“人不能两次踏进同一条河流。”
赫拉克利特
《残篇》
赫拉克利特认为宇宙的基本物质是火。与之前的泰勒斯和阿那克西美尼一样，我们可以从他身上看到他对世界开端的科学解释。然而，和前面一样，我们也许同样应该承认它具有更广泛的隐喻意义。火代表不断的变化，正如在火焰里不断出现和消失的各种形式，世界上没有真正或永恒存在的物质，因为没有任何物质能逃离变化的过程。
这种“变化”的学说认为更深刻的智慧源于这样的认知：一切物质形式都是流动的，宇宙充斥着某种潜藏的东西。和宗教的信徒一样，赫拉克利特也逃避尘世生活，拒绝拥有常人的情感和目标，寻求对自然和自身更深刻的了解。
“变化”也带来一个有趣的哲学问题，一个著名的阐释来自罗马历史学家普鲁塔克（Plutarch）。他讲述了雅典人的传统，据说雅典人保存了忒修斯（神话中他杀死了牛头怪）从克里特岛返航所用的那条船。许多年以后，一条条船板腐烂被换上新的，直到新的船板比旧的还多。这时候，它们还是同一条船吗？赫拉克利特会说不是。也许我们可以用当代科学来支持这个观点，因为每时每刻，我们体内的每个细胞和分子都在发生变化或更新。
但逻辑上我们能认为一切事物都处于不断运动变化之中吗？亚里士多德后来争论道，如果是这样，那么我们如何去认识事物呢？因为，即使说“这条河不是同一条河”，为了比较它们的不同状态我们首先必须有同一河流的概念。否则，掌握任何知识的可能性也就不复存在——甚至连“一切事物都在变化”这一认识也没有了立足之地。