一
同治年间，云南爆发了连绵不绝的农民起义。云南地方政府花了九牛二虎之力，直到光绪五年才重新稳定了局面。期间，行军打仗、造桥铺路等等军费开支，一直没有向朝廷报销。光绪八年，云南巡抚杜瑞联，决心要解决久拖不决的军费报销问题。他把这个事情交代给了一个官员去办理。这个官员叫崔尊彝。
崔尊彝是云南省的粮道，掌管全省的粮食收支，负责军粮筹措。云南局面稳定后，崔尊彝又兼任了云南善后局总办，负责战事的善后。军费报销的任务，顺理成章地就落在了他的肩上。
崔尊彝感到这个任务很艰巨、很难办，于是他又拉了一个官员帮忙。这个人叫潘英章。潘英章即将升任云南省永昌府的知府，当时正在北京办理手续。所以，崔尊彝就拉上潘英章帮忙，一起办理报销。崔尊彝先让潘英章在北京展开公关活动，后来亲自北上，千里迢迢从昆明赶到北京，展开工作。他可不是空着手到北京去的，而是携带了巨款，一共是白银10.76万两，汇到北京城的天顺祥、乾盛亨、百川通等银号，作为请客公关、打通关节的费用。而这笔巨款，是崔尊彝从云南省的官库里提取的。
所以，我们可以把崔尊彝此次北京之行定义为一起由云南省授意的、当地官员亲自执行的、动用公款的政府公关行为。
有人可能好奇了，政府公关需要花费十万多两银子吗？又不是违法乱纪的报销，而是办理正常的军费报销，需要花这么多钱吗？崔尊彝拿着白花花的银子，要向谁展开公关呢？我们要回答这些问题，就要从清朝的报销制度说起。
清朝财政高度中央集权，地方政府财权非常有限，除了官员俸禄等极少数事项可以自理外，其他事项都要向朝廷报销。报销的程序是这样的：先是地方政府提出申请；接着是朝廷的户部、工部等相关部门，主要还是户部，对地方政府的申请进行审计；如果审计后没有问题，户部就同意报销，交皇上审批；皇帝签字同意，户部给申请的地方政府一个批文，整个报销流程就算结束了。在这个过程中，最关键的是户部的审计。申请通不过他的审计，账就报不了，而且官员还可能受到处分。
那么，谁在主导户部的审计呢？从理论上说，是户部的官员，包括尚书、侍郎、郎中、员外郎和主事在内的各级官员。但是，这些官员要么不懂会计、审计等专业知识，要么懒得去管具体的事务，他们几乎从不埋头去做业务工作，只在最后的报告上签字。客观上，财政工作千头万绪，专业性非常强，同时朝廷官员财政工作的法律法规越来越多，各种惯例、做法错综复杂，根本就不是读四书五经、在户部当个三五年就调走的文官们能搞清楚的。所以，承担具体工作的是下面的书吏。这些书吏，也就是俗称的“刀笔小吏”，长年累月埋首具体业务，对规章制度、工作流程和实际情况都非常熟悉。实际上是他们在维持着衙门的运转。他们越俎代庖，代官员理政。官员们也不得不依靠他们展开工作，甚至乐享其成了。就这样，小吏们逐渐掌握了户部的实权，开始以权谋私、贪赃枉法。
再说外省的重大事项报销，必须要制造清册呈报。但每次报销的事项，常常延续好几年甚至十几年，积压下来的细节和项目非常多。因为事情过去了好多年，难免有账目不清楚或者细节存在瑕疵的地方，所以地方官府报上来的财务清册不可能做到万无一失。而且官员都可能更换过好几届了，很难再把大家召集起来交代清楚。户部的经办人员，就抓住现实问题，反复刁难、批驳，不是说“账目不清”就是要求“发回重做”，目的就是索取贿赂，要钱要好处。
户部书吏一般根据申请部门的报销金额来抽成。他们称为“厘”，一厘就是百分之一，书吏要多少厘，就要拿报销金额百分之多少的回扣。比如，书吏张口要“一厘三毫”，就是申请部门报销一百两银子要给他一两三钱。户部如此，工部、兵部等其他部门也是如此。
于是，北京城就出现了“小吏巨贪”“小吏巨富”的怪现象，下吏比大官还要富。书吏们到底有多少钱？晚清学者冯桂芬曾经做过估计，吏部四个司的书吏每年大概有300万两银子的好处费，加上兵部、户部、工部，四部书吏每年所得应该不少于1000万两银子（《校邠庐抗议·易吏胥议》），而当时全国的财政收入不过是4000多万两。
听起来触目惊心，但是在清朝，这是普遍存在的现象。地方官府称之为“部费”，意思是在中央各部门办事，要花费的费用。如果地方不按成例奉送，相关官吏往往借端作梗，百般刁难。雍正初年，地方官奏报：浙江布政司每年向户部解送部费2万两，直隶布政司在人丁编审时交部费2200两，浙江按察司每年向刑部解送部费4500两还多。雍正为此下旨声讨“部费现象”：“兵需钱粮除各省地方正项钱粮外，一应奏销，其弊甚大。若无部费，虽当用之项，册档分明，亦以本内数字互异或因银数几两不符，往来驳诘，不准奏销。一有部费、即糜费钱粮百万，亦准奏销。”雍正要求严禁送礼行贿、“跑部钱进”。但是一直到清朝灭亡，这种丑陋现象始终存在，禁而不绝。[12]
我们再来看看云南的崔尊彝、潘英章两位，是怎么展开公关活动，完成云南军费报销的。在一片漆黑的大环境中，各种规则错综复杂，各种人际关系重重叠叠，我们不是当事人，不可能知道崔尊彝他们活动的全面情况，只能根据云南报销案保留下来的官方资料和当事人的笔记，尽量还原此案幕后交易的大致脉络。
