现在南下埃及的一切障碍都已扫除了，神秘的埃及已近在眼前。公元前332年11月，亚历山大率军从加沙出发，令海军从腓尼基启航，水陆两路同时向埃及进军。很快两路大军就都到达了位于尼罗河东口的埃及边境要塞柏路西亚，踏上了埃及的土地。
一、进军非洲：短暂的埃及之行
1.不战而降：受欢迎的王者之师
埃及位于非洲大陆东北角，早在公元前6000年就产生了国家，是古代文明的发源地之一。尼罗河孕育的埃及文化对世界文明的发展有着巨大的影响。公元前525年，波斯人征服了埃及，埃及成了波斯帝国的一个行省。波斯人对埃及实行高压和掠夺政策，苛征重赋，虐待僧侣，霸占良田。波斯人的野蛮统治和残酷掠夺，激起了埃及人民一次又一次的反抗，人民起义此起彼伏，远在大流士三世继位以前，波斯人在埃及的统治就已有名无实了。
埃及人和希腊人很早就有了相当频繁的交往，文化上互相影响，商贾间互通有无。被西方誉为“历史之父”的希腊历史学家希罗多德曾到过埃及。在他的历史著作中，记述了那里许多引人入胜的奇闻轶事。例如：怎样用药物涂尸防腐，怎样捕捉鳄鱼，怎样造金字塔等。亚历山大一定看过希罗多德的书，他肯定对这些埃及文明的奇迹怀有浓厚的兴趣。他的母亲奥林匹娅斯迷恋神秘宗教，受他母亲影响，亚历山大对埃及的宗教可能也有一种敬畏之情。对于亚历山大来说，埃及之行，既是一次征服，也是一次探险。
和征服小亚细亚和腓尼基等地相比，亚历山大的埃及之行是十分轻松的。由于埃及人痛恨波斯人的统治，他们把亚历山大的大军当成王者之师，当成解放者。波斯的埃及总督马扎西斯也早已在柏路西亚迎接亚历山大，因为他早已得知大流士兵败伊苏斯，也知道腓尼基、叙利亚和阿拉伯的大部分地区都已落入亚历山大之手，而且他自己手中也没有波斯军队，不要说他不愿抵抗，就是想抵抗也没有可打仗的兵。
马扎西斯一见亚历山大到来，就客客气气地迎接他和他的军队进入埃及城乡各地。这种情况使亚历山大感到意外，也使他惊喜。他一路征战而来，本以为在埃及这样一个古老、文明而又具有战略意义的地方，一定会遇到更加激烈的抵抗，谁知一进入埃及就受到地方总督和埃及人民的隆重欢迎和友好接待，埃及不战而降，这太让亚历山大高兴了。亚历山大在柏路西亚留下一支部队驻守，然后水陆两路大军直奔古都孟斐斯，沿途各地居民都来归顺，不费吹灰之力就占领了沿途一带，顺利地到达目的地。在孟斐斯，为了表示对当地宗教信仰的尊重，亚历山大特地向当地主神阿皮斯献祭，还举行了体育和文艺比赛，希腊的一些著名艺术家也赶来参加。
亚历山大在孟斐斯的行动赢得了埃及人民的好感。亚历山大的做法完全不同于波斯人，波斯人曾捣毁他们的神庙，屠杀了他们认为是阿皮斯化身的神牛。亚历山大还接受了埃及人授予他的法老称号。法老是埃及国王的称号，埃及人认为法老是神，他的意志是至高无上的。埃及人授予他这一称号，说明埃及人承认他是他们的合法统治者。亚历山大接受这一称号，是要表明他的统治不同于波斯人，是为了使他的统治更容易被埃及人接受。只要有利于他的统治，他是乐于接受各种称号的，何况法老这一称号还给他蒙上了一层神圣的光环。
2.璀璨明珠：亚历山大城的建立
亚历山大在埃及做的影响最大的一件事是他在这里建起了一座城市，一座以他的名字命名的城市。公元前331年的一天，亚历山大带着他的卫队和他的智囊团，乘船来到尼罗河三角洲，上岸溜达时，突然萌发了要在这里建造一个城市的想法，在他随行科学家的帮助下，他很快就选定了未来城市的位置，这是个非常适合建立城市的地方，位于尼罗河最西端河口以西，由于地中海海水的冲击，这里不受河水泥沙的淤塞。亚历山大对这座城市的兴建，满怀热情，投入了很大的精力。他亲自为城市设计草图。什么地方建市场，什么地方盖庙，盖什么庙，哪些是希腊神的，哪些是埃及的，城墙修在哪里等，他都一一在草图上标画出来。他还向神明献祭，得到很好的启示。他的占卜师阿里斯坦德也预言，这座城市将来在各方面一定都很兴旺，特别是土地上的收益更是兴旺。
