管风琴作品
巴赫写作管风琴作品格外得心应手。在当时最流行的管风琴体裁前奏曲与赋格、托卡塔与赋格、幻想曲与赋格中，他的《a小调前奏曲与赋格》（BWV543）、《g小调幻想曲与赋格》（BWV542）和《d小调托卡塔与赋格》（BWV565）是突出的杰作。这些乐曲中严谨的对位逻辑、宏伟悲壮的感情与乐观明快的抒情性充分体现了巴赫创作的独特风格及他发挥这件乐器表现力的才能和技巧。
他为管风琴写的6首三重奏鸣曲（BWV525-530）是他把意大利室内乐三重奏鸣曲的形式移植到管风琴上的一种尝试。每首乐曲都是以意大利的快—慢—快结构构成，又都以3个平等的声部写成对位的织体，其中一个声部用脚踏板演奏。
巴赫的众赞前奏曲是这种形式的最高成就。在他的手中，众赞前奏曲已经超出了一般对众赞歌简单的改编和加工，而具有很高的艺术性及内心情感的抒发。巴赫共写了约170首众赞前奏曲，其中一部分编成《小管风琴曲集》，另一部分在莱比锡创作的被编辑成3册。《小管风琴曲集》里的众赞前奏曲体现了巴赫对这种体裁的典型创作方法，一般由高声部将众赞歌的曲调全部呈示出来，然后采用卡农或装饰加花的方式发展或改编，其伴奏声部大多从与众赞歌曲调无关的独立动机中，进行展开。而在莱比锡创作的3册作品，则规模更大，更具符号的寓意性，也更注重乐思的展开和表情意义。
羽管键琴及楔槌键琴作品
巴赫为羽管键琴及楔槌键琴写了大量的前奏曲、幻想曲、托卡塔、赋格曲、组曲、变奏曲、奏鸣曲、随想曲、小品以及这两件乐器与乐队的协奏曲等等。他在作品中还运用了自己在管风琴创作中的经验，如将即兴性、悲壮的气概、复调形式等吸收进来，并借鉴了法国键盘乐、小提琴艺术及琉特琴音乐的因素。他为这两种键盘乐器谱写的《平均律钢琴曲集》《法国组曲》《英国组曲》《帕蒂塔》《f小调托卡塔》《c小调托卡塔》《d小调半音阶幻想曲与赋格》（BWV903）、《戈尔德堡变奏曲》等，都体现了他创作的独特性。其中如《平均律钢琴曲集》中每首各包括一首前奏曲与一首赋格，它们用24个大小调证明了平均律在键盘乐上的可行性和艺术创作的优越性。第一集几乎每首前奏曲都有意识地解决演奏上的某个技巧及介绍了键盘乐器创作的一个类型。而每首赋格也提供了赋格写作方法的可能性，它们都有鲜明的音乐个性和完美的乐思发展逻辑。在当时还采用其他的调律方法的时候，巴赫却用平均律写了这套作品，充分体现了他的敏感和这套作品的意义。它们是键盘艺术的经典，堪称钢琴的《圣经·旧约全书》，与后来贝多芬的32首钢琴奏鸣曲（被誉为《圣经·新约全书》）竞相辉映。这套乐曲标志着拉莫的理论体系在实践中已完全成熟。
巴赫的组曲创作把这个流行已久的体裁推向了最高极限。其标题“法国”和“英国”虽非巴赫本人所起，但反映了他创作中吸取融合其他民族风格的影响（法国组曲BWV812-817是因为“按法国风格写成”，英国组曲BWV806-811是因“为英国显贵而作”）。2套组曲都包括标准的4个舞曲，每首英国组曲前都有一首前奏曲，其中有些是巴赫特意将意大利的室内乐形式移植到键盘乐的试验，如第三组曲的前奏，实际是全奏与独奏交替的协奏曲快板乐章。
为羽管键琴写的《d小调半音阶幻想曲与赋格》（BWV903）是巴赫键盘乐的一个杰出范例。这首作品狂想性的即兴发挥、音色和情绪的丰富变化以及技巧的精湛，都体现了巴赫高超的即兴能力、创作技巧和充沛的感情。它们也都吸收了管风琴创作的宏大气魄和悲壮风格。而将最自由的幻想曲与最严格的赋格组合于一首作品，这种典型的作法，又体现了巴罗克时期对戏剧性的对比统一的美学追求。
在《戈尔德堡变奏曲》BWV988中，巴赫又使主题加变奏这种形式达到了高度发展的水平。其主题是一首萨拉班德舞曲，全曲有30个变奏，以3个变奏为一组，每组最后一曲都是卡农。最后一个变奏是一首集腋曲（quodlibet），它将两首德国民歌《我离开你已经很长久》和《青菜萝卜》用对位结合到一起。
其他独奏曲
巴赫为小提琴、大提琴、长笛等写了各种独奏曲，并在创作中发挥了这些乐器的独特技巧和表现力，如为小提琴写的《六首独奏奏鸣曲和一首帕帝塔》（BWV1001-1006）采用了小提琴的双音及旋律大跳等。他为大提琴写的《六首组曲》（BWV1007-1012）及独奏长笛帕蒂塔（BWV1013）也采用了意大利奏鸣曲的形式。这些乐曲都发挥了独奏乐器的歌唱性和表情性的长处，带有法国琉特琴和楔槌键琴的音乐风格。
