时任东北局书记顾卓新结合以往东北经验提出：抗美援朝时，沈阳搬了18个工厂到黑龙江（当时称北满），结果哈尔滨、齐齐哈尔都有了大工厂，几年以后沈阳的这些工厂又搞起来了。这次搬了以后，有了战争不怕，没有战争更好，布局合理了，好东西发展了。过去经验证明，搬要做好动员工作。要成套地搬，多的先搞分厂，过两年再变成独立的厂。可否实行包的办法，譬如东北包西北，华东包西南。现在就要派人前去勘查，要条块结合起来。比如，鞍钢可以搬出4座高炉，1个钢厂，搬走以后，鞍钢能力还是三四百万吨。打起仗来，整个农村都是三线，必须把农村搞好，不能设想都退到老山林里去。
华北区提初步设想：关于一二三线的划分，京汉线以东和华北平原为一线，燕山、太行、吕梁、伊克昭盟、河套地区、晋西南为三线；其余地区为二线。为了更好地支援三线建设，一线还应抓紧技术改造、设备更新，充分发挥现有企业的潜力，在高、精、尖、新方面多做一些工作。本区的三线建设应尽可能因陋就简，因地制宜，真正做到多、快、好、省。必须注意粮食、轻工产品、路、水、电的平衡配套。对过去已有一定工业基础的地区（如包头），在这次调整工业布局中，应适当地进行填平补齐，发挥其应有的作用。在迁厂过程中，对疏散人口问题，应一并加以考虑。
时任上海市副市长宋季文指出：关于沿海和内地的关系问题应该有一个比较完整的、正确的认识。搬家不是消极的，应该是积极的，是为了适应备战的要求，为了工业的合理布局，也是为了更好地发展生产。从一线搬走一部分工厂以后，国家需要的许多军工、援外、出口、支农、市场等产品和财政收入，仍然要依靠一二线来解决。因此，一线留下来的工厂，一定要把生产搞好，一定要把工业革命搞好，一定要大力提高劳动生产率、降低成本、增加收入。只有这样，才能为建设三线积累更多的资金，提供更多新的技术装备，输送更多的技术力量，也才能更好地担负起国家交给我们的各项任务。1958年以来的6年中，上海四分之三的基建投资用于老厂的改造。上海搞出来的一些新技术的厂应该搬到三线去，但可以留一些种子，在上海继续搞。搞起来以后，再一分为二，或一分为三搬到内地去，采取细胞分裂的办法。
陕西认为，现有工厂都集中在陇海沿线的西安、宝鸡、咸阳等地。今后新建工厂，可以摆在汉中、西侯线和陇县等地。甘肃提出，可以在天水摆些精密机械和仪表厂，在张掖摆些重型机械工业，在靖远摆些化学工业。河西走廊长达1100公里，在沿线建厂完全适合分散、靠山、隐蔽的原则，只要修很短的铁路支线和公路线就可以建厂。青海认为，为了改变原盐生产集中在沿海的局面，应及早开发柯柯盐湖。宁夏提出，今后建厂可放在石嘴山、银川、青铜峡、吴忠地区，可以综合利用该区的煤炭，发展化学工业。新疆同志提出，库尔勒地区可以作为新工业点。
中南区李一清指出，二线是三线的前沿、一线的后卫，二线有搬（搬出去）、有接（搬进来）、有建（建设某些少数的或个别的新项目）。要保证重点，兼顾一般。有些产品可以有计划地多搞几个制造点。如造船工业，应该在武汉以上的长江沿岸地区以现有造船厂为基础加以充实、扩大、加强。搬家应做到通、快、省、稳。通就是做细致的思想工作，在此基础上做到快、省、稳。
二、搬迁项目的确立
长达十几年的三线建设有两次高潮。第一次是1964年至1966年。第二次是1969年至1971年。大规模的企业搬迁主要是在1964-1970年进行的。
（一）1964年搬厂的29个项目
经过全国计划会议讨论，确定在1964年立即动手迁建的共29个项目，9724人。其中，冶金部4项，550人；一机部2项，510人；农机部3项，1020人；化工部8项，2680人；石油部2项，110人；邮电部1项，820人；国防工业9项，4034人。
这29个项目中，到四川的14项，到贵州的6项，到江西的2项，到云南、陕西、宁夏、青海、内蒙古、湖南和河北省张家口的各1项。这些项目大都是迁到中小城镇或大城市的远郊区，只有少数几个工厂（或车间）迁到成都、重庆、贵阳市区，主要是加强那里已有的工厂的生产能力，而且人数不多。
