祖国医学治疗疾病的特色就是辨证施治。因此尽管临床上情况千变万化，但只要依据正确的治疗原则，制定合适的具体治疗方法，便能取得较满意的临床效果。在《内经》中，有关治疗原则的内容十分丰富，形成了具有完整的理论体系的治则学说。
三因制宜
《内经》在四时五脏阴阳总原则的指导下，强调治疗必须考虑到疾病的特点、病人的体质，时令气候及自然地理环境等因素。这就是因时、因地、因人的“三因制宜”治疗原则。
“因时”施治，就是根据时间的不同，包括年、季、月、日、时辰等，采取相应治疗疾病的措施。正如《素问·八正神明论》指出：“以日之寒温，月之虚盛，四时气之浮沉，参伍相合而调之。”显然，随着时间循序、温凉寒热气候环周，人体中的阴阳气血亦随之发生相应的变化。因此在治疗时必须认识和掌握这种变化。《素问·六元正纪大论》写道：“司气以热，用热无犯；司气以寒，用寒无犯；司气以凉，用凉无犯；司气以温，用温无犯。”说明四季寒热温凉的变化不同，对疾病的影响也各有殊。在治疗上，应该结合当时的季节气候条件，避免选择以寒犯寒、以热犯热的方法。
在针刺选穴和手法操作上，时令显得更为重要。《内经》在多篇中论述了这一专题。如《灵枢·本输》篇根据四季阴阳升降与五脏气血浮沉相互适应的特点，具体指出了在不同季节中，所适宜针刺的穴位及其部位。是：“春取络脉诸荥大经分肉之间，甚者深取之，间者浅取之；夏取诸腧孙络肌肉皮肤之上；秋取诸合，余如春法。冬取诸井诸腧之分，欲深而留之。”《灵枢·卫气行》篇还举疾病或在于阴，或在于阳为例，指出针刺的最佳时间应选择卫气运行到所在部位时进行。说道：“谨候气之所在而刺之，是谓逢时。病在于三阳，必候其气在于阳而刺之；病在于三阴，必候其气在阴分而刺之。”可见掌握恰当的时间对于治疗是十分有益的。
“因地”施治，也即在治疗时必须注重地理环境这一重要环节。因为久居不同地域的人们，由于水土气候条件、生活习惯的差异，其体质和疾病的发生也往往具有特殊性。《素问·阴阳应象大论》说道：“天不足西北……地不满东南。”指出西北方地势较高，阳热之气不足；东南方地势偏低，而阴寒之气则较少。鉴于西北与东南地区在地理位置上有差异，所以当地居民对气候的适应能力也不同。如西北地区的人们耐寒能力较强，东南地区的人则较能适应温热环境，故两地在治疗上也有较大区别，就如《素问·五常政大论》所说：“西北之气散而寒之，东南之气收而温之，所谓同病异治也。”
为了更具体地论述地理环境对人体生理、病理、诊断和治疗的影响，《内经》还特辟《素问·异法方宜论》进行专门讨论。
“因人”施治，就是指治疗时应考虑到病人的年龄、性别、形体素质、情志苦乐、生活条件等情况。《灵枢·论勇》篇谈到：“夫忍痛与不忍痛者，皮肤之薄厚、肌肉之坚脆缓急之分也，非勇怯之谓也。”强调对疼痛的耐受性，不能仅用性格的勇敢与怯弱来解释，而是主要取决于人的体质强弱。因此在治疗过程中，必须予以区别对待。《素问·五常政大论》中的“能毒者以厚药，不胜毒者以薄药”就说明了这种情况。
根据病人年龄、形体的不同，在治疗上也应有不同的措施。《灵枢·逆顺肥瘦》篇就对此进行了详细分析。说：“年质壮大，血气充盈，肤革坚固，因加以邪，刺此者，深而留之，此肥人也。广肩，腋、项、内薄，厚皮而黑色，唇临临然，其血黑以浊，其气涩以迟……刺此者，深而留之，多益其数也。”指出壮年体质强者，气血充盈，肤坚肉厚，感受外邪时应深刺留针。肩宽背阔，身材魁梧，皮厚色黑，唇厚而下垂者，则耐受力强，也可深刺留针，而且可以增加针刺次数。
