心灰意冷的康有为接受其好友沈曾植的劝告，不再昌言国事，而以金石陶遗、历代碑刻、书法绘画为事。在此后数月中，暂居京师的康有为尽观京师藏家之金石凡数千种，始著其书法理论著作《广艺舟双楫》。又因与朝中一些大臣有交情，也尽量帮助这些大员起草一些奏折，以自己的聪明才智“曲线救国”。然而此时的朝政委实过于黑暗，吏治过于腐败，不独不能变法，即便旧政风纪，也很难维持。久居京师，目睹如此政局，康有为的失望自然而然地日趋加重，“决然舍归，专意著述，无复人间世志意矣”。1889年9月11日，康有为怀着依依惜别之情离开了北京。临行前，作有一诗言志：眼中战果成争鹿，海内人才孰卧龙？抚剑长号归去也，千山万水啸青锋。（徐勤：《南海先生四上书记杂记》，见夏晓红《追忆康有为》，292页，北京，中国广播电视出版社，1997。）康有为看到了中国的危机，自况为卧龙先生诸葛亮。他虽然不得已抚剑长号归去，但似乎也有再回京师一展宏图的信心。
郁闷的康有为出都之后，一路游山玩水，至1890年1月春节前夕方回到广东故乡。春，移居省城广州，暂居徽州会馆，后移居其曾祖父的故居云衢书屋，计划在这里通过讲学培养人才，凝聚力量；同时，“复事经说，发古文经之伪，明今学之正”，（《康南海自编年谱》，16页，济南，齐鲁学社，1991。）创建和完善自己的思想学术体系。
康有为对古文经学的怀疑由来已久，但真正将这种怀疑形成体系，应当是他受到廖平的启迪之后。廖平（1852—1932），四川井研人。原名登廷，字旭陔，后改名平，字季平，初号四益，旋改号四译，晚年更号五译，又更号六译。1874年，入县学为诸生。时，张之洞督学四川，请当时今文学大家王闿运主尊经书院，廖平以学识被选拔入学，遂成为王的弟子。
王闿运（1832—1916），湖南湘潭人。字壬秋，一字壬父，因所居名湘绮楼，故晚年号“湘绮老人”，学者称“湘绮先生”。王闿运青年时代即以文才有名于时，后入京应礼部试，落第后一度在京逗留，依附主持朝政的肃顺，及肃顺被逐，返回乡里不出。后参与曾国藩幕，而曾国藩不能用，独谓闿运文不慧业，目为著述之才。闿运亦自负其才，睥睨一世，貌似和谐，内实骄矜，故每到一处，都与人不和。于是退息林泉，无意用世，欲以教学著书终其身。（张舜徽：《清儒学记》，346页，济南，齐鲁学社，1991。）后曾应四川总督丁宝桢之聘主讲成都尊经书院，终日为诸子讲说，多发明《公羊春秋》之义，其后开廖平今文经学一派。后归主长沙校经书院，移衡山船山书院，又一度出任江西高等学堂总教。弟子著籍者甚众，岿然为一时大师。其学推崇《公羊》何氏注，是晚清今文经学阵营中的重要人物。
对王的学术宗旨及对其学术价值的评估自晚清以来便不一致。皮锡瑞认为，王闿运的学说新而有据，异于宋明诸儒。（皮名振：《皮鹿门年谱》，8页，上海，商务印书馆，1939。）这是对王闿运的学说持赞成态度的评价。而其他更多的学者则认为：王闿运虽以治《公羊》闻于世，然故文人耳，经学造诣甚浅，无甚发明；（梁启超：《中国近三百年学术史》，见《梁启超论清学史二种》，315页。）其学术价值似乎尚不及常州学派的今文学者孔广森的著述，（梁启超：《清代学术概论》，见《梁启超论清学史二种》，63页。）大抵王氏说经，想摆脱旧有传注，自成一家，其流弊乃至杜撰出奇，为世所讥。有人骂他“开著书笺《易》之路，成末流蔑古之风”，不是没有根据的。大抵他一生治学，不外以抄书为注书，以翻史为读史，恃其才大，不能仔细做朴学笃实功夫，所以著述虽多，可传者少。（张舜徽：《清儒学记》，348—349页。）
