大流士意识到，如果继续让亚历山大逼上来，他的战车就可能被挤出平整的好地段，而陷入坎坷之地，这样，战车就会失去作用，因此，大流士命令战车冲锋，一辆辆由四匹马拉的战车刀光闪闪地向马其顿军队冲来，威势吓人。但亚历山大早有准备，列于阵前的弓箭手和标枪兵对冲过来的战车迎头痛击，波斯战车立即陷入枪林箭雨中，战马和战车兵纷纷倒下，冲上来的马其顿轻装兵又对拉车的马匹一阵大砍大杀，许多战车兵也被拖下车。那些冲破阻截的战车，在接近方阵时，发现方阵兵并不阻拦它们，而是按照命令分开行列，让它们钻进去，再一个个消灭。
波斯战车冲锋时，比修斯的骑兵正在攻击亚历山大的右翼，和马其顿的希腊雇佣骑兵混战在一起。大流士为加强攻势，下令两翼骑兵全部出动，分别攻击左面的亚历山大和右面的帕米尼欧。但奉命攻击亚历山大近卫骑兵的部队，却为躲避马其顿的标枪兵和弓箭手的攻击，而向左奔跑，结果，大部分波斯骑兵都跑到了比修斯作战的地方。波斯军的正面立即成为一个兵力薄弱的缺口。
亚历山大立即抓住这稍纵即逝的机会，把近卫骑兵和近卫步兵组成一个楔形队列，快速插入敌阵缺口，他们高呼着战斗口号，冲向大流士身边。大流士的近卫部队急忙抵挡，短兵相接，战斗异常惨烈。这时，马其顿方阵的其余战士手持长矛压向敌人，方阵队伍整齐严密，长矛如林，杀声震天。大流士的近卫部队被成片成片地刺倒，大流士一见马其顿方阵逼近，便又重施故伎，放弃指挥责任，丢下他的士兵，拨转马头就逃。但是，亚历山大这时却顾不上去追击他了，因为帕米尼欧负责的左翼出了问题，他必须赶去支援。
在比修斯率领的波斯左翼骑兵与亚历山大的右翼骑兵鏖战时，马扎亚斯也率领波斯军的右翼向由帕米尼欧率领的马其顿军左翼骑兵冲击，一些印度和波斯骑兵突破了马其顿的左翼阵线，直奔马其顿人的后方营地。这支波斯骑兵队伍勇敢善战，杀死许多马其顿士兵，使马其顿左翼陷入困境。波斯军的目的是要劫掠亚历山大后方的辎重营，这里不但有辎重和牲口，还有被押解到这里的大流士的母亲、妻子和女儿。如果让波斯军队成功地把她们救了回去，必将大大挫伤马其顿将士的斗志。这是大流士成功的一招，可惜他自己先逃了，这一招也没能挽回败局。
亚历山大接到帕米尼欧的求援信那一刻，正是亚历山大出发追击大流士之时。他立即回师，转向右翼波斯骑兵的背后，配合帕米尼欧，形成对波斯骑兵的前后夹攻之势。这时，由比修斯率领的波斯左翼骑兵也向这边包抄过来。双方骑兵迎面相遇，展开了一场骑兵大战，由于距离太近，已无法投掷长矛，也无法整理队形，只能面对面地冲杀，近身搏斗。在这种拼杀中，只有杀了敌人才能活命，因此战斗异常激烈，亚历山大的60名近卫骑兵战死沙场，他的好几位伙伴包括赫斐斯申都负了伤。
但是，大流士的率先逃跑动摇了军心，苦战的波斯右翼和比修斯率领的骑兵也无心恋战，波斯军队全线溃退，争相逃命。亚历山大立即改变方向追击大流士，一直追到天黑，然后让骑兵休息了半夜，又接着猛追到距战场有35英里之遥的阿贝拉镇，还是没追上。这是因为亚历山大为解帕米尼欧之危，耽误的时间太长了。和在伊苏斯一样，大流士本人逃脱了，他的战车和弓箭却留下了，成了亚历山大的战利品。帕米尼欧也率部追敌12英里，占领了高加米拉的大流士御营，俘获了波斯人的运输队、大象队和骆驼。
高加米拉战役就这样以亚历山大的胜利而告终。据阿利安的记述，亚历山大的部队只有100人战死，马匹损失了1000匹，而波斯军队战死的竟达30万，俘虏的数字比打死的还要多。这显然是一些有意缩小胜利一方的损失，而随意夸大失败一方的伤亡人数的虚假数字，因为在古代，在武器和作战技术相当的情况下，是不可能以如此小的损失来取得那么大的战果的。遗憾的是，我们现在已无法知道双方的伤亡人数了。但有一点是肯定的，这确实是亚历山大打得漂亮的一仗，是亚历山大以少胜多、以较小的损失取得极大战果的一仗。亚历山大获胜的原因，虽众说纷纭，甚至有人说，胜利的原因不是由于亚历山大的精明干练，而是因为大流士太无能了，但无论如何，亚历山大的杰出指挥才能，他的勇敢，是他获胜的重要原因。
