吕内维尔奥地利再签和约
马伦哥战役结束后，波拿巴衷心渴望欧洲能够实现和平。这不仅符合法国的利益，也符合他个人的利益。连年征战，法国人民已经厌恶战争。马伦哥平原战役的胜利，更增添了他们对和平的渴望。另外，法国国库也一贫如洗，财政状况日益恶化。所有这一切，促使波拿巴急于想和奥地利达成一项和平协议。于是，他在从意大利返回巴黎之前，用委婉动听的语言给教皇写了一封信，呼吁和平。“数以千计的法国人和奥地利人已不复存在。……数以千计的被夺去了亲人的家庭仍在祈祷，希望他们的父亲、丈夫和儿子能够平安归来！……这一罪过已经无可挽回……”“我恳请陛下谛听人道的呼声，别再让这两个勇敢而强大民族的子孙，为了连他们自己都不清楚的利害的缘由而互相残杀了。”“给我们这一代人和平和安宁吧！”他还建议：法奥停战扩大到全部军队；双方派遣谈判代表——或秘密或公开，到明乔河和希埃斯河之间的某一地点，商谈保障较小国家权利的办法，并解释《坎波福米奥和约》中经实践证明是含糊不清的某些条款。
获月25日，波拿巴在参加纪念7月14日的庆祝会时，对军官们说：“你们回到营里，就向士兵们说，法国人民希望到葡月1日我们庆祝共和国成立周年纪念日的时候宣布和平，如果敌人继续制造不可逾越的障碍，就再夺一些军旗，作为新的战利品。”
然而，奥地利并不想就此罢休。他们虽然在意大利遭到惨败，但远还没有被彻底打垮，他们在德意志境内还有一支数量远占优势的军队。另外，第二次反法同盟还没有彻底瓦解，英国政府多次表示继续给予援助，鼓励他们无论如何要坚持下去，并兑现了2万英镑。维也纳宫廷内主战派和主和派也争吵不休。
奥军的态度迫使波拿巴不得不用战争施加压力，打破僵局。11月5日，波拿巴宣布取消法国与奥地利的停战状态，命令法军在德、意两个战区同时转入进攻。奥地利这才让大臣科本兹与法国代表约瑟夫谈判。然而谈判毫无进展。于是波拿巴在意大利和德意志同时发动了进攻。12月2日，莫罗将军率领莱茵军团在德国南部霍恩林登森林大败约翰大公率领的奥地利军队，奥军损失了1.2万至1.5万人、大炮100门，之后，莫罗迅速追击溃逃之敌，俘获2.5万人。这次大捷打开了通往维也纳的道路。奥国为了保住维也纳，于12月25日在希太尔签署了停战协定。与此同时，麦克唐纳经过一场出色的山地战，在严冬季节成功穿越了施普鲁根山口，顺利到达了阿迪杰河上游，再次切断了曼图亚要塞与奥地利之间的联系。布律纳也在意大利发动攻势，在卢卡击败奥军，迫和那不勒斯。这样驻意大利的奥军也签订了协定。
在吕内维尔，科本兹竭力抗拒波拿巴的要求。随着奥军战事节节失利，他才一步一步地屈服。经过一段时间谈判，1801年2月，《吕内维尔和约》终于完全像波拿巴要求的那样签订了。和约规定：把比利时、卢森堡和莱茵河左岸的所有德意志领土割让给法国，比利时完全脱离奥地利；奥地利承认法国在荷兰、瑞士、热那亚、伦巴底建立的巴达维亚、赫尔维第、利古里亚以及内阿尔卑斯共和国等附属国；皮埃蒙特仍归属法国占领；奥地利保有伊斯的利亚半岛、达尔马提亚、威尼斯以及到阿迪杰河为止的地区，阿迪杰河右岸地区划归内阿尔卑斯共和国。这样法国再次控制了意大利北部。和约没有提到撒丁王国和那不勒斯王国，也没有提到罗马。这样就使波拿巴以后可随意处理它们。1801年2月18日，那不勒斯国王就与法国签订了《佛罗伦萨和约》，将厄尔巴岛和皮昂比诺公国割给了法国。
尽管奥地利签订《吕内维尔和约》心有不甘，但不管怎样，该条约的签订，结束了第二次反法同盟中的法奥战争，也确保了法国的天然疆界，并为以后法国超越天然疆界奠定了基础。该条约的签订也置英国于艰难境地。大英帝国孤掌难鸣，也只能走向求和之路。
连横对英伦
在著名的沙俄女皇叶卡捷琳娜二世统治时期，俄国坚决奉行反法政策，法俄关系紧张。与此同时，这位女皇与其子保罗关系也十分紧张，她禁止保罗参与国事。保罗则表示，一旦他执政，将全面改变其母亲的政策。1796年，叶卡捷琳娜二世去世，保罗继任皇位。其时，法俄处于战争状态。尽管保罗一世对法国大革命怀有恐惧，宣布“采取一切可能的措施去反对彻底毁灭法律、权利、道德和威胁欧洲的凶暴的法兰西共和国”，但是俄国近40年来战争不断，国力疲惫。为了取得喘息之机，他取消了叶卡捷琳娜制定的新征兵令，撤回派遣支援兵团进攻法国的命令。