“瘦人者，皮薄色少，肉廉廉然，薄唇轻言。其血清气滑，易脱于气，易损于血。刺此者，浅而疾之。”说明瘦人肌肉消瘦，气血不足，故宜浅刺，出针快速。
对于普通体质的人，则“视其白黑，各为调之。其端正敦厚者，其血气和调。刺此者，无失常数也。”即根据肤色及肌肉坚实的情况，决定针刺的深度及次数。在一般情况下，形体端正敦厚，气血调和者，可按常规针法。
对婴儿的针刺疗法，主张“以毫针，浅刺而疾发针，日再可也。”这是因为婴儿的气血不足，肌肤不坚，故针刺应选用较细的毫针，浅刺而快出。如不愈者，一天可以针二次，但不能深针和留针。
《内经》认为人的个体差异，还可体现在形体的劳苦或安逸、情志的苦乐等方面，在治疗时必须考虑到这些不同的致病因素，然后采取相应的治疗方法。如《素问·血气形志》篇在进行了具体分析后指出：“形乐志苦，病生于脉，治之以灸刺；形乐志乐，病生于肉，治之以针石；形苦志乐，病生于筋；治之以熨引；形苦志苦，病生于咽嗌，治之以百药；形数惊恐，经络不通，病生于不仁，治之以按摩醪药。”
标本缓急
标本关系，也即因果，主次、源流的关系，它所涉及的内容十分广泛。凡病因与症状，先病与后病，正气与邪气，主证与兼证，里病与表病等都可以用标本进行概括。因此掌握疾病的标本，便能抓住治疗的关键。《素问·至真要大论》、《素问·标本病传论》等篇内详细讨论了标本的法则。对标本在治疗中的作用和意义，《至真要大论》作了解释说“粗工嘻嘻，以为可知，言热未已，寒病复始。同气异形，速诊乱经，此之谓也。夫标本之道，要而博，小而大，可以言一而知百病之害。言标与本，易而勿损，察本与标，气可令调。”就是说临床上的病情表现有多种多样，医生如果把握不住疾病的本质，将会被表面现象所迷惑，从而采取错误治法导致误治。标本的道理，扼要而广博，从小可及大。它能指导医生通过对纷繁多变症状的观察，找出病因，弄清疾病的本质，然后选择有效的治疗方法对症下药。《标本病传论》也说：“知标本者，万举万当，不知标本，是谓妄行。”根据这一指导思想，《素问·阴阳应象大论》明确指出，在治疗中最重要的原则是“治病必求于本”。
遵照“治病必求于本”的原则，《内经》认为在一般情况下，应该首先治本，消除导致疾病产生的原因。如《素问·标本病传论》谈到：“先病而后逆者治其本；先逆而后病者治其本；先寒而后生病者治其本；先病而后生寒者治其本；先热而后生病者治其本……先病而后泄者治其本；先泄而后生他病者治其本。”《灵枢·终始》篇也说：“治病者，先刺其病所从生者也。”这里强调了无论是因病导致气血不和，或气血不和而致病；因寒热致病或因病而出现寒热；因病致泻或因泻致病等。只要治其所因之本原，待本病已愈，则标病自解。即所谓“疏其源而流自通”。
但是疾病在发展变化过程中，常会出现许多新的情况，影响对原有疾病治本法则的运用。因此《内经》在强调“治本”的同时，并不否定“治标”。认为在一定条件下，当标病上升为主要矛盾，或标病危及到生命时，就必须先治标。《素问·标本病传论》谈到：“先病而后生中满者，治其标”；“先热而后生中满者，治其标”；“小大不利治其标”。这里《内经》强调“中满”与“大小便不利”二证当先治之，是由于此二证对人的生命关系重大。因为“中满”多由脾胃之病造成，脾胃为后天之本，气血生化之源，饮食及药物都依赖于脾胃的正常功能而消化吸收。一旦脾胃有病，就要影响营养和药物作用的发挥，所以必须首先治疗脾胃的疾病。而二便不通，则更是直接危及到人的生命，故必先治之。急则治标的情况在临床上也较为常见。如以大出血病人为例，无论属于何种性质的出血，均应采取应急措施，先止血以治标。待血止后，病情缓和，再治本病。