（二）1965年搬迁的项目
中央确定第一批从一线搬往三线的项目原定226个，后经各部审查调整，撤销了18个，追加了6个，合计214个项目，至1965年上半年搬完了51个，预计到年底搬完127个，迁出职工约4.8万人，设备约6700台。
1965年1月，根据三线建设需要，党中央、国务院决定将沿海省份部分重点大学科系，搬迁至中西部地区建设分校，首批院校有7所，分别是：清华大学无线电系内迁至四川绵阳（西南科技大学前身）；北京大学数学力学专业与技术物理系、无线电系，内迁至陕西汉中（陕西理工学院前身）；南京大学五个系内迁湖南常德桃源县开办分校（华南光电集团）；上海华东化工学院（现华东理工大学）在四川自贡建设分校（四川理工学院前身）；唐山铁道学院内迁至四川峨眉县（西南交通大学前身）；大连医学院南迁至贵州遵义（遵义医学院）；北京矿业学院内迁至四川合川（中国矿业大学前身）。
（三）第三个五年计划搬迁的项目
1965年8月21日，在全国基建工作会议上，谷牧作了三线建设搬迁工作报告，进一步讨论确定了今后搬迁的项目、原则及组织、政策。1966年计划搬迁建设152个项目。
第三个五年的搬迁规划，初步安排369个项目，加上1965年底可搬完的127个项目，1964年至1970年共搬迁近500个项目。从一线迁出的职工约19.8万人，设备约两万台。其中，1966年初步安排搬迁159个项目（包括1965年结转的87项），共需投资7.5亿元左右。根据国家计委、国家经委的报告，1964年到1970年底“三五”计划结束，“全国约有380个项目、145000名职工、38000多台设备从沿海迁往内地。”至1971年7月，“大约还有140多个没有完成。”（国务院、中央军委批转国家计委、国家经委关于内迁工作中几个问题的报告附件，1971年7月14日。）总计全国由内地迁往三线地区的项目和企业，大约有520多个。（陈东林：《三线建设历史概述》，载陈夕总主编：《中国共产党与三线建设》，中共党史出版社2014年版。）
第三个五年搬迁的项目，主要是生产常规武器的军工企业，为军工配套的金属材料、机电产品、高能燃料、橡胶制品等企业，生产民用关键产品特别是生产三线缺门或短线产品的企业，以及为国防尖端军工服务的科学研究机构和高等院校的重要专业等。
计划这批搬迁项目建成投产以后，加上新建的项目，三线地区的产品品种和生产能力将有很大的增长，凡是一线能够生产的产品，三线基本上都能够生产，我国工业布局将有很大的改善。但这一计划受“文革”干扰并未完成。
三五期间小三线建设开展的过程中，主要建小型属于地方的军工厂，大中型工厂远距离搬迁少。
企业搬出比较多的是一线地区，即沿海的几个大工业城市和大工业基地。其中最多的是东北和上海。如上海机电局从60年代至1977年就有近百家企业抽调4万多名职工和近万台设备支援大三线工业建设。（上海市地方志办公室：《上海机电工业对三线建设的贡献》，载倪同正主编：《三线风云》，四川人民出版社2013年版，第70页。）
（四）抽调建设施工力量
除了工业交通系统的企业和设计单位搬迁外，建筑工程部、煤炭工业部下属建筑工程企业都抽调大批施工力量支援三线。如贵州六盘水矿区于1965-1966年在不到一年半的时间里汇集了近4万建设大军，许多单位都是成建制调迁的。（贾伟：《水城矿区创业纪实》，载倪同正主编《三线风云》，四川人民出版社2013年版，第103页。）又如1970年为确保“七一”出铁，冶金部一冶（武汉）、三冶（鞍山）、四冶（甘肃）、五冶（成都）、十三冶（太原）、十四冶（昆明）抽调精干施工力量与主力十九冶集中大会战。这是确保攀钢一号高炉1970年7月1日出铁的关键。
三、项目搬迁的实施
（一）搬迁的分工管理
为了加紧选厂、迁厂的各项工作，1964年12月13日，国家计委、国家经委发布《关于搬迁工作分工管理问题的通知》，要求工作必须按照统一计划、统一行动的原则进行。（甘肃省三线建设调整改造规划领导小组办公室、《甘肃三线建设》编辑部：《甘肃三线建设》，兰州大学出版社1993年版，第376页。）具体包括：
