天渐渐地黑了，鬼子兵等得也不耐烦了。见坑的大小也差不多了，日本兵让他们从坑里上来，站在土坑沿上。四个人面面相觑，不知道鬼子兵要干什么。只听见鬼子兵一声吼叫，四把刺刀穿透了他们四个人的胸膛。四个工人倒在了自己挖的土坑里。日本兵操起了铁锨，胡乱往其身上扔了几锨土，扛起枪走了。无影山被罩进阴森的夜幕中……
当时的无影山周围，从新华院以西至堤口庄以东，黄屯、黄岗、胜利庄、万盛街一带，白骨盈野，尸骨堆积，最多处厚度竟达一尺有余。当时，在附近居民中曾流传着一首歌谣：
新华院，新华院，
它是阳间的阎王殿。
谁要到了这里边，
既抽血，又剜眼，
有时还叫狼狗餐！
病了只有死，
想治是枉然。
十人进去一人出，
要想活命真比登天还要难。
除了无影山，当时日军在济南还有几处刑场，如任家山口、腊山和琵琶山。琵琶山刑场规模最大、杀人最多。
琵琶山刑场在济南市西郊十里河庄西南的琵琶山山下，东西长四十二米，南北宽四十米，占地面积一千六百八十平方米。当初，这里是国民党修的烈士祠。日军占领济南后，把这里变成了屠杀抗日军民的刑场。这个刑场建于1940年秋天，当时日军强迫战俘劳工和当地民众在其周围修筑了围墙和堡垒，在里面挖掘埋人的大坑。
从1940年到1945年，凡是被济南日军军法会议判为死刑的抗日军民和爱国志士，大都在这里被杀害，不少人是从战俘集中营提出来，经军法会议判处死刑后在这里执行的。还有一些屠杀是日军为了提高士兵射击、劈刺技术和杀人胆量，把战俘从集中营拉来，被当做射击的靶子、劈刺的对象杀害的。还有的被日军狼狗活活咬死，有的被挖去双眼、心肝，有的被活埋，有的被浇上煤油烧死。日军第五十九旅团长兼济南防卫司令官长岛勤部和五十三旅团上坂胜部都多次在此杀害“扫荡”作战抓回的战俘和抗日民众。
1943年9月的一天，日军把十二名赤裸上身的抗日军民，背捆双手，装上汽车，拉到了琵琶山刑场。指挥这次屠杀的济南防卫司令长岛勤早已率领行刑人员乘车来到杀人刑场。日军把受刑者蒙上双眼，拉到大坑周围，一字排开。射手们端起步枪，拉开枪栓把子弹上膛。长岛勤抽出指挥刀，向空中一挥，发出口令。就在枪响前的一瞬间，一名受刑者喊出了：“中国共产党万岁！”“打倒日本帝国主义！”
就在开枪的同时，另一个受刑者不知怎么挣脱了捆着双手的绳索，箭一般地向刑场南边的围墙冲去。长岛勤用指挥刀一指，示意他的卫兵萱治明道向逃跑者射击。就在逃跑者纵身跃上齐胸高的围墙，准备跳过去的一瞬间，萱治明道扣响了扳机。逃跑者一头栽到墙外面。萱治明道也随即跑过去，他见逃跑者忍着剧痛，一瘸一拐地跑出去两百米，于是第二次扣动了扳机，这个逃跑者彻底地倒下了。
枪杀过程中，长岛勤一直站在坑边指挥，发现哪一名被枪杀者还有一息之气，就指示卫兵再对其射击，直到全部杀死。刽子手们乘车归去，琵琶山下又多了十二名抗战的冤魂。
日军杀人狂暴至极，不分白天黑夜，想杀就杀。有时每隔一天就杀一次，每次人数不等，少则几人，多则几十人，上百人。每逢杀人时，惨叫声不忍卒听。日本侵略者屠杀抗日军民后，有时在尸体上盖一层或撒一层石灰，有时什么也不盖，曝尸坑内，下次再在上面屠杀。
1954年审判日本战犯时，西十里河庄的居民房士银等村民控诉说：
