俄军一撤退，法军就以雷霆万钧之势冲向奥地利。1800年6月14日，拿破仑在上意大利的马伦戈取得对奥军的决定性胜利；6个月后，又在巴伐利亚的霍亨林登战役中再创奥军。战败的奥地利被迫再次求和。1801年2月9日，双方签订《吕内微尔和约》，依据这个和约，法国获得在《坎波福米奥和约》中早已确认并进一步扩大了的帝国莱茵河西岸地区，奥地利放弃比利时和列日，并承认法国在东部边境从北到南建立的一系列卫星藩属共和国，作为法国的屏障。它们是巴达维亚共和国（荷兰）、海尔维第共和国（瑞士）、利古里亚共和国（热那亚）、南阿尔卑斯共和国（伦巴底—米兰）。奥地利再次失去意大利和莱茵地区的统治，这是它所不甘心的。《吕内微尔和约》实际上结束了第二次反法联盟。英国也于1802年3月同法国签订《亚眠和约》，进入唯一的暂时休战时期。
第二次反法联盟的失败和法、奥间和约的签订，对德国政治现状和领土布局产生了深刻影响。首先，由于奥地利以德意志帝国的名义放弃了莱茵河西岸地区，德国丧失了1150平方英里的土地和近400万居民（占全德人口的1/7），莱茵河从此成为法兰西共和国和德意志帝国之间的国界。其次，和约所规定的对从莱茵河西岸地区被赶走的德国世俗诸侯所受损失将在帝国内部用教会土地加以补偿的原则，导致了德国领土的重新分配和帝国政治体制的深刻变化。为澄清后一问题，德国在累根斯堡召开了全帝国代表会议。会议在拿破仑和亚历山大一世的监督下，以法、俄两国在1802年8月提出的计划为基础，于1803年2月25日通过了《全帝国代表会总决议》。总决议规定取消帝国内部的112个邦，以小邦并入大邦的方式把德意志邦国的数目缩减至三十几个；绝大部分教会诸侯邦国实行了教产还俗；1500个帝国骑士领地和45个帝国直辖市失去直属帝国的地位，被分别置于世俗邦国之下；汉堡、不来梅、卢卑克、奥格斯堡、法兰克福和纽伦堡这6个帝国城市仍保持独立地位。巴伐利亚、符腾堡、巴登等中等世俗邦国通过兼并小邦扩大了领土。奥地利得失相抵，势力相对有所削弱。普鲁士因退出汉诺威，失去48平方英里的土地和13.7万人口，却从补偿中获得235平方英里的土地和60万人口。由于获得希尔德斯海姆、帕德博恩、艾希斯费尔特、爱尔福特、明斯特的东部及其城市，大修道院领地黑尔福特、魁特林堡、埃尔滕、埃森、韦尔登、卡彭贝格以及帝国城市米尔豪森、诺德豪森和戈斯都拉等地，普鲁士在西北德的地位得以大大加强。
德国领土变动是反法战争失败的产物，它无疑贯穿着法国的战略意图，即通过大量缩减小邦、扩大中等邦国的势力，以对抗奥、普两大邦；同时，适当照顾普鲁士的利益，以集中削弱和打击奥地利。但是，这种领土变动方式改变了德意志长期以来小邦割据分裂的局面，客观上为德意志未来的统一消除了障碍。另一方面，由于教产还俗和一些天主教诸侯领地被废，德国天主教势力遭到沉重打击，这又为德国政治生活世俗化的发展创造了前提。此外，随着信奉天主教的邦国数目大大减少，人们可以预见的是奥地利哈布斯堡家族被推选为德意志皇帝的机会也在变小。对于这些既成事实和潜在可能，奥地利是不甘心接受的，因此新的战争仍然是不可避免的。
