《内经》虽是阐述中医基本理论的经典著作，但《内经》中所记述的疾病和证候却比比皆是，甚至还列专篇讨论了热病、疟病、咳病、厥病、癫狂病以及痛证、痹证、痿证、奇病等。其内容非常丰富，涉及到内、外、妇、神经、精神、五官等各科的疾病。
内科
《内经》中记载的内科疾病相当多，包括有消渴、泄泻、癃闭、遗尿、遗精、阳痿、眩晕、失眠、水肿等病证。在进行专篇讨论的病证中，也大多属于内科范畴。如以中风为例，《内经》把具有突然昏倒、不省人事，继见半身不遂、口眼歪斜、语言不利等症状的，称为“偏枯”、“痱”、“偏风”、“卒中”等。根据病情和个体差异的不同，《内经》认为中风还有反复发作的可能性。《灵枢·刺节真邪》篇就描述了这一证型为：“大风在身，血脉偏虚，虚者不足，实者有余，轻重不得，倾侧宛伏，不知东西，不知南北，乍上乍下，乍反乍复，颠倒无常，甚于迷惑。”说明中风之后，血脉必然偏虚，以致两侧肢体轻重不等，不能伸屈；身体歪斜，出现定时定向的障碍。而且瘫痪的肢体上下变易，缓解复发更替。显然，这些症状与“中风”里的一过性脑缺血和不完全性脑血管梗塞十分相似。
对中风的预后，《内经》也作了一定的论述。《灵枢·热病》篇指出：“偏枯，身偏不用而痛，言不变，志不乱，病在分腠之间，巨针取之，益其不足，损其有余，乃可复也。”“痱之为病也，身无痛者，四肢不收；智乱不甚，其言微知，可治；甚则不能言，不可治也。”这里表明了三种情况，患者半身不遂而疼痛，言语正常，神志清楚者预后较好。患者半身不遂而无痛觉，意识障碍不严重者，尚可治疗。假如神志昏迷，不能言语者，就很难治疗了。《素问·大奇论》中还分析了中风的转归。说道：“偏枯，男子发左，女子发右，不瘖舌转，可治，三十日起；其从者瘖，三岁起；年不满二十者，三岁死。”即意识清楚，无失语，舌瘫不严重者预后较好，约一月后就能恢复。兼失语者预后较差，需三年之久方能恢复。而不满二十岁的青少年中风，其预后最差，往往首次发病后三年就要死亡。这些见解与现代医学基本相符。一般认为，中风致偏瘫失语者，疗程较长；无失语且瘫痪较轻者，疗程较短，一月左右便能获显效；青年人中风大多为先天性脑动脉瘤或脑血管畸形，首次发作后常在数月或数年内复发而身亡。
《内经》还对中风的病因作了探讨，提出了“虚邪”、“情志”等多种因素。如《灵枢·刺节真邪》篇中的“虚邪偏客于身半，其入深，内居荣卫，荣卫稍衰，则真气去，邪气独留，发为偏枯”，就是指虚邪侵袭人体后，致使营卫功能衰弱，而引起的半身不遂之症。而《素问·生气通天论》中的“大怒则形色绝，而血菀于上，使人薄厥”，则说明了中风与大怒之间的关系。同时，《内经》还认识到中风的发生与体质、饮食、劳累过度等因素有关。如《素问·通评虚实论》就谈到了“仆击、偏枯、……肥贵人则膏粱之疾也”，指出平日嗜食肥甘厚味，身体肥胖者，易得中风。
