二人尽管受到召见，并不见得有什么狂喜，对于变法的失败，虽然伤心，却也不以为突然，只是对因变法而牺牲的同志感到哀伤。9月28日得知林旭等六君子被杀，次日郑孝胥做《感事》诗三首，10月2日，“步至清慈寺哭暾谷（林旭）、叔峤（杨锐）而返”。10月11日，“午后，偕贻书等往清慈寺奠于敦谷之殡，明日归骨矣，伤哉”。10月13日，“作《哀林敦谷》三诗”。在众人纷纷撇清与维新人士的关系时，郑孝胥却逆潮流而动，不仅不避嫌，反而多次参与祭奠六君子的活动，并作诗纪念。
严复也是如此，离开北京后，受到了弹劾，自己很危险了，还是作了几首诗感怀戊戌变法。《戊戌八月感事》（戊戌政变发生在农历八月）：“求治翻为罪，明时误爱才。伏尸名士贱，称疾诏书哀。燕市天如晦，宣南雨又来。临河呜犊叹，莫遣寸心灰。”另外还有悼林旭的诗一首。在《国闻报》上以《视死如归》为题对谭嗣同被捕前大义凛然的态度做了报道，表达了对他的敬意。此后，另有指斥朝政的评论，等于和慈禧太后公开唱反调。郑孝胥虽然自己也参与了很多纪念活动，但他作为严复的密友，还是为严复的处境担心，担心有人会抓此把柄陷害严复。“闻前数日或劾严复……军机大臣为力救乃免……日来《国闻报》指斥朝政，略无忌惮，意在挑衅。彼必有待之者，惟幼陵当益危耳。”
正像郑孝胥和友人所说的：“今日人尚以被累为耻，将来恐将有以不被累为耻着，则士君子尽矣。”历史就是这样的奇怪。
2.立宪运动前后
京城离别后，二人又开始了书信往来。对于严复，郑孝胥还从实际行动给以了支持，“过广学会买《天演论》”“是日，阅《天演论》终卷”。《原富》出版后，购买了十部，赠送给朋友、上司。1904年，《群己权界论》出版后，严复很快寄了一册给郑孝胥。再看郑1905年的日记：“阅《群学肄言》，其发合群之蔽，善矣……”第二天，又告诉孟森说：“今日宜立群学会，分门调查，编成二书：一曰《万国国制利病考》，二曰《世界家法利病考》。此二书成，群学必大明于世矣。”对于严复的译事，郑孝胥一直都是关心并身体力行的。
同样，严复对于郑孝胥的才情诗学亦赞赏有加。“严幼陵谓余举哲学入诗，自古所无也。”在严复作《郑太夷时文》中，有“读君制艺文，同时须膺服”一句，说明了对郑文章的叹服。另外从1905年严复为《广西边事旁记》一书所作的跋，更可窥其一斑。
光绪三十一年五月，余归自欧西，郑君稚辛以其兄太夷之意，致阳湖孟生所记广西边事于余曰：“读此，知故人二年在边所为事。”则受而读之。既卒业，唱然叹曰：贤者真不可测。犹忆戊、己之际，与太夷抵足卧京师，太夷数数言兵事。心窃谓兵微万变，今尤异于古所云。太夷文学士，容貌颀然，身未受武学教育，足未尝一至欧洲，顾乃憙言兵，书生习自豪耳，不必符他日事实也。别七八年，乃今观太夷在边所为，虽泰西健者，当其时地，殆无以过。今夫士居高位，所百为而于国终无补者，其故无他，坐务为声光以钓名实。不幸名实之至，又常视其声光。彼孤行其意，求心之安，冥冥然，悃悃然，于祸乱则消于未兆，于事业则发其未萌，或图难于其易，或设此以致彼，虽所济者至大，举世之人不知重也。何则？声光蔑如也。今太夷所名为者，治匪也，边防也，顾所困苦力行委折求达者，军实而外，乃在通民力，利转输，设学堂，开医馆。以经费之微而民智之穉也，故其成功，仅仅如此，然于一边，已拔水火而衽席之矣。向令权藉不止如是，则年岁之间，其转贫弱以为富强，有以决也。孟生不云乎，“将之良者，恒兼宰相器。”呜呼，二语尽之矣。乃为校讹别，加圜点，题签背，以付诸手民。
文中用“‘将之良者，恒兼宰相器。’呜呼，二语尽之矣”来盛赞郑孝胥，可以说已经高得不能再高了。
1905年11月，郑孝胥辞官回到上海，严复在上海任复旦公学校长，二人又开始了把酒畅谈、唱和往来的日子，交往甚密。仅1909年1月22日（正月初一）到9月7日（七月廿三日）严复欲入京，郑孝胥等为之饯行，看严复和郑孝胥的日记，二人的唱和、来往多达十七八次多，这还不一定是完整的记录。郑孝胥的日记比较完整，但严复所记的事情很多他也没有记，可见二人的交往不仅仅如日记说述，只会更多。
这一年郑孝胥五十岁生日，严复作诗庆贺，该诗概述了严郑二人从初识到其时的交往经历，更有对郑推崇备至的赞赏：
