各方人士唯才是举
雾月政变后的法国内外交困，但初掌政权的波拿巴的首要任务是克服混乱，安定民心，实现法国的稳定，巩固大革命的成果。目睹数年来各派你死我活的派系斗争，从未涉入政坛的波拿巴却深谙政治斗争之精髓；在政坛上，没有正义，只有政权和利益。毫无从政经验的波拿巴却知如何指挥他人为己效劳。因此，从未受过治国方面正规训练的波拿巴却开始了他像模像样的统治。
雾月政变后，波拿巴执掌法国。他不仅从未受过治国方面的正规训练，而且缺乏很多必要的专门知识。但他通过自学学到了很多东西，而且他有他最大的长处：少门派之见，能器重那些在法国革命期间有过行政经验的人，对各方人士能唯才是举，对人才能用其所长。他认为以前属于哪一党哪一派没有多大关系，只要现在站到他这一边，能把以前的保王党或革命派的同党号召过来，就是好的。他说：“我们正在建立一个新的时代，对于过去，我们应当记住好的方面，忘却坏的方面。”在执政府初期的各部部长中，财政部部长戈丹是革命前财政总监的得力助手，外交部部长塔列朗是从前的大封建贵族，还是个瘸子。警务部部长富歇是前山岳党人。西哀耶斯曾极力反对起用富歇，但波拿巴坚持这样做。在执政府初期的立法三院的成员中，绝大多数都是革命以来各届议会的代表。在完全由波拿巴任命的29人的参政院中包括各方面的专家学者和军人。他不仅吸纳了罗德雷、勒尼奥、夏普塔尔、克雷特、富尔克鲁特、波塔利斯、贝利埃以及蒂博多等著名的行政人才，而且他们思想各异。尚帕尼、弗勒里厄、莫罗·德·圣麦利是同情王党的，对旧制度的灭亡不胜惋惜。有三名是前国民公会的议员，其中贝利埃曾为“弑君者”。
对于地方官的任用，主要由波拿巴的弟弟内政部部长吕西安负责，确切地说，是其秘书立法议会前伯爵伯尼奥操持一切，但其用人原则遵循了波拿巴的意愿。郡守全部是富有经验的人物，大部分人很有能力。例如，在塞纳郡，参加过1790年郡议会的半数议员在1800年再次复任。郡守主要来自温和派，其中约有半数在大革命期间曾任历届议会的议员。勒图尔纳甚至曾任督政府的督政官；让邦·圣安德烈曾经是救国委员会的成员，他的雅各宾派观点与其他人的总的政治色彩截然不同。除了这些人，他还派了一些将军和外交官出任郡守。
波拿巴还善于纳谏。对于具有最高行政裁决权的参政院，波拿巴让参政官各抒己见，自己也每每兴致极高，高谈阔论一番。他还鼓励其他咨询团体发表意见。这些团体起初是临时召集的，后来逐渐定期召开会议，称作“行政会议”。他经常召集有关的部长和他们属下各单位的负责人、一些参政官，甚至从各郡专门召来的某些官员来参加这些会议。波拿巴在认真听取他们的意见之后，逐步调整整个行政机器的运转。
波拿巴的唯才是举，既表现了他对自己集权的信心，又相当程度上革新了自1789年大革命以来，特别是恐怖年代以来比较僵硬的政策，提高了政府的办事效率，使得法国政局向稳定的方向发展。
强化中央行政司法改革
1800年2月19日，第一执政波拿巴搬进了杜伊勒里宫。一进宫，波拿巴就专为自己设了一个书房，以使不受打扰地工作。唯一获准进入书房的人是笔录他口授命令的秘书——最初是布尔里埃内，随后是梅内瓦尔或者是凡。每当他想与他的属下议事时，他总是到和他书房相连的另一个厅里去。只有塔列朗获得与他一起工作的特权。各部部长被剥夺了决策权，要定时向他呈递报告。他把督政府创立的机构国务秘书变成一个部，并任命马雷为部长，负责集中政府各部、处的文件表报，并把他每天从早到晚从波拿巴那里取到的命令下达给有关部门。就这样，部长变成只不过是波拿巴的办事员而已。波拿巴还增加了部长的数目，削弱他们的权力。1800年他从财政部分出了一个国库部；1801年从参谋总部分出了一个军政部；此外，他派参政官到一些部里，分别管理宗教、国民教育、国有产业、森林、公共工程等事宜。