1805年8月，奥地利加入由英、俄两国策动的第三次反法联盟，德意志同法国的战争再度打响。拿破仑原计划法军登陆不列颠作战，但因法国舰队在特拉法加海战中遭受英军重创而放弃。在陆上，10月中旬法军在乌尔姆击败奥军，以后长驱直入，于11月攻下奥都维也纳。12月2日，法、俄、奥三国在维也纳东北120公里的奥斯特里茨举行了著名的“三皇会战”，法军一举歼灭俄奥联军3万余人。这一辉煌的胜利迫使俄军残部退入波兰，奥地利被迫再次议和。依据12月26日签订的《普勒斯堡和约》，奥地利放弃在意大利仅存的威尼西亚，承认拿破仑为意大利国王；割让蒂罗尔和福拉尔贝格给巴伐利亚，其余它保留的南德领地分别让与巴登和符腾堡。此外，它还被迫赞同将巴伐利亚和符腾堡升格为王国。第三次反法联盟至此又宣告瓦解。
《普勒斯堡和约》以把奥地利完全排挤出意大利和德意志并扩大亲法的中等邦国势力再次实现了法国的战略意图，但拿破仑并不以此为满足，他在1806年7月，策动西、南德16个邦国组成“莱茵联邦”，脱离德意志，进一步肢解了德国。莱茵联邦以拿破仑为保护人，作为对抗奥、普两大邦的“第三德意志”，在事实上宣告了神圣罗马帝国的灭亡。1806年8月6日，德意志皇帝弗兰茨在宣布自己是奥地利皇帝的同时，正式宣布帝国皇位已不复存在，于是形式上延续近850年的德意志神圣罗马帝国就此终结。
帝国的瓦解和奥地利的衰落，使普鲁士成为拿破仑在德国扩张的新目标。自1795年签订《巴塞尔和约》以来，普鲁士与法国之间的和平维持了10年之久。现在，随着奥地利的军事失败，它急于充当德意志霸主的心情日益迫切。但是，拿破仑要全面控制德意志的计划也变得越来越清楚，莱茵联邦的不断扩大（最后达到21个邦），不仅使他的权力深入到德国的心脏，而且直接威胁到普鲁士的领土完整。汉诺威曾作为使普鲁士保持中立的许诺，现在又被用作同英国讨价还价的筹码，被一笔勾销。对于这些欺骗和公然侵犯，普鲁士国王怒火中烧、愤愤不已。他因绝望而产生了勇气：因为他确信，不管他怎样卑躬屈膝，拿破仑还是要进攻的。1806年9月，普鲁士参加了由英、俄两国策动的第四次反法联盟。在举国一片愤怒的主战声中，头脑发热的普鲁士政府甚至在盟友尚未一致行动的情况下，便昏头昏脑地单独对法宣战。10月9日，两军在什列茨相遇，普军初战失利，损失约700人。第二天，在扎尔费尔特的交火中，普军再败，丧失1500人。这两场小战的消息传至柏林，所有的人都为之震惊，过分的自吹自擂很快地为张皇失措、胆战心惊的心情所取代。10月14日，耶拿和奥埃尔施塔特两场战役决定了普鲁士的命运：全军覆没，士兵成百上千地向法军投降，到处弥漫着绝望的惊慌心情。10月27日，即战争开始后的第19天、耶拿之战以后的13天，拿破仑以胜利者的姿态穿越普鲁士的凯旋门——勃兰登堡门进入柏林，并命令法军继续追击仓皇东逃的普鲁士残军。至11月8日马格德堡投降，拿破仑在一个月的时间内，就消灭了他曾认真加以考虑的欧洲四大强国之一，并且是他从未有过的绝对优势的全胜。这个曾经拥有为人称颂的弗里德里希二世传统的军队和最完善的行政机构的国家，突然间崩溃，不禁使整个欧洲为之震惊。对此，拿破仑在告法军书中得意洋洋地写道：“不久前曾致力于要求我们屈辱投降的欧洲最重要的强国之一被消灭了。我们先人用了七年的时间未能穿过的森林、弗朗科尼峡道、萨勒河、易北河，我们七天内穿过了……然而，我们当中有将近一半人由于还没有放过一枪而感到遗憾。到奥得河为止的普鲁士君主国的所有省份现在都在我们支配之下。”