《素问·标本病传论》认为标本治疗的先后，还可根据邪正盛衰病症的虚实来确定。指出：“病发而有余，本而标之，先治其本，后治其标；病发而不足，标而本之，先治其标，后治其本。”病发而有余就是指邪盛的实证。邪气为本，而其他病证为标，应先祛邪治其本。病发而不足则是正衰的虚证。正气衰弱为标，而先病之邪气为本，应先补虚治其标。此外，《内经》考虑到自然环境对人体疾病的影响，还注意从时令上来安排标本先后的治疗次序。《灵枢·师传》篇就载道：“春夏先治其标，后治其本；秋冬先治其本，后治其标。”
在有些疾病的治疗中，《内经》认为还可采取双管齐下的标本兼治法。在一些特殊场合，则可应用标本反治法。即病在本反治标，病在标反治本。《素问·标本病传论》指出：“有其在本而求之于标，有其在标而求之于本。”标本反治法是《内经》中的特殊治疗原则，常在病情危重时应用。若运用恰当，可奏奇效，使病情转危为安。
扶正祛邪
疾病过程，从邪正关系来说，就是正气和邪气互相斗争的过程。邪正斗争的胜负，决定着疾病的转归。邪胜于正则病情发展，正胜于邪则病情好转。因而治疗疾病就要扶助正气，祛除邪气，改变邪正双方的力量对比，使之有利于疾病向痊愈方向转化。所以扶正祛邪是《内经》中的又一个重要治疗原则。《素问·通评虚实论》在谈到邪正关系时说：“邪气盛则实，精气夺则虚。”针对这种情况，《素问·三部九候论》提出：“实则泻之，虚则补之。”《素问·调经论》也说：“有余泻之，不足补之。”从而确立了补虚泻实，也即扶正祛邪的治疗原则。
补法，实际上是对各种助益正气治疗方法的概括。包括补气、补血、滋阴、壮阳、治疗升散太过的收敛法、正气脱失的固涩法、津液亏耗的濡润法、中气下陷的升举法等等。如《素问·阴阳应象大论》中的“因其衰而彰之，形不足者，温之以气；精不足者，补之以味”即是指气血虚弱者，应用补益法治之。形体虚弱者，当以温补其气；精气不足的，则补之以厚味的药物。《素问·至真要大论》也谈到有“散者收之，燥者润之，劳者温之，损者温之，衰者补之，不足补之”等具体补益方法。
泻法，也即祛邪法。根据邪气性质的不同，所侵犯部位的不同，祛邪的具体方法也多种多样。凡通气、清热、散火、化湿、逐水、祛痰、开郁、活血化瘀等，以及治疗上焦实邪如痰涎壅塞，宿食积滞的吐法、治疗中焦胀满的消法、邪在皮毛的发汗法、热邪与肠中糟粕互结的攻下法，都属于泻法的范畴。《素问·至真要大论》则归纳有“强者泻之，有余折之，坚者削之，客者除之，结者散之，留者攻之，惊者平之”等祛邪法。《素问·阴阳应象大论》中也载有多种祛邪法：“因其轻而扬之，因其重而减之。……其高者，因而越之，其下者，引而竭之；中满者，泻之于内；其有邪者，渍形以为汗；其在皮者，汗而发之；其慓悍者，按而收之；其实者，散而泻之。”《素问·六元正纪大论》还专门讨论了各种泻法，如说：“木郁达之，火郁发之，土郁夺之，金郁泄之，水郁折之。然调其气，过者折之，以其畏之，所谓泻之。”
