波拿巴在夺去英国盟国的同时，又力图直接威胁英国。1800年期间，波拿巴开始改革海军的后方勤务和发展海军军备。在《吕内维尔和约》签订以后，他建立布伦大营准备登陆英格兰，并与西班牙联合。英国朝野上下均有惊慌情绪。1801年8月纳尔逊曾先后进攻由图什-特雷维尔率领的法国小舰队，但是遭到了失败。
与此同时，英国经济十分不景气。1799年2月工业危机袭击英国；1800年武装中立同盟成立后又把英国从波罗的海排斥出去；同时，在防止法国占领的借口下，丹麦人占领了汉堡，普鲁士占领了汉诺威，有效地阻止了英国在德意志各河流和汉撒各城市的贸易。而德意志和波罗的海各国恰恰是英国的两个市场。波罗的海航运的终止引起了英国谷物市场的恐慌，1801年4月25日，每夸脱小麦价格涨到151先令。一磅面包的价格高达5便士以上，相当于法国7个苏。虽然政府采取了措施，可是仍到处发生骚动。英国政府财政也令人不安。1801年黄金升值9%，白银升值17%；英格兰银行的现金储备再次减少到450万英镑。而1800年和1801年，英国对盟国的补助金达560万英镑，维持驻防军的费用达280万英镑，另外还要大量进口粮食。这三项款项高达2330万英镑。而在1801年，英国在西班牙的外汇损失了几乎66%，在汉堡损失了63%。政府财政拮据，而无论是贵族还是商人都反对提高所得税。在这样的情况下，和平成了人民的普遍愿望。《每月杂志》指出：“既然那种要饿死法国国民的人道和值得称赞的政策不能实现，也许试图用媾和来防止我国人民饿死可能是良策。”
皮特和格伦维尔对是否应与法国议和举棋不定。但随着奥、俄的背叛，皮特备受指责。1801年2月5日，他提出了辞呈。3月14日被迫辞职。阿丁顿奉命组阁。英国一方面争取俄国，另一方面又让新外长霍克斯伯里向法国建议进行和平谈判。法国派塔列朗与之会谈。英国想保留它的大部分征服地，包括印度，并要求保证那不勒斯和撒丁王国的独立。塔列朗则只同意交出埃及和印度，但要保留法国在大陆上的全部征服地，而英国则要放弃马耳他、梅诺卡特立尼达、法属安的列斯群岛，实际上还要放弃埃及，只保留锡兰。
关于埃及，波拿巴在1799年离开埃及时把它留给了克莱贝尔，并指示他不惜以放弃埃及为条件与土耳其谈判。1800年1月24日，克莱贝尔同率军从叙利亚前来的土耳其宰相优素福和英国人西德尼·史密斯在阿里什会晤，并达成了一项协定。但是英国舰队司令基恩拒绝承认这一协定。3月20日，克莱贝尔在希里奥波里斯彻底击溃土耳其军队。不幸的是，克莱贝尔于6月14日被害。其继任者梅努将军威难服众。波拿巴派出增援的冈多姆舰队贻误时机，被英国远征军抢得先机，在埃及登陆。土耳其军队也同时进击，梅努无力回天。6月28日开罗投降，8月30日，亚历山大被英军攻陷。在英法谈判之时，法国人实际都明白埃及的丢失是朝夕的事。故法国人千方百计在埃及问题上把英国人与土耳其人的矛盾挑起。果不出所料，1801年10月9日，英国在大陆上的最后一个盟国土耳其也离它而去。法国人与土耳其签订了和约，答应将埃及归还给土耳其。此时的埃及实际已不在法国的控制之下，而在英国的控制之下。
法国对俄国的让步和签订对土和约使第二次反法同盟完全瓦解了。这使它在与英国的外交谈判中处于有利的外交环境中。当波拿巴威胁说，如果英国不在这些预备好的条款上签字就中断谈判时，英国遂于1801年10月1日签订了停止军事行动的初步协定。1803年3月27日，双方在亚眠签订了和约。《亚眠和约》规定：（1）英国应将战争期间所占的法国及其盟国的殖民地（锡兰和特立尼达岛除外）都归还给它们；（2）英国应从它占领的地中海及亚得里亚海上的各个港口及岛屿撤走；（3）英国将马耳他岛归还给圣约翰骑士团，马耳他永久中立；（4）双方保证土耳其领土属地和权利应和战前一样保持完整，英法两国从埃及撤军，把埃及归还土耳其；（5）法国应从那不勒斯、罗马和厄尔巴岛撤退。
《亚眠和约》签订后，欧洲各国都暂时放下武器，战火暂时平息下去。但各国的矛盾并没有因此而解除，特别是英法两国。双方在亚眠签约后，巴黎沉浸在一片胜利的欢乐中，而英国也不认为自己是战败国。明眼人都看得出，英法两国为了争夺商业和政治的霸权，绝不会因此而善罢甘休。欧洲的和平绝不会持续很久，烽烟必将很快再起。
欧洲和平下的危机
《亚眠和约》签订后，英法双方都没有认真执行。波拿巴要为法国重建一个殖民帝国。他要在欧洲恢复莱茵河和阿尔卑斯山的法国天然疆界，在海外恢复18世纪法国丧失的殖民地，建立以法国为母国的欧罗巴合众国。这个合众国不仅包括欧洲的附属国，还包括埃及、土耳其、伊朗、阿富汗、印度、西印度群岛、北美洲的路易斯安那、西班牙和葡萄牙在美洲的殖民地。