再以消渴病为例，《内经》中的论述也颇为详尽。消渴是以多饮、多食、多尿、消瘦或尿有甜味为特征的疾病，《内经》中有“消瘅”、“膈消”、“消肺”、“消中”等不同名称。《内经》强调五脏虚弱是消渴病的主要病因，故《灵枢·五变》篇就说：“五脏皆柔弱者，善病消瘅。”《灵枢·本脏》篇也有“心脆则善病消瘅热中”、“肺脆苦病消瘅易伤”、“肝脆则善病消瘅易伤”、“脾脆则善病消瘅易伤”、“肾脆则善病消瘅易伤”的说法。《内经》还对饮食不节、情志失调等致病因素在消渴病发生中的作用分别作了描述。《素问·奇病论》写道：“此肥美之所发也。此人必数食甘美而多肥也。肥者令人内热，甘者令人中满，故其气上溢，转为消渴。”说明长期过食肥甘、醇酒厚味，使脾胃的正常运化功能失调，积热内蕴，化燥伤津，津液不能上承便为消渴病。《灵枢·五变》篇还谈到：“怒则气上逆，胸中蓄积，血气逆流……转而为热，热则消肌肤，故为消瘅。”指出精神情志受刺激也可致气机郁结，郁久化火，火灼津液，则消烁肺胃阴津而为消渴之病。
《内经》把消渴病分为上消、中消、下消三种类型。上消即肺消，为肺热或心火移热于肺所致。就如《素问·气厥论》说的“心移热于肺，传为鬲消”。由于肺热炽盛，耗伤津液，津液不能上布，故上消以口干、烦渴、多饮为主症。中消是胃中有热，热则消谷所致。故《素问·脉要精微论》说：“瘅成为消中”，可见消谷善肌是中消的主要症状。下消即肾消，由于肾虚不能约束小便，使尿频量多，肾失固摄，造成水谷精微下注。所以小便混浊如脂膏，并有甜味。因此《灵枢·邪气藏腑病形》篇就说：“肾脉……微小为消渴。”
外科
中医外科的历史源远流长，《内经》中记载的外科病名就达四十种之多。其中仅痈疽就有二十多种，为此《灵枢》还特列《痈疽》专篇进行讨论。此外还有痤疿（疖肿）、丹熛（丹毒）、鼠瘘（瘰疬）、疝、痔、犬伤、肠覃（腹腔肿瘤）以及筋溜、骨瘤等肿瘤。就现代医学所言，这些已涉及到外科的一般感染、特异性感染、肿瘤、肛肠病及创伤外科等。书中并对这些外科疾病的病因、病机都作了论述。
《内经》中的痈疽包括了所有的疮疡证。其主要症状是局部皮肤红肿热痛，进而热腐肌肉为脓，破溃成疮疡；或深入骨髓，流出脓液，长期不愈。对痈疽形成的原因，《素问·生气通天论》认为“营气不从，逆于肉理，乃生痈肿。”《灵枢·痈疽》篇也说：“血脉营卫，周流不休，上应星宿，下应经数。寒邪客于经络之中则血泣，血泣则不通，不通则卫气归之，不得复反，故痈肿。寒气化为热，热胜则腐肉，肉腐则为脓。”指出寒热之邪侵入营血，使营卫不和，气血瘀滞，热毒蕴结，热腐肌肉，则为肿为脓。此外，情志刺激，饮食失节造成的阴阳失调，也能导致痈疽的发生。《灵枢·玉版》篇说道：“病之生时，有喜怒不测，饮食不节，阴气不足，阳气有余，营气不行，乃发为痈疽。阴阳不通，两热相搏，乃化为脓。”
