司马迁的《史记》自问世以来，版本流传中多有缺失。是以后世欲补《史记》者代有其人。其中就结果而言，以褚少孙为最成功。然而在欲补《史记》者中，气魄最大、计划最周者，当属唐代的司马贞。司马贞与褚少孙的不同之处在于，司马贞是在系统地对《史记》进行了全面的研究，有了非常的认识之后，才准备做这项工作。即他欲针对《史记》之不足（包括史料、体例、缺失等）而补之。这在司马贞的《补史记序》中有清楚的表述，但是他的自号为“小司马《史记》”最终没有完成。关于司马贞的《补史记》没有能完成的原因，目前学界还没有专门的研究。本文正是想通过一个实例的分析，即从其已经完成的司马贞《补史记》的一部分《三皇本纪》中所记述的炎帝事迹的实例进行研究，推测司马贞这部著作最终没有能完成的原因。笔者经过研究，初步认为：司马贞虽然多方收罗炎帝的史料，但是他所收集到的史料还是无法超越前人，因之他无法缝合自战国至唐千余年来关于炎帝的各种传说中的矛盾。如此的艰难无望的探索，使其最终知难而退，最终放弃了《补史记》的想法，最后改为补注《史记》，即只完成了《史记索隐》。
《史记》的三家注是《史记》的主流注释，为历来的学者所珍视。三家注中最有思想者是《史记索隐》，作者是司马贞。他对《史记》有全面的认识，肯定司马迁的成绩的同时，也指出其不足，并力图补《史记》，在他的《补史记序》中，有清楚的表述。其文曰：“太史公古之良史也，家承二正之业，人当五百之运。兼以代为史官，亲掌国家图籍，慨春秋之绝笔，伤旧典之阙文，遂乃错综古今，囊括记录，本皇王之遗事，採人臣之故实。爰自黄帝，讫于汉武，历载悠邈，旧章罕补。渔猎则穷于百氏，笔削乃成于一家。父述子作，其勤至矣。然其叙劝褒贬，颇称折衷，后之作者咸取则焉。复议首创者难为功，因循者易为力。自左氏之后，未有体制。而司马公补立纪传规模，别为书表题目，观其本纪十二，象岁星之一周；八书有八篇，法天时之八节；十表放刚柔十日；三十世家，比月有三旬；七十列传，取悬车之暮齿；百三十篇，象闰余而成岁，其间礼乐刑政，君举必书，福善祸淫，用垂炯诫，事广而文局，词质而理畅，斯已尽美矣。而有为尽善者，具如后论。虽意出当时，而义非经远，盖先史之未备，成后学之深疑。借如本纪，叙五帝而阙三皇；世家载列国，而有外戚，邾许春秋次国，略而不书，张吴敌国，藩王抑而不载，并编录有阙，窃所未安。又列传所著，有管晏及老子韩非，乃齐之贤卿，即如其例，则吴之延陵，郑之子产，晋之叔向，卫之史鱼，盛德不阙，何为盖阙？伯阳清虚为教，韩子峻刻制法，静躁不同，德刑斯舛，今宜柱史共漆园同传，公子与商君并列，可不善欤。其中远近乖张，词义踳驳，或篇章倒错，或载论粗疏，盖由遭逢非罪，有所未暇，故数十篇有录无书是也。然其网络古今，叙述惩劝，异左氏之微婉，有南史之典实，所以扬雄、班固等称其有良史之才，盖信乎其然也。后褚少孙亦颇加补缀，然又未能周备。贞谢颛门人。非博古而家传是学，颇事讨论，斯欲续成先志，润色旧史，辄黜陟升降，改定篇目，其有不备并採诸典籍，以补阙遗。其百三十篇赞记，非周悉，并更申而述之，附于众篇之末，虽曰狂简，必有可观，其所改更，具条于后。至如徐广唯略出音训，兼记异同，未能考覈是非，解释文句。其裴駰实亦后进名家，博采群书，专取经传，训释以为集解。然则时有亢长，至于盘根错节，残缺纰缪，咸拱手而不言，斯未可谓通学也。今辄按今古，仍以裴为本，间以自（见）愚管，伸（重）为之注，号曰小司马史记，然前朝颜师古止注汉史，今并谓之颜氏汉书，贞位虽不逮颜公，既补旧史，间下新意，亦何让焉。”此序因不见于中华书局本《史记》，故全文收录于此。