山前当初是国民党修的烈士祠，日本鬼子来到济南以后，在里面挖了八个两三人深的大坑。那时常见鬼子用汽车装着我抗日同胞拉到那些坑里去杀，杀人的次数是数不清的，隔不几天就来杀一回。我们记得民国三十一年腊月的下半月，有一回，下午日本鬼子开来三辆汽车，头—辆是装的日本鬼子，后两辆是满装着我受难同胞，看见人都躺在车上，从汽车棂缝看得很清楚，上边还有鬼子站着。汽车开到山前，鬼子先在周围站上岗，把受难同胞从车上拉下来，狼狗先咬，再用枪打。狗咬、枪响及受难同胞惨叫的声音我们听得很清楚，听了都伤心落泪。一会看见鬼子提着木桶从山前下来，到我们村南头唐盛祥石灰窑厂的井上打水，给狼狗洗血嘴，吓得我们整天提心吊胆。这样的日子我们过了六七年。在这六七年间，鬼子在这些坑里杀死我抗日同胞是数不清的，所以我们就叫它万人坑。
济南市郊六区王官庄于吉山控诉道：
在这坑里杀害的人数无法计算，所以我们都把这坑叫为万人坑。杀人次数太多，我已记不住多少次，但有一次我记得最清楚，多长时间也忘不了。因为杀人那天是快过旧历年的时间，就是在民国三十一年十二月下半月的一天中午以后，济南市日军由二大马路开来三辆汽车，每辆车上都站有日本兵，经过营市街开到琵琶山下，在万人坑的西门下车。车上满载的都是中国人，大约七八十名，押至坑沿用狼狗撕咬，然后用乱枪射死。其中有一个未打死的，年约二十多岁，听他说话口音是山东省沂水县人（当时在恐惧下未问他的姓名），他身中一枪尚能行动，待日本兵走后，黄昏时间即忍痛逃至王官庄后场，经我庄李维元等送到西十里河逃走了。其余的人统统被残杀死在坑内。这一次悲惨情形使人十分痛心。
琵琶山被汩汩血河濯洗，无影山被累累白骨覆盖。一次复一次，一年又一年，尸骨托尸骨，尸体盖尸体。每到天气炎热时，坑内臭气冲天，周围数里内的村庄都可闻到。邻近野狗也将被残杀者的尸体撕裂，四处叼拉，“万人坑”外庄稼地里、山坡冈上，到处可见人头骨骼。那时候，无影山和琵琶山下，犬声阵阵，阴风凄凄，一幅人间地狱的惨象。
1945年8月，日本宣布无条件投降以后，山东国民党当局接管了新华院，于同年11月予以解散。据国民党当局宣布：1943年3月至1945年8月，新华院先后关押抗日军民和爱国人士约三万五千余人，除国民党山东当局接收的两千余名外，被酷刑劳役折磨致死者一万五千余人，被抽血致死者一百余人，被注射毒药、细菌致死者约一千人，被押送到东北和日本国充当劳工者万余人。如果加上救国训练所和临时战俘收容所两处关押的人数，济南集中营关押的战俘劳工约在五万多人。除被送往伪军和伪政权者外，外送劳工约二万多人，折磨至死约在二万多人。死亡者大都埋在这无影山和琵琶山的万人坑里。
1954年最高人民检察院为审判日本战犯，搜集日军侵华罪证，指示济南市人民检察院，对琵琶山万人坑遗骨进行发掘。1954年12月、1955年1月，济南市人民检察院先后两次组织力量实施，仅对琵琶山万人坑八个坑穴挖掘，就捡出遗骨四木箱、六席包、五百五十七蒲包。经法医鉴定，为日军屠杀的中国抗日军民。尸骨比较完整成形的有七百四十六具，其中男二百八十三具，女七具，难以推断的四百五十六具。屠杀的手段鉴定有火器杀害、锐器杀害、钝器杀害、颅骨粉碎致死，以及活埋等。
1958年，因城市建设，万人坑遗址所在地建起了济南材料机械试验厂和济南第二机床厂。每逢厂房扩建，都能挖出大量尸骨，进一步证实日军杀害抗日军民不计其数。后来工厂在遗址上建立了一座纪念碑，不时有日本民间团体和日本老兵来此参观悔罪，深切表示，一定以琵琶山的事实教育子孙后代，决不让琵琶山下的悲剧重演。