痈与疽虽都是外科疮疡证，但二者也是有所区别的。《内经》认为阳性疮疡为痈，即“皮上薄而泽”者为痈，也就是痈为红肿、焮热、疼痛、皮薄而光亮；阴性疮疡为疽，也即“上之皮夭以坚，上如牛领之皮”。说明疽的局部红肿不明显，皮色晦暗，不泽而坚厚。从损害程度而言，《灵枢·痈疽》篇也作了比较。痈是“热胜则肉腐，肉腐则为脓，然不能陷，骨髓不为焦枯，五脏不为伤”。而疽则是“热气淳盛，下陷肌肤，筋髓枯，内连五脏，血气竭，当其痈下，筋骨良肉皆无余”。可见疽为脓毒内陷，筋萎髓枯，深入五脏则气血枯竭，较之痈要严重和险恶得多。《灵枢·痈疽》篇还具体描述了疮疡脓液内熏五脏引起危象的过程：“脓不泻则烂筋，筋烂则伤骨，骨伤则髓消，不当骨空，不得泄泻，血枯空虚，则筋骨肌肉不相荣，经脉败漏，薰于五脏，脏伤故死矣。”
妇科
月经、带下、妊娠、分娩是妇女特有的生理，《内经》对此作有较详细的论述。如《素问·上古天真论》对月经和胎孕的来源，形成和有无等问题，都进行了讨论。说道：“女子七岁肾气盛，齿更发长；二七而天癸至，任脉通，太冲脉盛，月事以时下，故有子。”指出女子到七岁肾气开始充盛，十四岁时，天癸已发育成熟，任脉通畅，太冲脉旺盛，月经便能按时而行。而女子到了四十九岁，则“任脉虚，太冲脉衰少，天癸竭，地道不通，故形坏而无子也”。就是说女子在更年期以后，任脉空虚，太冲脉衰微，天癸枯竭，月经断绝，形体衰老，便不能再生育了。《内经》并认为，月经、胎孕的正常与否，与女子胞（子宫）以及联系子宫的胞脉、胞络也紧密相关。它们三者的互相作用，能协调地完成其主月经和胎孕的功能。显然，《内经》的这些见解是十分正确的。
相反，在病理情况下，妇女的疾病也大多与月经、带下、妊娠、分娩有关。如月经病就是最常见的妇科病之一。月经病是指月经周期的异常、经量的改变和行经腹痛等症状。《内经》认为造成月经变异主要与肾气、任脉、冲脉的功能以及情志刺激有关。《灵枢·邪气藏腑病形》篇中就说：“肾脉……微涩为不月”，指出肾气不足是月经不调的原因。此外，肝血不足、血海不充，或禀赋本虚，又嗜酒纵饮，则精亏肝伤，精血枯竭，也可导致月经量少或经闭之症。故《素问·腹中论》明确载道：“若醉入房中，气竭肝伤，故月事衰少不来也。”而情志刺激也是引起月经不调的重要原因。《素问·阴阳别论》谈到：“二阳之病发心脾，有不得隐曲，女子不月。”说明长期情绪抑郁，使肝失疏泄，脾不健运，心气不得下通胞宫，肾的开合失常，所以“女子不月”。
其他脏腑的疾病也能影响月经。《素问·评热病论》说：“月事不来者，胞脉闭也。胞脉者，属心而络于胞中，今气上迫肺，心气不得下通，故月事不来也。”指出水气上逆，导致肺失宣降，使心气不得下通，故有月经闭止不行等变。对于经量过多的症状，《内经》称之崩或血崩，认为这是由于阴虚阳亢或热盛迫血妄行所致。正如《素问·阴阳别论》所说：“阴虚阳搏，谓之崩。”《内经》并对妇科的其他疾病也作了记载，如“任脉为病，女子带下瘕聚”，“冲脉为病，逆气里急”，“督脉为病，其女不孕”等。《灵枢·水胀》篇中还具体描述了类似子宫颈粘连、卵巢肿瘤、宫腔积血的病证。“石瘕生于胞中，寒气客于子门，子门闭塞，气不得通，恶血当泻不泻，衃以留止，日以益大，状如怀子，月事不以时下，皆生于女子。”