以此可知，司马贞的气魄很大，其要补《史记》是一个好大的工程。而他力求在“润色旧史”、“黜陟升降”、“改定篇目”、採“补阙遗”和重作“百三十篇赞记”五个方面下功夫。如果此项工作完成，则我们可以想见会有怎样的一个《史记》新本问世。但我们没有见到如此的本子。司马贞为何中止了《补史记》的写作？他自己在《史记索隐后序》中说：“因发愤而补史记，遂兼注之。然其功殆半，乃自唯曰：千载古史，良难紬绎，于是更撰音义，重作赞述，盖欲以剖盘根之错节，遵北辕于南司也。为三十卷，号曰史记索隐云。”在《史记索隐序》中也有类似的话。事实真如司马贞所言，是尊重古史而放弃了《补史记》的写作吗？恐怕未必尽然。笔者力求通过司马贞已经完成的《补史记》，对这个问题进行初步的探讨。
据笔者的研究，司马贞所完成的《补史记》实际上只有两部分，即一百三十篇《史记述赞》和《三皇本纪》。一百三十篇《史记述赞》见于《史记》的各种版本，包括今本《史记》（中华书局本）。而司马贞所作《三皇本纪》，不见于今本《史记》（中华本），但在金陵书局本之前的各种《史记》版本中，有《史记索隐》者皆有之。笔者所引用的此文，明毛晋刊汲古阁本《史记索隐》。
首先我们来分析一下《三皇本纪》中有关炎帝的记载。其文曰：“女娲氏没，神农氏作。（按：三皇，记者不同。谯周以燧人为皇，宋均以祝融为皇，而郑玄依《春秋纬》以女娲为皇，承伏牺，皇甫谧亦同，今依之为说也。）炎帝神农氏，姜姓，母曰女登，有娲氏之女，为少典妃，感神龙而生炎帝。人身牛首，长于姜水，因以为姓。（按：《国语》，炎帝、黄帝皆少典之子，其母又皆有娲氏之女。据诸子及《古史考》，炎帝之后，凡八代五百余年，轩辕氏代之，岂炎帝、黄帝是昆弟而同母氏乎？皇甫谧以为少典、有娲氏，诸侯国号，然则姜、姬二帝同出少典氏，黄帝之母又是神农母氏之后代女，所同是有娲氏之女也。）火德王，故曰炎帝。以火名官，斫木为耜，揉木为耒，耒耨之用，以教万人。始教耕，故号神农氏。于是作蜡祭，以赭鞭鞭草木，始尝百草，始有医药。又作五弦之瑟教人。日中为市，交易而退，各得其所。遂重八卦为六十四爻。初都陈，后居曲阜。（按：今淮阳有神农井，又《左传》鲁有大庭氏之库是也。）立一百二十年崩，葬长沙。神农本起烈山，故《左氏》称烈山氏之子曰柱亦曰历山氏，《礼》曰历山氏之有天下，是也。（按：郑玄云：历山，神农所起，亦曰有烈山。皇甫谧曰：历山，今随之历乡也。）神农纳奔水氏之女，曰听訞为妃，生帝哀。哀生帝克，克生帝榆罔。凡八代五百三十年，而轩辕氏兴焉。（按：神农之后凡八代，事见《帝王代纪》及《古史考》，然古典亡矣，况谯、皇二氏皆前闻君子，考按古书而为此说，岂至今凿空乎？此纪亦据以为说。其《易》称神农氏没即榆罔，犹袭神农之号也。）其后有州、甫、甘、许、戏、露、齐、纪、怡、向、申、吕，皆姜姓之后，并为诸侯，或分四岳。当周室，甫侯、申侯为王贤相，齐、许列为诸侯，霸于中国。盖圣人德泽广大，故其祚胤繁昌久长云”。
司马贞自己在《三皇本纪》前有小序此序在《史记索隐》本卷三十，题为“三皇本纪第一”，在《补史记序》之后，为司马贞《补史记条例》之首条。而《三皇本纪》在《史记索隐》本《补史记条例》之末条之后，题为“三皇本纪第二”。在黄善夫本以及其他本子，此小序在《三皇本纪·补史记》的篇首，为小字，形同注释。而今本如此内容皆无。云：“太史公作《史记》，古今君臣，宜应上自开辟，下迄当代，以为一家之首尾。今阙三皇本纪，而以五帝本纪为首者，正以《大戴礼》有《五帝德》篇，又《帝系》皆叙自黄帝已下，固因以五帝本纪为首。其实三皇已远，载籍罕备，然君臣之始，教化之先，既论古史，不合全阙，近代皇甫谧作《帝王代纪》，徐整作《三五历》，皆论三皇已来事，斯亦近古之一证。今并採而集之，作《三皇本纪》，虽复浅近。聊补阙云。”
司马贞以为司马迁对上古历史的描绘不足，故欲补《史记》，但从上述的资料来源而言，并无新的资料，而只是杂糅汉代以后的各种资料而已。考察上述的记载，其资料大致来自于以下几个方面。