王闿运的经学造诣确实不高，但其对近代中国学术进程的影响颇大。他那以文人的见解对儒家经典尤其是《公羊传》的浅薄解释，深深地启发了他的学生廖平。廖平受其影响，毕生致力于经学，尤其是《公羊春秋》学的研究，著书甚多，结集为《四益馆经学丛书》十数种，颇知守今文家法。不过廖平的思想并非前后一以贯之，其前后期的学术见解变化很大。他最初认为，今文经学与古文经学的重要区别仅仅在于礼制的不同，今文经学的礼制祖《王制》，古文经学的礼制宗《周礼》。此即其思想之第一变。稍后他认为，今文经学为孔学之真，所谓古文经基本是刘歆所伪，因此他竭力攻击王莽、刘歆的古文经学，以为古文经学与西汉正统的今文经学“天涯海角，不可同日而语”；又鼓吹孔子受命改制，为“素王”。凡此，都表现出他鲜明的今文经学家的观点，对与此同时的康有为产生了相当大的影响。
在追随王氏治经学之后，廖平举于乡，成进士，用知县，以亲老不欲其远行，请就教职，选授龙安府学教授。1889年6月，他应两广总督张之洞的邀请，赴广州，居广雅书院。
对于廖平的学术见解，康有为应该早有所闻。他在与廖平见面之前，曾在他的朋友沈曾桐那里读到廖平的《今古学考》，对廖平的学术见解深表钦佩，引为知己。1890年春，康有为从乡间来到省城广州，寓居徽州会馆的时候，得知廖平在广州，遂由同乡黄绍宪（字季度）居间介绍，往访廖平于广雅书院。廖平并将自己已成的著述《知圣篇》《辟刘篇》赠给康有为，请其指教。康有为回去阅读之后，写了一封万余字的长信批评廖平，斥其“好名骛外”，不该轻变前说，劝廖平将这两篇文章尽快毁掉，以免贻误后学。廖平答以面谈后再决行止。过了些时日，廖平到徽州会馆回访，向康有为仔细地解释了自己学说之所以变化的原因及学术上的根据，终于说服了康有为，使康有为觉得陆王心学虽“直捷明达，活泼有用”，但远不及今文经学的“灵活”；佛教哲学虽讲“慈悲普渡”，但“与其布施于将来，不如布施于现在”。于是康有为尽弃其先前的古文经学立场，而转向廖平以及常州学派的今文经学，决定利用今文经学的特点来对传统文化进行新的阐释，以创建和完善他的关于变法图强的理论体系，并在学术上成为晚清今文经学的集大成者。（关于廖平与康有为的思想传承关系是一个争论不休的复杂问题，本节叙述参见廖幼平《廖季平年谱》，45页，巴蜀书社，1985；章太炎《清故龙安府学教授廖君墓志铭》，见《章太炎全集》第5卷，264—265页，上海人民出版社，1985。）
廖平的经学一生六变，对康有为产生影响的主要是其第二变，其著作为《今古学考》以及由《今古学考》而改写的《知圣篇》和《辟刘篇》。
《今古学考》成书于1886年，该书的宗旨为，据《五经异义》所立今古两百余条，专裁礼制，不载文字，定为今学主《王制》、孔子，古学主《周礼》、周公。《左传》出于今学方盛之时，故虽有简编，无人诵习，仅存秘府而已。至于哀、平之间，今学已盛而将微，古学方兴而未艾，刘子骏目为此编，遂据以为今学之敌，倡言求立。至于东汉，遂古盛而今微，此风气盛衰迭变之所由。后来到了郑玄，“混合今古”，实在是“违古”。为了纠正郑玄的问题，廖平治经于此时力与郑反，旨在将郑玄所误判的地方区别出来。廖平认为，经学至郑一大变，至今又一大变；郑变而违古，今变而合古；离之两美，合之两伤，得其要领，以御繁难，有识者自能别之。这个观点实际上是廖平最初的经学见解。（廖平：《今古学考》，见《廖平选集》上册，82页，成都，巴蜀书社，1998。）
仅仅两年的时间，到了1888年，廖平自变其说，以为六艺皆新经，非旧史。以尊经者作《知圣篇》，辟古者作《辟刘篇》。（廖平：《经学六变记·二变记》，见《廖平选集》上册，549页。）在《知圣篇》中，廖平对古文家乃至乾嘉汉学都提出了批评。他指出：以惠栋、戴震为代表的乾嘉汉学独标汉帜，收残拾坠，零璧断圭，颇近古董家；名衍汉学，实则宗法王莽、刘歆，与西汉古文经学天涯地角，不可同日语；孔子受命制作，为生知，为素王，此经学微言传授大义；帝王见诸事实，孔子徒托空言，六艺即其典章制度，与今六部则例相同；素王一义，为六经之根株纲领。（廖平：《知圣篇》，见《廖平选集》上册，175页。）这里对刘歆、王莽的攻击便与康有为的《新学伪经考》的见解极为相似。