此外，《内经》还对一些症状相似的妇科疾病作了鉴别诊断。并在全书仅有的十三首方剂中，特载治疗妇女血枯经闭的名方“乌鲗骨芦茹丸”。《素问·腹中论》指出：“以四乌鲗骨，一芦茹，二物并合之，丸以雀卵，大如小豆，以五丸为后饭，饮以鲍鱼汁。”就是说治疗血枯经闭证，用乌鲗骨四分，芦茹一分，二药研末混合，以麻雀卵和成如小豆大丸剂。每次饭前服五丸，用鲍鱼汤送服。乌鲗骨即乌贼骨，气味咸温下行，能治赤白漏下和血枯经闭。芦茹即茜草，气味甘寒，能止血止崩，和血通经；麻雀卵气味甘温，能补益精血，治疗女子带下，便溺不利。而鲍鱼具有通血脉、通阴气的功效，煮汁服用能增加乌鲗骨芦茹丸通利女子经闭的作用。因此该方具有补养精血，强壮肝肾，活血通经的效能，至今仍为中医妇科临床家所公认。
神经精神科
《内经》中涉及到的神经精神病的篇章甚多，阐述也颇详尽，包括了现代神经精神科中的多种疾病。如以癫痫为例，这是一种发作性神志异常的疾病。其发作特点是突然跌倒，不省人事，口吐白沫，两目上翻，四肢抽搐，甚至两便失禁。但移时苏醒后，神志如常。《内经》称之为“癫疾”，偶亦称“痫瘈”、“痫厥”等。《素问·长刺节论》明确指出：“病初发，步一发；不治，月一发；不治，月四五发，名曰癫病。”说明癫痫是发作性疾病，其发作次数是逐渐变频的。随着发作次数的增加，病情会越来越重。《灵枢·癫狂》篇中就对癫痫的发作状态进行了形象的描述：“癫疾始生，先不乐，头重痛，视举目赤。”表明癫痫发作前，先有短暂性的预感症状，如情绪的变化，头重而痛，两目上视等。到发作时，则见“引口啼呼喘悸”、“暴仆”、“反僵”、“身卷挛急”、“呕多沃沫”。即在开始发作时，口角抽动，牵引歪斜，遂发出尖叫声；突然跌倒，意识丧失。初发呈强直性抽搐；继为阵发性抽搐，同时口吐白沫。
《内经》认为，癫痫的病因多由脏腑功能紊乱所致。《素问·大奇论》中归纳为“心脉满大，痫瘈筋挛”；“肝脉小急，痫瘈筋挛”；“二阴急则痫瘈”。指出了癫痫多属心、肝、肾经脉的病变。此外，《素问·奇病论》中还提出了癫痫的发作与“先天”有关，也即与父母的遗传有关。说道：“人生而有病癫疾者……病名为胎病。此得之在母腹中时，其母有所大惊，气上而不下，精气并居，故令子发为癫疾也。”关于癫疾的遗传因素，早已为现代医学所证实。由此可见，《内经》的这种见解确是难能可贵的。
癫与狂都是精神失常的疾患，属于精神病范畴。癫为阴证，以沉默痴呆，语无伦次，静而多喜为特征；狂则为阳证，以喧扰不宁，躁妄打骂，动而多怒为特征。因二者在症状上不能截然分开，又能互相转化，故《内经》以癫狂并称，并在《灵枢》中列《癫狂》篇进行讨论。此外，《内经》还以“狂癫疾”、“骭厥”称之。
《内经》认为形成癫狂的原因主要是七情所伤。也即遭受突然强烈的惊恐、悲忧、喜乐、恼怒的刺激，致使神失所藏，志意错乱。《灵枢·癫狂》篇指出：“狂始生，先自悲也，喜忘、苦怒、善恐者得之忧饥”；“狂言，惊善笑，好歌乐，妄行不休者，得之大恐”；“狂者多食，善见鬼神，善笑而不发于外者，得之有所大喜”。《灵枢·本神》篇中也有“肺喜乐无极则伤魄，魄伤则狂”；“肝悲哀动中则伤魂，魂伤则狂妄不精”等说法。
