贺振新动心了，他给新疆维吾尔自治区第一书记王恩茂打电话，王恩茂十分热情：“非常欢迎啊，新疆建设需要你！你现在身体不好，先休息，可以到北疆、南疆走一走，看一看。”
年近半百的贺振新最终做出选择，他决定离开大城市，到新疆自己的老部队去，在自己的晚年，为西北边疆的建设出一把力。
是年底，命令下来，中央军委任命贺振新为新疆建设兵团副政委。
1966年春，贺振新和肖平携长幼二子到达乌鲁木齐，住在新疆军区第一招待所的大院里。除王恩茂外，新疆军区几乎所有主要领导人都住在这里。贺振新不顾旅途劳顿，希望马上投入工作。他看过一个兵团生产的展览，当年他率部开垦的小拐成了棉花丰产区，他更是激动得不行，不到20天，就抱病上班了。
1966年6月，“文革”的狂飙席卷全国，但新疆远离内地，暂时还没有波及兵团。
7月22至30日，兵团党委在乌鲁木齐昆仑宾馆召开座谈会。会议由兵团第二政委、农垦部副部长张仲瀚主持，有各师领导干部及兵团部分劳动模范参加。座谈会学习讨论毛主席的《五七指示》，对照指示精神，座谈兵团17年来各方面的成就，总结经验，肯定成绩。
8月下旬，自治区党委常委会议讨论兵团“文化大革命”问题，鉴于张仲瀚有病住院，兵团的全面工作由贺振新主持。
9月3日，从北京来的大批红卫兵在乌鲁木齐人民广场举行“造反点火”大会，高喊“打到王恩茂！”组织起造反派冲击自治区党委和政府，传单满天飞舞，新疆从此大乱。这就是新疆“文革”历史上的“九三事件”。
那些天，贺振新思想特别苦闷，他对否定一切、打倒一切的“文革”乱象完全不理解，每天从机关回到家里都忧心忡忡，叹息不已。
不久，上面派来丁盛，出任新疆军区副司令员、兵团第一副司令员。他紧跟“文革”大形势，全面否定兵团的成绩，他骂道：“这个建设兵团，除了没有妓院，一切都坏！”
作为最早入疆屯垦戍边的老战士，贺振新不能同意丁盛否定历史、否定王震和359旅将士、否定兵团最重要的奠基人张仲瀚政委的胡言乱语，他当场反驳说：“不能这样说，兵团在建国后17年来的成绩是主要的！”
贺振新得罪了大权在握的丁盛，无妄之灾从天而降。丁盛在自治区三级干部会议兵团小组会上突然宣布揪出了“以张仲瀚为主帅、贺振新为副帅的七人反党集团”。他们网罗走卒，蓄意构陷，对张仲瀚、贺振新等进行所谓揭发批判。贺振新不惧淫威，义正词严，当面斗争，迫使丁盛一伙一时不敢下毒手。
十、把蒙难的林晓霖接回家
10月下旬的一天中午，贺振新饭后走过大餐厅，突然从就餐人员中发现一张熟悉的面孔，不禁一惊，这个女兵分明是林彪的长女林晓霖嘛。在哈军工的时候，贺振新和徐介藩两家是邻居，林晓霖在哈三中上学，常来贺家找大女儿西明玩。贺振新绝不会看错，他径直走过去，问道：“这不是晓霖吗？你怎么在这里？”
独自低头吃饭的姑娘猛抬起头，惊喜地喊道：“哎呀，是贺叔叔！”
果然是林晓霖！用不了几句诉说，从姑娘苍白凄楚的脸色里，贺振新马上就明白了其中必有严重的隐情。餐厅人多，不是说话处，他告诉林晓霖自己住东二楼，说了句：“晚上来，我和肖阿姨等你。”随即起身。
夜里，林晓霖悄悄来到东二楼，贺振新和肖平一直把她迎进最里面的卧室，彻夜长谈。原来，林晓霖受林彪和叶群的迫害，被骗上飞机，软禁在大漠深处的基地里。