康有为著《新学伪经考》辨析今古文，实启导于廖平。但对于此点，康有为素来忌讳莫深，不愿承认。而廖平对此则直言不讳，一而再再而三地向世人指出这一点。（廖平：《经语甲编》一，见《廖平选集》上册，447—448页。）反复向世人强调，外间所传康有为的《孔子改制考》，即祖述《知圣篇》，《新学伪经考》即祖述《辟刘篇》，而多失其宗旨。（廖平：《经学六变记·二变记》，见《廖平选集》上册，549页。）总之，廖平认为康有为的两部重要著作都与他的《知圣篇》《辟刘篇》有关。
对于康有为的《新学伪经考》可能因袭廖平著作的问题，廖平不仅在各种场合进行宣传，而且在当时也曾直接致信康有为进行争辩，然而康有为则始终不愿承认其思想见解直接来源于廖平，但曾协助其编写《新学伪经考》的大弟子梁启超对此则直言不讳。他曾明确指出，康有为早年酷好《周礼》，为古文经学，后见廖平所著书，乃尽弃其旧学。（梁启超：《清代学术概论》，见《梁启超论清学史二种》，60页。）显然，康有为的《新学伪经考》有受之于廖平者，但其论证、阐发的基本路数似乎是康有为的发明，并不与廖平的学术思路完全一致。换言之，康有为的《新学伪经考》肯定受到廖平的思想影响，只是在当时的情况下康有为不愿承认而已。但是到了后来，当康有为比较能够冷静地反省自己的学术道路的时候，他还是多少交待了自己的学术渊源关系。他在1917年所作的《新学伪经考后序》中比较隐晦地承认《新学伪经考》的一些观点与廖平的某些见解暗合，但他依然不愿意坦率地承认他曾受到廖平的直接影响，甚至以为廖平的见解没有他的《新学伪经考》来得彻底，而是介于今古文之间的模糊看法。
应该承认，廖平的今古文学术分析确实没有康有为的见解来得彻底与明白，然惟其如此，正可将廖平视为康有为的学术前驱。如果廖平将一切都讲得很明白，那么哪里还有康有为后来发挥的余地呢？
事实的真相可能是，康有为在与廖平在羊城会面之前，或许已对古文经学产生过某些疑问，但经与廖平“两心相协”的交谈之后，康有为的见解便更加明确，于是有他的《新学伪经考》一书。从这个意义上说，廖平是康有为的学术前驱，但并不能因此而否定康有为思想学术的独创性。康有为至死不愿承认廖平学术对他的直接影响固然不对，但廖平将康有为的独创性全然不顾，反复强调自己对康有为的直接影响，也是促成康有为愈趋反感而更不愿承认的直接原因。对此，还是梁启超的分析有点道理，他说：康有为其治经则综糅汉宋今古，不言家法。康先生之治《公羊》，治今文也。其渊源颇出自廖平，不可诬也。然所治同，而所以治之者不同。畴昔治《公羊》者皆言例，康则言义。惟牵于例，故还珠而买椟。惟究于义，故藏往而知来，以改制言《春秋》，以三世言《春秋》，自南海始也。改制之义立，则以为《春秋》者，绌君威而申人权，夷贵族而尚平等，去内竞而归统一，革习惯而尊法制，此康之言也。（梁启超：《论中国学术思想变迁之大势》，见《饮冰室合集》文集之七，98—99页。）换言之，也就是美国学者勒文森在分析廖平与康有为的关系时所指出的那样，廖平与康有为的今文经学表现出两种不同的形态：康有为积极地干预现实政治并以今文经学作为干预政治的工具，事实上康有为在后期建立孔教会时就更加完全不顾今文、古文的区别；而廖平只是一个纯粹的儒生，表现出明显地超然于现实政治之外，“为儒学而儒学”的特点。（参见《儒家中国及其现代命运》，见李学勤《国际汉学著作提要》，179—180页，南昌，江西教育出版社，1996。）这或许可以说明职业思想家与政治实践家之间的区别，更可以明了康有为与廖平之间的学术联系。