《内经》形象而具体地描述了癫狂病的主要症状。如《灵枢·癫狂》篇写道：“狂始发，少卧不饥，自高贤也，自辨智也，自尊贵也，善骂詈，日夜不休”；“狂，目妄见，耳妄闻，善呼者”。《素问·阳明脉解》篇也谈到：“病甚则弃衣而走，登高而歌，或至不食数日；逾垣上屋，所上之处皆非其素所能也”；“妄言骂詈，不避亲疏而歌”。《灵枢·经脉》篇还有“病至则恶人与火，闻木声则惕然而惊，心欲动，独闭户塞牖而处。甚则欲上高而歌，弃衣而走，贲响腹胀，是为骭厥”的记载。《素问·脉要精微论》中财明确指出：“衣被不敛，言语善恶，不避亲疏者，此神明之乱也。”凡此种种，都是精神分裂症的表现。
《内经》中还多次提到了在热病过程中所出现的中毒感染性精神病症状。《灵枢·刺节真邪》篇就说：“大热遍身，狂而妄见妄闻妄言”；《素问·评热病论》也说：“有病温者，汗出辄复热，而脉躁疾，不为汗衰，狂言不能食……狂言者，是失志，失志者死。”这些精神错乱、幻视幻觉的症状都是全身性感染引起的精神障碍。《素问·腹中论》中还记载了药物中毒引起的精神异常，即“石药发瘨（癫）、芳草发狂”等。
对于癫狂的治疗，《内经》中除介绍了各种针刺方法外，《素问·病能》篇中还记载了治狂的专方——生铁落饮。生铁落即炉冶间锤落的铁屑，气重而寒，具有坠热开结，重镇心神的功效，是治疗“有病怒狂者”的良方，迄今仍为临床所常用。
《内经》中还谈到了很多神经病。如以感觉障碍、运动障碍和括约肌功能减退的脊髓病为例：《灵枢·邪气藏腑病形》篇中的“风痿，入时不用”，就相当于高颈段脊髓病；《素问·痿论》记有“枢折挈，胫纵而不任地”的“脉痿”、“腰背不举”，“足不任身”的“骨痿”都相当于胸腰段脊髓病；《素问·刺禁》篇所记载的“刺脊间，中髓为伛”，则是指进针过深，损伤脊髓，致使身体伛偻踡屈，这与胸椎损伤后的痉挛性截瘫相似。而《灵枢·寒热病》篇中的“若有所堕坠，四肢懈惰不收，名曰体惰”，显然是指颈髓损伤的高位截瘫。此外，《内经》还对一些颅神经、脊神经的病变也有一定记载。
五官科
五官的疾病包括眼、目、鼻、咽喉的各种病变，《内经》中对这些器官的疾病都有一定的论述。在眼科方面，由于五脏六腑精气都上聚于目，因此脏腑的病变都能引起目疾。如《灵枢·大惑论》中的“散精则视歧，视歧见两物”，以及《素问·脉要精微论》记载的“以长为短，以白为黑”的视觉障碍，就是脏腑精气衰败引起的变视症和病理性色觉障碍。其中，《素问·生气通天论》还认为耗精将导致失明。写道：“精绝……目盲不可以视。”而《素问·脏气法时论》中谈到的“肝病者……虚则目目无所见”和《灵枢·天年》篇所载的“五十岁，肝气始衰，肝叶始薄，胆汁始灭，目始不见”，就更证实了肝病与目疾之间的关系。《素问·评热病论》中还记载了因全身性疾病所造成的非炎症性眼睑水肿的情况，即所谓的“诸有水气者，微肿先见于目下”。《素问·六元正纪大论》提出，“病气怫于上，血溢目赤，咳逆头痛”，这实际上是包括了球结膜、巩膜在内的外眼充血或出血。此外《内经》还记载了泣出（流泪症）、目痛、目翳（白内障）、眦疡（目眦炎）等多种眼疾。
