7月12日是个难忘的日子，多次海试后试验艇已经处于最佳状态，今天要做长航试验了。清晨，顾懋祥带领大家登上旅顺黄金山顶，面对辽阔的大海，渐渐听到航空发动机由远至近的轰隆声，只见试验艇两舷喷出水雾，紧贴着水面飞翔，在大家的注视下，气垫船飞驶而过，以每小时50公里的巡航速度消失在茫茫大海的水天一线。
这次气垫船长航试验飞跃了几十公里，成功到达旅顺蛇岛对面的羊头洼试验场，并顺利登陆。在当时，这是世界上第一次气垫船的长航试验，但是出于军事科研的保密规定，哈军工这一重大科技成果令人遗憾地秘而不宣。13天之后，英国人的气垫船横渡英吉利海峡，英国人立即向外界公开，号称他们是气垫船的发明国。
长航试验后，适逢海军在大连召开党委扩大会，顾懋祥到大连向萧劲光司令员做了汇报，萧司令员很高兴，他率领所有与会的海军领导和代表去旅顺试验场，观看了气垫船的表演。哈军工的科研实力给海军将领们留下深刻的印象。
顾懋祥是哈军工历届评选的先进工作者，曾受军内多次表彰。1960年6月，他出席在北京召开的全国文教方面先进工作者代表大会。1961年7月1日，他加入了中国共产党。
在创业的艰辛中顾懋祥从不气馁，在成功的喜悦中他更没有满足。他一如既往，埋头苦干。60年代，顾懋祥主要致力于耐波性的研究，当时，这正是国际上相关研究的主攻方向。在国内，他是最早在船舶动力学中引入概率论，使船舶在不规则海浪中运动的计算成为可能。1963年他编着了《船舶摇摆》教材，精确阐述了国际最前沿的成果，是我国在这一领域里第一本专着。
1964年夏天，我国自行设计和建造的第一艘猎潜舰在南海做耐波性试验，顾懋祥带领哈军工科技人员从祖国北疆赶到南疆的海南岛榆林港，参加试验工作。正值炎夏，酷热难耐。佩戴上校军衔的顾懋祥是全体参试人员里军阶最高的首长，可是让海军官兵惊奇的是，这位国内闻名的耐波性专家没有一点架子，每天汗流浃背，与技术人员和战士一起摸爬滚打。8月初，台风袭来，试验工作从榆林港转场湛江麻斜海军码头。
狂风暴雨，天气恶劣，猎潜舰难以靠岸。船上和船下的人都束手无策干着急，顾懋祥穿着背心裤衩站在码头上，主动指挥大家接船靠岸，最后猎潜舰稳稳地靠上码头。年轻人啧啧称奇，这位专家首长对码头作业怎么这样在行？他们不知道，早在20年前，他就是个经验丰富的海员了。
1965年8月6日，在台湾海峡发生一场解放军海军与台湾国民党海军之间的激烈海战。是年秋，海军在大连召开海战总结会，哈军工海军系派员参加。会后，顾懋祥听到参战部队反映，我们的护卫艇摇摆得厉害，影响火炮命中率，战士眼睁睁看着敌舰逃走，于是减缓舰艇摇摆成为提高部队战斗力的关键因素。顾懋祥深思熟虑后主动请缨，要为海军研制减摇鳍装置。年底，海军装备部就把这个任务下达给哈军工。学院立即组成以顾懋祥为首的会战课题组，仅仅四个月，哈军工就拿出减摇鳍样机，并进行了系统试验和加载试验。1966年3月，样机发往大连造船厂，顾懋祥率队到大连，为安装和试验做技术后盾。7月，试验艇赴威海编入战斗序列，顾懋祥又率队到威海，在护卫艇上，一边呕吐一边指挥试验，解决了左右鳍的同步问题。正当减摇效果明显、试验工作初见成效的时候，一场空前的政治暴风雨突然袭来，顾懋祥为海军的科研工作被迫中断。
六、他成了“美国特嫌”
顾懋祥和他的科研组被召回学院的时候，哈军工犹如一锅沸水，老干部和老教师都被打倒，各级组织完全瘫痪，“红色造反团”和“八八团”两大派群众组织势不两立，搅得天翻地覆，全市乃至全省的运动都跟着哈军工跑。