大流士又一次大败而逃。他的失败当然是和他的无能和胆怯分不开的，但战略上的失算也是一个重要的原因。大流士自始至终都没能采取一个正确的战略方针，完全寄希望于阵地战可能是导致一而再地失败的一个不容忽视的原因。
大流士失败了，而且是彻底地失败了。为了摆脱亚历山大的追击，他马不停蹄地一路狂奔，沿途有一些残兵败将聚集到他周围，其中有巴克特里亚的骑兵，有残余的2000希腊雇佣兵和其他部队。他带着这些部队没有敢去名城巴比伦，也没有去帝国首都苏萨，因为他知道亚历山大一定会夺取这两个地方，尽管苏萨有着帝国的无数宝藏，他也顾不得了，保命要紧。高加米拉的惨败已使大流士完全丧失斗志了，他带着残余部队远遁到米底亚去了。
大流士现在已不成其对手了，亚历山大也并没有急着去追他。他收兵回到高加米拉，准备为这次战役的胜利好好庆贺一番。
需要庆贺的还不仅是高加米拉战役的胜利，从希腊也传来了令亚历山大十分兴奋的消息。在亚历山大取得高加米拉战役胜利的前夕，他留守马其顿和希腊的大将安提柯，征召科林斯同盟各城邦的军队，对一直拒绝归顺并时常煽动希腊城邦反叛的斯巴达发动了进攻，在迈加洛波利斯城下一举打败了斯巴达人，他们的国王阿基斯三世也在战斗中丧命。这去掉了亚历山大一块心病，确保了后方的安全，解除了亚历山大对他的后方的担心。
亚历山大在高加米拉举行了盛大的祭神活动，感谢诸神的庇佑，同时，大肆犒赏众将士，奖给他们金钱和财产。全军上下无不兴高采烈、欢天喜地。亚历山大也自诩为亚洲之王，不久，他就常以亚洲之王自称了。这说明，他已不把大流士当作是波斯国王，亚洲的主人已是他亚历山大了。亚洲的一切都属于他了，他可随意支配和取用了。当然，亚历山大的亚洲就是波斯，他的亚洲之主就是波斯之主。他不知道波斯之外的亚洲还有一个比波斯更大的中国，他甚至也不知恒河流域也有非常发达的文明。但就波斯而言，他这个亚洲之王的称号好像也叫得早了些，他要最终征服全波斯，还有很长的路要走。不过，高加米拉一役的结果的确敲响了波斯帝国的丧钟，波斯帝国的灭亡已是无法挽回的了，欧洲人的确要成为亚洲人的主人了。这是历史上的第一次，以后还会多次发生。
三、万王之王：波斯帝国的覆灭
1.入主巴比伦：文明古城的救世主
亚历山大在高加米拉祭神和犒赏将士后，又建立了两座城市，以确保交通线的安全和控制邻近地区。不久，亚历山大率军向今天的巴格达以南的巴比伦进发。
巴比伦，在古代一段很长的时间里，都是两河流域的政治文化中心，它虽几经兴废，却一直是两河流域文明的一个象征。当时的巴比伦城是新巴比伦王国国王尼布甲尼撒建立的，规模十分宏大，城市是方形的，每边长22公里，城墙有8.5米高，是用砖砌和油漆浇灌而成，非常坚固。四匹马拉的车可以在宽阔的城墙上奔驰。全城有100扇用铜做的城门。城墙周围还有很深的护城河。幼发拉底河从城墙下流进来，穿城而过。尼布甲尼撒的原意是要使巴比伦城成为牢不可破的，但事与愿违，坚固的城墙并没能阻挡敌人进入该城。除城池坚固外，巴比伦还有相当可观的军事力量，在高加米拉战役中指挥大流士的右翼部队与帕米尼欧激战的马扎亚斯也逃到了这里。
巴比伦本可和亚历山大一战的，但是，马扎亚斯已毫无斗志，巴比伦城的首脑们也已对大流士完全失望，想改换门庭，投靠新的主子。因此，当亚历山大率领大军走到距离巴比伦城不远的地方时，便受到马扎亚斯、巴比伦的政府官员、神职人员和居民的热烈欢迎。他们带着献给新主子的礼物，当然，最重要的，是他们将城市、堡垒和财宝拱手送给亚历山大。亚历山大在欢迎者的欢呼声中，像一位阿契美尼德王朝的君主一样，登上一辆战车，以胜利者的姿态进入城中。这是公元前538年欢迎居鲁士的一幕的重演。当时，巴比伦人也是这样欢迎居鲁士的，也把居鲁士当成救世主。
