的戊己校尉府便设在高昌壁，当时在车师前国附近还分布有大大小小很多壁垒，这些壁垒多是因屯田而产生的。
由于西域远离中原，要控制这些地方多少有些鞭长莫及的感觉，汉朝廷于是就产生了在西域生产、屯戍的想法。这样不仅能有效的控制所屯戍的地方，又能用来作为进一步向西拓展，攻击匈奴的根据地。早在李广利远征大宛时就留有士卒在轮台屯田，魏武帝曹操曾评价过汉武帝的屯田是“以屯田定西域”，认为汉武帝能底定西域靠的就是屯田政策。为方便屯田，也就产生了诸多壁垒。
这些壁垒，类似于西方的“城堡”，因为这些屯田的人多是军人，这是一种兵农合一的制度。农则屯田，军则屯戍。这里没有常驻人口，只有军事组织。但这种壁垒为发育成郡制奠定了基础。
高昌就是在这种西域屯田的背景下产生的，那何以命名为高昌呢？
《北史》记载，当年汉武帝为取得大宛国的“汗血宝马”，贰师将军李广利率数万大军远征大宛。一路大漠连连，人困马乏，就希望能找到一个环境适宜的地方暂时安顿一下，也好把那些伤病士兵留在此地。当他们走到吐鲁番盆地时，发现那里土壤肥沃，植被繁盛，便下令稍住一下。临出发时，又把伤病号留在那里，让他们屯田耕种，修城建垒，史称因其“地势高敞，人庶昌盛，因名高昌”。
其实这是一种望文生义的解释，大家都知道，吐鲁番盆地是世界有名的洼地，怎么可能地势高敞呢？因此，不必信以为真。据史学家王素先生考证，“高昌”来源于敦煌的高昌里。因为在西汉，整个西域的屯戍士卒多是从凉州特别是敦煌派出来的，他们被按籍贯编排起来，然后分别派往高昌各地筑壁。在这里屯田戍卫的士兵中可能多是高昌里籍，为了表示对故乡的思念，他们把自己屯戍的地方称之为高昌壁。
高昌壁建立应在汉朝设置戊己校尉稍后，即公元前48年以后。早在三争车师时，匈奴人便先于汉朝在车师屯田，四争车师时，攻克交河城的汉朝始在车师屯田。汉军一开始只在车师前国屯田，即交河城附近。设置戊己校尉后，屯田发展到了交河城东高昌一带，高昌壁也就建立起来。
汉朝在西域除设置西域都护外，还在北道设置了戊己校尉，专门管理屯戍事宜。这两个部门似乎互不干涉，戊己校尉是军事部门，属于军事驻扎的性质；而西域都护则属行政管理系统，具有管理社会事务的性质。而史书记载的三位戊己校尉：徐普、刀护、郭钦，似乎都驻在高昌壁，可见当时的屯田中心已转移到了高昌，而不是西于高昌五十公里的车师前国交河城了。
自从建立屯田壁，交河城的地位日趋下降，高昌的作用不断得到提升，影响力也不断地扩大，从一个小小的屯田筑壁，发展成为戊己校尉治所，到东汉时更发展成为保护屯田壁的斥候垒。随着汉朝与匈奴的军事关系的变化，高昌逐渐发展为东汉的军事要地：“高昌垒”。
西汉后期，朝纲紊乱，汉朝无力顾及西域。元始中，戊己校尉徐普因开路问题想要与车师后王姑句商量，姑句心中不快，不肯前往。徐普见其不肯前来就派人把他抓了起来。姑句被抓后多次命人送牛羊与小吏以求得脱身，但都没能奏效。一怒之下，姑句单刀匹马突出高昌壁，投降了匈奴。
此时的戊己校尉在处理与当地国王关系的时候，多采取强硬的态度。主要是因为匈奴此时已经彻底衰落，汉朝完全有把握对付这些小国。但是长此以往，不合民心的做法总会引起普遍的不满。到新莽时期，西域邦国投降匈奴的现象愈演愈烈，甚至出现了袭击校尉的恶性事件。
汉朝末年，王莽篡汉，建立新莽政权。新莽建国二年，王莽派广新公甄丰为西域太伯，身无分文的车师后王须置离担心会被甄丰搜刮一番，此前五威将王骏刚从车师经过，王骏的要求尚且不能满足，此次看样子也是在劫难逃，于是打算亡入匈奴。
驻守高昌壁的戊己校尉刀护听说须置离欲投入匈奴，立即派人来拿须置离。审问案验，果然属实。于是把须置离锁上，送至西域都护但钦处。车师后国人民听说国王被逮捕，知其必不能还，都夹道哭而送之。果不其然，刚送到西域都护府，须置离便被杀害。愤怒的须置离的兄弟辅国侯狐兰支率领二千多人赶着牛羊，举国投降了匈奴。
俗话说“官逼民反，民不得不反”，须置离是无辜的，新莽王朝及戊己校尉此时不审视自己的治理政策而是一味地镇压，只能把事情搞得更糟，最后得了个众叛亲离的下场。
狐兰支投降匈奴，与匈奴共击车师。当时戊己校尉刀护生病，于是派遣陈良、终带屯田于桓目谷以备匈奴入寇。司马丞韩玄统领诸壁，右曲侯任商统领诸垒。这四位，并没有去商议着怎么对付匈奴，却是谋划着一场叛乱。他们认为，中央对西域各国的一些政策使得西域多有不满，都有背叛中央的意思，而且此时的匈奴将要大规模地入侵，与其坐着等死，还不如杀了戊己校尉，投降匈奴，也许可保性命。
于是这四个家伙带领数千骑兵赶到校尉府，胁迫各烽火亭点燃烽火，告警各壁垒：“匈奴十万大军就要入寇，所有吏士都要拿起武器，敢拖后的斩。”第二天早上，四人率领三四百人，在校尉府数里之外的地方等待。这边校尉刀护听说匈奴就要打来，烽火亭已告警各屯田壁垒驰援，于是一大早就打开城门，击鼓接纳吏士。陈良等人见城门已开，便率人进去。进入府内，立斩刀护及他的四个儿子，沾亲带故的男人都被杀死，只留一些妇女、小孩没杀。
杀了刀护之后，陈良便派人通报匈奴，匈奴南将军率领二千多骑兵来迎接陈良等，陈良带着校尉府男女二千多人投了匈奴。陈良、终带反水有功，封赏升官不必多言。
三年后，老单于死，新单于继位，想要与新莽和亲，王莽派人多送金银与单于，购买陈良、终带等人。单于于是把杀刀护的人统统绑了起来送给王莽。可怜这帮人，本是为了保命，反而害了自己，押解回长安的二十七人全被王莽活活烧死。
王莽力图改革却政策反复，搞得国内怨声载道，国外不忍相附。匈奴大举入边，西域诸国瓦解，纷纷背叛而投靠匈奴，西域都护但钦也在一片混乱中被杀，王莽无计可施。