再次，组建专责机构，沟通与驻福建日本领事馆的联络，以便联合行动。1896年，台湾总督府外事课员泽村繁太郎被派驻厦门，“专门参划台湾土匪关系及其他机要事务，在外事课长杉村浚的指挥下，从事某种特别任务，被视为领事馆之外的另一个总督府派出机构而存在”。到1900年，前述机构撤废，总督府另成立临时对岸事务处，“将有关华南一带一切事务均移归该事务处，“自此与对岸的关系愈益加重”。1901年后，其事务处又归外事课分掌。像这样专门成立大陆事务机构，在当时起了一定的作用。临时对岸事务处一成立，即引渡了在厦门、漳州一带活动的抗日首领简大狮；随后又利用厦门事件，要求厦门道台逮捕在该地活动的抗日军首领苏力、许绍文、林清秀、王振辉等11人。
尤其是简大狮的活动，被儿玉源太郎视为“眼中钉”，并“为如何逮捕之而苦心积虑”。这次由大陆逮捕引渡，令其消除了心头的一大隐患。在与驻厦门、福州领事的联络方面，先是委托调查诸项事务，台北县管下弁务署长“在紧急情况下，不必经过申请手续可直接向对岸领事发信”以便“逮捕逃亡清国的犯罪人等”。随后，厦门领事又兼任台湾总督府事务官，与总督府直接通报有关台湾的一切事项，而台湾总督府也直接派遣官员进驻福州（3名）、厦（2名）领事馆，从事积极的活动。1900年7月，日本外务大臣通知福厦二领事，凡给外务大臣的报告均需同样送达台湾总督府，禆其分享情报来源。由于台湾总督府为一地方官厅，而非对外机构，无法单独在福建采取行动，其一切措施，都必须得到福、厦领事馆的协助方可实施。因此，当时对付对岸抗日分子的行动，都是在双方密切配合下展开的。
最后，对登陆台湾的大陆劳工实行严格的管制制度，以杜绝抗日分子偷渡入境。1895至1896年经常有大批来自大陆的抗日分子登陆台湾北部，他们与台湾抗日团体汇合，共同打击日本殖民者，尤其是1897年5月的“国籍选择日”大起义，就有数百“清国人的托词茶工或劳动者入境参加”，引起台湾总督府的高度警惕。军政时代，台湾总督府曾制定《清国人入境台湾条例》，仅限商业或私事来台者上岸，其中第五条规定：“为维持台湾安宁秩序，目前情况下，禁止清国人劳动者及无一定职业者上陆。”“国籍选择日”大起义后，“（总督府）认为有必要采取治安上的取缔方法，即为了维持本岛的安宁秩序，严行《清国人入境台湾条例》第五条”。
要求领事馆停止发放渡台证明书，通知清政府地方官员，停止劳动者渡台，同时知会台北、台南当局，严厉取缔渡台劳动者。结果，“渡台者顿时减少”。但是，禁令的副作用也随即凸显出来。当时茶叶生产是台湾经济的主要支柱之一，占对外贸易的大宗，而“本岛制茶职工从来概依赖清国人，充其需用，故禁止彼等职工渡台，必关系到本岛茶叶的兴衰，给茶叶贸易带来至大的影响”。台北的制茶公会也联合提出陈情书，要求放松限制。在此情形下，1897年10月，总督府允许采许可制放宽制茶工人入境，随后又于1898年10月发布《清国人茶工券规则》，以方便制茶工来台。1899年7月的《清国劳动者取缔规则》从治安考虑出发，将劳动者渡台事务交给日本人独占经营，要求经营者防止其失踪，并负有协助官方予以取缔的义务，对有害治安者，有责任将其送返大陆。
直到1904年岛内抗日武装运动基本平息后，才于当年9月发布新的《清国劳动者取缔规则》，大陆劳工在台湾的居住、迁移才获得较大自由，各种取缔措施方趋缓和。总督府的种种严厉防范措施，严重地限制了台湾抗日武装集团的活动空间，抗日运动开展愈益困难。由于武器运送渠道被堵，抗日武装获得武器机会减少，这就不能不在很大程度上降低其战斗力，限制其队伍的继续扩大，因而我们看到的往往是抗日武装以台湾刀对付日本人的步枪加大炮的场面。特别是进入20世纪之后，来自大陆的武器运送十分困难，台湾岛内的斗争陷入低潮，又归顺之风盛行，无论这是出于策略性的暂时举动或其他原因，抗日武装斗争陷入了困境，而得不到大陆的有力支持，是导致此一情形出现的重要因素之一。
