至此，耶拿-奥尔施塔特战役以法军大捷、普军大败告终，普军不仅遭受了可怕的伤亡，还有2.5万人做了俘虏，200门火炮、60面军旗成了法军的战利品，普军主力已不复存在。连胜利者都没有想到，貌似强大的普鲁士军队竟会如此不堪一击，这在很大程度上要归咎于普鲁士将军们的无能。
在10月14日的会战中，唯一未赢得荣誉的法军就是贝尔纳多特的第一军，此人拒绝达武的建议后，执意向先前指定的地点多恩堡前进，他一整天都可以听到从耶拿和奥尔施塔特两个方向传来的枪炮声，结果却在两个战场之间徘徊不前，直到傍晚战斗结束。如果他能及时参战的话，普鲁士军队恐怕难逃全军覆灭的厄运。为此，拿破仑把贝尔纳多特痛骂了一顿，只是因为顾及两人的姻亲关系（贝尔纳多特的老婆与拿破仑哥哥约瑟夫的妻子是姐妹，她还曾是拿破仑的情人），这才没有将他撤职查办。
模范追击与大陆封锁
大败之后的普鲁士国王因为害怕法军跟踪追击，连首都柏林也不敢回，一直往东逃到东普鲁士首府柯尼斯堡（即今俄罗斯的加里宁格勒），惊魂未定的他向俄国求救。腓特烈·威廉三世选择10月同法国开战实在是愚蠢至极，他的盟友俄国军队虽正向普俄边境靠近，但根本来不及救援他的败军，如果普鲁士能再等待两个月，到了冬季，拿破仑就会面临更为强大的敌人，现在已悔之晚矣。
法军在耶拿-奥尔施塔特战役取得大胜后，并未善罢甘休，拿破仑不想失去追歼溃逃之敌的良机。法军各部此刻就像一群撒手的猎狗，四处追剿敌军残部。普鲁士军队已处于半瓦解状态，无法组织起有效的抵抗，根本就不像几星期前还十分傲慢自信地要消灭拿破仑的那支军队。10月16日，埃尔富特守军1万多人向缪拉投降。霍恩洛厄亲王的残部由马格德堡向波罗的海边的斯德丁要塞（即今波兰的什切青）撤退，半路被缪拉的骑兵截住，霍恩洛厄毫无斗志，10月28日率部1.6万人投降。此前一天，拿破仑耀武扬威地进入普鲁士首都柏林，柏林市长恭恭敬敬地向他献上城门钥匙，以示降服。拿破仑还从普鲁士国王的波茨坦夏宫里拿走了腓特烈大帝的宝剑和军功章，当做战利品送给了巴黎的残废军人院。11月6日，波罗的海港口吕贝克被法军攻陷。次日，在贝尔纳多特和苏尔特的围追堵截下，东躲西藏的布吕歇尔所部近万人终于在波罗的海边被迫放下武器。11月8日，马格德堡要塞守军2万多人向内伊军团投降。法军的追击无往不胜，取得了赫赫战果，不到一个月，普鲁士和萨克森的军队就被打垮，总计伤亡2.5万人，被俘者达10万人。法军缴获物资无数，仅在柏林一地，就缴获大炮4000门，军马2万匹，步枪10万支。普鲁士境内诸要塞望风而降，东至奥得河的领土落入法军手中，萨克森和魏玛被迫加入莱茵邦联。这是历史上最著名的一次追击战，因而被誉为“模范追击”。
拿破仑占领了远至奥得河口的德意志海岸，于是他决定进一步打击宿敌英国的商业贸易，以不流血的方式扼杀英国，为此他首先没收了在普鲁士和萨克森境内的一切英国货物，并命令莫蒂埃元帅去占领汉堡及汉萨同盟的其他港口城市。1806年11月21日，拿破仑在柏林颁布大陆封锁敕令，宣布全面封锁英伦三岛，凡是在法国及其盟国占领区，发现英国臣民或货物一律扣押和没收。他准备用以毁灭英国贸易的庞大计划包括十一条内容，头八条是最重要的，其细节可以略述如下：
一、宣布不列颠诸岛处于封锁状态之中。
