伴随着一个个奇迹的诞生，波拿巴的名字传遍了整个法国，传到了整个欧洲。正如苏联历史学家塔尔列在《拿破仑传》一书中所写的那样：“几支奥军精锐部队被消灭，最有才干的将军遭到惨败，意大利北部完全陷落，奥国首都遭到直接威胁……这就是1796年3月末拿破仑第一次任法军总司令以来一年间战争的总结。他的名字已经威震全欧洲。”他被人称为当代的汉尼拔和恺撒，活着的朱庇特神。
伴随着军事上的胜利，波拿巴给法国，更给自己带来了巨大的财富。在占领皮亚琴察后，波拿巴向帕尔玛公爵勒索了200万法郎的现款，还要求他为法军提供大量的粮食、军马以及其他费用。此外，波拿巴还为法国巴黎博物馆索取了一大批艺术珍品，其中包括米开朗基罗和柯内吉奥的名作。在1796年5月19日攻陷米兰后，向伦巴底征收2000万法郎的特别税款，大肆掠夺了意大利文化艺术宝库中的一些稀世珍品，如古罗马诗人维吉尔的手稿以及意大利文艺复兴时期的著名绘画大师达·芬奇和拉斐尔的杰作。在占领波河下游南岸的摩德纳公园、托斯卡纳公国和罗马教皇国时，从那里一共勒索了几千万法郎的赔款。另外，他还索取了大量的手稿、油画、胸像、花瓶和雕像等文化艺术珍品，其中包括米阿尼斯、布鲁图斯的青铜半身像和马尔卡斯、布鲁图斯的大理石半身像。波拿巴大约从意大利榨取了5000万锂。督政府得到约1000万锂。波拿巴自己发了大财，军队也成了他的私产；他给士兵发饷，一半用铸币。这是督政府对其他部队所不能做到的。而当这支军队从法国出发的时候，连军费都成问题。一批军火商和趋利逢迎之徒已在他左右紧随不舍，其中有后来担任军团财务长的哈雷尔，以及通过巴结约瑟芬跟来的哈姆兰。
随着军事上的胜利，波拿巴将军在共和国中的政治影响也越来越大。在洛迪战役之后，波拿巴已意识到自己的非凡前程：“我看到世界在我的脚下陷塌，而我则在空中展翅飞翔。”波拿巴不加掩饰地向督政府表明，在军事问题上决不允许来自巴黎的任何干涉。督政府为防1793年迪穆里埃叛变案的重演，曾试图把意大利军团一分为二，削弱波拿巴的权力，因受波拿巴的强烈抗议而作罢，并且在此后已无力干预意大利军团之事。督政府的两个特派员在意大利已逐渐失去作用。督政府把萨里赛蒂派往科西嘉，只留加罗一人。1796年10月25日，波拿巴索性自己委派伦巴底驻军司令巴拉盖监督全国行政事务，不再顾及特派员。1792年2月，督政府干脆撤销了无所事事的特派员。1797年11月，卡诺掌握的督政府派遣军事处处长克拉尔克前往意大利负责停战谈判和调查军情。克拉尔克很快也被波拿巴争取过去。他让督政府准许他们为伦巴底颁布宪法，并置督政府意愿于不顾，与威尼斯、教皇庇护六世实现和平，并北征意大利。后又在既没有委任，又未征询克拉尔克意见的情况下，与奥地利签订了停战协定和预备和约，以确保自己平定意大利和守住已占领的地区。此间，巴黎王党活动猖獗，右派也纷纷攻击将领的抗命行为。督政府试图否定波拿巴的和平条件，制服波拿巴。1797年6月23日，迪拉莫尔在一篇充满愤怒的演说中，历数波拿巴的种种罪行。但波拿巴用两面派的手腕回击了右派的攻击。意大利军团的各师也发表了措辞强硬的宣告，宣誓完全追随他们的将军。9月4日，奥热罗奉波拿巴之命赶抵巴黎，以意大利军团的名义发动了果月十八日政变，清洗了五百人院和元老院。波拿巴击败了反对派的挑战，声望日孚。
