1922年5月27日，陈垣辞去教育次长职务。6月15日，何煜由内务部次长调任教育次长。仅两日后，何就改任交通部查账委员会委员长，所遗教次一职由全绍青署理。据马叙伦透露，全绍青“是北大同事***先生的朋友，经大家把我提出来做继任的预备，请李先生介绍一下，不想马上就发表了”。
1922年6月27日，马叙伦正式被任命为教育厅长。次日，蔡元培在给他的复函中称：“前奉惠书，深以推荐教厅为不当，其时布置未妥，不必多与公办。现政府已发表，浙中教育界自然极欢迎。请公暂牺牲出洋之志愿，为吾浙教育立一基础，不胜企祷。”从此函可以看出，马叙伦此期一面准备出洋考察，一面争取教育厅长职务，直到此时才有最终结果，遂放弃了出洋机会。此函亦可印证前引马叙伦的记载，在争取教育厅长一事，他基本上是居于幕后策划，实际出面与蔡元培等人联络的是许宝驹等人，故此时他在给蔡元培的信中，仍“深以推荐教厅为不当”作为谦辞。从7月11日正式接任，到9月下旬被任命为教育次长，马叙伦在厅长任上前后不到三个月，作为自然有限。据他晚年回忆，在任期间曾带领视学到萧山、绍兴等地视察教育，“给浙江乃至全国开了一个教育厅长不专在公事房看报告的风气”。
二、“北系”与“浙派”
从1921年9月下旬到次年9月下旬，马叙伦担任一师校长和教育厅长的时间前后只有一年左右，不过他对浙江教育界的影响则远不只一年。旅京浙人对乡邦教育事业的发展一直颇为关注。“一师风潮”发生后不久，北京大学浙江同乡会即通电全国各界，对学生方面表示声援。该风潮实际上是在蒋梦麟等人调解下解决的。不过“五四”后从北京回浙江教育界担任具体领导职务，马叙伦当属第一人。辛亥革命前，马叙伦虽曾在浙江教育界任教多年，但当他重返浙江时，却被视为“外来户”。正如五四运动中蒋梦麟作为蔡元培的私人代表进入北大时，被沈尹默等人视为江苏省教育会势力的北扩；此时马叙伦从北京南归，则被浙江本地教育界人士看作“北系”势力的南侵。两相对照，可以窥见当时教育界的大致格局。
关于浙江教育界的派系，马叙伦在晚年的回忆中用了较多篇幅，据称：
杭州教育界分成两系，一系是前进的，一系是保守的（其实是饭碗主义），保守系里有我的老师和学生。自然，我在本省早有地位，又加我在北大地位也不算差，他们晓得我不是他们的俦伴，但是，也晓得我是不容易攻击的，因此，转用柔术进攻，就是从各方面来拉拢。可是，我有我做人的一套法宝，就是‘独立而不倚’，他们也没办法。不过他们背着一个教育会，甚至还有一个省议会，都可以替他们出场的、支撑的。我不免有单枪匹马的顾虑，我倚靠的只有自己的队伍——学生了。
其实，马叙伦在杭州并非“单枪匹马”，他的回忆在这一点上前后略有矛盾。当他回任一师校长时，尤其是黄人望经其推荐出任省立一中校长后，由于两人均曾任教于北大和北高师，故在杭州任职的两校毕业生多和他们联络，以致反对派在攻击他们时特创了“马黄党”一词。其中，“马”指马叙伦，“黄是指黄人望先生，还委屈了蒋梦麟先生，称他做蒋腿。”马叙伦将浙江教育界分为“前进”和“保守”两派，证之当时双方的态度，大致相差不远。但在当时不少人眼里，这一争斗则被视为“北系”与“浙派”的冲突。正如马叙伦在第二次辞职时所称：“以其来归自北，谓将树植北系；以其未用某人，谓乃排除某派。”马叙伦被教育部任命为浙江省教育厅长后，省长沈金鉴在答复浙江省教育会代表时表示：“当静筹良法对待，断不任马偏重北大派，而抑勒浙派。”参照两者的表述可知，马叙伦所谓的“北系”大致是指“北大派”，而“某派”则指“浙派”。
“北系”是一个特定的概念，指的是当时在杭州与马叙伦、黄人望接近的北大和北高师毕业生，所包括的范围大致与浙江教育界“反马”势力所称的“北大派”、“马黄党”相当。而“浙派”则指以浙江省教育会为中心、且得到省议会支持的本地教育界人士。在后者看来，马叙伦、黄人望南归执掌一师和一中，大量援引北大和北高师的毕业生前来和他们争夺饭碗，已属难以容忍，故有前述省议员借攻击夏敬观用人不当连带攻击马、黄之事。这一事件发生后，如果说一师学生的“挽留”举措还比较温和的话，一中学生则要激烈得多，不仅冲入省议会会场，挟持陈惠民，还大举上街游行示威，猛烈抨击省议会。由此可见，此时马、黄一方与省议会之间的关系已经十分紧张。
6月21日，蔡元培及旅京浙江同乡致电省署保举马叙伦出任教育厅长后，“沈省长以浙人长浙教育，有违向章，电复婉拒。并闻浙学界电京，公举吴震春任教厅长，吴亦声明回避本籍。”马叙伦被正式任命为浙江省教育厅长后，“浙派”更是无法接受，遂向马发起总攻，双方矛盾激化。马叙伦被任命为教育厅长后，所遗一师校长职务，“现学生部公举一中校长黄人望代理，仍请马氏物色继任人物”。6月28日，这一要求为当时代理教育厅长的朱国桢所拒绝，“于是一师学生愤不可遏，拟联络省垣各校，实行驱逐”，迫使朱氏于7月1日签署了任命黄人望兼代一师校长的命令。一师教员刘延陵还专门为此事写了《杭州观潮记》一文发表于7月2日的上海《时事新报》，对朱国桢大加抨击，为马叙伦接任和黄人望兼代制造舆论。