俄军由卡缅斯基元帅指挥，此人年逾八十，早已老朽不堪，难当重任。由汉诺威人本尼格森将军率领的5.5万俄军正向法军逼近，另一支3.6万人的俄军由布克斯霍夫登将军指挥，离得还很远。普鲁士国王虽已逃至柯尼斯堡，但在战场上还有约1.5万人的军队，由莱斯托克将军指挥。由于俄军一如既往的行动迟缓，拿破仑可以从容地做出部署，11月底缪拉的骑兵打进华沙城，从俄国人手中夺取了波兰古都。波兰人因此把拿破仑和法军看作是把他们民族从普鲁士人、奥地利人和俄国人手中解放出来的救星。俄军前卫部队见法军行动迅速，没有立即与其先头部队交战，而是退守华沙北面不远处的普乌土斯克，随后赶来的法军不依不饶地继续发起进攻，迫使俄军再次退却，但法军并没有取得决定性的战果。经过长途跋涉和连续不断的战斗，法军已筋疲力尽，士气低落，拿破仑骑马从士兵身旁经过时，已无人像奥斯特里茨战役时那样向他欢呼“皇帝万岁”了。由于恶劣天气和泥泞道路的制约，法俄两军无法行动，双方只好宿营休整，等待明年再战。
1807年1月，接替卡缅斯基担任俄军总司令的本尼格森对内伊的部队发动突然袭击，迫使其退却，从而挑起了新一轮战事。2月，拿破仑准备发动新的攻势，包抄俄军的左翼，大军已经集结完毕，随时可以出击，不料拿破仑的参谋长贝蒂埃元帅派去给贝尔纳多特下达作战命令的一名参谋在途中被哥萨克骑兵巡逻队俘获。这样，不仅贝尔纳多特的军队不能支援主力进攻，而且拿破仑的全盘计划也泄露给了俄国人，本尼格森立刻意识到形势危险，赶紧北撤，退往柯尼斯堡。拿破仑大军随后追击，唯独贝尔纳多特的第一军没有动静，因为他根本没有接到命令。为夺取普鲁士人控制之下的其余领土，拿破仑又组建了第九、第十两军，由其幼弟热罗姆·波拿巴和勒费弗尔分别指挥。波兰人也加入法军行列一同作战，波尼亚托夫斯基亲王就是波兰最出色的一名军官。
由缪拉的骑兵和苏尔特的第四军组成的法军先头部队，于2月7日在东普鲁士境内一个名叫埃劳的小镇（今名巴格拉齐昂诺夫斯克，属俄罗斯），追上了由巴格拉齐昂亲王指挥的俄军后卫部队。一场激烈的遭遇战随即爆发，法军夺取了埃劳。拿破仑于当晚赶到，立刻亲自指挥全军。他命令苏尔特军和奥热罗的第七军第二天从埃劳发起正面进攻，近卫军作为后援，达武的第三军迂回俄军左翼，内伊的第六军咬住俄军的右翼，即由莱斯托克将军指挥的普鲁士军队。翌日拂晓，埃劳会战以大炮对轰开始，法军从埃劳向前推进，进攻俄军阵地，谁知一场暴风雪骤然而至，弄得法军士兵晕头转向，结果在俄军炮兵近距离的猛轰之下，伤亡惨重，只得撤退，俄军则乘机反击，两军为争夺埃劳进行了殊死的拼杀，双方损失都很大。还是达武军团的迂回包抄最终扭转了战局，待到夜幕降临时，俄普联军全部撤往柯尼斯堡。法军也已精疲力竭，无力再追。
埃劳会战是当时流血最多的战役之一，法军8万人参战，损失1.5万人，俄军损失相对大一些，7.3万人参战，损失1.8万人。虽然法军仍控制着战场，但只是令敌军退却，收获不大，负责正面进攻的第四、第七两个军还因此蒙受了严重的伤亡，几乎丧失战斗力。由于法军无力再打一场大仗，拿破仑只好率全军后撤，先巩固广大的后方，双方暂时休战过冬。不过在这段休整时期，拿破仑也未闲着，他解散了损失过于惨重的第七军，从国内征召了一批新兵。5月底，获得了波兰人支援的法军终于攻克了位于维斯杜拉河入海口的但泽要塞，使所占领的德意志北部地区得到了巩固。
1807年战争的结局：弗里德兰战役
4月26日，俄国、普鲁士签署了《巴腾斯坦条约》，继续对法作战，以后英国和瑞典也加入进来。6月，休整之后得到加强的俄军又发动对内伊的袭击，这一次恢复元气的法军可以好好地教训一下俄军了。现在拿破仑决定一鼓作气，彻底击败俄军，将其一举赶出东普鲁士，从而迫使普鲁士和俄国最终求和。
