王元奉隗嚣之命，占据陇坻，阻挡汉军。汉军还未得到确切音讯，贸然前往，快到陇坻时，见前面有木石阻道，已经惊心，但没遇到兵将，还想进去。于是将木石搬开，好容易开通一段道路，走了一程，突然听到陇上鼓角齐鸣，一群将士从高处冲下，拿着长枪大戟，奔向汉军。汉军已经人困马乏，只得退去。可敌人凶悍得很，再加上领兵的主将是隗嚣部下的王元，他本想一举消灭汉军，怎肯轻易放过？汉军叫苦连天，慌忙退去，已经来不及了，前队多被杀死，后队自相踩踏，又死伤多人。
耿弇、盖延虽然能征善战，此时也无计可施。王元紧追不舍，隗嚣又带着大队人马赶来，漫山遍野。汉军只恨腿短，逃得不快。隗嚣与王元步步相逼，一点儿也不肯放松。这下子惹恼了捕虏将军马武，他激励勇士，转身断后，手拿一支长戟，向隗嚣军中冲杀过去，勇士们一齐跟上，杀死追兵数百人。隗嚣的部下乘兴追来，不料遇上这场回马阵，吓得手忙脚乱，一齐退去。隗嚣与王元也担心有闪失，于是鸣金收兵，汉军才得以退回长安。
光武帝当时已经回都，听说众将战败，急忙让耿弇率军赶到漆邑，祭遵率军奔赴汧城，命吴汉等人驻守长安，另派冯异屯兵栒邑。冯异奉命前往，走到半路时接到报告，说隗嚣的部将行巡要去攻打栒邑，士兵已到下陇。冯异命令将士快速前进，率先进入栒邑。然后让将士偃旗息鼓，静待敌军到来。行巡领兵来到城下，见城上毫无守备，以为栒邑唾手可得，不如休息一会儿再攻打。部下得到命令，都下马散坐，毫无纪律。冯异从城楼上望见，立即领兵杀出。行巡来不及防备，上马就跑，部下更加慌乱。冯异追了几十里，斩杀敌兵无数。同时祭遵在汧城也赶走了王元的军队，汉军士气大振，北地豪杰耿定等人相继投降汉军。马援在上林苑种田，上书陈述攻打隗嚣的计划，光武帝召马援进见，当面询问。马援请命先翦除隗嚣的羽翼，然后攻打他的腹心。光武帝于是调拨五千骑兵，让马援带领，让他伺机行动。
马援先去离间隗嚣的部将高峻、任禹等人。隗嚣的势力更加孤弱，只好上书谢罪。众将认为隗嚣虽然谢罪，但心意不诚，请光武帝诛杀隗嚣在京城做人质的儿子，然后大举讨伐。光武帝于心不忍，又派来歙前去传诏，让隗嚣派次子入都。隗嚣看到诏令，知道光武帝识破诈谋，就不再回复。凉州牧守窦融派弟弟窦友上书，表明心迹。因隗嚣反叛，道路不通，窦友中途折回，另派司马席封，从小路到长安，呈上书信。光武帝回信慰问，情真意切。
窦融又写信谴责隗嚣。过了十天，信使回来，甚是懊恼，说是被隗嚣骂了回来。窦融十分生气，召集河西五郡太守，部署兵马，并上书请示。光武帝下诏褒奖，并把四方贡献的宝物转赐给窦融。窦融感激不尽，毁去隗嚣赐的大将军印，令武威太守梁统刺死隗嚣派来的使臣张玄，发兵攻入金城。隗嚣因汉军压境，又与河西失和，更加孤立无助，只好派人到蜀地称臣，乞求援助。
公孙述封隗嚣为朔宁王，派兵支援他。隗嚣正准备发兵，又听说汉将冯异夺去安定、上郡各城，立即率领三万人马，攻打安定。走到阴繁，恰与冯异相遇，交战数次，没有打胜一仗，怏怏退回。隗嚣派兵攻打悁城，又被祭遵打败，退回天水。两次跋涉，都无功而返，反而丧失了很多士兵和粮草。隗嚣的部将王遵多次劝谏，都不见隗嚣采纳，恰逢来歙带着招降书到来，王遵就偷偷带着家属投奔洛阳，做了汉朝的大中大夫，被封为向义侯。