对补泻二法的应用，《内经》十分强调要正确。倘若虚证误泻，则更损正气；实证误补，则反助邪气。故《灵枢·根结》篇说：“满而补之，则阴阳四溢，肠胃充郭，肝肺内，阴阳相错。虚而泻之，则经脉空虚，血气竭枯，肠胃辟，皮肤薄著，毛腠夭膲，予之死期。”指出实证误补，就会使阴邪或阳邪弥彰四溢，充斥全身，造成气机升降失常，阴阳错乱。虚证误泻，则使人气血枯竭，肠胃功能衰败，皮毛憔悴枯槁，严重危及人的生命。《灵枢·五禁》篇还以“五夺”为例，说明了虚不可泻的五种具体情况。即“形肉已夺，是一夺也；大夺血之后，是二夺也；大汗出之后，是三夺也；大泄之后，是四夺也；新产及大血之后，是五夺也，此皆不可泻。”
对于一些虚实夹杂的病证，《内经》主张须根据具体情况采取补泻兼施法。其中又包括先补后泻，先泻后补或补泻同用。
调整阴阳
《内经》认为，疾病的发生从根本上来说即是阴阳的相对平衡遭到破坏，出现偏盛偏衰的结果。而一旦“阴阳离决”，则将引起“精气乃绝”的严重后果。因此调整阴阳，补偏救弊，恢复阴阳的相对平衡，促进“阴平阳秘”是《内经》治疗的根本法则之一。正如《素问·至真要大论》所说：“谨察其阴阳所在而调之，以平为期。”
调整阴阳之间的相对平衡关系，主要视其偏盛或偏衰的情况。所谓阴阳偏盛，实际是由阴或阳的一方过盛有余所致，也即阳热亢盛的实热证或阴寒内盛的寒实证。《素问·阴阳应象大论》中就说道：“阳胜则热，阴胜则寒。”对这种实热证或寒实证，《内经》认为必须采取“损其有余”的方法治之。具体就是用“热者寒之”或“寒者热之”的方法，以清泻其阳热或温散其阴寒。《内经》把这种方法也叫做“阳病治阳”或“阴病治阴”。这种治疗原则在针刺上的运用，就有《灵枢·寿夭刚柔》篇所说的：“病在阴之阴者，刺阴之荥输；病在阳之阳者，刺阳之合；病在阳之阴者，刺阴之经；病在阴之阳者，刺络脉”的论述。
《素问·阴阳应象大论》还指出：“阴胜则阳病，阳胜则阴病。”说明在阴阳偏盛的病变中，一方的偏盛可导致另一方的不足。如阳热亢盛易于耗伤阴液，阴寒偏盛则易于损伤阳气。故在调整阴或阳的偏盛时，应注意有无相应的阴或阳的偏衰情况存在。若已引起相对一方偏衰时，则当兼顾其不足，配以扶或益阳阴之法。
阴阳的偏衰，是阴或阳一方的虚损不足。如阴虚、阳虚或阴阳两虚等。遵循“虚则补之”的原则，《素问·至真要大论》强调“诸寒之而热者取之阴，热之而寒者取之阳”。因为阴虚不能制阳，常表现为阴虚阳亢的虚热证，治疗应通过滋阴以制阳退虚热。而阳虚不能制阴所致阴寒偏盛者，应补阳以制阴除虚寒。假如阴阳两虚，就应阴阳双补。
由于阴阳为辨证的总纲，疾病的各种病理变化均可概括为阴阳失调。如表里出入，上下升降，寒热进退，邪正虚实，以及营卫不和，气血不调等治疗方法，也都属于调整阴阳的范畴。所以《素问·阴阳应象大论》中明确写道：“审其阴阳，以别柔刚，阳病治阴，阴病治阳，定其血气，各守其乡。”
因势利导及其他
《内经》的因势利导治疗原则，主要用于以实邪为主的病证，也即实证。它根据病邪所在的部位和性质，通过最简捷的途径，以最快的速度将邪排出体外。
《素问·阴阳应象大论》中的“其高者，因而越之”就是引导病邪从受病的上道排出的方法。因为病邪蕴结在上部，病变部位较高。如果用泻下法，祛邪之道太远；而内消法也缓慢费时。故顺势越之既是祛邪捷径，又是祛邪捷法。“越”包括“吐”和“宣”两法。吐法是应用药物或其他方法促使病人呕吐，达到涌出病邪的目的。对于那些痰涎、宿食停留在胃脘或毒物尚留胃中，欲呕不能，欲吐不出，或病情急迫者，用吐法可奏良效。宣法则可排除蕴遏于上部的邪气，一般用于邪阻肺脏的病症。