随着台湾总督府加强追缉流亡大陆的抗日武装集团首领和日本领事馆的配合行动，1900年之后，在厦门等地的流亡首领实际上已遭到台湾总督府、日本领事馆和屈服于日本政府压力的清朝地方官衙三方的联合镇压，例如简大狮便是由漳州地方官衙逮捕引渡给日本人领事馆，领事馆则以“危害厦门地方安宁且败坏风俗”为由将简大狮递解回台，总督府即以土匪罪将其处死。显然，透过此种管道，台湾总督府将其血腥的魔爪伸向了大陆，抗日义士的这一庇护所也不安全了。严格限制大陆劳工渡台的政策，同样收到了很大的效果。1897年6月实行《清国人入境台湾条例》第五条后，那种在此之前台北大起义、国籍选择日大起义时所曾发生的大批对岸抗日分子潜入的状况便越来越少了。抗日武装集团首领往返海峡两岸也只得以商人身份进行，危险性更大。总之，台湾总督府针对台湾抗日运动与大陆支援相互依赖的特点所采取的对策，获得相当的成功，虽然不能完全断绝两岸的一切联系，但严厉而坚决的行动，已经日益显示出其有效性来。
三、台湾总督府的“对岸经营”活动
如前所述，日据初期台湾人民抗日运动，得到大陆的有力支持，有一则史料很能说明当时福建人民对台湾抗日人士的态度：“林李成逃至厦门之初，因其名轰动彼地，获得帮助不少，亦不乏费用。”由此可见人们对英勇抗日者的崇敬和支援。无怪乎日本众议院议员永江纯要提醒台湾当政者注意：“此所谓土匪者，与福建厦门及其他地方的中国人始终相通，进行种种企图，种种活动，这是稍知台湾情形的人都了解的。”
其实，台湾总督府又何尝不为此伤透脑筋。一位未透露姓名的中国通曾经发表过如下谈话：“福建与台湾的关系密不可分，两地人民均有家族关系，亲子兄弟，隔海相依。因此，怀柔土民之道，无过于使福建人民顺服者。福建的和平繁荣即台湾繁荣发达的基础，所谓华南经营，事实上，就是协助台湾本身之经营。”台湾总督桂太郎指出：“欲确立台湾经营之方针，非确立对清政策之方针不可，确立对清政策之方针后，非实行华南经营之政策不可，欲实行华南经营之政策，非举福建及厦门经营之实不可。”后藤新平也说：“若认为台湾的经营仅止于台湾，帝国的拓殖也仅止于台湾，那是应该改正的。”儿玉源太郎更明白地提出要从收揽福建民心出发来达到影响台湾民心趋归的政策主张。也就是说，台湾总督府已经清楚地认识到，台湾统治与大陆经营是一个有机结合的整体，从大陆着手采取断绝根源的措施，才是根本的解决之道。
以往人们在讨论台湾总督府“对岸经营”政策时，总是从江户时代以来日本南进论直至甲午战后北守南进政策的确立这一线索展开探讨的。实际上，这只是台湾总督府实行“对岸经营”政策动因的一个方面，或者说是它的历史渊源。而作为当地殖民地行政主管机构，在遵行日本国总外交政策的同时，更多考虑的是台湾本身的利益，也就是从台湾本位出发来制定其自身政策走向。1895至1904年间台湾总督府所从事的大陆扩张，就是以台湾统治的本位为原则进行的。这些扩张活动在政治方面的一个重要目标，即在于消除福建官民对台湾日本殖民者的敌意，收揽民心。此一时期台湾总督府相关的“对岸经营”活动归纳起来有以下内容：
1.开办学校。在福建设立由台湾方面支配的学校，是总督府首要目标之一。这有其内在的原因，“福建省自古以来与本邦，尤其是台湾间，无论是在历史上、商业上、政治上或是在其他各个方面都有很深的关系，这是为一般所认识的。领台来以，本府尊重此关系，为对岸经营一再采取各种措施，特别尝试在外交上最无异议的教化事业，其目的无疑在于获取直接或间接的利益和势力”。总督府在给日本外务大臣的内部报告中更直截了当地说：“在福建省地方扶植本邦之潜在势力，为台湾行政上所必需，故在职权范围内正渐次着手中。而在以厦门为中心与台湾有最密切关系的漳泉地方普及文化，为最必要的手段。”也就是说，设立学校，既可避开外交上的敏感问题，又可潜收实际利益。
