为了庆祝胜利，亚历山大按传统礼节举行了祭神大典，感谢并祈求神灵的保佑，随后又举行了火炬赛跑和体育运动会。亚历山大每到一地，只要有时间，便要举行体育运动会，这一方面是为了娱乐将士，另一方面也是为了把希腊人的生活方式介绍给当地的居民。亚历山大把他自己看成是希腊文明的传播者，他要把希腊文明传播到他帝国的每一个角落。举办这种完全希腊式的体育运动会就是他这一总计划的一部分。在地方行政安排上，和在巴比伦一样，他任命了一个波斯人为苏萨地区总督，但军权则交给马其顿将领。这时，安提柯给他召集的大批增援部队也来到了苏萨，增强了亚历山大的兵力。同时，由于夺得了阿契美尼德王朝的巨大财富，经济上也宽裕了。
3.火焚波斯王宫：令人费解的罪行
亚历山大的下一个目标是波斯波利斯。波斯波利斯是波斯帝国的另一都城，位于苏萨东南500公里处，靠近今天的设拉子。这里是波斯帝国的另一政治中心，有巨大的列柱式豪华宫殿，有国王的金库和大量宝藏。但亚历山大的这次进军却不像前两次那样顺利，这不仅是因为这次进军要穿过山峦起伏的山地，而且因为沿途遭到山地居民和波斯军队的抵抗。亚历山大先是粉碎了山地居民的抵抗，这些山地居民要求亚历山大经过他们的地区时要交买路钱，然后亲自率领小部分精兵向有波斯军队把守的山口进发，而让帕米尼欧率领大部队和辎重沿大路前进。
这个隘口是进入波斯省的门户，地势非常险要，悬岩峭壁中只有一条山路可通行，一夫当关，万夫莫开。波斯省总督还在隘口外修筑了一堵高墙，守军据说就有4万步兵和700骑兵。亚历山大率军到达这个隘口后，立即进攻，但由于敌人占了地形之利，无功而返。亚历山大意识到，只能智取，不能强攻。于是，他设计了一个两面夹攻的计划。留下一部分队伍在高墙前扎营，由克拉特拉斯指挥，听见亚历山大发出的号角声，便向敌人发动进攻。亚历山大本人则率领另一部分部队绕道到敌后发动攻击，并吹响号角。亚历山大率部趁黑夜出发，由一个俘虏带路，通过另一条崎岖难行的山路，绕到敌人后边，袭杀了守卫的哨兵，天亮时，突然对波斯总督的大营发动攻击，克拉特拉斯听见号角声也立即向敌人进攻。敌人腹背受敌，无心恋战，争相逃命，被马其顿人一阵围杀，只有少数骑兵逃走了。
过了隘口，亚历山大率部全速向波斯波利斯挺进，在波斯驻军还没来得及在城内抢劫财物之前，就冲入城中，掠获了大量珍宝和12.6万塔伦特的金币和金块（约2.5亿美元）。
为了安抚波斯人，亚历山大到距波斯波利斯50公里的古都帕萨尔加德去拜谒了波斯帝国的创建者居鲁士的陵墓。因该墓年久失修，已多处毁坏，他还提出要重修居鲁士的陵墓。
但就在他极力拉拢并亲近波斯人的时候，却做了一件完全出人意料的事情，他在从帕萨尔加德返回波斯波利斯后，下令把波斯波利斯的宏伟王宫烧毁。
这是一件很奇怪的事，他过去虽先后毁灭了底比斯城和推罗城，但和烧毁波斯波利斯王宫完全不同。亚历山大进入波斯波利斯后，受到了这里的贵族和平民的盛情接待，无一日不举办宴会和舞会来娱乐亚历山大和他的将士们。王宫的豪华宏丽也使他感到波斯文明的伟大。当他第一次坐在波斯帝国黄金华盖下的御座上时，他和他的部下都为他成了“万王之王”而激动不已。他的一位老友科林斯的德玛拉图斯竟突然大哭起来，说道，那些没能眼见亚历山大登上大流士宝座就身先死去的希腊人真是无福。亚历山大也陶醉得让将官们向他行匍匐跪拜礼。他对这个王宫无丝毫厌恶仇视之意，而充满仰慕之情，现在成了他自己的了，他怎会把它毁掉，令人难以理解。据说帕米尼欧曾劝他不要这样做，说他这样任意毁掉已经属于自己的财富是不智之举，而且会使人觉得他不想把亚洲的主权紧紧地握在自己的手中，只不过是要以胜利者的姿态在亚洲巡游一番，这会破坏他与亚洲人合作的计划，损害他的地位和声望，但亚历山大没有听取他这位副手的意见。