那个年代，谁能游离于政治运动之外呢？除了主动造反的年轻教员，哈军工大多数教员身不由己地卷入“文革”狂潮。顾懋祥怀着听党的话、响应毛主席的伟大号召的良好愿望积极参加运动。他严格要求自己，背着铺盖住到学员宿舍去，接受学员的批判，在群众运动里经风雨见世面。他还自觉革命，主动让出一间房子给别人住，每月的工资除了留下买书的钱和自己与女儿的生活费，其余全部交党费。如此虔诚的顾懋祥绝对意识不到，一场浩劫正在降临，他和李宗善也将大祸临头。
1967年，哈军工“山上派”（即“扞联总”）、“山下派”（即“炮轰派”）打得不可开交。顾懋祥因为同情“山下派”，被掌权的“山上派”视为眼中钉。是年底，“扞联总”武装攻占“炮轰派”据点坦克厂“哈一机”，当天夜里，哈军工“扞联总”里以打人凶狠而闻名全市的“六五兵团”学生和工人闯进老红楼，先抄朱起鹤教授的家，把他毒打到昏死后，再闯到对门的顾懋祥家抄家。他们大声叫骂，翻箱倒柜，找到一张100元的存款单后，恶狠狠地审问李宗善，“就这么点钱？藏哪里去了？”李宗善大声说：“我们是教书的，不是资本家！你们找到了就拿去！”这群暴徒把顾懋祥推到一间大屋里，亮出棍子、皮带，开始毒打。听到爸爸的惨叫声，女儿小乖吓得哇哇大哭，李宗善要冲进大屋被阻。等到暴徒们打累了才呼啸而去，除了存款单、文件、信件、照片，他们还掠走了电唱机、半导体和李宗善珍惜的新军装。
顾懋祥被打得遍体鳞伤，李宗善满面泪水为他处理伤口。顾懋祥泰然自若，还笑着夸奖女儿：“你大声哭喊起到吓唬他们的作用，他们干坏事怕别人知道，没有什么可怕的！”
为了防止进一步被迫害，顾懋祥和朱起鹤等数位老教师先后逃到北京躲避。他伤口的淤血还没有褪尽，却不忘记关心照顾别的老教师。年底，在周总理的主持下哈军工两派平等和谈，实现了大联合，顾懋祥和几位老教师也回到哈尔滨。
1968年，“文化大革命”在全国全面武斗的尾声里继续发挥其红色恐怖的强大威力，全国高干造反的典型、主宰黑龙江的潘复生率先搞起“彻底清理阶级队伍”运动。3月，声势浩大的“彻查”运动在哈军工全面铺开。寒风肆虐，万物萧然，人心战栗。在遍地都是“反革命”、“特务”的气氛里，一个“反革命教授集团”大案震撼全院。陈赓大将请来的着名老教授们怎么会成了反革命？顾懋祥被指认为这个集团的“黑干将”，并且是海军系四名老教授组成的“反动集团”之首。要证据？不需要，抓起来再说！
顾懋祥被关进牛棚，李宗善母女也被扫出家门：从老红楼的教授宿舍驱赶到一个筒子楼的16平方米阴面单间。
花样翻新的逼供信，写来写去的交代材料，开不完的批斗会、陪斗会，六次抄家，七顶帽子，诸如“反动学术权威”、“彭德怀树立的黑样板”之类，其中最吓人的一顶是“美国特嫌”。
专案组反复追问：“你在美国生活条件那么好，为什么要回到中国？”“你为什么要在抗美援朝的时候回国？你的回国动机是什么？”
爱国有罪？顾懋祥哭笑不得，他坦然道：“没有任何人派我回来，我是热爱祖国主动回来的。”
外调人员跑遍全国，要追查他在美国三年的实情，一无所获。后来找到熊向晖，拿回来的证言只有一句话：“顾懋祥是一个爱国的热血青年。”
整人的“文革”权贵下不了台，就用做苦力来折磨阶下囚们。顾懋祥和牛棚里的难友一起被强令扛粮袋、推煤车、修江堤、扫垃圾、洗厕所……有一次向锅炉房运煤，煤山塌方，他被煤块压住，脱险后他本能地高喊：“毛主席万岁！”自身的伤痛只字不提。他扫厕所极其认真，小便池下水口堵塞，他就用细铁丝一点点疏通。审查他的学员们也在窃窃私语：顾教授不像有问题。顾懋祥没有把劳动看做是惩罚、是痛苦，在劳动中他忘记了逆境和屈辱，干什么都那么卖力，不管是冰天雪地，还是烈日当空，都尽心尽意。