凡是从一、二线迁往三线的工业交通企业、国防工业企业和科研、设计单位、大专院校，要由主管部门规划，报经中央批准后，立即行动；凡是没有规划或者有规划而没有经过中央批准的，都不得动手；
工业交通系统的企业和设计单位的搬迁计划，由国家经委负责审查；国防工业系统的企业和设计单位、教学研究单位、大专学校的搬迁计划，分别由国防工办、国家科委、文教办公室负责先行审查，送国家经委统一安排。搬迁项目中的扩建计划和迁入地点，由国家计委负责审定。
搬迁计划的组织执行，由有关各“口”分别负责，国家经委负责抓总。具体工作由国家经委、计委、科委、国防工办、文教办公室各指定一位副主任，组成5人小组负责。
（二）搬厂的具体做法
在组织执行搬迁中，针对上海、天津等地和各部对搬厂工作中提出的许多具体问题，国家经委作出规定：
“一分为二”的工厂（或车间）的关键设备或专用设备，应该首先满足三线的需要，有两套的搬走一套，只有一套的也坚决搬走。但是，如果时间来得及，可以另做一套支援三线；如果目前国家仓库中有现成可用的，也可以直接调到三线，不必拆迁。关键设备或专用设备搬走以后，不需要配套的就不配套了，必须配套的，不论是中央直属厂或地方厂，都由主管部进行统一安排在1965年的投资计划内。
“一分为二”的工厂（或车间），应该挑选优秀的管理干部、技术人员和生产工人成套输送，优先满足三线需要，保证新厂（或车间）及早投入生产。劳动力“一分为二”以后，原厂劳动力确实不足，需要补充时，按照企业的隶属关系，分别由主管部和省、市在1965年劳动计划中调剂解决。需要补充的管理干部和技术人员，亦按照企业的隶属关系，分别由主管部和省、市从其他企业中调配。
（三）搬迁企业职工的工资和劳保福利待遇
处理搬迁企业职工的工资、劳保福利待遇问题是一项比较复杂的工作。搬迁单位多，职工人数也较多，又多是搬迁到边远、偏僻的地区，生活条件差。为此，有关地区和部门首先要做好政治思想工作，教育职工服从国家需要。同时，对于职工的实际困难，也应尽可能地给予解决。（《国务院批转劳动部关于搬迁企业单位职工工资和劳保福利待遇问题暂行处理办法的通知》，1966年1月8日，陈夕总主编：《中国共产党与三线建设》，中共党史出版社2014年版，第205-207页。）国家经委1964年12月1日《关于搬厂工作中几个具体问题的规定》和国家建委1965年8月召开的全国迁建工作会议，对搬迁企业单位职工的工资、劳保福利待遇问题作了规定。总的原则是不降低也不提高：
搬迁企业单位职工的原工资标准高于迁入单位（地区）的工资标准的，暂时仍执行原工资标准；低于迁入单位（地区）的工资标准的，应执行迁入单位（地区）的工资标准。如果迁入地区没有同类产业时，可以参照迁入地区相近产业的工资标准进行比较和确定。搬迁企业单位职工的各种津贴、补贴和劳保福利待遇，都按照迁入单位（地区）的规定执行。原来享受地区生活费补贴、地区津贴、林区津贴待遇的搬迁企业职工，迁到没有上述三种补贴、津贴的地区，而其同居家属仍留居原地的，可以仍发给原上述补贴、津贴标准的50%。如果由补贴、津贴标准高的地区迁到标准低的地区，而同居家属仍留居原地的，除了执行迁入地区的标准以外，还可以发给两地标准差别的50%。职工同居家属仍留居原地的，原来享受的医疗待遇和职工原来享受的冬季取暖补贴，可以暂按原有规定继续享受，费用由迁入单位开支。搬迁企业单位职工连家迁去安家有困难的，可以发给安家补助费，标准为职工、家属每人5元，每户不超过30元，费用由搬迁费中开支；等等。
搬迁工厂的职工，其家属是否能马上带去，可跟迁入的地方商量办理。最好能携带家属；如果暂时不能携带，也应争取迅速创造条件，在最短期间搬去。此外，如果夫妻都在同一搬迁工厂（或车间）工作，应当允许全家搬去；夫妻分别在搬往两个不同地区的搬迁工厂工作，由各主管部和地方商量，要调到一个搬迁工厂或地区，一同迁走。留下的职工家属原来享受的医疗等福利待遇，一律不变。其费用由职工所在企业负担。