这次由基地保卫部两个干部押送到乌鲁木齐看管，林晓霖趁他们不注意溜了出来。
第二天早上，贺振新12岁的大儿子南明发现一个陌生的军人姐姐独自坐在客厅里看画报。妈妈从外面走进来对他说：“南南，这是晓霖姐，她爸爸是林副主席。她住咱们家的事对任何人都不能说！……你们还是到里屋去，上午你就陪晓霖姐说说话……对，你们就下棋吧。你会下象棋吗，晓霖？……”
妈妈找来象棋后马上离开了。整整一上午，南明就在爸爸的卧室里关着门陪晓霖姐下棋，有一搭没一搭说话，气氛一直很压抑，也很神秘。南明发现晓霖姐心不在焉，楼下一有人声车声她就紧张，他多次到阳台上“侦察”，把楼下的情况告诉她。
贺振新和肖平的本意是让晓霖在家小住几日，调剂一下身心，然后从长计议。张政委住院，贺当时正主持兵团工作，如果不是林彪的女儿，他有权把林晓霖安排在兵团任何地方，但她是林彪的女儿。下午，贺振新回家，心情沉重。默然良久，他叫来警卫刘泽民吩咐说：“你安排一下，到餐厅叫两个大师傅，晚上我请客。”
吃晚饭时，压抑和神秘一扫而光，所有的禁忌似乎都突然消失了。贺振新将军设宴为林晓霖饯行，宴席张扬、热闹，笑话连连，肖、贺二人多次给晓霖夹菜，最后还吃了羊肉串儿。饭罢，晓霖和一家人又回到东二楼，与贺叔叔依依话别。
无从得知这个下棋的白天贺振新承受了怎样的压力。时隔半个世纪，贺南明本人对整个事情做了一个最合乎逻辑的推测，他在电话里对笔者说：
“林晓霖失踪的事情肯定当天就报北京了。依我父亲的为人和脾气，如果没有来自北京的巨大压力，绝不可能把人交出去。他在新疆的这个级别和资格，就是王恩茂本人，也不会给他下什么命令，最多只是劝说。”
但人是不能不交的。贺振新夫妇偕长幼二子和秘书、警卫、护士、保姆等，把林晓霖一直送到楼梯口。临别前贺振新的最后一句话是：“晓霖啊，你怀疑什么都可以，但一定要相信毛主席！”
“相信毛主席”，最后的话别中贺振新重复了好几次。
……是啊，在那个特定的时代，除了“相信毛主席”，贺振新还能给晓霖什么安慰呢？他用这句话安慰晓霖，又何尝不是在安慰自己？“九三”事件以后，他受到一波又一波的冲击，却不避风险，关爱蒙难中的林晓霖，这就是贺振新将军的品格。
十一、魂系天山
1966年11月底，丁盛支持的造反派又把病倒住院后在家里休息的贺振新押到批斗会上，连续三个小时的审问。贺振新头冒冷汗，心区痛疼，晕倒在会场上。次日凌晨，贺振新心脏病突发，人们把他送到医院，但抢救无效，20多天后含冤逝世。到新疆才一年的贺振新将军就这样走了，终年仅50岁。
夫人肖平和六个孩子陷入巨大的灾难中。此时远在北京的王震身处逆境，眼看自己359旅的老战友身陷冤案而不能救助，他悲伤不已。新疆的“文革”新贵不给肖平安排工作，后来又逼她回江西永新老家。贺家人星散四方，苦难无尽。
中共十一届三中全会以后，贺振新冤案得以平反昭雪。在北京八宝山革命公墓，炮兵司令部主持追悼大会，王震、耿飚等中央领导出席追悼大会，贺振新被追认为烈士。会后，他的骨灰由北京护送到乌鲁木齐，新疆维吾尔自治区党政军领导在火车站迎灵。接着，天山脚下又举行了隆重的骨灰安放仪式，覆盖着党旗的骨灰盒安放在新疆革命烈士陵园里，实现了贺振新将军生前埋骨天山的遗愿。他的英灵永远与他眷恋的新疆山川大地在一起。