崔尊彝、潘英章首先找到时任太常寺卿的周瑞清。为什么找周瑞清呢？首先，周瑞清是他们两个人都熟悉的朋友。幕后交易，肯定要找熟人，而且是双方都认可的熟人帮忙。更重要的是，周瑞清还有第二个身份：军机处章京。军机处是清朝的决策中枢，掌握最高实权。军机处的所有办事人员，都是从中央各部院衙门抽调的官员，统称军机章京。军机章京承办军机处的具体事务，实权很大，被人们尊称为“小军机”。小军机熟悉朝廷政务，比一般官员掌握更多的信息，拥有更多的人脉资源。所以，崔尊彝和潘英章想到了周瑞清。他们认为周瑞清比其他人有优势，能在报销这件事情上帮上忙。
周瑞清和崔尊彝、潘英章是怎么密谋的，我们不可能知道真实情况。根据事后周瑞清的供状，他说自己其实并不想帮忙。但无奈崔、潘两个人多次请求，他不得不勉为其难。事实上，周瑞清在整个云南报销案中发挥了“权力掮客”的作用，推动了事情向前发展。
很快有第二个中央官员出现了这个事件中。这个人就是户部云南司的主事龙继栋。清朝户部按照行政区划设置了14个司，每个司管辖名称代表着省份的财政事务。云南省的报销申请，到了户部，由云南司归口管理。龙继栋就是云南司的主事，是一个七品官。他的另一重身份是潘英章多年前的幕僚。当年，潘英章担任知县的时候，曾经聘请还没当官的龙继栋为幕僚。潘英章还曾经在龙继栋家居住过一段时间养病。可见，两人关系不错。
龙继栋得知云南军费报销的事情，同时知道是熟人潘英章在负责，他非常心动。他很希望能赚到这笔报销的部费。谁和白花花的银子有仇呢？但是，龙继栋掂量了一下自己的实力，觉得他赚不了这笔钱。因为，龙继栋只是云南司一个普通的主事，司里还有其他主事，上面还有员外郎和郎中等上司。考虑之后，龙继栋向云南来的朋友推荐了他觉得能解决问题的“关键人物”，自己的同事、云南司主事孙家穆。孙家穆就成了牵涉本案的第三个中央官员。
为什么同样是云南司的主事，龙继栋解决不了的难题，孙家穆就能解决呢？这是因为，级别和职权都相同的官员，实际权力却是不同的。
中央部院的各个部门都有好多名官员，但是最终决策的只能是少数几个人。清朝的中央部门一般有满族和汉族两套班子，比如云南司既有满族郎中，也有汉族郎中，由满族官员掌管用印，称为“掌印”。掌印郎中，就是云南司的第一负责人。由于满族官员文化水平相对较低，一般由汉族官员处理政务，起草文书，称为“主稿”。主稿就是负责本部门政务的实权官员。当时户部云南司的主稿，就是孙家穆。孙家穆是云南司的灵魂人物。所以，龙继栋把他引见给了崔尊彝、潘英章、周瑞清等人。
孙家穆很快来到了周瑞清的府上，和崔尊彝等人密谋。云南的报销申请，就由孙家穆负责审计和起草批准文书。他打包票说，可以解决军费报销。崔尊彝等人也完全相信孙家穆能解决这件事。现在的问题是：部费该交多少钱合适？
孙家穆开价要13万两白银。这笔钱包含一条龙服务，包括云南军费报销在户部、工部、兵部三个部门的顺利通过。孙家穆说他可以让这笔报销在相关部门都一路绿灯，各个环节由他来负责打通。
崔尊彝、潘英章觉得这个报价太高了！一开始我们谈到，崔尊彝从云南省的官库一共才提了10万两出头的银子，他不可能自己倒贴3万两去满足孙家穆的要求。但是，孙家穆不肯让步。他觉得这个价位已经很优惠了。这是一次性收费，不管你报销几百万还是上千万，我都给你放行通过。孙家穆等经办的官吏同时要承担巨大的风险。所以，他不愿意让步。最终，双方僵持不下，谈不下去了。
就在崔尊彝等人和孙家穆讨价还价的时候，一桩人事任命横空出世，惊呆了他们：工部右侍郎阎敬铭升任户部尚书！
阎敬铭是道光年间的进士，仕途是从户部主事起步的，在户部工作多年，熟悉财政。镇压太平天国运动期间，阎敬铭负责粮台营务，理财有道，官职开始直线上升，历任湖北按察使、山东巡抚、工部右侍郎等职。除了熟悉财政，下属在业务上很难蒙蔽他之外，阎敬铭还有更大的一个特点，那就是他出了名的清廉正直，做事原则性非常强，大公无私。在云南报销案发前的几年，阎敬铭的主要工作就是查处各地的贪污腐败行为，上至尚书、侍郎，下至知州、知县，不少人被阎敬铭拉下了马。
崔尊彝、孙家穆等人得知阎敬铭就要到户部担任尚书了，都担心自己撞到他反腐败的枪口上。害怕担心之余，他们没有因此收手，中止幕后交易，而是为了防止夜长梦多，迅速达成了妥协。孙家穆主动让步，把要价从13万两银子降低到8万两。崔尊彝马上拍板同意。双方约定，这笔巨款以“分期付款”的形式交付，崔尊彝先支付5万两，等孙家穆把经费报销在各个部门完成后，再付剩余的3万两。
第一笔的5万两银子，崔尊彝在周瑞清家，把银票交给了孙家穆。孙家穆拿到银票后，没有独吞，而是给了周瑞清5000两，自己拿走了4.5万两。周瑞清这个中间人，心安理得地收下了这5000两。
云南军费报销的程序很快就启动了。户部云南司迅速走完了流程，在阎敬铭到任之前完成了审计，并写好了奏折，上报光绪皇帝。同时，在孙家穆的工作之下，工部紧接着也完成了云南军费报销的审计，并开始准备上报。崔尊彝、潘英章两人看到后，觉得云南军费报销，大局已定，可以高枕无忧了。两个人决定离开北京，坐等最后的好消息。崔尊彝是安徽人，长期在云南当官，现在就向吏部请假，回安徽老家探亲。潘英章来北京的公开目的是办理知府的上任手续，现在也办完了手续，就离开北京，不慌不忙地向云南出发赴任。
如果不出意外，云南军费报销事件发展到这一步，就可以顺利完结了。
二
可就在各方当事人长舒了一口气的时候，光绪八年七月，御史陈启泰，奏参太常寺卿兼军机章京周瑞清受贿，包办户部报销。云南报销事件一下子峰回路转，各方力量勾心斗角，陷入复杂的混乱局面。