法军重又开始发动进攻，本尼格森指挥的俄军且战且退，一直撤到柯尼斯堡东南不远处的一个小镇弗里德兰（即今俄罗斯境内的普拉夫丁斯克），它是阿勒河下游最后一个可供俄军过河的地方，也是俄军在东普鲁士的最后一个支撑点。拿破仑迅即决定拿下这个战略要地，进攻方向有两个，西路较短也较容易，可以直取俄军的补给基地柯尼斯堡，但这样只能将俄军驱赶出东普鲁士，而不能有效地消灭他们，俄军撤回俄国后，更不可能深入俄国腹地去追击他们；如果走东路，虽然要绕道不少，但可以切断俄军在东普鲁士与俄国本土之间的交通线，从而将其困在东普鲁士一举歼灭，只是这样做极其冒险。傍晚时分，法军莫蒂埃、拉纳、内伊三个军分成左、中、右三路向俄军进攻，骑兵也配合行动。近5万俄军背水一战，他们的炮火给法军造成很大杀伤。在攻势毫无进展的情况下，塞纳蒙将军的炮兵预备队紧急加入战斗，给法军步兵以有利支援。经过三小时激战，法军终于拿下了弗里德兰，俄军残部无心恋战，渡河夺路北逃，前往涅曼河边的提尔西特。
弗里德兰大战，法军8.6万人中损失1.2万人，俄军4.6万人参战，损失多达2万余人。虽然法军损失不小，但攻占了既定目标，在近卫军和第一军尚未参战的情况下，俄军遭受重创，并被逐出东普鲁士，而且还有80门火炮成了法军的战利品。同一天，缪拉、达武和苏尔特的军队也将普鲁士军击退，莱斯托克被迫放弃柯尼斯堡，随俄军一起退往提尔西特。
提尔西特：拿破仑帝国的奠基石
6月19日，紧追不舍的法军夺取了提尔西特。俄军请求停战，拿破仑立即接受，他无意也无力深入俄国辽阔的内地，他的补给线已经延伸得太长了，法军也变得越来越虚弱。现在，除了涅曼河以北的梅梅尔地区外，法国已经占领了整个普鲁士领土，拿破仑觉得是见好就收的时候了，他急于同俄国沙皇亚历山大一世达成协议，以便可以腾出手来对付身后的奥地利可能出现的敌对行动。6月25日，拿破仑和亚历山大在涅曼河上一只设有帐篷的木筏上举行会晤，讨论和平条件。这是精心安排的，这样沙皇可以不必去法军占领的涅曼河岸，拿破仑也不必去涅曼河岸俄国的一侧。在河岸的法国一侧排列着拿破仑的全部近卫军，在俄国一侧则有亚历山大为数不多的侍从人员。普鲁士国王腓特烈·威廉三世可怜兮兮地冒着大雨在河岸上等候他们的决定，听从他们的发落。
两位皇帝同时登上木筏以后，拿破仑和亚历山大热烈拥抱，然后两人在帐篷里开始了长达两个小时的谈话。拿破仑问道：“我们为什么打仗呢？”亚历山大回答：“我和你一样憎恨英国人，在你反对英国人的一切活动中，我将成为你的助手。”拿破仑说：“在这种情况下，一切都可以妥善安排，和约也可以签订。”于是法国外交大臣塔列朗奉命赶来参加和谈。拿破仑所希望的，是封闭波罗的海，不让英国船只进入，俄国人同意了。经过十多天的谈判，法俄两国终于在1807年7月7日签订了《提尔西特和约》，两天之后，法国也与普鲁士签订了和约。第四次反法同盟又以失败告终。当着众人的面，拿破仑吻别了自己的新盟友——沙皇，启程返回巴黎。
根据《提尔西特和约》，拿破仑按照他的意愿重建了中欧和东欧。在先前被普鲁士侵占的波兰土地上，拿破仑建立了一个华沙大公国，交由新盟友萨克森国王腓特烈·奥古斯都统治；重要港口但泽成为一个自由市；在易北河以西的普鲁士领土上成立了一个威斯特伐利亚王国，国王由拿破仑最小的弟弟热罗姆·波拿巴担任。丧失了大片国土的普鲁士王国缩小到只有原先的一半大，沦为法国的附庸，其陆军被削减至4.2万人，赔偿军费1.4亿法郎，还要与法俄两国采取一致的行动对抗英国。屡战屡败的俄国则被拿破仑拉拢过来，成了暂时的盟友，俄国将地中海上的爱奥尼亚群岛和达尔马提亚海岸交给法国，作为交换，俄国得到了波兰的比亚威斯托克省，并获得对奥斯曼土耳其自由行动的权利。俄国并且同意如果英法未能达成全面的和平，则将与法国一同对付英国。击败了两个老牌强国后，拿破仑在欧洲大陆上已经暂时没有了对手，《提尔西特和约》的签订，标志着拿破仑的帝国进入了鼎盛时期。