耳疾包括有耳鸣、耳聋、耳中有脓以及耵聍等证。《内经》着重对耳鸣、耳聋的原因进行了分析，指出造成耳鸣、耳聋主要有虚实两方面的原因，即经气厥逆的实证和精血不足的虚证。《素问·至真要大论》说：“厥阴之胜，耳鸣头眩，愦愦欲吐”；《素问·脏气法时论》也说：“肝病者……急逆则头痛耳聋不聪颊肿。”这就是因为足厥阴肝经上通于巅，肝气上逆致使的耳鸣，甚至耳聋。由于手太阳经、手足少阳经都与耳相通，故这些经脉的经气厥逆也可引起耳鸣耳聋。《素问·脉解》篇就有“太阳……所谓耳鸣者，阳气万物盛上而跃，故耳鸣也”的记载。《素问·厥论》也有手太阳厥逆，耳聋泣出之说。至于《灵枢·决气》篇中的“精脱者、耳聋”，以及《灵枢·海论》篇中的“髓海不足，则脑转耳鸣”和《灵枢·口问》篇的“目者，宗脉之所聚也，故胃中寒则宗脉虚，虚则下溜，脉有所竭者，故耳鸣”等，都说明了精血不足能够引起耳鸣耳聋。《灵枢·厥病》篇还谈到了外耳肿痈化脓，以及耳中耵聍致病的情况。说道：“耳痈不可刺者，耳中有脓，若有干耵聍，耳无闻矣。”
《内经》对鼻病也有所记述，如鼻鼽、鼻渊、鼻衄等。鼻鼽即指鼻流清涕、鼻塞、喷嚏等症状，类似过敏性鼻炎。《灵枢·忧恚无言》篇说：“颃颡者，分气之所泄也，……故人之鼻洞涕出不收者，颃颡不开，分气失也。”颃颡即后鼻道，气分之所泄，说明后鼻道是气体交换的必通之道。所以一旦鼻腔中不时流出鼻涕，必将引起鼻道闭塞、呼吸障碍等情况。鼻渊的主要症状是鼻流浊涕不止，与现代医学中的鼻窦炎相似。《内经》认为是热盛上熏于脑所致，故《素问·气厥论》写道：“胆移热于脑，则辛鼻渊，鼻渊者，浊涕下不止也。”至于鼻衄，则是指鼻出血，《内经》认为五脏的病变都可引起鼻出血。
《内经》中的咽喉病有喉痹、喉干、失音、喉痛等证。所谓喉痹就是指气道不利、呼吸不畅，甚至气道闭塞。大多是燥热之邪侵犯咽喉，引起咽喉红肿，气不通畅所致。《素问·阴阳别论》中的“一阴一阳结，谓之喉痹”，提出喉痹是因邪气结于厥阴和少阳经脉的缘故。《素问·厥论》中的“手阳明、少阳厥逆，发喉痹”，则指出手阳明和手少阳的经气厥逆，也可导致喉痹。
喉干即咽喉干燥证，多由于热盛伤阴，或肝肾阴虚，致使津液不能上承所引起。《素问·五常政大论》中的“火气高明，心热烦，嗌干”指的就是热盛伤阴。而《素问·脉解》篇谈到的“所谓甚则嗌干热中者，阴阳相薄而热，故嗌干也”，则是阴虚内热造成的喉干症。对于失音，《内经》分为内伤、外感两类。《灵枢·忧恚无言》篇说道：“人卒然无言者，寒气客于厌，则厌不能发，发不能下至，其开合不致，故无音。”即是指寒邪引起的失音。而《素问·脉解》篇所说的“所谓入中为瘖音，阳盛已衰，故为瘖也。内夺而厥，则为瘖痱，此肾虚也”，则明确指出是阳虚和肾虚所致的失音。
《内经》中还记载了一些其他临床科的疾病，例如小儿感染性肺炎、泄泻、惊风、营养不良等。并从病因病机上对这些疾病作了分析，还提出了诊断和鉴别诊断的方法以及治疗原则等。凡此，都为后世临床医学的发展奠定了基础。