1898年7月，福州东文学堂正式创立，其目的据说是“在于向该地士绅子弟以日语为基础教授普通知识”，台湾总督府亦认为，“（该学校）的存在对在福州地方扶植我势力为最适合之工具”，决定自1900年度起予以资金补助。厦门东亚书院成立于1900年2月，这所学校是在台湾总督府事务委员泽村繁太郎多方运动下，由总督府给付一万元，加上台湾岛内外豪商的捐助，以中日合办的名义开办的，所收学生既有台湾籍民子弟，亦有中国学生，公开宣称的办学宗旨为：“教课日中言语文字，俾学生肄业其中，以期联络唇齿，共敦邻好。”此外，泉州的彰化学堂、漳州的中正学堂，都与台湾总督府有着密切的联系，或接受其补助，或由总督府派遣教师，彰化学堂甚至还与总督府订有密约，由台湾总督府每年给该学堂1500元的学校经费，学堂主管田中善立则向总督府提供华南一带的情报作为交换。这样，由台湾总督府幕后支持开办的学校就在福、厦、泉、漳等主要地区设立起来。台湾总督府的这一举措，在福建地方士绅中，普遍留下较好的印象。曾任台湾集集街弁务署长的东文学堂总教习冈田兼次郎，据说“大为支那官民敬爱，其门下多出秀才，名声啧啧，得该地官民绝大信用”。
2.利用不平等条约赋予的特权，引诱普通民众投入日本领事的保护伞下。日本占领台湾后，台湾与大陆关系史上出现了一个特殊的现象，即台湾籍民的出现。所谓台湾籍民，即获得日本籍而居住在海外及大陆的台湾本岛人。此外，还有一种“归化取得帝国国籍”的“归化籍民”。按照日本驻厦领事井上庚二郎的说法：“盖居住在中国的外国人有治外法权的恩惠，做为中国人深感外国籍的方便，乃不可否认的事实。厦门人士眼见亲戚、邻人的台湾籍民，只因领台当时居住在台湾便在人身财产上受到帝国政府的保护，享受天壤之别的特权，于是诅咒横征暴敛的地方政府，企图取得台湾籍。”而日本领事馆则“基于政策的考虑，让这种中国人容易地获得台籍。”井上所述虽是20年代情况，但据中村孝志的研究，早在19世纪末，此类情形即已出现。
1900年后藤新平访问福建时，闽浙总督和厦门道台均曾就此向其提出交涉。实际上，儿玉源太郎早就要提出要“在国籍法之外设立台湾归化法”的主张，指示积极考虑福建人入台湾籍问题。另一方面，在台湾总督府的支持下，东本愿寺自1898年起，在福建各地陆续设立布教所，吸收教民，发展十分迅速，仅在1899年3至5月间，东本愿寺在福建新设的分布教所就达14处之多，北起惠安、南至云霄，遍布厦、漳、泉地区；西本愿寺则在福州地区设置布教所。由于皈依日本佛教可以对抗天主教徒的势力，逃避地方官的暴政，流氓地棍更可借此为非作歹，故而各地入教者不在少数。
台湾总督府民政局长水野遵在1898年谈及此事时毫不掩饰地说：“东西本愿寺僧侣在台湾者，不少亦于厦门开始传道布教，而中国人奉佛教者比之皈依平素视为夷狄的外教为多。所以如此，这并不是他们真心信仰，而是奉祀有日本政府保护的佛教，可受领事的保护，有种种利益。如此，他们正将日本的势力播植到中国人中间去，这都是有了台湾的缘故。”
3.致力于拉拢地方上层人士的工作。在福州，受乃木希典总督之命与前田彪共同收买《福报》创办《闽报》的井手三郎，即与名绅王孝绳、陈宝探、陈竹生等相交甚笃，而这些人都是在朝野拥有相当影响力的人物，东文学堂的创立，便是在他们的大力支持下达成的，台湾总督府视其为福建亲日派的代表人物，台湾总督府自夸道：在这些人的影响下，“当时福州人心倾向于日本”，“在福州地方，无论财产多少，名望高低，都以与日本人交往为荣”。在厦门，台湾总督府民政长官后藤新平亲自访问林维源在鼓浪屿的别墅，因为林本源家为台湾最有势力者，后藤的此举被誉为“收台湾统治之全功的要务之一”。对官方要员，台湾总督府也倾其力进行游说。
1898年出访福建的楠濑大佐即对增祺表示：“日清两国，唇齿相依，应互为提携，以保将来东洋之安宁。”后藤新平1900年4月访问福州时，更在一次聚会上发表了一番洋洋洒洒的谈话：“贵国与帝国的关系，唇齿相依，有必要同心协力，步调一致，以期共达到文明的彼岸。因此，我帝国对清国尝试种种之经营，进行大的设施建设。这些毕竟是从东洋的大局出发，而非政略性，这是不言而喻的。相信诸君了解，亦希望诸君体认其意思，全心尽力于兴亚政策。”显然，其中心内容，即在于消除福建当局对台湾总督府插足福建的疑虑或敌意，促其转而采取合作的态度。