御史陈启泰为什么要捅破云南报销黑幕呢？我们知道，清朝的地方政府找中央部院办事，送礼行贿，是普遍存在的现象。单单户部的办事书吏，每年接受的贿赂就估计超过300万两白银。云南报销事件，只是众多行贿受贿事件中的一个。而且，他们谈好的8万两银子，放在整个大环境中来看，金额并不算特别巨大。御史为什么单单揪住这一笔交易不放呢？
御史弹劾，是一个政治行为。在晚清时期，如果一个政治行为看似奇怪，有悖常理，我们就不能把它当作一个单纯的政治行为来看待，而要从更宏观的政治格局、权力斗争的层面来寻求答案。陈启泰揭发云南报销丑闻，就和当时的朝廷权力格局有关，涉及到复杂的党争问题。
御史陈启泰揭发云南报销，目标不是崔尊彝、潘英章，也不是孙家穆，更不是表面弹劾的周瑞清。他有更大的目标。云南报销已经通过了户部的审计，上奏皇帝了。那么，户部的尚书，是不是有失察的责任？而且，孙家穆一个人是完成不了报销流程的，必须得有其他官吏的配合。那么，配合孙家穆一起徇私枉法的还有哪些官员？这些人从中收取了多少贿赂？位居户部权力顶端的户部尚书，是不是也参与了这起徇私枉法的交易？
当时的户部尚书是何人呢？清朝的六部，各有一名满汉尚书。云南报销案发的时候，户部满族尚书是景廉。景廉出身满洲正黄旗，当时是军机大臣、总理各国事务大臣兼户部尚书。汉族尚书阎敬铭还没有到任，案发时由王文韶代理户部尚书。王文韶是浙江杭州人，咸丰进士，当时是军机大臣，同时以户部左侍郎的名义代理尚书。
陈启泰瞄准的目标，是景廉和王文韶，尤其是王文韶。陈启泰所在的御史群体，早就跟王文韶过不去了。他们双方的恩怨，要从军机处的人选结构说起。
从同治年间到光绪早期的军机处，相对稳定。恭亲王奕訢以皇叔之尊，担任领班军机大臣，在军机处内一人独大。没有其他大臣可以挑战他的权势，就连慈禧太后也要忌惮奕訢几分，所以军机处的领导权是稳固的。问题就出在下面的军机大臣的内斗上。排名奕訢之后的两位军机大臣，文祥、宝鋆，都是满族人。再接下去的两位军机大臣是汉族人：沈桂芬，江苏吴江人；李鸿藻，直隶高阳人。两人一南一北，其中李鸿藻与文祥较为亲近，沈桂芬与宝鋆关系莫逆，这直接导致奕訢之下的军机处分裂为南北两派，展开了党争。
党争是中国古代政治的一大顽疾。历朝历代都觉得党争不好，但总是杜绝不了。清朝在刚入关不久，就爆发了陈名夏“南党案”。当时就有党同伐异的事情出现。接着又有著名的索额图和明珠党争。至于不太出名的党争，更是层出不穷。党争的原因，非常复杂，根子则在于官员们抱团争权夺势的需要。党争的表现，也很复杂。简单地说，就是党同伐异，对人不对事，凡是对立派系支持的事情，我就反对；凡是对立派系反对的事情，我就支持。党争还常常表现出地域特征，特定区域的官员形成固定的派系。比如，沈桂芬是江苏人，他聚拢江浙和南方省份的官员，形成了南党；而李鸿藻是直隶人，他就聚集了河北和中原省份的官员，形成了北党。
光绪三年（1877），李鸿藻丁忧回籍守孝。军机处大臣出现了空缺，沈桂芬保举王文韶入值军机处。当时王文韶只是一个湖南巡抚，而且只担任过一个省的巡抚，资历非常浅，按道理轮不到他进军机处，但因为他是浙江人、又是沈桂芬的门生，所以得到了沈桂芬的强力推荐，得以进入军机处。这样一来，南党的实力大涨。
李鸿藻虽然暂时离开了军机处，可影响力还在。当时，朝廷中翰林院和都察院中有大批科举出身的文官，常常上书言事，议论时政，敢于说话。他们被称为“清流党”。清流党的主要成员都是北方人，比如著名的“清流二张”，张佩纶是直隶丰润人，张之洞是直隶南皮人。这些清流党人和李鸿藻交往密切，站在北党一边攻击沈桂芬和南党。
光绪六年（1880），沈桂芬病逝。王文韶勉为其难，顶上了南党首领的位置。同年，李鸿藻守孝期满，返回军机处。南北两党的势力天平又开始左右调整。清流党瞄准王文韶，准备要把他拉下马来。云南报销案，可以把丑闻、黑幕和王文韶联系起来，就成了党争的工具。这就是云南报销案深层次的背景。
话说御史陈启泰的奏折递了上去，当时的光绪皇帝还是个小孩子，真正决策的人是慈禧太后。慈禧太后看了奏折后，下令由刑部的两位尚书，麟书、潘祖荫，“确切查明，据实回奏”。应该说，慈禧的处理方法是一种常规反应。既然御史弹劾太常寺卿周瑞清包揽云南报销事项，那就派刑部调查。慈禧知不知道奏折背后暗含的意思呢？她很可能是知道，但是装作不知道，既然陈启泰没有点破，慈禧也便就事论事。慈禧权力争斗几十年，很熟悉官僚集团党同伐异的伎俩，她很可能不愿意戳破那层窗户纸。
刑部两位尚书接到命令后，传讯了周瑞清，又拘传了北京天顺祥银号的掌柜王敬臣、乾盛亨银号的掌柜阎时灿，以及两个银票的相关伙计。
周瑞清对指控矢口否认。王、阎两位掌柜承认，从光绪七年秋天到光绪八年的春天，两家银号的确有从云南省汇兑来的大量银两。云南省粮道崔尊彝崔大人、永昌府知府潘英章潘大人，拿着票据到店铺陆续取用。这些都是事实。那么，这些银子都做什么用了呢？王敬臣等人都坚持说，银号只提供银子的汇兑服务，对于银子的用途，一概不问。这是他们银号的职业守则。谁拿着票据来，他们就给谁银子，从来不问、也不方便问客人拿银子做什么去。
刑部尚书麟书、潘祖荫两人，回奏说，云南报销案案情重大，经审问涉案的两家银号，得知云南永昌知府潘英章和云南粮道崔尊彝确实汇兑过银两，但做何使用，不太清楚。鉴于潘、崔二人均已离京，报销事件的详情只能把二人找回来，问个清楚。