波拿巴从马伦哥得胜归来后，对参政院的人事制度进行了改革，从而能不动声色地解除那些引起他不快的参政官的职务。他每隔两三个月就准备两份名单：一份是那些执行正常公务的参政官名单，另一份是执行特殊公务的参政官名单，即那些负有特派外放任务的参政官名单。后者不出席参政院会议，虽然他们保留参政官的官衔和荣誉，但任务一旦完成，他们就不必再重返原任，这足以使波拿巴为掩盖某一参政官失宠而把他的名字从一张名单转移到另一张名单。政治上的人事变动引起太明显的注目是不明智的。
1800年2月，波拿巴对地方行政也进行了改革。其内容是：郡、区以及公社仍然保留，取消了共和三年建立的区政府，公社恢复了自治地位。介于公社和郡之间的真正行政单位变成了县，这是旧专区的恢复，只是面积更大些而已。各级行政区都由一名单一的行政长官领导：郡设郡守，由一名秘书长协助工作，取代了原来的“中心行政机构”；县设县长；公社设一名市长，连同一名或几名助理。同中央政府一样，地方行政机构改革关键是取消了选举制。从此以后，所有官吏均由中央政府委派，只有5000名居民以下的公社市长及其助理授权给郡守委派。郡县和公社各级地方议会仍然保留，但它们的议员也要由中央政府或郡守委派，而且议会的会议次数和职权都大大地削弱，所剩无几：地方议会听取财政报告，郡和县一级议会分摊租税，通过地方所需的附加税，并且有权提出建议案；公社一级议会有权规定公地的使用，并负责维修属于公社的公共建筑物。至于涉及附加税及借款问题，公社议员只能发表意见。这样公社就严格处在上级监管之下。各大城市于共和三年建立起来的割裂的行政区划被取消了。里昂、马赛和波尔多改由单一的市政厅管理，但在1804年以前，它们一直还由几名区长负责。在巴黎，12个区及其区政府依然保留下来，但是几乎所有的行政权都交给塞纳郡守；首都没有市政厅，而由塞纳郡总政务厅代行职权。
波拿巴把警察从地方行政机构里分离出来，把警察置于中央机构的控制之下。他保留了由富歇在德马雷帮助下改组的警务部。德马雷原是拥护革命的“红色神甫”，督政府时期出任公职，他是警务部保安警察的头子，是富歇的左右手。1800年3月8日，巴黎以警察厅长的名义恢复了过去的警察总监，负责维护首都秩序，后来在1802年10月4日建立的市卫队也归他管辖。富歇亲自提拔了曾担任高等法院检察官的杜布瓦为巴黎的第一任厅长。警务部在郡里没有常驻代表。直至1800年10月27日才在各大城市及边境上派设了地区警务专员接管了地方当局的警察权，在有些地点，如布伦港，还派驻了特派员。与此不同的是，在大部分郡里，只有郡守是警务部的常驻代表，他们就像过去的巡按使那样有权发出逮捕状和搜查状。但是他们的上司不只警务部部长一个人。由于郡守缺乏有专业训练的部下，他们往往直接从部长或从他派驻到郡里的代理人那里得到有关的情报。与警察并存的还有在蒙塞将军统辖下经过周密改组的宪兵队，它是单独执行任务的。
所有这些警察机构从一开始就享有极大的权力。富歇把侦探及告密者遍布各地。由拉瓦莱特领导的书信检察室严格监视书信往来。肆意逮捕遍布全国，郡守本人就能签署“密札”，不但逮捕政治嫌疑犯，而且还徇情枉法。但波拿巴为了控制富歇，有意让几个警察机构并存，使之缺少政府其他部门所具有的那种统一和集中程度。不仅如此，波拿巴还有他自己的秘密警察，更不必说还有一大批像菲埃韦、让利斯夫人以及蒙洛西哀那样的告密者。他还准许杜布瓦插手政治，支持他与富歇对峙。结果，这些相互竞争的警察机构互相倾轧，波拿巴则坐收渔人之利。
1800年3月18日，波拿巴又开始对司法系统进行改革。在民事方面，乡区保留了它的治安法官，每一县也像过去的专区一样设有一个初审法庭，但新设立了29个上诉法庭。在刑事方面，治安审讯机关变成了简易警事法庭，而初审法庭和上诉法庭则都有刑事宣判权；最高法院、起诉陪审团与判决陪审团、军事和海事法庭都保留下来，郡刑事法庭也保留下来，但设了专职法官。法院工作人员的选拔方法有了很大变化，除治安法官以及商务法庭的法官外，法官不再由选举产生。除最高法院的法官由元老院指派外，其余法官均由第一执政任命。此外，除原有权任命的公证人外，波拿巴还有权确定执行吏的人选、检察官（或公诉人）的人选。最高法官虽仍终身任职，但他们的薪金和晋级却仰仗国家。由于法官是终身任职的，故司法官员不像其他机构的官员有许许多多的旧制度下的旧人员。这样，司法系统虽未完全集权，但其集中程度较以前有了很大的增长。