苏戡五十初度，而所营海藏楼适成，敬述奉祝郑公桃李姿，用李将军传赞语。生值闰上巳。兹岁再仲春，五十忽然至。百年同四时，流景每恨驶。惟公天所厚，富此中和气。著人如酒氛，拂披已心醉。跌宕三十年，寰宇仰名字。高视抚百灵，诗酒足驱使。未用千载期，看了一生事……
立宪运动期间，郑孝胥是民间立宪运动积极筹划者之一，还是预备公会的会长。郑孝胥参与立宪运动，始于他从广西边防督办大臣任上归来。1905年11月郑孝胥回到上海，立即与主张立宪的张謇连日会面，立宪运动聊天的一个重要话题。此后，几个立宪派的领导经常会面讨论，直到1906年12月预备立宪公会选举结果产生。郑孝胥参与了预备立宪公会酝酿、启动、组建的全过程，是宪政研究会的最初发动者和组织者。他被选为预备立宪公会的会长，并连任三年之久，知道他自己辞去这一职务。在他任内的三年（1906年12月至1910年1月），正是全国规模立宪运动如火如荼的三年。郑关于立宪的思想不在本文讨论范围内，故不加以引申。
从1905年开始，严复便积极投身到立宪运动之中，或应邀发表演说，或撰写专题论文，以深厚的西学功底为立宪运动提供了理论指导。
晚清政府欲实行新政，奏派严复、郑孝胥等为头等谘议官。学部谘议官的任务是“在学务上充当各省和学部之间的枢纽，上情下达，下情上报，备参考顾问”。虽说谘议官只是虚职，却说明了时人对他们立宪运动领导人资格及其才学的认可。此段时间，严复任复旦公学监督一职，亦身在上海，所以看《郑孝胥日记》，二人此段时期的往来是最频繁的。后来严复到北京供职、郑孝胥参与清末路政改革，常往东北跑，但二人的家都在上海，所以碰头的机会还是很多。
可以说，从戊戌变法到辛亥革命之前的这段时间，是郑孝胥和严复二人关系的蜜月期。而且他们是密友这一点也是众所周知的，这可以从很多人试图通过郑孝胥找严复办事，也有人找严复和郑说情这些事情看出二人的关系不同一般。但随着辛亥革命的到来，袁世凯当政以后，二人的关系迅速恶化。
三、1911～1921年
辛亥（1911年）日记，记十一月初二日，“严右陵来，谈甚久。右陵不剪辫，以示不主共和之意”。又曰：“经此事变，士君子之真面目可以见矣。南方学者，果不值一钱也。”
其实严复并不是绝对不赞成革命。早年孙中山与严复在英国相见时，严复不主张暴力行动，所以孙中山才说：“君是思想家，敝人是革命家。”1911年武昌起义成功后，严复还是满怀喜悦迎接光复。他以诗赞美：“灯影回疏棂，风声过檐隙。美人期不来，鸟啼蜃窗白。”诗中以美人喻革命，以彻夜等待的迫切心情，期待国民政府的诞生。从诗中不难看出严复对辛亥革命是期待的。但是，严复还有不安，“幼陵自言：‘或询其素主新学，何为居腐败政府之下而不去耶？答曰，尝读柳子厚《伊尹五就桀赞》，况今日政府未必如桀，革党未必如汤，吾何能遽去哉！’”
对于革命的矛盾心理，选择保守还是革命，严复没有来得及作出选择，历史又把他推上时代的舞台。严复因为和袁世凯的关系不错，因此，很快就得到了重用（1912年2月25日），担任北京大学的校长。接下去在袁世凯称帝时，又有了让许多人不解的行动：郑孝胥民国四年乙卯（1915年）日记，十月初六日记“严复等皆入筹安会，提议久安之策”。
对于辛亥革命和袁世凯，郑孝胥是深恶痛绝的。关于辛亥革命，郑的日记论述不多，但可以看出他是很赞同严复的观点的，对革命人士及“背叛”清室的人他一直不留情面地予以攻击。“吾不能自欺其良知。宁使世人讥我之不达，不能使后世指我为不义，故反对革命之举耳。”对于袁世凯，观《郑孝胥日记》，几乎没有只言片语赞赏的话，尽管袁世凯还帮过他的忙，甚至称袁世凯是“妖狐之露尾”。对于袁世凯称帝，郑孝胥说：“观之使人眦裂发指。”
“闻满洲皇族所争者，优待条款而已，是已甘心亡国，孰能助之，哀哉！”对皇室，郑真是“哀其不幸，怒其不争”，他认为是孝钦后和袁世凯破坏了清王朝，二人是罪人。清皇室已经放弃了政权，而郑孝胥等遗老们仍然念念不忘要复辟。
接下来的日子里，郑孝胥与严复来往很少。1914年3月5日，严复作《寄苏戡》一诗：