慈禧接到奏折后，随后下令，要求云南和安徽地方政府，立即命令崔尊彝、潘英章迅速返京，到刑部听候质询。同时，鉴于周瑞清涉案，免去他的军机章京的差使，配合调查。军机处处理军国大事，政治性和保密要求很高，周瑞清牵涉这样的事情，也的确不适合继续在军机处当差了。
案子因为崔尊彝、潘英章两人迟迟没有音讯，拖延了下去。就在这时，彗星出于东南。在古代的时候，异常的天象，往往和政治清明与否联系在一起。人们普遍认为，如果政治清明，就会风调雨顺、天象正常。如果政治有失误，上天就会通过一些大自然的异常现象，向当政者发出警告。比如地震、海啸等等。而彗星出于东南，被认为是朝廷用人有失，天降灾异示警。现在我们知道，这其实是正常的天文现象，但在云南报销案中，却大大推动了案情的发展。
彗星出现后，朝廷下旨，要求官员们积极进言，参劾违法违规的官员。八月二十四日，江西道御史洪良品，呈上了一道折子，重新挑起了云南报销案的战火。洪良品说，云南报销案，户部索贿8万两，尚书景廉、王文韶“受贿巨万”。他将矛头直指景廉、王文韶，说两人身为朝廷重臣，却甘心受贿，名节不保，请求朝廷将两人罢官，依法处置。在奏折中，洪良品自动为景廉开脱，说他一向不熟悉业务，但是王文韶就难说了，腐败受贿的名声早就流传开来，应该严肃处理。就这样，洪良品巧妙地把彗星出于东南这个异常的天象，套在了王文韶的头上。
由于洪良品的奏折，指名道姓，弹劾了军机处的两位大臣。慈禧不得不高调处理。她下令，加派惇亲王奕<讠宗>和工部尚书翁同龢，传洪良品详细询问，问问他有没有什么证据，然后回奏。
惇亲王奕<讠宗>是道光帝的第五子，奕訢的兄长，是道光皇帝健在诸子中年纪最长的，也是最年长的皇叔。工部尚书翁同龢是咸丰朝的状元，同治皇帝和光绪皇帝的师傅，两代帝师。他们两位的身份，都很显赫。应该说，慈禧太后处理洪良品奏折的规格，非常高。
翁同龢有记日记的习惯，他留下来的《翁同龢日记》详细记载了云南报销案之后的发展情况，为我们留下了生动而宝贵的第一手资料。根据翁同龢日记的记载，八月二十六日，奕<讠宗>、翁同龢传讯了洪良品。
洪良品先从怀里掏出已经写好的说帖，交给翁同龢。翁同龢看了，内容基本上是对奏折的重复，认为内容太空泛。而弹劾军机大臣受贿腐败，是很严重的指控，必须得有真凭实据。翁同龢就问洪良品：“洪大人，你有何凭证？”
洪良品回答：“御史风闻其事，我听到了相关的传闻，不敢不奏。”御史负责监察百官，可以听到什么就上奏什么，不需要拿到真凭实据后才能弹劾官员。这就是御史等言官，和刑部等司法官员的区别。如果御史上奏都要证据齐全，那么他监察官员、预防犯罪的功能就会大打折扣。所以，洪良品的说法也有道理。
翁同龢继续问：“大臣受贿，必有过付之人、交纳之地。你弹劾军机大臣受贿，那么钱财是谁转交的，在哪交付的？”
洪良品说：“这些事情，当事人知道就可以了，怎么可能会让第三者知道呢？更何况我是御史，他们更怕御史知道。”洪良品也说不出行贿受贿的时间、地点。
翁同龢就问：“你说外面传说得很厉害，那么究竟是何人所传，你能指证几个人吗？”
洪良品回答：“社会上万口同声，都说王文韶受贿。我无从指证到底是谁所说。”
翁同龢与奕<讠宗>最后问：“除此之外，你有什么确凿的证据吗？”
洪良品回答：“没有。”
奕<讠宗>和翁同龢两个人就写了奏折，连同洪良品的说贴，一起进呈上去。随后，宫中传来圣旨，说景廉、王文韶是否参与云南报销丑闻，有没有接受关说或者贿赂，还要等崔尊彝、潘英章到案对质。现在，此案还是命令麟书、潘祖荫两个人负责，详细审讯。这样，就等于把洪良品的弹劾，给高高挂起了。
清流党很不满意。陈启泰、洪良品对王文韶发起的两次攻击，都被最高层轻轻放在了一遍，王文韶还是稳稳地坐在位置上。清流党人决心对王文韶发起一次正面的、猛烈攻击。这一次出场的是第三位清流党人，邓承修。
邓承修是广东归善人，虽然在籍贯上属于南方人，但是和沈桂芬、王文韶等江浙官员结成的南党并非一派，反而与北党关系密切。邓承修胆子大、敢说话，在清流党中有“铁汉”的绰号。如今，清流党人攻势受阻，该党内的干将出马上阵了！
九月一日，邓承修上了一道奏折，言辞激烈，直指王文韶名声败坏，推举王文韶进入军机处是前任军机大臣沈桂芬的一大失误。邓承修还指出，王文韶被弹劾后，没有解除职务，导致负责审理云南报销案的麟书、潘祖荫等人投鼠忌器，难免不瞻前顾后，有意包庇。而且，具体负责的官员们声气相通，有意大事化小小事化了。
不得不说，邓承修的这道奏折相当凶猛，来势汹汹。但是也许是情绪太激动了，反而没有起到预想的效果。首先是王文韶以退为进，主动上奏，请求罢免自己官职。很快，宫中就传出圣旨慰留。同时，作为对邓承修奏折的回应，圣旨命令惇亲王奕<讠宗>、翁同龢等崔尊彝、潘英章到案后，会同麟书、潘祖荫一体查办。等于是给云南报销案增加了两名负责官员，增强了办案力量。清流党人的第三波攻击，也同样被高高挂起了。
王文韶在朝廷的根基，不是清流党人的一两封奏折能够动摇得了的。要想扳倒他，必须要有实实在在的证据，证明王文韶的确参与了报销丑闻。
三
事情有时真的是“山重水复疑无路，柳暗花明又一村”。就在九月一日，清流党人的第三波进攻，再一次无果而终的第二天，九月二日，之前声称对银两用途一无所知的天顺祥银号掌柜王敬臣，也许是因为被拘捕关押几十天，思想防线崩溃了，向刑部办案官员主动交代了有价值的信息。