夏普塔尔说过：“行政制度的力量完全在于能够确保不折不扣地贯彻政府的法律和法令……执行法令要一竿子插到底，从部长直到被治理的百姓，不容中断；它要把政府的法律和法令以电流的速度传达到社会的基层去。”波拿巴就是通过这样的行政和司法政革，在书房里统治全国，“总揽一切”，使他的个人意志能迅速地传到全国，使他个人的独裁统治向前跨了一大步。这次改革也为波拿巴稳定、复兴法国，为日后他荣膺终身第一执政、称帝奠定了基础。
重压轻揉保王党
自大革命以来，保王党势力一直虎视眈眈，企图复辟波旁王朝。如何对付这股势力一直是历届政府头疼之事，但又是关系国家稳定之大事。督政府末期，保王党的主要根据地法国西部再次发生叛乱。首先是旺代地区，此外还有西部、北部的布列塔尼、诺曼底。他们得到了英国的鼎力相助。南部和中部的盗匪也伙同保王党分子肆意破坏，拦劫车辆，杀害行人，袭击乡村和城市，勒索居民，肆行拷打，甚至使用火刑。在执政府成立以后，保王党又准备使用暴力消灭波拿巴的肉体，推翻执政府。在施瓦本，一个由普雷西和当德雷掌管、并得到威克姆资助的机构开始为保王党亡命者入侵做准备。整个机构还与里昂和图卢兹的保王党，特别是与波尔多的保王党联系密切。住在英国的阿图瓦伯爵也让伊德·德·纳维尔在巴黎搞阴谋，但很快暴露了。
波拿巴就任第一执政后，对保王党采取了两手政策，即有抚有压。他执政后，立即派人同朱安党人进行谈判。12月28日，波拿巴通告西部各郡居民：不要受出卖给英国人的叛徒的欺骗，放下武器。他保证他们的信仰自由得到宪法的保障，宪法也保障公民们免遭不公正的压迫性的法律之害；对所有愿意放下武器的叛乱者实行大赦。与此同时，他派布律纳和勒费弗尔将军前往镇压，严令枪决一切持武器的或煽动叛乱的人。到1800年1月和2月，实际上没有进行什么战斗，旺代、布列塔尼、诺曼底的叛乱活动先后被平息，其他地区的盗匪则在1801年5月基本被肃清。少数负隅顽抗者也尝到了波拿巴的厉害。弗罗泰克先是以武力抗拒，后迫于形势去阿朗松与政府谈判。他虽然行前得到了安全保证，但还是被拘禁，送交军事法庭，并和他的六名同伙一起被枪毙了。
同时，为防止保王党的叛乱，波拿巴禁止在5月21日举行纪念处死路易十六的活动。由于保王党控制了大多数报纸，他们就大喊大叫地反对新的议会各院，要求立即进行清洗。1800年1月17日，波拿巴利用这一骚动一举封闭了73家报纸中的60家，封堵了喉舌。后来，又有一些报纸停刊了。到1800年年底只剩下9家。左派报刊当然也同时被清洗了。波拿巴对付政敌的手法之严酷，以至于希农的一位编年史作者写道：“从罗伯斯庇尔统治时期以来，法律从未如此严厉过。”
在严厉镇压的同时，波拿巴也给保王党人以希望。临时执政府上台伊始，即废除了共和七年的“恐怖主义”措施：强制公债，人质法及强迫征用等；准许果月18日以后被驱逐的神甫回国；那些被革命风暴刮到加莱海边的以及四年来被拘留在法国或被迫当流亡者的逃亡者统统从监狱和共和国管区释放出来。与法国人民满怀希望和颂扬一样，保王党对此也非常满意。在执政府中，他选任了在路易十五晚年时的大法官莫普的秘书勒布伦，这是个保王党分子。在参政院中尚帕尼、弗勒里厄、罗·德、圣麦利等人都是同情保王党的。后来增选的巴尔贝-马尔布瓦、波塔利斯迪马、比戈·德·普雷亚梅以及雷米尔都是属于此类。波拿巴希望他们能起到良好的导向和影响。
此后，波拿巴又终止了公布逃亡者名单的政策，而且在1800年3月至1802年5月，几次发布命令，允许逃亡者回国。最后一道命令宣布，凡肯宣誓效忠新政权者，均可回国。波拿巴安抚与和解之策，吸引了一大批逃亡者回国。一些恐怖主义者如瓦迪耶、巴雷尔、1789年革命的元老拉法耶特都陆续回国。到1802年，回国者已占逃亡人数的40%，保王党分子也有4万余家加入了回国潮，连果月政变时被放逐的巴尔贝-马尔布瓦也回来了。