熊廷弼守辽三年，人民安堵，鸡犬不惊。然而一个千年俗话“宁可得罪君子，千万不要得罪小人”又一次上演了。这次主人公依然是熊廷弼。碰巧熊廷弼就碰到了姚宗文这样的小人。姚宗文任户科给事，因守丧离职回乡，回朝想入补做官，就找到了熊廷弼大人，没想到官没做成还，还碰了一鼻子灰，姚宗文因此怨恨廷弼。这条路，走不通就走其他路，条条道路通罗马，姚宗文终于复职于吏科，干大了，经常到辽东来检阅兵马，故意找熊廷弼兄弟的麻烦，老熊说一，他偏说二，对着干。还有个人物刘国缙，辽东人，原先做过御史，现在兵部主事，参与军务，主张“以辽治辽”，跟我们今天“以港治港”政策惊奇相似，他呢专门招募辽东人为兵，部队有一万七千多人，思路很正确，可惜没有执行好、落实好，人马逃跑一半。熊廷弼把此事报给朝廷知道，刘国缙也对熊廷弼这位领导产生了怨恨。
姚宗文、刘国缙上书攻击熊廷弼边疆屯田工作没干好，说辽地疆土日见减少没有收成，士兵只中种田不操练，无法保家卫国。这还没完，又纠集一伙人起来攻击，想非使熊廷弼去职不可。御史顾慥首先起来，弹劾熊廷弼出关一年有余，诸事没有规划；蒲河失守，隐瞒消息不上报；带着兵器的战士不用于作战，只用来挖沟，尚方宝剑在手不求有补国事，只是供自己作威作福。这时候，明光宗驾崩，明熹宗即位，御史冯三元弹劾廷弼八件没有谋略的表现，三件欺瞒皇帝的事，说不把他罢免，辽地终究无法保有。一朝天子一朝臣，熊廷弼兄弟终于落马，被去职，用袁应泰接替了他。
总督辽东这个岗位，是个烫屁股的活，坐在这把椅子上那真是如坐针毡，袁应泰先生碰巧碰到了这个岗位。一个好端端的国家级大领导就这样成为了个倒霉蛋，在他任期内就因为接受这个差事，付出了生命的代价，国家也蒙受重大损失。袁应泰，凤翔人，东林党人。书读得好中进士，朝廷分配了个临漳知县工作，兴修水利提拔四十余里，以防漳水泛滥；河内县令时候，组织群众穿凿太行山，灌溉田亩数万顷，使邻县也受益。因政绩太大被被提拔为工部主事，一来二去，混到了兵部侍郎，为熊廷弼军事后勤干得不错得到称赞。总的来说，袁应泰这位兄台是个能干事的官吏，但是善于搞民政、后勤工作，现在被推到了抗战前线，走向了深渊。因为辽东总督位置重要，袁应泰也获得了明熹宗颁发的尚方宝剑一把。老袁用这把剑斩杀贪将何光先，罢免大将李光荣等军中败类，准备收复抚顺。？。袁应泰精明能干，但用兵非其所长，规划也不周密，熊廷弼在边防时，执法严格，部队军纪整肃，而袁应泰失之以宽，而且更动了往日的规章制度。
当时蒙古各部遭遇旱灾，水草不长，没办法放牧了，很多灾民就来到到关内混碗饭吃。袁应泰招降他们，精装男丁充作战士，妇女儿童干点扫大街、做饭、运输军粮后勤工作，分散安置在辽阳、沈阳两城。后金汗王努尔哈赤听说大喜，派遣了大量间谍冒充灾民混入了城市。当然蒙古人很多进城，有的不是善类，干起了他们的老本行奸淫抢掠，居民深以为苦。袁应泰缺乏对敌作战的间谍经验，只看到用蒙古兵抵抗清兵的长处，而没考虑到他们会把矛头对准自己及明军。特别是三岔儿会战，蒙古人作先锋非常勇猛，杀敌无数，也有二十多蒙古人阵亡，袁应泰更坚信自己观念。天启元年（1621年）三月十二日，后金主力部队开到了沈阳城下，双方互相攻击，拼起了消耗战，更有死伤。当日夜里，之前化作灾民，早已潜伏在沈阳城内的后金间谍伙同部分蒙古人私下活动，打开了沈阳北门，将清军放入城内，总兵官贺世贤、尤世功奋力杀敌，展开巷战，不幸战死，赶来增援的陈策、童仲揆等将领，也都阵亡。后金军付出较小的代价占领了大城市沈阳，这是他们占领的最大城市，后来一段时间成为他们的都城。