之前，王敬臣只承认云南粮道崔尊彝、永昌知府潘英章来银号汇兑过银子，现在他供称两人在办理业务的时候扬言，这些钱都是拿来北京打点相关的衙门和人员，是用来办理军费报销的。这一条信息，就坐实了云南报销事件中的确存在行贿受贿行为。王敬臣供认的第二条有价值的信息是，崔尊彝通过天顺祥银号，转交给中间人、太常寺卿周瑞清两封信。至于信里写了什么内容，王敬臣说自己确实不知道。
负责此案的刑部尚书麟书等人，一边将情况上奏，一边派人，紧急捉拿经办云南报销事务的户部书吏褚世亨、工部书吏张兆鸿和周仁溥三人。经过“连日熬审”，褚世亨供称，办理云南报销的还有户部云南司书吏张瀛、卢良驹，公文草稿是这两个人草拟的；此外，户部书吏陈瑞轩、沈鸿年负责复核。刑部又赶紧去抓捕上述四个人，结果除了张瀛外，其他三个人都突然失踪了，极有可能是听到风声后潜逃了。
朝廷接到报告后，很快下旨，将太常寺卿周瑞清正式解任，听候调查；同时严厉要求他交出崔尊彝的那两封信，以供查证。周瑞清很配合地上交了两封信。遗憾的是，这只是两封官场上相互寒暄、问候的一般书信，并没有涉及军费报销的内幕交易，对此案并没有帮助。
至于那些潜逃的书吏，朝廷认定他们“畏罪情虚，已无疑议”。如果他们没有做亏心事，为什么要闻风潜逃呢？这也从一个侧面，表明了云南报销事件存在黑幕。朝廷命令严肃处理看管不严的户部官员，同时通缉在逃的三位书吏。
现在，终于有实实在在的证据，表明云南报销事件有问题了。所以，潘祖荫、麟书奏请户部、工部把云南报销的款项重新认真查核。朝廷很快同意，由翁同龢负责，抽调了八名有经验的工部官员，重查云南报销事件。此后，云南报销案的车轮，开始缓慢而扎实地向前进。
被捕的张瀛，抗压能力很差，进了刑部大牢后很快就招供了。他承认云南永昌知府潘英章曾拜托户部的官吏在办理云南军费报销的时候“高抬贵手”，并许诺重金相赠。张瀛承认自己和部中的其他管理，都不同程度地收受了好处。张瀛在招供的时候，专门用了一个词来形容收受的贿赂“笔墨费”，此项费用在户部办理报销事务中，是按照惯例收取的。他的供词，彻底坐实了户部官吏收受贿赂，徇私枉法，进而证明了户部管理混乱，送礼行贿已经形成了风气。
事情发展到这一步，不用清流党人弹劾，案发时代理户部尚书的王文韶也知道自己难逃干系。最起码，王文韶要承担管理不严，失察失误的领导责任。他先是请病假十天，假满后上奏请求辞职，理由是自己的老母亲年迈多病，需要奉养。如果说之前王文韶申请罢官，还有以退为进的意思，那么现在，他请求辞职，是真的想撇清与此案的关系，全身而退了。
慈禧太后没有批准，理由是王文韶已经把母亲接到北京来奉养了，没有必要辞职，只是给了他几天假，让他多陪陪老母亲而已。王文韶不死心，又一次请求辞职奉养老母亲。这一次，慈禧太后还是没有批准，说现在政务繁忙，军机处和总理衙门正是需要人的时候，慰留王文韶坚持工作。
王文韶和慈禧的这两个回合，透露出了一丝敏感的信息。之前，清流党人弹劾王文韶的时候，慈禧太后都帮着王文韶把弹劾轻轻放到一边，就事论事，没有往王文韶身上引。现在，慈禧太后虽然没有说王文韶和户部的腐败丑闻有关系，但是也没有说王文韶是干净的。而是以工作太忙，正是用人之际，这么一个非常客观的理由，让王文韶留任。经历了这么多事情，王文韶的权力根基终于出现一点点动摇了。
清流党人敏锐地抓住了这个机会。十月下旬，清流党的主将，当时担任詹事府右庶子的张佩纶针对王文韶连续上奏，要求罢免他。除了重弹王文韶早前名声恶劣、现在又牵涉云南报销丑闻的老调外，张佩纶指出在现在的情况下，王文韶已经众望不孚，不适合继续留在军机处主持中央政务了。此外，张佩纶还在奏折中附带了一份材料，说明王文韶在云南报销案中涉嫌很深。
张佩纶提出了三个疑点。第一，案子几个月前就爆发了，圣旨也下来要求查办了。为什么王文韶没有将承办报销的书吏看管传问，最后造成书吏潜逃，“人或曰文韶机警，何独于书吏则不机警”？第二，刑部查出云南报销的款项存在出入，“人或曰文韶精密，何独于报销则不精密”？第三，云南的崔尊彝、潘英章两个人送礼行贿的罪行，可以确定无疑了，为什么到现在还没有被革职，作为军机大臣的王文韶是有责任的。“人或曰文韶明白，何独于该两员处分则不明白？”综上所述，如果不把王文韶罢免，案件无法深究。
最后，张佩纶也把此事和刚刚发生的某次地震挂钩，说“王文韶刚刚被朝廷慰留，地气即不安靖。我不是说王文韶足以导致地震，但是两者肯定是有关系的”。张佩纶的弹劾，是清流党人的第四波攻击，也是内容最扎实，时机掌握得最好的一次，取得了上佳的效果。
就在张佩纶上奏的同时，江苏巡抚的奏报到达了北京。江苏巡抚报告说，根据崔尊彝家丁呈称，崔一个多月前在江苏丹徒县病故。崔尊彝是云南报销案的关键人物，却在案件取得实质进展的时候突然死去，而且消息迟了一个月才报上来。当时就有人议论，崔尊彝是不是真的“病故”，很值得怀疑。慈禧也下令，要求安徽、江苏巡抚查明崔尊彝是否真的是病故。人们很自然地把崔尊彝的死想多了，这是不是和云南报销案有关呢？是不是和王文韶有关呢？大家一多想，就增加了张佩纶奏折的效力。