英奥不愿失去这个反法同盟国，他们极力唆使俄国参加反法战争。保罗一世也担心法国在地中海势力的迅速增长，并害怕法国和土耳其结成同盟。1798年8月，俄国黑海舰队司令乌沙夫率舰队驶往博斯普鲁斯海峡，六星期之内占领了爱奥尼亚群岛的四个岛屿，并于1799年2月18日攻克了战略要地科孚岛。接着，一支俄国海军部队在意大利南部登陆，占领了那不勒斯和罗马。
1799年年初，第二次反法同盟成立。作为反法同盟国的沙俄派出1.1万人的兵力援助那不勒斯王国。应英国之要求，保罗一世派正在放逐中的苏沃洛夫元帅担任反法同盟联军的总司令。苏沃洛夫不负联军之望，从法军手中夺得了意大利北部。奥地利早有独吞意大利之心，它担心俄国在意大利势力的增强，就以增援在瑞士处于困境的里姆斯科尔萨科夫军队为借口，把苏沃洛夫军队调到瑞士去。苏沃洛夫再发余威，在圣哥大击退法军，并乘势于10月4日翻过潘尼克斯山。法军稳住阵脚后，展开反击，并包围了苏沃洛夫军队。此时，奥军却不驰援，反与法军秘密议和，占领了俄军撤走后的意大利北部。保罗一世得悉后愤慨不已。他写信给奥皇弗兰茨二世，宣布：“今后我不再关注你的利益，而只管我自己和其他盟国的利益。”保罗一世命令苏沃洛夫率军撤回俄国。
继奥地利激怒保罗一世后，英国又在马耳他问题上激怒了他。马耳他是地中海上最重要的战略中心。各国历来都不放弃对其争夺，波拿巴在远征埃及途中就先占领了马耳他。当时统治马耳他的骑士团与沙俄有密切联系，因而向保罗求援，并授予他骑士团大总管的称号。渴望在地中海有一个立足点的保罗一世当即允诺帮助骑士团，以获得马耳他。俄国参加反法同盟就有从法国手中夺得马耳他的目的。英国对马耳他也早已垂涎三尺。1800年9月，英国封锁马耳他，用饥饿迫使法国驻防军投降，独占了该岛，毫不理会俄国的利益。极度失望的保罗一世宣布将停泊在俄国港口的英国船只连同货物全部没收，以示报复。
波拿巴也及时调整对俄政策。1800年7月，他向保罗一世表示，要把1799年秋被俘的6000名俄国战俘送回俄国。沙俄立即派代表商谈此事。波拿巴对保罗一世极尽赞誉之词，并给每个战俘发放新服装、新皮靴，发还军旗和武器。之后，法国又终止对俄国船只的敌对行动。法俄关系密切起来。
12月16日，俄国组织武装中立同盟，反对海上霸权，矛头直指英国。丹麦、瑞典追随俄国，普鲁士也在12月18日加入同盟。俄国还驱逐了路易十八。接着，保罗一世与波拿巴开始通信，商谈媾和条约以及共同对付英国的问题。保罗一世在一份备忘录中写道：“英国由于它的嫉妒、狡猾和财富，不仅是法兰西的对手，而且是法兰西的大敌。”“英国用威胁、诡计和金钱武装了个别列强去反对法兰西。”俄法亲近可见一斑。波拿巴则进一步希望法俄尽快签订和约。保罗一世不仅表示同意议和，并且希望尽快与第一执政共同联合，使欧洲恢复“安宁”。法俄进一步商谈了共同反对英国的军事行动，着手制订远征印度的计划。1801年1月，保罗一世命令一支顿河哥萨克军队进鄂伦堡（契卡诺夫）取道布哈拉和希瓦，直下印度河，与波拿巴配合，发动印度战役，直接同英国作战。
当然，俄法仍存在激烈的利益冲突。保罗一世想和奥地利瓜分土耳其帝国，并且建立一个置于俄国保护之下的领土辽阔的希腊国；俄国仍垂涎马耳他；俄国期望法军撤出那不勒斯王国，并且恢复撒丁王国的王位；俄国要确保对德意志的保护权。而波拿巴决不会把意大利交给奥地利，也不会把它让给俄国；更不准备把“土耳其大皇帝”交给俄国控制。
但不管怎样，法俄接近，波拿巴远征印度的计划和俄国南下的消息，使英国首相威廉·皮特感到极度不安，也引起了俄国上层贵族的不满。在英国驻彼得堡大使的支持下，也经皇储亚历山大的默许，1801年3月23日，阴谋分子冲进保罗一世的卧室，将其扼死。同月28日，英国派遣一支以帕克为司令、纳尔逊为副司令的舰队开进厄勒海峡，炮轰哥本哈根。丹麦舰队遭受严重破坏。丹麦被迫缔结了停战协定。在获悉保罗一世死后，又于5月28日签订了和约。瑞典也于5月18日签订了和约。6月17日，亚历山大也采取了同样的步骤。这样，第二次武装中立同盟就告解体了。
但新沙皇亚历山大一世并没有立即完全放弃以往的外交政策。他授权莫尔科夫伯爵继续在巴黎进行谈判。1801年10月8日和10日，法俄签订《法俄和约》和《巴黎秘密协定》。法国做出了让步，同意由沙皇出面调停法国因割取撒丁王国和德意志各诸侯领地给予补偿问题；承认俄国海军上将乌沙科夫在爱奥尼亚群岛建立的七岛共和国；不再损害那不勒斯王室的领土完整；俄法共同保障海上自由。俄国还是没有与英国站到一个阵营里。
英国失去奥地利和俄国，倍感孤寂无援。