高昌故地偏居一隅又沟通四方，在天下纷争不定的魏晋南北朝，多方势力均为据有高昌而苦心经营。高昌，一个历经沧桑变幻的都城，见证了昔日的繁华与纷扰。
一、胡汉交治：割据统治下的高昌郡
经过汉末的三国鼎立，中原已乱成了一锅粥，自保尚且不暇，更别谈通西域了。直到曹丕篡汉建魏，情况才有所变化。西域诸国纷纷遣使贡献，西域复通，魏国复设戊己校尉治理西域。西晋承魏制，仍置戊己校尉于高昌，但此时高昌附近环境已发生了变化，车师前部仍属西晋，车师后部已役属于北方新兴的民族政权——鲜卑。
其实不仅有鲜卑，匈奴、羯、氐、羌等北方少数民族也陆续向中国北方、西域进攻。当时西晋惠帝在位，先是外公杨骏当权，后又受制于皇后贾南风，继而哥哥弟弟们见皇帝不善政事都想取而代之，于是展开了争夺权利的“八王之乱”。这下可不得了，一乱就乱了十六年。永兴三年（公元306年），惠帝终于灾消难满，重回了洛阳。不过，洛阳还是那个洛阳，国家已不再是那个国家了。匈奴、鲜卑、羯、氐、羌等相继入主北方，史称“五胡乱华”。北方至此进入了由少数族建立的十六国时期。
中原大乱，无辜的百姓可遭了殃。不能坐以待毙呀，于是拖家带口、四处逃散。有的往南走，越过长江；有的则往西走，来到敦煌，进而进入高昌。高昌还算是富庶之地，宜牧宜耕，又是丝绸之路重镇，贸易发达，自汉时就有许多中原人往高昌迁移，他们带来自己的文化和技术，在这一片乐土上挥洒着聪明才智，也收获着喜悦与幸福。
吐鲁番一带曾出土一份西晋纸画：《墓主生活图》，像是一幅连环画，画面正中一个头戴高冠的地主正襟危坐，有侍女跪在旁边，下面描绘着地主家的厨房、出行马车、农具、厨娘等，画面虽简单，却洋溢着一股富贵荣华的气息。可见在当时高昌已经是一个经济发达、人口众多的地区。
中原大乱再次给高昌的发展带来了机遇，高昌迅速由一个屯田壁垒演变成可与中原相媲美的郡县。十六国时期，高昌正式建郡，先后在汉胡交治下，成为割据政权的属郡。高昌的历史翻开了新的一页。
1.前凉治下：乱世中的一片乐土
最初在高昌设郡且统治高昌郡的是由张轨建立的前凉。张轨是西晋遗臣，相传为汉常山王张耳的十七代孙。晋末“八王之乱”，张轨欲图自保，自荐出镇凉州。惠帝永宁元年，张轨被任命为护羌校尉、凉州刺史。此人虽割据一方，但心向晋室，常派兵保晋室、平内乱、奉年号、朝贡献，史称“诸征镇能知君臣之分者，张氏父子而已”。在他的教导下，儿子张寔、张茂也都以保卫晋室为己任。张茂临死前抓着下任凉州牧、侄子张骏的手，声泪俱下地说：“我们家人自来以孝顺与友爱著称于世，从汉代以来，世代忠良。现在华夏大乱，皇舆播迁，你一定得谨守当人臣的气节，不要有什么闪失。”
所以前凉二代三主都一心向晋，奉用晋朝年号，这个传统一直保持到前凉灭亡。由于当时割据林立导致信息不通，西晋建兴年号竟然被用到建兴四十九年，其实建兴年号只存在四年晋朝就灭亡了。张氏子孙，不负其先人也！
到了第三代主张骏，虽仍奉晋家年号，但已与匈奴人建立的后赵石勒交通。而且这个主，虽然继位后也有建树，但恶习不少，淫逸过度，好美人，穷奢极欲，生活作风不检点。许多老人都难免会有一代不如一代的感觉！不知是不满还是不看好这位主，他们开始了挑衅。
带头挑衅的是两晋时驻守高昌的戊己校尉赵贞。自张轨领凉州刺史时，戊己校尉就已属凉州刺史管辖了，所以高昌自永宁初（公元301年）便属凉州管辖，赵贞就是凉州刺史张氏的属官。张骏继位后，赵贞开始不附，图谋反叛。在群雄率舞的年代，谁不想沧海横流一把？
不过，赵贞小瞧了张骏，生活作风不好不代表不会打仗啊！不过首先去收拾赵贞的倒不是张骏，而是前凉治下的西域长史李柏。这小子自告奋勇擒杀叛将赵贞，不承想一战即溃，被赵贞打得大败。还好，张骏没有处死回来领罪的李柏，而是效仿了秦穆公放孟明的典故。典故说，孟明被两次战败于晋，秦穆公都没有丝毫苛责，而是继续留以重用，最终在第三次打败了晋军。这样看来，张骏是想让李柏多败两次，颇有十年磨一剑的精神。