为达此目的，他在国内锐意改革，发展经济，以确保国内的稳定，也增加政府的财政收入，促进人口增长，从而使军队能够获得新的兵源。与此同时，他也着手制订打击其主要对手——英国的海上实力的计划，实现其宏伟的设想。1802年，波拿巴派勒克莱尔去镇压海地的黑人起义。在欧洲大陆，波拿巴极力控制意大利、荷兰、莱茵地区。1802年8月，法国吞并了厄尔巴岛，9月吞并了皮埃蒙特，10月，吞并了帕尔玛。他借瑞士发生的起义，控制了瑞士政府。1803年9月27日，瑞士联邦和法国签订了一项为期50年的防御同盟条约，并且重订了为法国招募4个团、每团4000新兵的条款。但是联邦却没有常备军。法国还利用《吕内维尔和约》规定补偿莱茵河左岸被剥夺了的王侯机会，在德意志扩充势力，进展很快。1803年2月25日，德意志帝国议会批准了体现法俄意志的“帝国大法”，废除了各教会邦国，同时把51个自由市减为6个。德意志各邦国的领土也进行了调整，法国从中牟利极多，整个南德意志都倒向法国一边来反对哈布斯堡王室。这一年，法国采取了一系列直接针对英国的行动：占领英国国王在欧洲大陆的领地汉诺威，在一切附属地区没收英国的财产，逮捕居住在法国的英国人。波拿巴在布伦港集结了12万军队、1万匹战马、3000艘战船，准备乘大雾，突破英吉利海峡，直接进攻英国本土。为配合他进攻英国的计划，波拿巴还命令在布勒斯特和土伦的舰队冲破英国封锁，与西班牙会合，袭击西印度群岛的英国领地，然后袭击英国本土。波拿巴在地中海东岸也进行了扩张。1801年和1802年，法国分别与的黎波里的帕夏和突尼斯的别伊缔结了条约。之后，他又强迫阿尔及利亚总督同法国订立了条约；派塞巴斯蒂亚到埃及、叙利亚，设法和本地的首领建立联系；派卡韦尼亚克到马斯喀特，德凯恩到印度访问。波拿巴对澳大利亚也颇感兴趣。1802年11月，法国船队驶往德巴斯海峡和澳大利亚海岸。
1803年，波拿巴又试图远征路易斯安那。因美国总统杰斐逊透露，如果法国留在路易斯安那，美国在即将的战争中将参加英国一方，法国海军实力实在有限，无奈之下，波拿巴只好将路易斯安那以8000万法郎（法国实际上得到5500法郎）卖给了美国。
英国在《亚眠和约》签订后，也不想执行其条款，他们以法国不遵守《亚眠和约》为借口，拒绝从马耳他撤军。波拿巴则要求英国“应履行全部亚眠条款，别无选择”。波拿巴与英国驻法大使多次激烈争论。1803年3月13日，波拿巴大骂英国大使，以战争进行恫吓：“要么归还马耳他，要么就是战争。”塔列朗也宣称：“随着第一声枪响，就会诞生一个高卢人帝国。”
面对法国咄咄逼人的气势，加上法国最大限度地限制对英贸易——英国的五金器皿和棉毛织品不能向法国及其附属国以及刚交给法国的殖民地出口，英国愤慨不已。1803年4月皮特再度执政。4月26日，惠特沃思交给波拿巴一份最后通牒，要求波拿巴同意英国继续占领马耳他。如果7天内不表示同意，他就回国。1803年5月12日，英国使节离开法国。16日，英国对法宣战，英法断绝外交关系。英国再度采取军事行动，开始寻找新的盟国。
在英法再度爆发战争前后的时间里，俄国执行中立政策。秉性优柔寡断又喜欢耀武扬威的亚历山大一世幻想通过在英法两国之间充当调停人的角色来提高俄国的国际声誉，增强俄国的国际地位。1803年1月19日，他授命俄国驻巴黎大使莫尔科夫伯爵正式表示：欧洲目前的制度，不应再受扰乱，各国政府应尽力维护和平并谋求本国人民的幸福。他还建议法国第一执政发表公开讲话，以消除英国对于分割奥斯曼帝国的疑惧，从而保证世界和平。英法战事再起时，他还提出了停战草案。但由于英法两国急于进行战争，俄国调停失败。俄国还以波拿巴任意“修改和歪曲欧洲地图”，其近东政策、德意志和意大利政策损害了俄国的利益而逐渐站到了反法一边。对此，恩格斯评论道：“作为联邦国家的德意志帝国实际上已经瓦解……但是俄国和法国也希望得到德意志帝国的王位继承权。法国用武力摧毁了旧的帝国……德意志小的诸侯都俯身在它的脚下。而俄国呢？……俄国能允许科西嘉的暴发户从它的鼻子下把猎获物夺走吗？……当1805年战争爆发时，只要稍微懂得一点事的人都会明白，问题仅仅在于各小邦是莱茵联邦，还是做俄国的莱茵联邦。”
奥地利丧失意大利，又失势于德意志，心中也实在不甘。但由于元气伤得太重，只有把仇恨藏在心里，等待有利时机向法国报复。而被波拿巴专横跋扈地对待的普鲁士和德意志西部和南部小邦国则摇摆不定，难以定夺。正由于此，第三次反法同盟的形成缓慢，直至1804年年底方才形成。