阿里巴巴的知名度在2003年达到了高峰，杭州一共发现了4名‘非典’患者，其中有一位就是阿里巴巴的员工。现在阿里巴巴的员工回忆起当时的情况，有些举重若轻的感觉，“现在我们会开玩笑说知名度真的提高了很多，现在不仅仅是商界的人知道我们公司，每一个杭州人，无论老人还是小孩都知道了我们公司的名字。不过当时真的挺可怕的，上街根本不敢说自己在阿里巴巴上班，不然大家就像见到了老虎一样恐惧。一直到隔离结束以后走到街上，都会遭到不正常的待遇，人们还会指指点点说，‘非典’来了。”压力更大的是马云，一面要给被感染的那名员下家属道歉，一面要给整座办公楼里面的其他公司解释，而且人家还未必领情，甚至有的人冲到阿里巴巴来大闹：你们为什么要派人到广州去，是你们把非典招来的！这是外界的排斥，阿里人内部呢，难道也军心涣散、乱成一团吗？非常令人欣慰，答案是否定的。在马云的带领下，或者说在一种叫做使命感、价值观的神奇力量的指引下，阿里人表现了顽强的战斗力，超凡的凝聚力。
由于整个公司的办公区都被完全封锁，几乎所有的员工都要被隔离在家。但是，业务照常开展，员工们把电话带回家去办公，家里全部装上宽带，没装的公司出钱给装！在整个隔离期内，阿里巴巴给客户的感觉就是一切正常，没有人能感觉什么异常。员工们在家用电话与客户联系、沟通，没有因为这场灾难而影响到他们的工作态度。除了偶尔有员工的家人接听业务电话是没有用非常标准的客服语言来应答客户外，阿里巴巴给客户的感觉就是一切正常。
难能可贵的是，在灾难面前，没有员工抱怨疫情怎么会出现在自己的公司，或者抱怨他们的老板把非典“招”来了。在这个时候，他们更多的是彼此之间的相互鼓励，非典成了一个高度凝聚人心的时刻！网络也成了“不能面对面，却能心贴心”的重要工具。
当时，为了解除单身员工独处的心理孤独问题，阿里巴巴人内部甚至利用视频等技术手段，在全公司范围内举办了好几次卡拉OK大奖赛！而且，同事们之间利用电子邮件或者即时通讯工具的交流比平时在办公室时更为频繁了，内部交流畅通无阻。仿佛又回到了2001年互联网寒冬时期那个“外面很冷，我们肯里面是热火朝天”的时代！马云自己也亲自加入到这种交流中来，他很珍惜这种机会，甚至很感动：又找回了湖畔花园一起艰苦创业时的感觉了！
如同所有的战争一样，只要同心协力、众志成城，就没有打不赢的战役。最终，我们看到的是这样一种令人欢快、欣慰、激动、落泪的结局：感染非典的那名员工完全康复，所有被隔离的员工都被确诊正常，阿里巴巴的电子商务优势在这个灾难时期得到社会各界的一致肯定与赞赏，营业额突飞猛进！在“润物细无声”之中，湖畔花园那边又传来了淘宝成功上线的喜讯！
尽管事后当马云回忆起“非典”的时候，他一如往常地用他的方式来诠释，“这是一件好事，‘非典’成为凝聚人心的时刻”。他说这是一场灾难，对于全中国人来说都是如此，但是也正因为如此，对于全中国人来说，都是一次凝聚人心的机会。他说当时已经有几百人的阿里巴巴从一个小型的公司重新回到了一个团队的时代，灾难使得可能存在的办公室政治的萌芽，使人事之间必然出现的隔阂，因为被动的隔离、因为距离上的隔离反而消弭于无形了。
对“非典”的态度，马云说，是一次凝聚人心的好机会。在阿里巴巴和淘宝的办公室，有这样一张奇怪的照片，员工们戴着口罩，站在办公室里，最前面站着马云。他们的神情肃穆而倔强。另外还有一张照片，是大家戴着口罩，站在公司门口，神态一样的庄重却又带着些愉快，照片下方显示的时间是2005年5月。“这是我们在纪念‘非典’。”他们解释说。
“巧舌如簧”的马云在展示了其卓尔不凡的影响力的同时，也给中国的企业界展示了一种全新的企业家内涵。
4.华星风波，开国元勋们的个人矛盾
“今天大家不用回去了，既然你们有那么多怨恨，很多人有委屈，现在当事人都在，都说出来，一个个骂过来，想哭就哭，所有都摊在桌面上，不摊完别走！”
——马云