晋咸和二年（公元327年），张骏仍派李柏为将主持讨伐逆贼赵贞。不过，这次李柏不负所望，一举平定了赵贞之乱并生擒赵贞。至此，高昌不再属于戊己校尉管理，张骏以新平叛高昌，在其地设置了高昌郡。高昌建郡之后，张骏相应加强其建设，在建兴三十三年（公元345年）分敦煌、晋昌、高昌、西域都护、戊己校尉、玉门大护军三郡三营为沙州，戊己校尉驻守柳中。高昌建郡之时，柳中立县，被称为田地县，田地县作为戊己校尉治所，是一个军事组织。而高昌此时纯粹是一个郡了，不再是一个军政合一的体制，这对高昌的进一步发展意义深远。
平定内乱后的张骏，开始交通中原的后赵政权。为表示对后赵称臣，同时向后赵显示一下前凉的实力，咸和五年（公元330年），张骏派使者拿着高昌的图籍，带领着由于阗、鄯善、大宛使者组成的使团向石勒致贺，并贡献特产。意思是说，高昌是我的，从表面意义上也是你后赵的，这些西域小国，有我在没有问题。
就这样，高昌在前凉五世九主七十六年的统治下，虽然中间有赵贞的反叛，但大体上保持了相对稳定的局面，再加上前凉诸主都非常重视高昌，因此高昌在此期间飞速发展。前凉末主张天锡即位之时，中国北方的形势发生了翻天覆地的变化，前赵、后赵相继灭亡，苻氏前秦正以并吞八荒，包举宇内之势席卷整个北方地区。
身处乱世，唯求自保。虽前秦主苻坚遣使前凉并册封张天锡，但其吞并之意早有，因此张天锡交通东晋以断交于前秦。打是打不过了，躲更是躲不掉，前秦三天两头进攻前凉，一边打一边还要恐吓利诱。最后苻坚以前凉虽称蕃，但臣道不纯为由遣使征张天锡入朝。张天锡深知此一去必是不能再回，于是杀了使者，发兵与前秦拼了。终究鸡蛋碰石头，前秦建元十二年、晋太元元年（公元376年），张天锡投降前秦，前凉灭亡。
随着前凉的灭亡，高昌也就进入了前秦统治时期。
2.前秦：本土太守的登台
一朝天子一朝臣，前秦在376年八月灭了前凉，九月便走马换将，以灭凉功臣梁熙为凉州刺史，领护西羌校尉，同时被任命的还有高昌太守杨幹。高昌本是凉州一郡，前秦苻坚亲自任命高昌太守，可见对高昌的重视。杨幹是高昌本地人，这里面既是高昌独立性增强的表现，又有统治者拉拢当地贵族的内涵。
建元十七年（公元381年），车师前部王弥窴、鄯善王休密朝献前秦，希望前秦派兵征西域。建元十九年（公元383年）正月，苻坚派吕光率领步兵七万、铁骑五千，从长安出征。同年十一月，著名的淝水之战爆发，一心想要攻灭东晋的苻坚被谢氏父子大败于淝水，统一南北之梦想随之破灭。树倒猢狲散，墙倒众人推，鲜卑慕容氏、羌人姚氏纷纷反叛前秦，自立门户，看似统一的前秦一朝，一夜间土崩瓦解。
在那个无君无臣的年代里，一夜之间君臣易位，一天之间朝廷换主的事情经常发生。只知道城头没有能放得住的大王旗，却不知道现在的皇帝姓甚名谁。人人只求自保，不论谁是谁非。这边前秦瓦解，羌人姚苌占据关中，建立后秦，那边凉州刺史梁熙、高昌太守杨幹便改旗易帜，侍奉起后秦。
吕光此时在西域耀足了兵威，平定了西域，但其东还之时，前秦国已四分五裂，虽有复国之心，却没有回天之力，难免暗自揾干英雄之泪。史称吕光“忠孝方正”，对前秦确实绝无二心。晋孝武帝太元十年、后秦白雀二年（公元385年），吕光自龟兹东还。高昌太守杨幹自度吕光手有重兵，其东还必有图于河西，于是向凉州刺史梁熙进言：“吕光刚平定西域，兵强势壮。听说中原混乱，必定有所图谋。河西地方万里，兵马十万，足以自保。如果吕光出流沙（西域），他的势力就能以阻挡，高梧谷口是个险要所在，应该先守住，断绝吕光的水源，那样沙漠地带无水自救，可以轻而易举地消灭吕光，如果认为高梧谷远，那就在伊吾关扼守。如果能守此二关之一，虽有汉代张良之计，也无法自救呀！”
可惜梁熙没有听从杨幹的意见。作为一个郡的刺史，梁熙只想在混乱中少受战乱的波及，现在凉州如无人骚扰，高昌自是无虞。而杨幹则看到了吕光的威胁，希望梁熙据凉州以自保。杨幹深知以一郡之力无论如何也抵挡不了吕光的虎狼之师，他必须另做打算。因此当吕光的大军开进高昌时，杨幹举全郡以降吕光。事实证明，杨幹还是明智的。吕光到玉门，敦煌太守以郡降；至宜禾，晋昌太守以郡降。唯有凉州刺史当断不断，大兵临境又想负隅顽抗，可怜凉州此时已无关可守，又怎么能挡得住吕光呀！几战失败后，凉州境内武威太守跳反，绑了梁熙向吕光投降。吕光也不手软，当即杀了梁熙，把胜利的旗帜插在了凉州的城墙之上。