还有另外一个情况，增加了张佩纶奏折的威力。刑部尚书麟书等人，审讯天顺祥商人王敬臣和周瑞清的家丁谭升得知，崔尊彝、潘英章到北京后，多次和周瑞清碰头商讨。周瑞清也曾派人拿着云南的银票到天顺祥汇兑银两。至此，周瑞清涉案完全可以确定，不用等另外一个云南官员潘英章到京对质了，现在就可以查办周瑞清了。于是，圣旨下来，将周瑞清革职，归案审讯。
云南报销案发展到这一步，肯定不可能大事化小、小事化了了。在前台的当事人纷纷落马，种种疑问都指向更高的、更深层的王文韶。王文韶如果再不主动辞职，只会引发更多的怀疑，招致更多的弹劾。到时候，王文韶能否全身而退，就很难说了。所以，王文韶第三次请求辞职。十一月初五，朝廷下旨，批准王文韶辞官养亲。王文韶辞职后，收拾行李，很快离开了北京。但是他并没有返回杭州老家，而是带着老母亲，逗留在天津，等待此案的进一步发展。原来，王文韶表面上看来和云南报销案没有关系，一再否认，其实在内心深处，他还是非常在意此案的进展的。
王文韶辞职后，军机处出现了空缺。当年八九月份，恭亲王奕訢一直生病，无法理政；加上王文韶和景廉又牵涉云南报销案，慈禧太后有事只能找李鸿藻、宝鋆人商量。所以现在，慈禧太后一下子补充了两位军机大臣，工部尚书翁同龢和刑部尚书潘祖荫。翁同龢、潘祖荫进入军机处后，他们两位都是南方人，表面上看走了一个南党的王文韶，却多了两个南方人，南派力量增长了。但实际上，李鸿藻在军机处资历老，又能干，深得慈禧倚重，翁同龢和潘祖荫完全无法与他对抗。再加上一个多月后，潘祖荫因为父亲病故，回乡丁忧守孝，李鸿藻的力量在军机处占绝对优势。清流党人在此前后，也在朝堂之上发展迅速。张佩纶在光绪八年年末，署理左副都御使，第二年被提拔为侍讲学士；张之洞则早在一年前外放山西巡抚。北党势力，经过扳倒王文韶的这场硬仗，如日中天。
云南报销案继续向前推进，但是此后，清流党人再也没有对相关人员进行弹劾，或者对案件的审理有所进谏。这也可以进一步证明，清流党人只是把此案当作是南北党争的工具，主要目的就是扳倒王文韶，而不是真的关心云南军费问题或者要惩治书吏腐败。
云南报销案在王文韶罢官后，进入了一个新的阶段，即根据案情，实事求是审理的阶段。
十一月初，周瑞清革职后接受刑部审讯。周瑞清供出了孙家穆，孙家穆接受了刑部的传讯。孙家穆供称，当年二月，同司的主事龙继栋提到云南报销的册子要到，有人托龙继栋帮忙从中照料，龙请求孙帮忙，在办理此案时给予方便。孙家穆承认自己从中收取了贿赂。至于收取了多少贿赂，都分给了哪些人，怎样分配的，孙家穆却推说自己不知道。龙继栋很快也被传到刑部接受调查。他坚决不承认自己受贿枉法。朝廷将孙家穆、龙继栋都先革职，再接受进一步的质询。同时，将云南永昌知府潘英章搁置，严厉催促迅速将潘英章押送北京。光绪九年（1883）二月，潘英章押解到京。潘英章对挪用公款，打点关节的事情，供认不讳。但是在具体的金额问题上，潘英章闪烁其词，或者把责任推给了已死的崔尊彝。当时，审讯的重点已经转移到了这笔行贿用的银两，到底是从哪来的？潘英章只承认其中的5万多两是动用的云南的官银，其余的都是筹措的私人款项，似乎幻想以此来减轻罪责。
在光绪九年前后的审讯过程中，有两件事情不得不说。第一是，审查出监察御史李郁华涉嫌受贿。这是云南报销案中一个有趣的小插曲。
李郁华曾经担任过云南乡试主考官，可能由此和潘英章熟悉。潘英章此次来京，李郁华在云南的亲戚拜托潘英章帮忙带东西给李郁华。由此，潘英章到北京后，和李郁华往来密切。李郁华感觉到潘英章此行除了办理知府上任手续外，重要任务是办理云南军费报销事宜。他非常好奇，先后向银号掌柜王敬臣，周瑞清和龙继栋、孙家穆等人打听消息。这几个人都推脱不清楚，但都把信息反馈给了潘英章。说李郁华这个人问东问西，会不会出问题？潘英章感觉，李郁华已经知道了此案的幕后情况，同时忌惮他监察御史的身份，不得不输送给李郁华部分利益。潘英章把云南方面在北京采购物资的事情，委托李郁华帮忙采购，让他能够落下一部分好处。同时，潘英章额外给了李郁华400两银子。李郁华是否一开始就想参与云南报销事件的分红，我们不得而知，但是他的所作所为，的确是收受贿赂。他很有可能根本就不知道云南报销案的幕后情况，但他收的这些好处，却带有“封口费”的意思。最终，李郁华也锒铛入狱。
第二件事情，则重要得多。云南报销案，按说主要是查办户部的腐败问题，抓住户部在办理报销事宜时吃拿卡要的问题不放。受到查处的官吏，也主要是户部的官吏。按说，户部会对此案有抵制、有反弹。但是，新到任的户部尚书阎敬铭，一点抵触情绪都没有。相反，阎敬铭非常配合云南报销案的查办工作，同时他自己在户部展开了轰轰烈烈的反腐败运动。阎敬铭首先针对户部官员，尤其是其中的满族官员不熟悉财政业务的情况，调整了官员设置情况，把部分熟悉业务的汉族官员调往关键岗位。在此之前，户部的档案房的官员全部是满族官员，汉族人对全天下财政收支的详细数据并不清楚，阎敬铭顶住压力，在档案房增加了汉族官员。从此，清朝的财政开支数据才被天下官员所熟知。其次，阎敬铭斥退了许多吃拿卡要、收受贿赂和回扣的书吏，同时接连上奏弹劾罢免了相关的贪腐官员。户部之前有“四大金刚”，分别是姚杨董启四位官员。他们四个人，常年在户部当官，熟悉法规和业务流程，受贿徇私，贪赃枉法，胡作非为不是一天两天了，其他官员敢怒不敢言。这四大金刚也在阎敬铭的反腐败运动中被拉下了马来。其中，四大金刚之首的姚靓元，当时已经高居广东布政使的高位，前途一片光明。阎敬铭硬是弹劾姚靓元在户部工作时的老问题，把他给扳倒了。经过阎敬铭的强力整顿，户部的风气得到好转。