亚历山大在埃及建立这座新城市当然不是突发之举，而是和他过去所做的其他事情一样，是深思熟虑的结果，是他计划中的大帝国不可缺少的一环。这座亚历山大城并不是亚历山大建立的第一座城。在这之前，已经有了几个亚历山大城，在这以后，在亚洲所到之处建立的亚历山大城据说有70座之多。这些城市大都位于战略要地，除殖民、安置年老体弱或负伤的战士外，还可作为该地区的军事要塞，但在亚历山大所建城市中最为成功、作用最大的却是埃及的这座亚历山大城。
亚历山大城的战略地位特别重要，处于东地中海的中心地带，面向希腊和小亚细亚，东邻腓尼基，背靠埃及。如果亚历山大最后战胜大流士，这里就可做他的大帝国的首都，最少也可成为一个大行政中心，同时，在推罗被夷为平地后，新建的亚历山大城可以填补空白，成为这一地区新的商业中心。事实上也的确如此，虽然修筑亚历山大港花费了数年时间，消耗了大量的人力和财力，但不久之后，它就以它少有的优越地理位置而得以成为东地中海的最主要港口，灯塔岛守卫着港湾（后来亚历山大的一位后继者在岛上建起一座高400英尺的灯塔，被世人誉为世界七大奇迹之一）。城与岛之间筑起了一条长堤，从而形成了东北和西南两个港口。城内有埃及人、希腊人和犹太人等三个居民区。居民人口很快就增加到100万。它不仅成为一个工商业中心，它也是一个科学文化中心，市内的亚历山大图书馆是古代文化最有名的收藏处，可惜在公元前48年毁于一场大火。亚历山大城的建立是亚历山大对人类历史的重要贡献。
亚历山大城是按照希腊模式建的，同时也吸收了一些埃及的风格，如埃及神庙和埃及人居住区的建设等，这里也透视出亚历山大是要使他的帝国成为希腊文化的传播者，而同时又能广泛融合各地的传统文化。他的这一想法，在当时是非常超前的、崇高的。
正在亚历山大热心于他的城市建设时，有人从爱琴海来到埃及，向亚历山大报告，爱琴海上的位于赫勒斯滂海峡附近的提尼多斯岛的波斯守军已起义投诚，米提利尼已被攻克，开俄斯岛、累斯博斯岛和科斯岛也都归顺了马其顿。马其顿海军已进驻各岛，那里已完全成了马其顿的天下。被俘的几个岛的僭主和波斯占领军的头目也已押送到这里，听候亚历山大处理。亚历山大放了那几个僭主，而把其他的人关押起来。
3.死亡之旅：拜埃及的神
现在埃及已被兵不血刃地占领了，爱琴海已成马其顿一家的天下了，波斯海军已被完全消灭了。亚历山大城也正在兴建中，在这里该做的或计划做的都已做了，该是去追击大流士的时候了。但是像过去常有的情况一样，亚历山大的下一步行动又一次完全出人意料，他没有发兵亚洲，而是去利比亚，去拜访那里的阿蒙神。他把建城的事交给哈帕鲁斯，让塞琉古留守，统领军队，他自己则带领一支2000人的卫队、10位考古学家和地理学家启程去利比亚的阿蒙神庙，随同的还有他的亲信将领托勒密。
这座阿蒙神庙坐落在利比亚沙漠的锡瓦绿洲，在希腊人的心目中，这座神庙的地位仅次于底比斯的阿波罗神庙，而且，由于它远离希腊，又在沙漠中，就更具神秘色彩。阿蒙的神谕具有神验，无人怀疑。据说，希腊的柏修斯和大力神赫拉克勒斯都曾来到这里问卜，而柏修斯和赫拉克勒斯却又都是亚历山大的祖先。这可能是亚历山大此行的一个目的，去向阿蒙神问卜，问问自己的未来。亚历山大认为阿蒙神也是自己的祖先，他可以祈求阿蒙神的护佑，使自己未来的一切行动都披上神的意旨的外衣。当然，他此行也可赢得埃及人的好感，有利于他在埃及的统治。如果他能取得神庙祭司们的支持，他就成了埃及的合法统治者。他对能否以阿蒙神的名义统治埃及是很重视的，因为他知道，他虽然很轻易地就占领了埃及，但要有效地统治它却是不容易的。