孤悬西域的高昌郡，如何在各种势力的夹缝中生存下来确实需要智慧。杨幹是个有智慧的，左右逢源的现实主义者，最终使高昌在这么一个走马换将的时代里成了一片安定的乐土。
前秦是不幸的，几乎要统一全中国了却一战而溃；然而前秦又是幸运的，还有吕光这样的忠臣。吕光占领凉州后继续奉行前秦苻坚建元年号，苻丕即位又奉苻丕太安年号。苻丕战死后，由于吕光不愿奉非嫡子的苻登为主，于太安五年（公元389年）转而在武威自建后凉。因此，自建元十二年（公元376年）前秦拿下凉州到太安五年（公元389年）吕光建立后凉，前秦共统治高昌大约14年左右。
3.后凉的卓识：子弟镇守高昌
公元389年，氐人吕光建立了后凉，由于吕光在建立后凉之前就纳降了高昌，建国后高昌自然属于后凉。后凉统治时期不像前秦任命当地的贵族为太守，而是加强了对高昌的控制。麟嘉六年（公元394年），吕光召开全体大臣会议以讨论高昌统治之策。与会具有远见卓识的大臣们论到：高昌虽位居西域，但地居形胜，战略意义重大，且高昌与胡虏相接，容易时叛时离，任用当地贵族恐无法相制。因此，上策应该是派遣皇家子弟镇守。
戎马一生的吕光也是深谙兵事战略之道的主儿，于是便采纳了这种意见，任命其儿子吕覆为“使持节、镇西将军、都督玉门以西诸军事、西域大都护”，说白了就是玉门以西的所有军政大事以后全交给了吕覆，但是他必须驻守在高昌。由此可见高昌在后凉政权中的作用，以后历代时有派遣子弟镇守高昌之事，实是肇始于此。
好景不长，吕光的后凉内部先乱了套了。龙飞二年（公元397年），沮渠蒙逊反叛后凉，推段业为大都督、凉州牧，改元神玺，建都张掖，此为段氏北凉是也。不过，值得注意的是，此时的后凉并未灭亡，而且直到段业被沮渠蒙逊杀害，后凉仍然没有灭亡。段氏北凉只在河西存活了五年，统治高昌的时间则更短。因此远在张掖的段业要想达到高昌，首先得打通后凉控制的河西西段。
神玺二年（公元398年），段业遣沮渠蒙逊率军攻打西郡，生擒太守李纯。数战下来，晋昌太守、敦煌太守纷纷投降。至此，张掖与高昌建立了交通。面对新来的婆婆，高昌也知趣地采取了归顺的政策，之后高昌便开始了段氏北凉时期。
4.段氏北凉：一次短暂的停留
由于北凉存在的时间较短，历史上关于它的记载少之又少，那么我们再去理清段氏北凉时期的高昌，简直是不可想象的。当我们找到了相关的材料时，才意外的发现这个王朝已是末路。晋隆安四年十一月，公元400年，段氏北凉所属晋昌发生叛变，太守唐瑶推李嵩为凉公，遂建立西凉。西凉在伊吾，自然阻断了高昌与段氏北凉的联系。段氏北凉在高昌的统治也就宣告结束了。旧婆婆走了，自然要迎来新婆婆。高昌也在此时归了西凉李嵩。因此，满打满算，段氏北凉在高昌的统治也不过2—3年。
5.西凉：李嵩父子的惨淡经营
李嵩于公元400年建立了西凉，历二世，到其子李歆嘉兴四年与沮渠北凉交战，兵败被杀。李嵩弟李恂自立于敦煌，改元永建，但不幸的是也于次年被杀。西凉存在二十二年，统治高昌的时间也差不多二十年，但是由于从西凉的都城酒泉到高昌的道路此时期非常艰难，因此西凉能在多大程度上统治与开发高昌还是个问题。据出土的吐鲁番文书，西凉于建初十三年就因为李嵩卒李歆立而改元嘉兴，但是高昌地区仍采用建初年号到十五年。整整两年时间高昌才了解到西凉改元情况，可见当时从西凉到高昌道路的艰难。此时期各政权林立、各民族纷争，导致地区间交通不便也是正常之事呀。
不过，李嵩在任职于北凉之前就接管过高昌，段业时曾任命李嵩为领护西胡校尉，后又封李嵩为都督凉兴以西诸军事，这些官职的权力范围显然覆盖于高昌，李嵩也算一个老高昌了。因此在建立西凉伊始，为了稳住自己的大本营，李嵩以敦煌为中心，向东攻打凉兴，向西攻打高昌，迅速稳固了自己的统治。因此，高昌在此期间一定会得到特殊的待遇，也会在西凉统治时期得到较快的发展。