新婚后的第三天，波拿巴就离开妻子约瑟芬去了意大利。尽管波拿巴知道约瑟芬“你必然情意不专，没有任何真心实意”，但他仍然疯狂地爱着约瑟芬。他每天到达驿站，都要给她写信。“每时每刻，我在距你更远更远地远去，亲爱的，你无时无刻不在我心中。我冥思苦想，你在做什么。”在尼斯军务倥偬、率军奔走、检阅营地之际，波拿巴仍“我只思念你，你占有了我全部心思。如果说，我在像罗纳河急流那样匆匆离你而去，那只是为了早日团聚；如果说，我夜半起床工作，那也只是为了我温柔的爱人能提前几天到来”。在莫利兹港的信中，他写道：“约瑟芬，你是无与伦比的，离开你，生活就没有乐趣；没有你，世界有如沙漠，我则独自踯躅其间，连一诉心曲的宽慰都没有。……只要看到你的画像，爱情温暖了我，顿时，一切显得美好。”……“他的一生为约瑟芬而活，这将是我的墓志铭。”在他的朋友肖维阵亡后，尽管他感慨“什么是未来？什么是过去？我们又是什么？”但“睡梦中你依偎在我身边，我把你搂在怀里”。波拿巴从不错过任何一个机会让从意大利到法国来的军官、商人、领事馆的工作人员捎信给约瑟芬。波拿巴对约瑟芬充满了爱抚、温情和自我陶醉。他向她描绘他的幻梦，呼唤她，祈求她到他身边来。他为她的不到来设想了各种借口。他忠于约瑟芬，看不起风姿绰约的意大利女人。
对于这一切，约瑟芬却无动于衷。她对波拿巴那些充满热情的来信只用四行字的小纸条就打发掉了，如同一个繁忙的女人无法顾及这类琐事一样。她要梳妆打扮，走东串西，享受巴黎的豪华；她要享受波拿巴给她带来的“胜利圣母”的荣誉，和其他女人争奇斗妍；她要与她的一个个情夫风花雪月。她和巴拉斯恋情依旧；她轻而易举地委身于从意大利到巴黎来递送凯拉斯科协定的缪拉；很快，她又勾搭上被勒克莱克派到巴黎执行任务并滞留在巴黎的意大利的一个年轻漂亮的中尉依波利特·夏尔。
为了能留在巴黎，约瑟芬对波拿巴编说了各种谎言：生病、怀孕……迟迟不肯启程前往意大利。而这些谎言把在这方面十分幼稚的波拿巴弄得不知所措。尽管他在战场上取得了胜利，但为了约瑟芬，他打算放弃一切：军队、征战、荣誉，赶快返回巴黎。巴拉斯害怕了，督政府害怕了，战场上法国不能没有波拿巴。于是，巴拉斯向他的老情人陈其利弊，说服约瑟芬前往意大利。6月26日，约瑟芬随同约瑟夫、朱诺，还有她的侍女路易丝和情夫夏尔踏上了去意大利的旅程。“她痛哭流涕，她哽咽着，就好像她要去受酷刑一样。”一路上，她游山玩水，沿途享乐，慢吞吞地向意大利挪近。
当约瑟芬到达米兰时，波拿巴让撒丁国王像迎接王后一样迎接了她。他自己则不顾曼图亚久攻不克，维尔姆泽第二次进攻意大利，直奔米兰迎接他日思夜想的约瑟芬。但约瑟芬并没有因为到了意大利而收敛她水性杨花的德性，也并没有因此把更多的时间用来陪伴她的丈夫。她仍然如旧地过日子，只不过凑合地把意大利的城市姑且当做巴黎。此后，约瑟芬除去布雷西亚陪波拿巴度过一天一夜，整日在米兰举办沙龙，参加各种聚会，把整个身心都交给了夏尔。当波拿巴在阿尔科莱大败阿尔文齐，纵马驰回米兰，来见他倾心相许、朝思暮想的约瑟芬时，她却与夏尔去了热那亚。望着空荡荡的宫殿，凄楚忧伤的波拿巴茫然地返回了部队，把所有的精力都用于追求荣誉上。尽管此后，波拿巴依然爱着约瑟芬，依然关心着约瑟芬，百忙中一有余暇也会给她写信，但这件事已在波拿巴的心里留下了阴影，留下了创伤。以后的约瑟芬已不比过去的约瑟芬。对于那位既在感情上打击波拿巴，又在意大利军团中大肆偷窃军需给养的夏尔，波拿巴真欲杀之而后快。但手段高明的约瑟芬不知在枕边用了什么高招，巧妙地把他解救出来，并在不久以后在巴黎与之重叙旧情。
失意后的约瑟芬不再专情于波拿巴，当在埃及的波拿巴从朱诺的口中验证了约瑟芬的不贞后，怒不可遏地高喊道：“离婚！公开离婚，要闹得满城风雨！……让他们见鬼去吧！我要铲除这群轻薄的娘子……”1799年，波拿巴以救世主的身份回到法国，约瑟芬不知是害怕，还是后悔了，赶去巴黎迎接波拿巴，想去取悦她的丈夫。但她走错了路线，扑了个空。在回到巴黎后，波拿巴又将她关在了门外。约瑟芬温柔而哀婉地哭诉哀求了一整夜，哭得她自己撕心裂肺、肝肠俱碎，才感动了那位曾经疯狂地爱着她的波拿巴。波拿巴原谅了她。约瑟芬从此也真正地爱上了波拿巴，但她已给波拿巴的心灵造成了难以抚平的创伤。1807年约瑟芬被赶出皇宫，约瑟芬在他们婚姻的开始就为这一事件埋下了祸根。