江南一别今三载，书到樱花想未开。李白世人皆欲杀，陶潜吾驾固难回。诗应有子传家学，事去无端感霸才。满眼瞻乌方靡止，可能安稳卧淞隈。
诗中表达了严复的无奈与身不由己，但是在《郑孝胥日记》中未见有相关记载。
1918年11月27日，严复的日记记着：“菊生请晚饭，坐有梦旦、伯训，独苏戡不至，想持高节，以我为污耳。”而郑孝胥的日记也记有同一天的事：“张菊生宴严又陵及其子叔夏，约余作陪，辞之。”尽管不久前郑孝胥的小孩小乙过世，严复还写来慰问信及小乙诔文一首，但严复到上海时，郑孝胥还是坚持不去见他。
从严复和郑孝胥来往的诗歌可以看出，严复还是很珍惜两人之间的友谊的。严在《寄太夷》一诗中说：
世乱怜樗散，家贫仰鬻书。相看六年别，白了几茎须。脉脉望江南，吴淞秋水深。殷勤二十字，为寄万重心。
严复对挚友的感情之深厚可见一斑。
而郑孝胥在《答严几道》二绝中，一首称：
群盗如毛国若狂，佳人作贼亦寻常。
六年不答东华字，惭愧清诗到海藏。
看得出是郑一直不理严复——“六年不答东华字”。第二首是这样写的：
湘水才人老失身，桐城学者拜车尘。
侯官严叟颓唐甚，可是遗山一辈人？
担任伪满洲国“总理”的郑孝胥在长春火车站迎接“帝师”庄士敦。
对于严氏列名筹安会之事，仍然不能释怀。六年里，不回复其信件也不见面，真是够顽固的！
1919年，严复到上海治病期间，郑孝胥曾前往探视几次，在《郑孝胥日记》里记载不多，但是在严复的日记中偶尔可见郑的身影，但二人之交往不像以前那么频繁了。
1921年，严复过世，郑孝胥提笔，“为吕季操代作严又陵挽联曰：‘诸夏兴哀，无怪《太元》杂符命；后生安放，从今河岳罢英灵。’”虽说此挽联对严复的评价很高，但比较郑孝胥对其他友人过世的态度，可以看出郑对严复的“背叛”一直是耿耿于怀的。如1922年，“子培于昨夜三点钟身故，即往临哭”，子培（沈曾植）是郑孝胥的好朋友，也是晚清遗老，郑孝胥一听说他过世的消息，马上到其家里哭之。“作《乙龛挽诗》”，接着又参加了其公祭大会。1927年，“往视李星冶先生病，到门，始知昨夜三时逝矣，即入临，抚尸一哭”，“作李星冶先生挽诗”，“李星冶先生出殡于福建义园，往送不及，至万国桥立候久之”，相比这些人，郑孝胥对严复之死可以说太淡漠了，不仅没有任何表示，唯一写了一副挽联还是代别人而作的。
从郑孝胥一生都追随帝制，民国时期不出任各项职务而甘愿在家当寓公，以示忠清，而后更不惜背上“汉奸”的罪名，充任伪“满洲国总理”，辅佐溥仪，可以看出他是一个为自己所认定的东西百折不回的顽固的老头子，这样其对严复的态度也是可以理解的了。甚至可以说他对严复算是客气的了，这从他对待别的他认为“背叛”了清室的人的态度可以看出。袁世凯在前面已有略述，这里举岑春煊为例。岑春煊是郑孝胥的上司、保荐人，因为其保荐，郑才得以在广西筹边，施展自己的抱负，也因为他的财力支持，郑孝胥的预备立宪公会才能成功，应该说，岑是郑的恩人，二人一直站在同一战线。但辛亥革命后，岑春煊走上了革命的道路，因此郑孝胥日记对其骂得相当厉害：“岑庸劣无根柢，一生色厉而内荏，固宜以降伏革党为收场也。岑避地沪上，本可不发一语；今一开口而肺肝尽露，原来亦是主张推翻王室之宗旨，平日声名扫地。此与自投粪坑何异，其愚至此，竖子真不知君臣忠义为何语！”根本不念及旧交情，更谈不上感恩之情了。
假使严复活到伪满洲时代，对于郑孝胥跟着废帝投靠日本****者，出任伪“满洲国总理”一事，他会做何感想呢？是愤而登报与之断绝任何干系，还是默然不理；是与之论战，还是劝其回头……不得而知。不过看严复对郑孝胥的一贯态度，应该不会像郑孝胥一样，对别人的不同取向耿耿于怀（对严复），甚至谩骂攻击（对岑春煊）。这一点也可以从1920年严复劝郑孝胥不要再迷恋复辟之举的信件中得到印证：“仆自始至终持中国不宜于共和之说，然恐自今以往，未见有能不共和之日。足下所云（指复辟），亦悬为虚望而已。”对于郑孝胥，严复始终都是关心的，这也是其性格使然。
郑孝胥和严复因志同道合走到了一起，后来又因为取向不同而关系淡漠，在那个全然失去了均衡的国家里，导致多少英才豪杰本身生命的失衡与人格的分裂。这在以后的年代还是不断地重复着。