袁应泰看到沈阳大势已去，就命令防线收缩，防守辽阳。听说是城内有间谍而且是蒙古人，袁老先生泪流满面，肠子都后悔坏了。到现在已经没有用了，即使吃一车子后悔药也没用了，好在亡羊补牢，全城戒严，搜查蒙古人，非我族类，其心必异，一顿砍杀，城内很多蒙古军民被清洗，人心惶惶。
十九日清兵临城下，自古义不掌财，善不掌兵，没有严格约束下属的袁应泰在战争中吃尽苦头，即使亲自督率，出城迎敌也抵挡不住后劲不对的进攻，总兵官侯世禄、李秉成、梁仲善、姜弼、朱万良纷纷战败，死伤很多逃回城中。第二天，后金军掘开城西闸门排除城壕内积水，用水淹死了很多明军士兵，明军城外军营乱作一团，被迫都退回到辽阳城中把守。后金军发扬不怕吃苦，勇往直前精神疯狂进攻辽阳各个城门。袁应泰作为文官，亲自操家伙上阵，持盾牌大战，最终抵挡不住。城内后金军间谍没有没除尽，他们引导后金军从小西门进城，内外交困，袁应泰走投无路，慨叹自己袁应泰啊，袁应泰你真是个倒霉蛋，在不到一年的时间里，辽东重镇沈阳、辽东首府辽阳相继失陷，有何面目去见朝廷和父老乡亲，所以袁应泰畏罪自杀，辽阳既下，辽东附近五十寨，及河东大小七十余城，皆望风投降，辽河以东全部沦为后金所有。
没有熊廷弼，后果很严重，朝廷重新启用了熊廷弼，当然弹劾他的冯三元、张修德、魏应嘉、郭巩、姚宗文等人纷纷倒霉，遭到降级处分、罢免处分等。在启用熊廷弼同时，朝廷还提拔了王化贞为巡抚。
在此之前，袁应泰死了，由薛国用代为经略，薛国用因病不能干事。王化贞于是部署将领，沿河设立六所军营，每营设置参将一人，守备一人，各自画地分守。西平、镇武、柳河、盘山等要害地分别设立防哨。熊廷弼认为要守住广宁就行了，完全否决了王世贞的作战思想，认为那样兵力分散，容易被敌人各自击破，大老板、领导明熹宗支持了熊廷弼。王化贞因为自己的计策未被采纳，恨透了，把军事全推托在熊廷弼身上。四方援辽的军队，王化贞改名号为“平辽”，辽人很不愉快。熊廷弼改为“征东”番号。点滴矛盾激化了王化贞与熊廷弼之间关系，变得很紧张，朝廷没有及时纠正，如果调走一个主官就好了，避免内耗。
王化贞这位老几读了几本兵书，自认为很懂军事，轻视大敌，好说大话，下属的劝说都没有采纳。尤其是与直接领导、顶头上司熊廷弼抵触得厉害，搞不好关系。他妄想投降后金的李永芳会做他的内应，相信蒙古人的话，只想借着蒙古人的实力不战而获全胜，专心搞外交和间谍工作，一切事务如兵马、甲仗、粮草、营垒等都放置一边不加过问，一意说大话蒙骗朝廷。熊廷弼这个人也器量狭小，刚愎自用，火气一触即发，盛气凌人，朝臣大多都厌恶他，又碰上了王化贞这个主，更加无法实现自己的心愿，而熊廷弼的山海关上却没有一兵一卒，只是有经略这么个虚名而已。？