亚历山大事后解释说，他是为希腊人复仇，波斯人曾在雅典大肆破坏，烧毁庙宇，对希腊人还干下了其他数不清的残暴罪行，因此他要报复，要叫他们赔偿，以示惩罚。亚历山大的这种理由是站不住脚的。要报复，进城时就应当报复，为什么要等进城备受欢迎和隆重接待之后，而且，烧毁王宫也不能算是对波斯旧时代人物的任何惩罚，何况王宫已归亚历山大所有。
还有一个流传甚广的说法。有一次宫里盛宴，宾客如云，其中也有妇女。有一个雅典女人泰丝，是个名不见经传的人，是普托拉米家的小姐，也有人说是个妓女。在大家都喝得醉醺醺时，她说，走遍亚细亚之后，如能在大流士的王宫里放上一把大火，让子孙后代说，一个随着亚历山大征战的女人给予波斯人的惩罚比他的全体将士所给予的还要重，那才有意思哩！在一片狂呼乱喊的喝彩声中，亚历山大头戴花环兴奋地喊着亲自为她开道，参加宴会的人，人人手执火把，把王宫点燃。
当然，这只是一则并没有什么事实根据的传说，传说的目的也许是为亚历山大开脱，但也反映了人们对烧毁王宫的不满，那么宏伟壮丽的建筑就这样开玩笑地化为灰烬。这是令人发指的罪行。
最可靠的说法来自阿利安和普鲁塔克，他们认为，这场大火是亚历山大蓄意放的，可是他又立即下令扑灭了这场大火。放火和灭火这样两个截然不同的举动都充满了戏剧性，但目的是一致的。大流士还没有死，波斯仍有大片土地没有被占领，仍有不少的民族不愿屈服于马其顿人，波斯仍有力量一战。波斯王宫是阿契美尼德王朝的象征，烧毁它，可在精神上给波斯境内的反马其顿势力以沉重打击，摧毁他们的斗志。灭火也有同样的目的。他要用这场大火向世界宣告，阿契美尼德王朝的统治结束了，他亚历山大已取而代之了，他是亚洲的新主人了，亚洲以及世界人民的命运现在都掌握在他亚历山大手中了。当然，他烧毁波斯王宫也是因为他不可能把他的帝国政治中心放在这里，而又不放心在他离开后，仍留下一个王朝权力象征的王宫。但他烧毁波斯王宫之举，却给他的部下、给希腊和马其顿人造成一种错觉，战争结束了，他们可以回家了，这和亚历山大想的根本不是一回事。
4.大流士之死：新时代的开始
高加米拉战败后，大流士逃到了米底亚的首府埃克巴塔纳（今伊朗哈马丹），他决定在这里停一下，看看亚历山大是否会立即追上来，如果亚历山大不立即追击他，而是留在苏萨和巴比伦暂不前进，他就在米底亚等一等，根据亚历山大的新动向，再决定自己下一步的行动。如果亚历山大继续追击，他就想到内地去，撤退到遥远的巴克特里亚去。他一方面把妇女和辎重撤退到东部，另一方面他准备采用坚壁清野政策，行军所经之处，统统烧光掠光。这本是战争一开始雇佣兵首领迈农提出的建议，当时波斯将领不屑一顾。现在实行，已经晚了。大流士这时所有的兵力，只剩下骑兵3000、步兵6000了，其中包括希腊雇佣兵残部、巴克特里亚人的精锐骑兵，还有几个像比修斯这样的战将。