光武帝想亲自讨伐隗嚣，偏偏发生日食，于是暂停军事，下诏寻访有才能的人。七里滩边的钓夫姓庄，单名一个光字，字子陵，会稽郡余姚县人。后来改姓严，因此后人称他为严子陵先生。光武帝小时候曾与他一同学习。光武即位后，他却隐姓改名，到了别处。光武帝想念故人，令会稽太守查访严光的踪迹，没有下落，再令海内到处查访，也没有音讯。光武帝始终不肯忘怀，又让画工描绘他的肖像，到处查找。天下无难事，只怕有心人。果然有人上报说在齐国境内有一个男子与图上的人很相似。光武帝高兴地说：“这一定是子陵了！”忙令有司拿着厚礼前往齐地。严光不肯承认，说朝廷认错了人。使臣哪里肯放，不论他是真是假，定要请他上车。光武帝听说严光到来，为了不让他乘机逃跑，特命他在北军住下，吃的用的一应俱全。大司徒侯霸与严光相识，忙派部下侯子道拿着书信前去问候。严光读完书信，半晌才问道：“我与侯霸已经好久不见了，他向来有痴病，如今位列三公，病好点了吗？”侯子道回答说：“位居高官，怎么会有痴病呢？”严光严肃地说：“既然没有病，为何派你到这里来呢？”侯子道接口说：“司徒听说先生到来，本想亲自过来问候，只因公务繁忙，不能脱身，希望等稍闲一些时前来请教。”严光又笑着说：“你说侯霸没有痴病，这岂不是痴想吗？天子派人请我，我尚且不想见，难道会见人臣吗？”侯子道听了，也不与他啰嗦，只求严光写一封回信。严光不写，只让侯子道代为转达：“侯霸位列三公，怀仁辅义才能取悦天下，阿谀奉承须得要领！”说到最后一句，立即住口。侯子道想请他多说一些，严光大笑道：“多说何用呢？”侯子道于是返报侯霸。
侯霸将严光的话写进奏折呈上。光武帝说道：“这就是狂人，不要与他计较！”说完，就亲自去拜访严光。早有人向严光通报，严光置之不理，假装睡觉。光武帝来到床前，见严光还在那里躺着，就用手抚摸着他的肚子说：“子陵，你为何不肯帮助我呢？”严光仍然不起来，过了很久才睁开双眼，也不谢罪，只回答说：“人各有志，何必苦苦相逼呢？”光武帝喟然长叹，然后起驾回宫。
不久又让侯霸邀请严光入宫，共叙旧情。严光这才进宫，不再倨傲。光武帝问严光：“你看我与前日相比怎么样？”严光回答说：“好像比以往更好！”光武帝鼓掌大笑，留严光同吃同住。睡觉时，严光把脚放在光武帝的肚子上，假装睡熟，好一会才将腿挪去。第二早晨，太史说客星侵犯御座，情况危急。光武帝笑着说：“这是因为朕与故人子陵同睡一床。”说完，当面封严光为谏议大夫。严光既不拜谢，也不辞别，拂袖离去。回到富春山，严光仍旧以打鱼为生，活到八十岁才去世。今浙江省桐庐县南，有严陵濑，与七里滩临近，后面有一座山，名叫严山，山下一块石头，能容纳十个人，就是严光钓鱼的地方，民间称其为严子陵钓台。
渔阳告平以后，光武帝曾派茂陵人郭伋做渔阳太守。郭伋安抚百姓，铲除盗贼，境内安定。只有卢芳占据北塞，多次率领匈奴兵入侵，成为边患。郭伋整顿兵马，阻止胡骑南下，百姓得以安居乐业，中外都称他是贤太守。大司空宋弘被罢官以后，朝臣多举荐郭伋代任。光武帝认为卢芳还在，不便将郭伋调回，所以没有答应。
建武七年三月，发生日食，光武帝下诏令百官上书言事。当时杜林、郑兴等人已回到故乡，都被光武帝召来，并封了官职：杜林为侍御史，郑兴为大中大夫。他们上言说应听从众人的意见，调郭伋为大司空。光武帝下诏褒奖他们，只是仍不愿调回郭伋，却令妹夫李通代任。李通首先倡义起兵，终成大业，加上娶公主为妻，地位非同寻常，但他仍然处事谦恭，不敢骄傲，所以能保全爵位，得以善终。太傅褒德侯卓茂已经病逝，特赐给棺材坟地，表彰他的功劳。前侍御史杜诗接连担任沛郡、汝南各地的都尉，各个地方都被他治理得很好，于是又调任他为南阳太守。南阳是光武帝的故乡，跟随他起兵的大臣多半来自南阳，历任南阳太守都担惊受怕，怕得罪贵戚。杜诗上任后，兴利除害，政治清平，无论贵贱全部信服。在南阳数年，人们都能自给自足，当时人们把杜诗比作前汉的召信臣。召信臣曾做过南阳太守，也是一位施德行惠的好官。所以在南阳流传两句话：“前有召父，后有杜母。”
转眼又是一年，光武帝想到陇西还没有平定，又要派兵征讨了。