小型合奏曲
巴赫的这类作品包括为小提琴和羽管键琴创作的奏鸣曲（BWV1014-1015）、为维奥拉甘巴和羽管键琴创作的奏鸣曲（BWV1027-1029）及长笛和羽管键琴的奏鸣曲（BWV1030-1035）。这些作品多数实际是三重奏鸣曲，采用教堂奏鸣曲慢—快—慢—快四乐章的形式，由右手弹奏羽管键琴的旋律，跟另一乐器的旋律形成二重奏，而羽管键琴的左手则弹奏通奏低音。
大型合奏曲
巴赫的协奏曲形式多样，他写过两首小提琴与乐队的协奏曲，一首为两把提琴与乐队的协奏曲，他还是音乐史上首先为羽管键琴创作和改编协奏曲的少数作曲家之一。
他的协奏曲代表作是其6首《布兰登堡协奏曲》（BWV1046-1051）。在这套作品中，巴赫除了采用意大利作曲家的协奏曲的原则手法外，还增加了自己的特点，如加强独奏曲与全奏主题的统一，用增长华彩段来扩充乐曲的形式及采用装饰性来展开赋格段（第5首），又如有的协奏曲只为弦乐而写，没有竞奏的独奏乐器（第3，6首）等。
巴赫共写了4首管弦乐组曲（BWV1066-1069），它们每一首都以法国序曲作为开始，它们都感情充沛动人，反映了巴赫创作轻松乐观的一面。现在流行的《G弦咏叹调》就是从第三首管弦乐组曲的慢乐章改编的。
此外，他的《音乐的奉献》（有几首键盘乐曲，也有几首未写明固定演奏形式）和《赋格的艺术》（未完成，原意用何种乐器演奏不清楚）都是复调艺术的伟大精品。《音乐的奉献》是1747年他同长子威廉·弗里德曼访问普鲁士腓特烈大帝的宫廷时，根据皇帝指定的主题所作的一系列即兴创作。他先作了一首六部赋格，回到莱比锡后，又改写了一首三部的键盘乐里切卡尔、一首六部键盘乐里切卡尔、十首卡农和一首四个乐章的长笛、小提琴与通奏低音的三重奏鸣曲。《赋格的艺术》有18首最严格的卡农和赋格，采用了最复杂的对位手法。
康塔塔
巴赫的康塔塔有合唱的、独唱的及综合合唱、独唱、重唱于一体的几种，其内容丰富，表现手法多样。有的重抒情，描写内心情感，有的具有史诗性，表现宏伟壮丽的气势。众赞歌在巴赫许多康塔塔里占有重要地位，采用方式不尽相同：有的采用几首之多，有的只在结尾使用，有的用了众赞歌的全部或部分歌词，却只为某些段落配上新的曲调，也有少数没有用众赞歌。
巴赫的世俗康塔塔均为应贵族之需而写。它们多数是些轻松风趣的“音乐剧”。在写作时，他往往拿歌词中一些次要的字句加以发挥，写成诙谐活泼的音乐。如《太阳神和牧神的争吵》（BWV201）、《溪水，你慢慢地流》（BWV206）、《咖啡康塔塔》（BWV211）、《农民康塔塔》（BWV212）等。这里有的作品直接采用了民歌小曲作素材，带有农村生活的情趣，或城市生活的风情。
巴赫在一些世俗康塔塔中作了装饰性的试验，使其带有某种新的华丽风格的倾向。
受难乐
受难乐是为耶稣受难的故事谱写的声乐音乐，在复活节前一周期间演出。大约12世纪开始，举行礼拜仪式时，由三个牧师主持演唱素歌。其中一个男高音讲福音故事，男低音充当耶稣的角色，男中音代表民众。15世纪，众唱部分的歌词开始采用主调合唱，到宗教改革后，德国的路德派把歌词改为德文，在巴赫之前，各国的作曲家都写过受难乐，但是，巴赫的创作使这种体裁达到了高峰。
在巴赫的受难乐中，只有《马太受难乐》（BWV244）和《约翰受难乐》（BWV245）完整地留存了下来。这两部作品均通过音乐艺术完美地表现了为拯救人类的苦难而自我牺牲的人文主义思想。《马太受难乐》用了2个合唱队（分8个声部），一个男童合唱队、两个乐队、两架管风琴的庞大阵容及独唱与合唱的宣叙调、咏叹调、重唱等手段，以强烈的戏剧性处理了这一悲壮的题材。《马太受难乐》里的宣叙调和咏叹调与意大利歌剧中的全然不同。它们不仅交代情节，起了音乐朗诵的作用，更主要的是带有细微的表情变化，表现了戏剧性的感情。虽然巴赫没有写过歌剧，但他的这些受难乐表明他不仅吸收了希腊戏剧中合唱、意大利歌剧的因素，还继承了德国舒茨宗教作品和清唱剧的传统，具有同歌剧一样强烈的戏剧性。
弥撒曲
《b小调弥撒曲》是巴赫弥撒曲的力作。它是在多年中陆续完成的，巴赫本人从未完整地听过其演出。这是一个规模宏大的声乐与器乐作品，共有24首分曲（15首合唱、6首咏叹调、3首二重唱），它超越了教会礼仪的范围，作为一部艺术精品而闻名于世。