亚历山大入城后，没有把巴比伦人当被征服的人民对待，而是尽一切可能安抚他们，把自己打扮成他们的救世主。他下令把被波斯国王薛西斯破坏的庙宇，特别是巴比伦人最崇拜的拜尔的庙宇，重新修建起来。他在这里还遇到了迦勒底人，听从了他们有关神庙的建议，特别是对拜尔神的祭祀。神庙修好后，他便完全按照他们的宗教仪式向拜尔神献祭。他这样做当然主要是为了赢得当地人民的好感和宗教人士的支持，使他的统治披上合法的受命于神的外衣，但也有祈求神保佑的用意。他在埃及也是这样做的。
在行政安排上，他也采取这种安抚拉拢的政策。他任命曾在伊苏斯和高加米拉两次和自己作战的马扎亚斯为总督。这一安排显示了亚历山大政治家的胸怀，他不只是改变了把亚洲人都当作是蛮族的看法，早在公元前334年就改变了，而且他还不念旧恶。要知道，在高加米拉战役中，马扎亚斯曾使帕米尼欧陷入困境，他手上是沾有马其顿人鲜血的。但在任命马扎亚斯为总督的同时，军事和财经方面的职务则委任马其顿军官担任。他还任命曾在公元前334年把萨狄斯献给亚历山大的米色瑞尼斯为亚美尼亚总督。
亚历山大尽可能地安抚巴比伦人，巴比伦人也想尽一切办法来取悦马其顿人，他们急于想在亚历山大面前留下一个好印象。他们不仅献出了大量贡品，而且把该地的一些奇观显示给马其顿人看。例如，有一天晚上，在夜色越来越浓时，他们把这里常喷涌而出的石油泼洒在街上，然后他们再站到街的一头把火炬扔到石油上，火焰眨眼间就烧到街的另一头，整条街道立即成了一条火龙。
亚历山大让部队在这里休整了整整一个月的时间，可能是古城美妙的文化吸引了他，因为亚历山大对各地的优秀文化有着浓厚的兴趣，但在这样一个大城市停这样长的时间，却也严重损害了军纪，暴露了征服者丑恶的一面。用拉丁文写亚历山大传记的柯蒂斯·鲁弗斯在描写亚历山大军队在巴比伦逗留的情况时写道：“国王在巴比伦停留的时间比任何地方都长，同时也更加严重地损害了军纪。没有一座城市比这里还要道德败坏，也没有一座城市比这里更适合去勾引人们无节制的欲望。父母以及丈夫容忍他们的女儿和妻子与陌生人通奸，只要付钱就行。狂欢畅饮在整个波斯都是国王们和他们的宫廷大臣所喜爱的活动，而巴比伦人是最沉湎于醉酒和放荡不羁之中的。出席宴会的妇女们，开始还穿着体面的服装，接着脱掉她们的上衣，渐渐地已置所有的羞耻于不顾，最后竟然，如果容许这么说的话，已是一丝不挂。小女孩是不允许这么做的，她们都是已婚妇女和未婚的姑娘。这样丢脸的出卖肉体却被他们当作是一种礼貌。那支征服了亚洲的军队34天来醉心于这种耻辱的放荡纵欲之中。毫无疑问，如果还有敌人的话，他们已是无力再战了。”
幸好亚历山大本人不是一个醉心于享乐的人，适当地娱乐一下部下，是他团结将士和提高他们战斗激情的一种常用手段。一个月后，也就是在公元前331年11月，亚历山大率部向苏萨进军。
2.苏萨献城：波斯帝都的归顺
苏萨位于今天伊朗境内海拔4000多米高的扎格罗斯山山脚下，是波斯帝国的首都，它历经几代君主，储存有无数宝藏。得知亚历山大正向苏萨前进，苏萨总督的儿子在半路迎接，途中还碰到菲罗克森那斯的信使。菲罗克森那斯是亚历山大在高加米拉战役刚结束时派到苏萨去的。他让信使送来的信说，苏萨人已准备献城归顺，而且把全部财宝都封存好了，准备献给亚历山大。和在巴比伦一样，11月底，亚历山大在波斯官吏、贵族、神职人员和当地居民的欢迎下，进入波斯帝国的首都，接受了所有的皇家财宝，其中包括价值5万多塔伦特（约9000万美元）的金币和金块。象征着波斯国王权力的无所不在的一罐罐尼罗河水和多瑙河水，也都落入亚历山大之手，这标志波斯国王的全部权力都已转移到亚历山大手中。波斯国王薛西斯从希腊劫掠的所有东西，也转交给了亚历山大，其中有两座雅典人的铜像，这两人都是公元前6世纪的诛戮暴君者。亚历山大派人把这两座铜像送回雅典。亚历山大是要希腊人记住，他是在为希腊人复仇。