光绪九年三月，慈禧加派阎敬铭一同审理云南报销案，这是对阎敬铭的肯定。
四
负责此案审讯的官员，调集了天顺祥、百川通等银号的账簿，又清查了崔尊彝、潘英章的收支，结果发现了新问题。
什么问题呢？办案人员在账目中，发现了很多列为“别敬”“赠敬”“炭敬”“节敬”之类的款项支出。这些支出都列出了对象，绝大多数是中央各部院的官员，少数是近期在北京办事的地方官员，涉及的人数很多。而支付给这些官员的款项，很难分明是崔尊彝、潘英章的私人钱财，还是他们挪用的云南省的官银。
这些钱，有的还算是礼尚往来，但是大多数已经超过了正常人际交往的范畴，过于频繁，金额也太大了，涉嫌行贿受贿了。但是，官员不送钱不行，不送就可以被官僚集团孤立，难以获取信息，办事情找不到帮手。最后，一些囊中羞涩的地方官员不敢到北京办事，担心到了北京被扒掉好几层皮。
情况反馈到主审的几位官员那里，惇亲王奕<讠宗>认为这是行贿受贿，主张对此展开严厉追查，一查到底，处理所有涉及的官员。以翁同龢为代表的其他主审官员，包括麟书、阎敬铭等人，一致反对，表示这些都是京内外官员相互馈赠，而且千百年来官僚集团都是这么往来的，不能当作贿赂。
惇亲王坚持把这些敬礼当作贿赂，是有特定的制度原因的。清朝的宗藩制度规定，严禁宗室亲王和外朝官员相互往来。目的是为了防止宗室王爷们建设个人势力，危害皇权。所以，宗室王爷和官员们互通书信，相互馈赠，都是违法的，双方都是要受到惩处的。因此，没有官员给惇亲王送过任何敬礼，惇亲王对官场的送礼馈赠风气，也没有直观的感受。他完全可以站在道德的制高点，要求一查到底。
但是，翁同龢等人的情况恰恰相反。他们都是官僚集团的一分子，接受了许多馈赠和敬礼，自己也送了很多的金银礼品。如果把这些行为当作行贿受贿，深究起来，他们每个人都是犯罪分子。就比如翁同龢，他录取了不少门生，接受了门生们的许多馈赠和孝敬，如果按照惇亲王的思路办理，那他翁同龢不就成了接受巨额贿赂的腐败分子了吗？
所以，翁同龢明确反对追究云南报销案中的馈赠和礼品情况，把案情局限在报销事务上。私底下，翁同龢也多次拉住惇亲王，向他晓之以情、动之以理，说明当时官场存在的实际情况，希望惇亲王能不追究那些礼金支出。但是，惇亲王奕<讠宗>就是不同意。奕<讠宗>是出了名的犟脾气，顽固得很。当年，他就因为这个脾气很不讨父皇道光皇帝的喜欢，被早早地排除在皇位候选人的名单之外了。如今，惇亲王奕<讠宗>在此案横生出来的礼金问题上，也是一根筋，坚持要追究。翁同龢在日记中记载，自己对他是“虽百方开譬，终执不可移”，不禁感叹“晓事之难”。
翁同龢等人和惇亲王奕的另外一个矛盾是云南方面还没有支付的3万两银子的性质认定问题。潘英章供认已经支付给孙家穆等人5万两银子，还没有支付的3万两银子是要送给户部承办官员及经手书吏的，并不是要送给王文韶、景廉。孙家穆也供认，王文韶、景廉并没有参与贿赂款项的分配。因此，翁同龢等人认为，王文韶其实并没有收受贿赂。但是，奕<讠宗>认为，这预留的3万两银子，就是在事成之后要送给王文韶等人的。这是他和翁同龢的另一个矛盾。
怎么解决两人之间的矛盾的？翁同龢觉得解决不了。他就另外召集参与审讯的其他官员，在自己家里召开小会，孤立了惇亲王奕<讠宗>。
在翁同龢家中开会的，有奉派查办云南报销案的刑部尚书麟书、户部尚书阎敬铭；原刑部尚书潘祖荫丁忧后，张之万继任，他也参加了会审；此外还有刑部左侍郎薛允升。他们五位大臣，一致同意限制云南报销案追究的范围，严格按律治罪。刑部左侍郎薛允升精通刑名，在刑部任职十多年。其他四个大臣就推举他来草拟最后的结案奏折。为了应付奕<讠宗>，防止他认为罪名太轻，五个人决定分两套方案来定罪：一套是严格按照法律条文来拟定，一套是酌量加重。拟好草稿，大家传阅后，再拿给奕<讠宗>商量。惇亲王看了定罪草稿后，认为判得太轻。同时，他坚持要把留在银号的3万多两银子，认为是留着送给王文韶、景廉的。王文韶、景廉银子虽未到手，也要受到惩处。
最后，翁同龢、麟书、阎敬铭、张之万、薛允升会同惇亲王，在刑部提讯云南报销案全部人犯，过堂画押。云南报销案，在翁同龢等人的主审下，得出了一个官方版本的案情。
崔尊彝、潘英章两人为了报销云南省积压多年的军需收支及年例奏销款项，由于担心户部经办人员从中作梗，利用朋友关系找到太常寺卿周瑞清，请他从中疏通关系，又找到潘英章的朋友、户部主事龙继栋，由龙继栋向负责报销事务的主稿主事的孙家穆沟通。崔尊彝拿出8万两作为疏通各户部、工部、兵部关节的费用，首付5万，事成再给3万。5万银子中，周瑞清留下了5000两，孙家穆拿到4.5万两后，除预留的6000两准备分配给兵部官吏外，其余都分配给了户部、工部各司官吏。孙家穆自己分到7000两。这些款项都经天顺祥、乾盛亨等银号汇兑变现。
专案组还明确了两个问题。第一是，云南报销的财务清册，合法合规，并没有虚报乱报的问题。也就是说，按照正常的财务流程，云南省不送礼行贿，相关部门也要按照正常的程序把云南的款项给报销了。云南地方官员因为大环境的限制，原本应该办理的手续，也送了钱。户部收钱后，通过了报销；工部审计通过后，但还没有上奏；兵部因为云南省没有事先造册，给予驳回。