二、一切前往不列颠各岛的旅行和通信均应禁止。
三、所有在法军及其盟军占领的国家中，若发现任何英国臣民，一律当做战俘收容。
四、所有仓库、一切商品及财产，无论其属于何种性质，只要是属于英国人的，一律予以没收。
五、一切买卖英国商品的商业都在禁止之列，所有一切充公没收的财产中，应提出半数来赔偿因为商船被英国巡洋舰所捕获而受到损失的商人。
六、自本敕令公布之后，一切直接从英国及其殖民地开来的船只，以及曾经到过该地的船只，一律不准进入欧洲的任何港口。
七、属于英国的商品，或是从其工厂和殖民地中出来的，一律宣布为没收对象。
八、一切假借名义企图违反上述规定的船只，一律加以没收，对于船只本身和所载的货物则一律视同英国货物来处置。
这个敕令是拿破仑大陆政策的奠基石，凡是愿意接受其约束者，即视为法国的友人，否则即被认为是法国之敌。这真是一项疯狂而又难以执行的计划，汉堡、不来梅、吕贝克、罗斯托克等德意志海港城市原本同英国有着极其密切的商业往来，封锁英国，就意味着这些因海外贸易而繁荣发达的城市将从此走向衰亡，如此一来不可避免地要引起当地民众的强烈不满。这项政策即使在法国也遭到不少人的异议，但拿破仑为了彻底打倒英国，决定不择手段不惜代价。英国政府当然也以牙还牙，于1807年1月7日宣布任何中立国船只载货进出法国及其同盟国港口者一律予以扣留。作为报复，1月27日，拿破仑又命令没收汉萨同盟各城市中的英国货物，连同其殖民地所生产的物品在内。又一场旷日持久的殊死战斗开始了，但这是拿破仑难以取胜的一场战争。
艰苦漫长的冬季战争
拿破仑在夺取柏林之后，方才同意普鲁士国王的求和，但由于条件苛刻，普鲁士难以接受，而且俄国答应如果普鲁士同其保持同盟关系，沙皇即将亲率14万大军前来援助，于是普王决定拒绝批准普法和约，整军再战，把自己同俄国人绑在一架战车上。既然战争不能结束，拿破仑只好奉陪到底，他在给将士们的公告中说道：
士兵们！俄国人自吹前来同我们会战；我们将前去和他们交锋，我们将让他们少走一半路程。他们将在普鲁士中部再次找到奥斯特里茨。在这场战役以后，一个曾经立即忘却我们所施与的仁慈的国家，它的皇帝、朝臣、残余部队，只有我们同意他们投降才能获救。那将是一个不能成功地对抗我们的国家。而当我们前去迎战俄国人的时候，在帝国内部组成的一些新的部队，就会接替我们的岗位，保卫我们的胜利果实。我的全体人民已经站起来了，他们对普鲁士内阁胡言乱语地向我们提出要我们屈辱投降感到愤怒；在我们的大道上和在我们的边境城市里，已经布满了渴望踏着你们的足迹前进的新兵。今后，我们将不再受某种背信弃义的和平的愚弄，我们将不再放下武器，除非我们能迫使我们国家的永远的敌人——英国人放弃扰乱大陆和称霸海洋的计划。
士兵们！我除对你们不断对我显示的爱戴之忱表示衷心的感谢以外，我无法更好地表达我对你们的感情。
稍作休整，大军便向东进发。尽管严冬将至，拿破仑却不想坐等敌人上门，这不是他的作战风格。再说，若是等到春天再战，俄国人就会集结起一支数量庞大的军队，普鲁士也可能恢复元气，而奥地利也可能会被拉拢到普俄阵营中去，到那时形势可就太不利了。所以1806年11月初，达武的军队就占领了普俄边境附近的波森（今波兰的波兹南），作为野战部队的未来出发地。