国家强大稳定离不开健全的法律制度，企业壮大发展也离不开完善的规章制度。凡是成功的企业，一定是重视法制的企业。企业与法的关系有两个层面，一个在企业外部，存在着国家法律；一个在企业内部，表现为章程、规章制度、员工守则等。企业家是否重视法制，就看他如何对待这两个层面的法。企业无论大小都有自己的规章制度，有了制度不执行，或者对自己暂时有利的就执行，不利的就不执行，对某些人执行而对某些人不执行，等等，都是人治的表现，实际上是在毁坏企业管理者的权威，因为规章制度是企业管理者权力的具体化，对部属的职权起着规范作用，对职工的活动起着制约作用。
在现代企业管理中，企业的管理制度是管理到位的有力保证。有人形象地说：“制度比人更可靠，因为人是活的，制度是死的。”
在创业之初，马云也面临这制度匮乏的困惑。2000年3月，阿里巴巴搬进华星大厦。这意味着阿里巴巴湖畔时代的结束，华星时代的开始。如果说湖畔时代是艰苦创业的时代，是激情燃烧的时代，那么华星时代就是模式清晰的时代，是走出困境的时代。如果说湖畔时代的阿里巴巴是一支游击队，那么华星时代的阿里巴巴已经是正规军了。如果说湖畔时代的阿里巴巴像一个家庭像一个学校，那么华星时代的阿里巴巴已经像一个规范的公司了。
阿里巴巴进驻华星大厦之后，开始了规章制度的建设，这是任何一个规范化公司无法规避的大事。马云把此事交给了负责人事工作的彭蕾。不久彭蕾把制度和流程起草出来了，但一贯彻就遇到了阻力。
也许阿里巴巴的创业者们已经习惯了那种充满人情味和家庭味的工作氛围，习惯了那种既像兄弟姐妹又像部队战友的团队氛围，习惯了那种不分彼此不分高低，同甘共苦亲密无间的人际关系，突然搞起制度、流程和奖惩来，大家一下子很难适应。这一点连负责此项工作的彭蕾也很矛盾。但她知道推行规章制度是从一个创业团队转变为一个正规公司的必由之路，不推行公司很难发展，推行就必然伤害到团队的家庭氛围和兄弟感情。最后规章制度还是强制推行了。
搬到华星之后，随着公司正规化建设的开始，划分部门明确分工都是自然而然的事，而有了部门就得有负责人，于是提干就是自然而然的事。在18个创始人中，第一批提干的有三人：孙彤宇、张英和彭蕾，职务都是部门经理。
于是原来的18个创业者分成了两拨：4个官和12个兵。从北京EDI时代起，这支团队就习惯了只有一个头，那就是马总，其他人都是平等的兵。湖畔时代也是如此。到了华星时代，这种人们已经习惯了的现状突然改变了。
地位和职务的变化是一个原因，当时的职位也是与薪酬挂钩的；更重要的原因是，搬到华星之后，公司大了，人员多了，原来的18个创始人见面少了，沟通也少了，再不是当年在湖畔花园一起睡地铺，一同吃盒饭，朝夕相处，患难与共的时代了，于是误解和不理解越积越多，矛盾和怨气越积越多，终于爆发了一次也是唯一一次风波。
搬到华星不久的一个晚上，马、张、孙、彭之外的十几个创始人来到一家名为名流的咖啡馆聚餐。事前，大家约法三章，不准谈工作，只谈感情。但是，谈着谈着就说到公司说到工作，所有的不解、疑惑和怨气都发泄出来，一直谈到半夜。团队里的老大哥楼文胜首先倡议：说了这么多，屁股一拍就走，于事无补，我们应该写出来送给马云。大家纷纷响应。于是由楼文胜执笔，大家补充，整整写出了一大张纸。之后，楼文胜回家将这份东西整理成一封写给马云的长信，然后发给了马云。
第二天傍晚，马云收到信后立即把18个创始人召到一起，大家围着圆桌坐下后，马云说：“今天大家不用回去了，既然你们有那么多怨恨，很多人有委屈，现在当事人都在，都说出来，一个个骂过来，想哭就哭，所有都摊在桌面上，不摊完别走！”马云说完，十几个人接连发言，把昨天在咖啡馆里说过的每件事都说了一遍。矛头自然是指向马、张、孙、彭，但主要矛头又都是指向孙彤宇，以至于前一半的会有点像孙彤宇的批判会。