这个时候，中外都知道经略、巡抚两人不和，一定会坏了边疆的大事，大臣们的奏章天天讨论此事。而张鹤鸣笃信王化贞，于是想把熊廷弼拿掉。正好后金军这时逼近西平，就停止了争议，仍然兼用他们两人，责令他们共同努力，功罪一体。但是王化贞始终还是个好样的汉字，关键时候顶得住，受命于危难之时，在广宁危若累卵的时候，独力支撑了八个多月，谁不同情呢？但可惜为人朴实，不懂兵法，想利用虏而反为虏用，欲用间而反为间用。孙得功这样的人每日围在他左右，被骗得团团转。吹牛说要渡河决战。结果一打起来，敌骑还在百里之外，就丢弃广宁，一个人骑着马连夜逃走了。
王化贞相信中军孙得功的计策，发动了广宁的全部兵力，让孙得功和祖大寿前往和祁秉忠会合，然后向前去作战。熊廷弼也传令刘渠拔营赴援。正月二十二日在平阳桥遭遇后金军，刚刚交锋，孙得功和参将鲍承先等领头逃跑，镇武、闾阳的兵力于是也被打败，刘渠、祁秉忠在沙岭战死，祖大寿逃往觉华岛去了。西平守将罗一贯待援不至，与参将黑云鹤也战死。熊廷弼当时已离开右屯，驻军闾阳。参议邢慎言劝他紧急救援广宁，却被佥事韩初命阻挠，于是熊廷弼撤退了回来。
王化贞平常把孙得功看作心腹，而孙得功已偷偷地投降了后金，搞起了卖主求荣的打算，真是可恨，绝对的汉奸，他想活捉王化贞作为自己的功劳，就诈称后金军已到城边。城中一时大乱，人各奔逃，参政高邦佐阻挡也挡不住。王化贞正关起门办理军书，毫无所知。参将江朝栋推门闯进来，王化贞大声训斥他。江朝栋大声喊道：“事情危险了，请你快走！”王化贞不知发生了什么事，朝栋就搀扶他出来骑马逃走，后边两个仆人徒步跟着，于是丢了广宁城，仓惶逃命。
王化贞感到惭愧，建议驻守宁远和前屯。但熊廷弼只是看王化贞闹笑话，将物资一律烧毁，引导数十万军民退守山海关，却没有进行最后的广宁保卫战，于是金兵不费一兵一卒占领辽东，成为后来魏党杀熊廷弼的一大口实。正月二十六日熊廷弼和韩初命一起护送难民入得关来，王化贞、高出、胡嘉栋也先后入关，只有高邦佐自杀而死。孙得功率领广宁城的叛将把后金军迎入广宁时，王化贞逃跑已有两天时间。后金军追赶他们追了二百里，因路上没得粮食吃才回去。战败的消息传到朝廷，京城为之震惊，天启二年（1622年）二月，朝廷逮捕了王化贞，罢了熊廷弼的官，让他听候查考。四月，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上判决书，熊廷弼、王化贞都判了死刑。后来快到行刑时，熊廷弼让汪文言用四万两金子贿赂内廷请缓期执行，后来却违背了四万金的许诺。
魏忠贤大为恼恨，发誓要尽快杀掉熊廷弼。等杨涟等被捕下狱，就诬蔑他曾受过熊廷弼的贿赂，以此加重熊廷弼的罪行。明熹宗恼了，于是在天启五年（1625年）八月把廷弼杀了，将他的首级在北方的九处军镇辗转示众。
熊廷弼第一次巡佐辽东有功，第二次有功，第三次则有功、有过。他虽被委以重任，其三方布阵的构思也曾经被认同，而实际上根本无法实施，即使没有王化贞扯后腿，广宁（今辽宁北宁市）之失也是必然的结果。努尔哈赤虽然击败了王化贞，但女真兵力并不足以占据辽东。此时明军主力尚存，若熊廷弼坚守宁远，应该能守住。而熊廷弼却因与王化贞斗气而错误的放弃了整个辽东。