亚历山大此行的另一目的可能是军事性的，他没有按惯常的路线从孟斐斯出发，穿越沙漠，直奔阿蒙神庙，而是沿着海岸向西。显然，亚历山大是要借此行侦察沿海的情况，因为这里的西端有希腊重镇昔兰尼加，他要弄清楚昔兰尼加的态度，他要知道，在他离开埃及去追击大流士时，埃及的这一边会不会遭到攻击。因此，亚历山大一直沿海岸而行，大有直奔昔兰尼加之势，直到碰到了昔兰尼加派出的使臣，并接受了使臣递交的献城降表，才离开海岸，前往沙漠。
亚历山大的穿越沙漠之行是十分艰苦的，甚至可以说，是一次死亡之旅。波斯国王冈比西和他率领的波斯大军就曾在这茫茫无境的沙漠里全军覆没。亚历山大一行进入沙漠不久，就迷失了方向，除了沙漠，一望无边的沙漠，什么都没有。连向导都不知往哪里走。白天，酷热简直使人无法忍受，火热的阳光，滚烫的沙子，似乎要把人烤焦。晚上，严寒也使人禁受不起，刺骨的寒气几乎要把人冻僵。干渴、劳累、饥饿、酷热、严寒，马疲、人乏，一些人倒下了，更要命的是，他们不知往哪里走，不知那神秘的神庙还有多远。一些人心生不满了，他们不知为什么要去那神庙，不知为什么要这样穿越沙漠去那神庙。这时，鼓励他们前进的，也许就是他们的国王亚历山大也和他们一样在忍受这旅途之苦。为了充饥他们开始杀马，马杀完了，便开始杀骆驼。但他们仍不知往哪里走，要走多远。
阿利安的书里记述，当时，在他们前面出现了两条大毒蛇，并向他们发出声音，亚历山大便令向导跟着蛇走，最后，蛇把他们带到了神庙那里。但也有人说是两只乌鸦把亚历山大引导到神庙的。这些带有神奇色彩的传说，其实都是要把亚历山大到神庙说成是神的意旨。不管如何，虽经历了千辛万苦，亚历山大还是如愿以偿了。他很欣赏这个地方，对沙漠中竟有如此一个绿洲，十分惊奇。
4.阿蒙之子：治埃及的人
阿蒙神庙的祭司们以法老的礼仪接待了亚历山大。亚历山大向阿蒙神献祭，并答应保护祭司的各种权利，祭司们则在神庙里为亚历山大举行隆重的授名仪式，这是埃及历代法老都必须接受的仪式。通过这一仪式来说明他的法老称号是神授的，因而可以享受至高无上的权力。
亚历山大个人还被祭司单独带到内殿瞻仰，并和祭司进行了对话。这段对话后来被大加宣扬。据说，祭司称亚历山大为阿蒙神的儿子。但据普鲁塔克说，这是个误解。那个祭司出于友好的问候，对亚历山大说：“Opaidion（啊，我的儿子）。”但这个祭司是外国人，他把最后一个希腊字母读错了，成为“Opaidios”。这句话可以分写成“O Pai Dios”，于是便成了“啊，宙斯的儿子”。
亚历山大之所以要宣称自己是阿蒙神或宙斯的儿子，除了要在埃及人面前树立自己合法的至高无上的地位外，还和这样一个传说有关。传说，腓力有一次对奥林匹娅斯说，他是不是亚历山大的生父，他自己也拿不准。这个传说又同另一传说联系在一起。腓力在一次战斗中被打瞎了一只眼，但传说这只眼不是由于他勇敢战斗而失去的，而是因为一天夜里当宙斯化作一条毒蛇跟他的妻子同枕而眠时，他从钥匙孔向里窥视而被宙斯弄瞎的。特尔斐神庙的神谕也早就预言他会一目失明。
亚历山大并没有公开宣布他和祭司的谈话，他声称自己在阿蒙神庙获得了神谕，但对其内容却秘而不宣，这更增加了神谕的神秘性。据说，他曾写信给他母亲，说要把神谕的内容告诉她，但他一直征战在外，至死也没有告诉她。不过他以神之子自居是毫无问题的，亚历山大甚至让人把自己戴着阿蒙神公牛角的头像铸在银币上，公开让大家奉自己为神之子。埃及阿蒙神庙祭司说亚历山大是神之子，是一种东方式的模糊观念，因为在埃及人看来，所有的法老都是神之子，这就像中国把皇帝称为天子一样。但按希腊人的观念，神之子意味着他的父母或父母中的一个是神。有关腓力和亚历山大的某些传说可能就是希腊人的这种观念。