涉及马云的只有一件事：马云有一个远房亲戚，在阿里巴巴做程序员，但大家提出他并不称职。会后3天这个程序员就走了。涉及张英的也是一件事：一个“中国黄页”过来的员工工作做得并不理想，在一次淘汰谈话中，被张英保下来，大家提出这是拉关系走后门，还提出因为张英是马云的妻子，大家会对她有不同的要求。当时会上张英很委屈，事后证明张英的决定是对的。针对孙彤宇的事则有很多，也可以说90%的事是针对他的。会上孙彤宇做了一些解释。孙彤宇是个大大咧咧的人，个性很鲜明。在北京EDI时，他就和张英吵过，后来又和盛一飞大吵过，此事引来马云电话过问。华星风波中大家对孙彤宇的猛烈批判，有些是误解，有些是孙彤宇性格造成的。事后，很多人认为这事做得有点过分，孙彤宇很冤枉。
孙彤宇说：“这个会可以说是对我的批判会。在很长时间内我身上存在着跟大家沟通的问题。不是职位的问题，而是做事的方法，说话的方法，有时对人有伤害。那天晚上，我没有理解到底发生了什么，我说，我就是这样一个人，这样一个方式，请大家接纳。那天我有很多委屈。但一个巴掌拍不响，大家没坏心。”
那次风波之后，孙彤宇还同程小咚大吵过，在马云的干预下，随后是一次男子汉式解决。毕竟江山易改本性难移。但孙彤宇出任淘宝总经理后，他的性格改变多了。
那天的会从晚上9点开到凌晨5点多。那是一次彻底的宣泄，也是一次彻底的灵魂洗礼。会上许多人情绪激动，许多人痛哭失声。会上甚至有人说到离开，可是扪心自问，谁会舍得离开这个团队，这个公司？整整一夜，这些跟随马云浴血奋战了少则两年多则五年的老战友，吵过、喊过、哭过之后，一切疑虑都已消散，一切误解都已消除，一切疙瘩都已消解。
当东方既白，一切都烟消云散，18个创始人的心灵像晨露一样纯洁。华星风波的导火索是那封写给马云的信。事后吴泳铭说：“我们能写出来告诉马云，说明我们是一支很好的团队。”如果那14个创始人不这样做，而是任其发展，让误解和矛盾蔓延下去，那么18个创始人团队的分崩离析是早晚的事。马云接到信后已经觉察到问题的严重性，于是立即召开会议，用他一贯主张的男子汉的方式解决问题。事后证明这种方法是有效的。
马云主持了那次会议。但一反常态的是他在会上说话不多。会议快结束时，马云说：“其实现在很关键。60到80人时要分部门，有人会当官，会有政治斗争。以后阿里巴巴会有几万人怎么办？你们要学会欣赏对方，山外有山。你们现在无谓地吵来吵去，浪费时间，将来见面都很困难。将来阿里巴巴大了，你们有人在杭州，有人在上海，有人在欧洲，有人在美洲，想见一面谈何容易？”
华星风波发生在2000年初，5年之后，18个创始人的职务变化更大了。有人做了副总裁，有人做了总监，有人还是经理，也有人还是专家。5年之后，有人在阿里巴巴，有人在淘宝，有人在雅虎中国；有人在杭州，有人在北京，有人在美国，已是“相见时难别亦难”了。再过几年随着阿里巴巴的二次海外扩张，马云在那次会上描述的情景的出现是很自然的。
华星风波发生之后，类似的风波再也没有发生过。18个创始人之间的政治斗争也得以避免。5年之后，这18人依然都在阿里巴巴。虽然见面已经很难，但每年他们都要聚一次，一起吃顿饭聊聊天叙叙旧。
华星风波的产生和化解都是耐人寻味的。事后马云做过如下的总结：“以前我们最为骄傲的是湖畔文化，但是现在我觉得最骄傲的是华星文化。华星文化正在孕育着阿里巴巴真正的新一代的文化。如果我们还是留恋湖畔创业，一种盲目的热情，阿里巴巴不可能得天下，不可能成为世界最伟大的公司。今天的华星大楼，正在滋生一个团队，价值观，一种企业文化。在华星正在涌现出许多比湖畔更精彩的团队和文化氛围。几乎每一个部门都出现了许多优秀的团队，涌现了许多优秀的人才。大家正在形成一个Team Work，我们的运营正在出现好的效用。当然也有怀疑华星的，有人在说我们在湖畔的时候有多好，每天干到凌晨四五点都不累。但这样我们能干多久？Savio说过，没有自己生活的人是不可能有Innovation的，不可能为公司创造价值。互联网必须结束个人英雄时代，必须进入团队发展。阿里巴巴最令人骄傲的是涌现了华星文化。我们不能再倡导湖畔文化。一个企业与一个人一样不能老是看到过去，我们应在这儿创造今天的华星文化，为3年、5年以后阿里巴巴的大发展做出最大的贡献，将华星文化散播到全国各地，散播到世界各地。”