然而，当法军正欲追击阿尔文齐军时，普罗维拉率东路奥军渡过阿迪杰河，击退奥热罗师左翼，挺进曼图亚。15日中午，抵进曼图亚东面的圣若尔日城堡。奥军进军如此神速，以致法军守城部队差一点把奥军部队当成奥热罗师的先头部队。所幸两名在离城几百米远的地方砍柴的法军士兵发现了敌情，及时发出警报，才未酿成大祸。守城法军英勇阻击，加上曼图亚守军司令维尔姆泽反应迟钝、动作迟缓，未主动出击，法军得以阻住奥军前行。
15日，波拿巴得悉南线危机后，断然放弃全力追击之计划，下午即率主力挥师南下。法军昼夜兼行，马不停蹄，急行五十多公里，在16日凌晨赶到曼图亚北面3公里处的法沃里塔，抢占了法沃里塔与圣若尔日之间的有利地形。16日上午，法沃里塔法军塞律里埃师挫败曼图亚奥国守军之出击，迫其退回要塞。前来援救的普罗维拉大军腹背同时遭到法军攻击，进退维谷，遂于下午2时向波拿巴投降。法奥法沃里塔之战速战速决。奥军伤亡6000人，被俘2.5万人，几被全歼。奥军东北路巴亚利闻败而退。曼图亚要塞奥国守军祈求解救的最后一线希望也成为泡影。
与此同时，茹贝尔师在里沃利方向追击毫无组织的北路奥军进展十分顺利。在布兰塔峡谷，法军俘敌600人；缪拉率军围攻科朗纳，差点俘获奥军元帅阿尔文齐；其他各路法军相继转入反攻。不久，法军便将战线推进到罗韦雷托至巴萨诺一线。随后，又攻占阿迪杰河上游的特兰托，并且占领了意大利最北部的蒂罗尔平原。这样，法军不仅彻底地击败了阿尔文齐的部队，而且打开了通往维也纳的道路。
奥军四解曼图亚之围，均以失败而告终。曼图亚守军待援无望，突围也无出路，且他们已固守8个月之久，粮食将罄，弹药将尽，军心颓废。声名赫赫但却久困城中的维尔姆泽深感回天无力，困兽犹斗已毫无意义，便于2月2日率30名将军、2万余名士兵向法军投降。奥地利的曼图亚天险终于陷落了。波拿巴终于从奥地利人手中抢得了“意大利钥匙”。
法军由塞律里埃主持举行了隆重的受降仪式。在受降仪式上，波拿巴表现了非凡的大将风度。当声名赫赫的奥地利驻意军队最高统帅维尔姆泽双手恭恭敬敬地托起宝剑呈送给法国人时，波拿巴有意回避了这一场面，让自己手下的大将塞律里埃将军享受了这一荣光。他还慷慨地特许维尔姆泽带领护卫队步兵500人、骑兵200人、大炮6门，在假释宣誓后，持军旗，携武器返回奥地利。波拿巴的宽容和大度感动了这位戎马一生的老将军，也赢得了欧洲的舆论，坚定了部属对他的忠心和爱戴。
波拿巴的得意和失意
波拿巴自越过阿尔卑斯山，进军意大利以来，经6次大战、七十余次小战，屡败奥军，控制了意大利北部。波拿巴想趁奥军元气大伤时，直指维也纳。但此时，威尼斯仍未屈服，暗集6万大军，欲袭法军之背；罗马教皇也与法军为敌。为解后顾之忧，波拿巴以让出威尼斯部分领土利诱图古特再次媾和；进军罗马，迫和教皇庇护六世，但波拿巴也无意走得太远，只让教皇让出阿维尼翁和几个管辖区，赔款3000万金法郎，付了一笔数目不大的赔款。之后，波拿巴便准备趁奥国屡败、元气大伤之际，挥师北上，直指维也纳。
奥地利在曼图亚失陷后，已开始感到本土将面临威胁。帝国政府积极调兵遣将，准备御敌于国门之外。他们废老将，立新帅。奥皇弗兰茨二世的弟弟、年仅26岁的莱茵军区奥军统帅卡尔大公被钦定担此重任，并调兵7万由其调遣。奥地利人认为，这位在莱茵战区屡立战功、精明强干的年轻统帅定能与波拿巴匹敌。
3月上旬，卡尔部署奥军完毕。他自己亲率主力5万驻军比亚佛河河畔；另委任劳顿率兵2万驻守蒂罗尔以防法军北进。其方针是：先利用河川地带防守，消耗法军，然后再调援军，待援军到达后，转攻为守。这种部署与奥国首相意见相左，他主张陈主力于蒂罗尔。