《素问·阴阳应象大论》又说：“中满者，泻之于内”；“其下者，引而竭之”。指出病邪蕴结在中，下部，就用“泻”或“竭”法。这是利用邪在下之势，引之从下而去，也即通过下部二阴将邪排出。但这里所谓的“泻”或“竭”法，除了通大便、利小便、灌肠、导尿外，还应包括消导、渗利、行气、破瘀、逐痰饮、驱蛔虫等具体治法。
《素问·阴阳应象大论》还指出：“其在皮者，汗而发之”；“因其轻而扬之”。《素问·刺热》篇也说：“诸当汗者，至其所胜日汗出也。”强调汗法的适应证是邪在肌表，病情轻，病位浅。故通过发汗，可使病邪随汗而出。至于《素问·阴阳应象大论》中的“其有邪者，渍形以为汗”，则是通过热浴取汗而起到祛邪作用的一种外治法。它虽与前面谈到的运用药物、针刺引起出汗的方法略有不同，但原理是一致的。
《内经》还认为，一旦维持人体生命活动的基本物质，如气、血、津液等，违背了它们自己的正常规律和范围，从而导致疾病产生时，也应该顺其势而治之。故《素问·阴阳应象大论》中的“其慓悍者按而收之”；《素问·气交变大论》中的“高者抑之，下者举之”等都属于因势利导的范畴。
《内经》中涉及到的治疗原则还相当多。如《灵枢·终始》篇在谈到刺法时指出：“病在上者下取之，病在下者高取之，病在头者取之足，病在腰者取之腘。”这就是“上病下取，下病上取”的“远取法”。比如针刺足上的穴位可以治疗头痛等。《素问·阴阳应象大论》也说：“善用针者……以右治左，以左治右。”这也就是“左病右治”、“右病左治”法，即针刺身体健侧以治疗患侧的疾患。对中风所致一侧瘫痪的治疗，就是较典型的例子。
《内经》还谈到了“同病异治”的原则。《素问·病能论》更以痈为例，指出痈虽一病，而其病情表现不一，故治疗方法也各有异。即“夫痈气之息者，宜以针开除去之；夫气盛血聚者，宜石而泻之。此所谓同病异治也。”
此外，《内经》非常强调“已病防变”的治疗原则。《素问·阴阳应象大论》指出：“见微得过，用之不殆”；《素问·离合真邪论》也说：“早遏其道。”就是要掌握疾病的传变规律，及时阻断疾病的传变途径。《素问·调经论》在分析了风雨之邪侵犯人体后的传变过程后说：“风雨之伤人也，先客于皮肤，传入于孙脉，孙脉满则传入于络脉，络脉满则传入于大经脉，血气与邪并客于分腠之间。”《灵枢·刺节真邪》篇则写道：“虚邪之中人也，洒淅动形，起毫毛而发腠理。其入深，内搏于骨，则为骨痹。搏于筋，则为筋挛。搏于脉中，则为血闭不通，则为痈。”说明疾病发生之后，并非一成不变。而是由浅入深，由表到里，由经络到脏腑进行传变。所以《素问·阴阳应象大论》明确指出：“故善治者治皮毛，其次治肌肤，其次治筋脉，其次治六腑，其次治五脏。治五脏者，半死半生也。”《素问·八正神明论》也说：“上工救其萌芽……下工救其已成，救其已败。”这些都强调了在治疗时，还必须采取相应措施，防止病变深入，控制病势漫延，避免病情变化。《内经》并把能够防微杜渐、已病防变的医生赞誉为“上工”。
二千多年的医疗实践充分证明，《内经》提及的一系列治疗原则，不仅在历史上为祖国医学的发展作出了重要贡献，更主要的是迄今仍具有重要的临床指导意义，在临床上继续发挥作用。