第二个问题是，云南报销清册中的经费支出所列款项都符合规定，崔尊彝等人用于行贿的银子，并没有列入军费中报销。那么，这比行贿的银子是从哪里来的呢？审查发现，行贿银10.76万两，都是从云南省捐纳款项的结余里面支付的，属于官银。崔尊彝用了其中的8万多两，将剩余公款2.32万余两侵吞了。潘英章则侵吞了1700两公款。
在这定案的最后时刻，惇亲王奕<讠宗>还想把馈赠送礼的所有官员的名单也报上去，翁同龢等人不同意。翁同龢说：“王爷把这些人奏报上去，是要拟罪呢，还是不问呢？”惇亲王关键时刻，退缩了，说：“不问。”翁同龢说：“既然王爷不打算追究这些人，为什么还要报告上去呢？不如等我们面奏的时候，一起提一下。”经过翁同龢等人再三劝解，惇亲王才最终同意了定案结论。
慈禧太后接到报告后，召见了惇亲王、翁同龢、阎敬铭等六人。慈禧隔着帘子，问道：“云南报销案如何？”
阎敬铭代表大家，回答说：“案内不敢一字遗，案外不敢一字牵涉。”他这个回答，其实给全案定了办事的基本原则，即局限在因为报销引起的行贿受贿内，不牵涉更多的人和事。在范围内的，严格依法办事；不在范围内的，一概不问。
慈禧说：“案外的事情，原来就不必牵连。”她肯定了大家的办案原则后，又问：“此案罪名如何？”阎敬铭简单汇报了基本情况。慈禧说：“国家多故，天子幼冲，而执法官员敢于舞弊至此。你们这么办，没有轻纵相关罪犯吧？”这时候，惇亲王奕<讠宗>动了一下，慈禧马上问他：“惇王，你有话尽管说。”
奕<讠宗>就说：“潘祖荫在丁忧之前，定下了完赃减罪的意见，告诉了几位大人。几位大人就是根据潘的意见，从轻发落罪犯的。”翁同龢赶紧接上话：“潘祖荫已经离职去位，即便他不去位，此案也不是他一人所能主持的。”
奕<讠宗>又挑起话题，说：“今日须遵旨严办。”当时，翁同龢等人先递上的是对军机大臣景廉的处理意见，建议对景廉从轻发落，所以奕<讠宗>才有这样的说法。
翁同龢针锋相对：“现在没有降旨严办，就算是有旨要求严办，也要依照律例，怎么能畸轻畸重。律例是祖宗成法，国家宪章。嘉庆年间就有对类似犯罪从轻发落的先例。只要不枉法，我们的行为都是可以原谅的。”
慈禧听出翁同龢话中有话，让他把枉法不枉法的详细说明。翁同龢举了之前处理高官牵涉类似案件的处理意见。慈禧表示明白了。
惇亲王奕<讠宗>不死心，又说：“太后垂帘办事，若轻纵，将来皇上亲政时，必有议论。”
翁同龢抓住他这句话，说：“惇亲王失言，太后帘听以来，事事秉公处理，此案也斟酌详审，将来会有什么议论？”慈禧也说：“我也不想从重处理，只是需要按律例办理。”翁同龢等人回答：“无一字非律例。”翁同龢紧接着对奕<讠宗>说：“意见不同须先讨论，数日来惇亲王与臣见面，从未议及罪名，今天怎么说意见不同呢？”慈禧也对惇亲王说：“你应该学学律例，讲解明白，再与诸位大臣商量。”
奕<讠宗>委屈地说：“事情应该在太后和皇上面前商定，否则我一人难敌五嘴。”为了给自己台阶下，奕<讠宗>说：“可否将律本所引一一签出，请上阅定，再最终决定？”慈禧同意，翁同龢等人也同意。云南报销案的处理就这么大局决定了。
光绪九年六月二十二日，吏部奏上云南报销案议处。
太常寺卿周瑞清、户部主事孙家穆都革职、赔赃，也就是退出赃款，两人都发往黑龙江效力赎罪。周瑞清借口老母亲年迈，自己又是独子，请求留养老母，没有得到批准，最终还是流放了黑龙江；云南永昌知府潘英章、户部主事龙继栋、御史李郁华都革职、流放军台效力赎罪；户部云南司员外郎福祉，对云南报销事项不闻不问，事后分得4000两赃银，革职，流放军台效力赎罪；户部云南司主事崔澄寰、周颂，以及工部相关官员，从孙家穆处分得数百两赃银，一并革职；接受贿赂的相关书吏，全部仗责一百，流放三千里。
此案因为有领导责任，受到惩处的高官很多。王文韶、景廉和前任户部侍郎、现任吏部侍郎奎润、前任户部尚书董恂，都降二级调用；云贵总督刘长佑、云南巡抚杜瑞联，都降三级调用；工部尚书翁同龢，因为失察工部报销无比，罚俸九个月。因为他并未受赃，且办案有功，准其抵销。另外，军机大臣景廉虽然受罚，但没有受贿，保留军机大臣的职务。
此事的始作俑者，崔尊彝，因为已经去世，免于重罚，但勒令他的家人退还的2万多两公款。如不能足额清退，即行查抄家产。
应该说，对云南报销案最终的处理还是比较严厉的，对遏制当时部费横飞、贪污成风的风气也有一定的作用。此案更大的历史意义，在于它是晚清党争的一个重要事件，对最高权力结构的消长产生了直接的推动作用。虽然以李鸿藻和清流派为代表的北派官僚，借此案获得了实际利益，但慈禧太后对此看得非常清楚。她不会让任何一个官僚派系长期保持优势。很快，慈禧就借助中法战争，斥退了以恭亲王奕訢为首的整个军机处班子，并把清流派骨干陆续派往前线或者地方，用一个个实际难题压制了清流中人。阎敬铭很快也进入了军机处，可因为在修建颐和园问题上反对慈禧挪用款项，遭到罢免；翁同龢一度在军机处顺风顺水，却在戊戌变法前被勒令退休；王文韶六年后东山再起，出任云贵总督，戊戌年再次进入军机处。云南报销案给他的教训，就是为人处世更加圆滑，趋利避害、明哲保身。正因为如此，王文韶在此案的众多出场人物中，挺立在政坛的时间最长，并且得到了“琉璃蛋”的绰号。这也是清朝晚期政治黑暗的一个例证。