首先从司马贞《三皇本纪》中的引书来看，笔者据程金造先生《史记索隐引书考实》的记载，进行了统计，发现司马贞所引用的资料共有7种，程先生为“郑玄云：历山，神农所起，亦曰烈山”这一句加按语云：“案此疑为祭法注文”、《左传》杜预注此条司马贞注引为《左传》，程金造先生认为实际是司马贞意摘《左传》杜预注，非左氏语（同上书第70页），程先生所言是《国语》、谯周《古史考》、皇甫谧《帝王世纪》、《世本》。合计9条，其中引《帝王世纪》最多，3条，其他皆为1条。7种资料中，论及炎帝部分，只有4种，即《礼记》郑玄注、《左传》杜预注、《国语》、皇甫谧《帝王世纪》。实际上，《三皇本纪》的正文部分的资料也来源于此上的资料。其炎帝部分亦然。
其次，司马贞作《三皇本纪》所依据的资料，大致和《史记·五帝本纪》中的各家注释资料相同。《史记·五帝本纪》史文“轩辕之时，神农氏世衰”下，《集解》：“皇甫谧曰：‘《易》称：庖牺氏没，神农氏作，是为炎帝。’班固曰：‘教民耕农，故号曰神农。’”《索隐》：“世衰，谓神农氏后代子孙道德衰薄，非指炎帝之身，即班固所谓‘参卢’，皇甫谧所云‘帝榆罔’是也。”《正义》：“《帝王世纪》云：‘神农氏，姜姓也。母曰任姒，有虫乔氏女登，为少典妃，游华阳，有神龙首，感生炎帝。人身牛首，长於姜水。有圣德，以火德王，故号炎帝。初都陈，又徙鲁。又曰魁隗氏，又曰连山氏，又曰列山氏。’《括地志》云：‘厉山在随州随县北百里，山东有石穴。神农生於厉乡，所谓列山氏也。春秋时为厉国。’”
以上种种表明，司马贞所引用者，大多是常见的资料，而且都是汉代以后的资料，因为资料不多、不新，故难以超越前人。上述资料中，有与前人不同者，就是炎帝的死亡地的记载。而最令司马贞难以处理者，当是这样一个尴尬的矛盾资料。即如据早期的资料都表明，炎帝是流行于西北地区的人或神的传说，而司马贞却据后来的传说，记载炎帝葬于长沙。此种记载无论如何是矛盾的，即西北说和南方长沙说不能两立。笔者认为，炎帝显然曾经是西北族群所敬仰的主神之一，《史记·封禅书》中有“其后百余年，秦灵公（公元前424-415年在位）作吴阳上畤，祭黄帝；作下畤，祭炎帝”的记载。顾颉刚先生指出：“是秦君于四百年中陆续设置七畤，白帝三而青、黄、炎各一。凡此诸帝，皆秦之上帝也”。笔者认为，顾颉刚先生的话极有道理。而司马贞却欲缝合两说，但其内在的矛盾，并没有解决。一段文字中，前言“长于姜水”，后言“葬长沙”，两者相去数千里。这里要注意的是，司马贞此处不是在说神话，而是在写历史，但如此自相矛盾的记载，如何称得上信史？司马贞虽“捍于立言”，但自己的底气还是不足的吧。观后来的史家，如郑樵《通志》中有《三皇纪》，其内容大致和司马贞相同，但他对炎帝的记事止于“在位百二十年”郑樵：《通志》卷一，中华书局1987年影印民国万有文库本。却不说其死于何地，后人何其慎也！
《史记·五帝本纪》因叙事含糊，内容矛盾，颇为学者所诟病。如唐人刘知几说：《五帝本纪》，“固无所取”。明人杨慎说：“《五帝纪》亦非太史公极笔。”司马迁尚且如此，后世学者论司马贞的《补史记》，则更是几乎无赞同者，而批评者言词多不恭敬。清代学者梁玉绳曾说：“小司马补《三皇本纪》，虽不补亦可也。”近乎全盘否定。近人朱东润先生对司马贞的《史记》注释虽颇有赞扬，但他对司马贞的《补史记》，却有激烈的批评，指出：“今就其篇论之，蛇身人首之记，断鳌聚灰之说，三百二十七万六千岁之世，聚图谶之言，悠谬之谈，就前人所鄙弃，缀拾成文，欲以补五十万言百三十篇之阙，固亦甚矣。”朱先生此处的言辞显然过于激烈，如在今日，针对近人，有损人名誉权之嫌，或导致诉讼。然先生所举，未必不是事实，司马贞虽有干云之豪气，而奈何资料无多，铩羽而退，当是其中止《补史记》的原因。想到金陵书局本删去《三皇本纪》，而今本《史记》因之不录，虽然张文虎以及今本的点校者并没有加以说明，笔者认为，其原因或许是司马贞文章自身的问题吧。