在全歼普军主力之后，法军继续向东追击，普鲁士国王和他的朝廷一直逃至东普鲁士的边境小城梅默尔，希望在那里与沙皇的军队会合得到俄国的帮助。但所向披靡的法军已越过波兰西部，进入东普鲁士，准备同俄军开战。1807年2月8日，相遇的两军在艾劳发生了一场血战，双方损失惨重，但胜负未决。4个月后，在弗里德兰举行的会战中，俄军被法军击败。乘胜追击的法军抵达涅曼河畔，与渡过河的俄军残部隔河相望。沙皇亚历山大一世不愿把战争引入俄国，他担心本土遭到侵略会触发普加乔夫式的叛乱，因而愿意与拿破仑讲和。拿破仑也因战线漫长，不愿再深入俄国腹地。双方在6月22日签订了停战协定；25日拿破仑与亚历山大一世在涅曼河的一座浮桥上举行了会晤。经过一番“谅解”，双方于7月7日签订了《提尔西特和约》，沙皇承认拿破仑对欧洲的实际占领，拿破仑则同意俄国在东方自由行动。和约实际是对法、俄各自在欧洲势力范围的划分：维斯杜拉河以东的地方归亚历山大一世，以西归拿破仑。和约没有使俄国失去一寸土地，相反，在沙皇的坚持下还获得普鲁士的波兰属地比亚威斯托克地区，并拥有在瑞典和土耳其行动的权利。
和约对普鲁士极为苛刻。除了“旧普鲁士”、波美拉尼亚、勃兰登堡和西里西亚，普鲁士丧失了其余东部和西部的全部领土，其面积约占总面积一半以上。易北河以西的全部领土被划入由拿破仑之弟热罗姆为国王的威斯特伐利亚王国；东部瓜分波兰所得地区被拿破仑组成华沙大公国，由其附庸萨克森国王兼领。“这是征服者楔入旧普鲁士王国喘息未定的两肋中的两根锋利的踢马刺”，它使残破的普鲁士变得更加易攻难守。由于失去上述地区，普鲁士的人口从1000万骤减至493万，军队被缩减到4.2万人。此外，和约还责成普鲁士承担反英义务，参加大陆封锁体系。7月12日在柯尼斯堡签署的补充协定要求普鲁士支付战争赔款3.11亿法郎，在未付清赔款前领土继续由法军占领。这样，随着耶拿战役的惨败和《提尔西特和约》的签订，一个经过多年惨淡经营、拥有三十多万平方公里土地、一千多万人口和25万军队的德意志强邦，连同它那自称为欧洲最强的军队，以及称颂一时的开明专制主义精神一道陷于破产崩溃的境地。普鲁士这种史无前例、闪电般的溃败，说明历史上较为先进的资产阶级制度战胜了过时的封建专制制度。也正是到这个时候，被驱赶到涅曼河畔的普鲁士统治者“终于模糊地理解到，依靠经常处于被逐出自己家园的威胁之下的服徭役的农奴子弟，是无法战胜自由的、占有土地的法国农民子弟的”（恩格斯）。普鲁士的大溃败和《提尔西特和约》对德国的宰割，激发了德意志的民族自尊心，正是以此为标志，他们进入了一个民族复兴的转折时期。
《提尔西特和约》是拿破仑统治进入极盛时期的开端。经过1805年、1806年和1807年的连年征战，他先后打败奥地利、普鲁士和俄罗斯军队；他的战马踏遍整个欧洲古老的文化圈，通过征服德意志而达到了胜利事业的最高峰。为了把这个广袤的地区组织起来，使得它的政治、军事力量和物质资源能够用来扩大和保卫他的大帝国，拿破仑依照不同的隶属关系在德意志推行了一系列改革。
首先，对于从1794年起逐渐纳入法国控制范围的莱茵河西岸地区，直接实行拿破仑式的中央集权管理制度。由于封建制度较早废除，一切贵族特权和教会特权遭到取缔，资产阶级自由民主制度很快在这里开始实行。1797年10月，法国政府把这一地区划分为4个行政区，即以亚琛为中心的鲁尔区、以特利尔为中心的萨尔区、以科布伦茨为中心的莱茵—摩泽尔区和以美因茨为中心的唐纳斯山区，实行统一的法国民政管理和典型的资本主义制度。1804年后，随着《拿破仑法典》的全面推广，这里成为法国革命原则渗透最强的地区。但是法国的统治并不能消除这里鲜明的德意志性质，当地居民对因扩大占领而增加的义务，一般采取抵制或不合作态度。