波拿巴在从普罗旺斯调来的援军已至，又无后顾之忧后，便开始北征部署。茹贝尔师2万人配置在托里安附近，准备从蒂罗尔伺机北进；奥热罗师1.1万余人在托立夫；贝尔纳多特师1万和塞律里埃师1.2万人在维罗纳；基尔曼骑兵师约5000人在帕多瓦；马塞纳师1.2万余人在巴萨诺附近。
3月10日，法军主力开始行动。在阿尔卑斯山支脉的许多险要和河川地带的奥军守军立足未稳，便遭攻击，只好节节败退。法军势如破竹。卡尔大公自知实力不济，为避敌锋芒，保存实力，将主力撤离比亚佛河防线。波拿巴也不急躁冒进，稳步推进。16日，两军战于达古里绵河畔之哥多罗波附近。卡尔为等待援军，于17日又撤兵至伊逊索河畔的古拉斯特加。之后，奥军主力又分兵两路，分别退至达尔维斯和克拉根福。
波拿巴猜测到卡尔的意图。为早日迫和奥军，波拿巴也分兵追击。贝尔纳多特将军率师朝克拉根福方向跟进，自己率主力朝达尔维斯方向疾进以期截断奥军退路。3月22日，波拿巴进抵菲拉赫，驻兵以待蒂罗尔方面的战报，并写信给卡尔大公提出议和。急欲建功立业的卡尔拒绝了波拿巴的建议。当波拿巴得知北路茹贝尔师已沿多东河顺利东进，便于3月末率兵继续向维也纳进军。
4月3日，法奥大战于纽马克。为能打败法军，卡尔亲自督阵，但奥军仍为法军所败，为歇力再战，卡尔便施缓兵之计，他致函波拿巴，请求休战24小时，以备议和。波拿巴识破此计，故答以“且战且议”。法军一鼓作气，再破奥军于最后阵地温兹马克，并分兵一部抢占离维也纳仅80公里的累欧本。这样，在不到一个月的时间里，奥地利西南部的盖茨、伊斯底里亚、卡尔尼奥耳和卡林西亚四个省份已被法军占领，奥军战线后撤了600公里。奥军主力溃退至布鲁克，已无招架之力。
法军直趋而进，兵临城下。加上英国财政困难，不能继续给奥援款，奥国财力不济。4月6日晚，奥皇弗兰茨二世派出全权代表到达法军大本营求和。此时，法军后方并未十分巩固。王公贵族教士蠢蠢欲动，农民在他们的煽动之下对军事占领也十分不满。为确保意大利和守住已占领的地区，4月15日晚，波拿巴同奥国签订了《累欧本草约》。10月17日，双方在威尼斯东北正式签订了《坎波福米奥和约》。其主要内容是：（1）奥地利承认把比利时、卢森堡、莱茵河左岸、伦巴底割让给法国；（2）奥地利得到威尼斯城、威尼斯共和国在大陆上的领土和伊斯特里亚、达马提亚等地作为补偿；（3）法国得到威尼斯共和国的爱奥尼亚群岛；（4）奥地利承认法国扶植的山南共和国（即内阿尔卑斯，在伦巴底地区）、利古里亚共和国（热那亚）；（5）交换战俘等。
由于法奥和约的签订，持续4年有余的第一次反法同盟最后宣告解体。
波拿巴从1796年3月离开巴黎远征意大利到1797年12月7日凯旋的一年多的时间里，创造了一个又一个奇迹，充分地展示了他的军事天赋。在皮埃蒙特之战中，他集中优势兵力，各个击破，以弱胜强；在洛迪战役中，他大胆实施迂回机动，广泛采用欺骗手段，积极调动敌人，努力造成敌人过失；在卡斯奇里恩之战中，他不以攻陷城池为满足，而以歼灭敌人有生力量为目标；在里沃利战役中，他敢于集中，善于机动，长于进攻，巧于调度。每一次战役中无不闪烁着波拿巴的军事才能。正如一位年老的奥地利军官在俘虏营里所说的：“跟我们交战的是一位年轻的将军。他总是时而在我们面前，时而在我们后面，时而又在我们侧面，而我们根本无法了解。我们不知道应该在什么时候怎样配置兵力才好。在战争中，这种作战方法是受不了的，它违反了一切常规。”