“这事可不能怪我，我是好心好意辅佐他除掉身边的奸臣，我做皇叔的有这个责任，都是为了朱家的江山社稷，谁知道他竟然自焚而死了呢。”方孝孺步步紧逼：“惠帝死了，你应该立他的儿子，辅佐他做皇帝。现在你倒自己做上了皇帝，哪里像什么周公呀。”朱棣觉得自己比谁都强，小皇帝会误国，就继续耐着性子辩解，以免把话说绝了，不好收场：“他的儿子年龄太小，治理国家要靠有经验的成年人才行。”其实，当时太子死了以后，朱元璋一度想立朱棣为太子，只是因为太子已经有五个儿子，大儿子夭折了，二儿子允炆年龄也不小了。所以朱元璋召开群臣会议，朱元璋说：“国家不幸，太子竟然死了。古人说国有年富力强的君王，才可以造福万民，朕打算立燕王为太子，你们以为如何？”学士刘三吾反对道：“皇孙已经成年，而且还是亲生，皇孙继承大统是古今不变的道理。假如立燕王，把秦王、晋王放在什么地方呢？做弟弟的不能排在兄长前面，依臣之见，不如立皇孙。”于是就决定立允炆为皇太孙。今天，朱棣把父亲的话搬出来，说明自己年富力强有资格。方孝孺寸步不让：“为什么不立他的弟弟。”逼得朱棣一时不知说什么好了，就有些不耐烦了。但是，他还是把怒火压了又压，搪塞着说道：“这是我们的家事，不劳先生操心。”
把话说到这份上，方孝孺也感到跟朱棣没有什么好讲的，于是就沉默不语。朱棣看到他顽冥不化的样子，很生气，就说：“今天请先生来，是想让你草拟寡人登基的诏书，先生是当世的大儒，还望先生不要推辞。”方孝孺把头一扭，眼睛看着宫殿的外面。看到方孝孺挺倔强的样子，朱棣再也受不了了，作为一国之君，我哪儿跟别人说过那么多好话呀。于是就命令左右把笔给方孝孺，说：“这次起草诏书，非先生不可。”意思是说，今天你想写也得写，不想写也得写。倔强的方孝孺没有理睬朱棣，拿过笔来，满怀怒火，奋笔疾书“燕贼篡位”四个大字，然后猛地把笔掷在地上，并冷冷地对朱棣说：“万世之后，你也逃脱不了这四个字！”这下子可真地惹恼了朱棣。他一忍再忍的怒火终于爆发了，早就把军师嘱咐的话抛在脑后了。心中暗想：什么读书的种子，简直是顽冥不化的种子，气死人的种子。于是把脸一沉，冷冷地说道：“难道你就不怕死吗？”方孝孺冷笑一声：“我自从被捕以后，就没有打算活着。杀刮存留，悉听尊便。”
真是应了那句话了：“民不畏死，奈何以死惧之。”朱棣一时还真没有办法了，他其实只是想逼方孝孺就范，心想：你不怕死，你的家里人也不怕死吗？你的亲戚不怕死吗？于是又说：“难道你不怕灭九族吗？”方孝孺此时气愤已极，把头一昂：“便是十族，又能把我怎么样？”
接着又大骂朱棣是“逆贼”。朱棣此时把心一横，命人割他的嘴，方孝孺越骂越激烈，满嘴喷血，还痛骂不已。
朱棣看制服不了他，露出了狰狞的面目，厉声说道：“我哪能让你那么容易就去死，我要灭你的十族！”
于是，中国历史上的惨剧发生了。
朱棣命人用刀割开方孝孺的嘴一直割到两耳处，恶狠狠地说：“看你的嘴还硬不硬。”然后命人把他投进死囚牢。接着，开始大肆杀戮他们所谓的“奸党”并且施以酷刑。
审讯兵部尚书铁铉的时候，铁铉宁死不屈，不停地大骂。朱棣命人割了他的耳朵和鼻子，又割下肉来烧了，塞到铁铉的嘴里让他吃，还问他：“这肉味道怎么样，香不香啊？”铁铉咬着牙说：“逆贼，忠臣孝子的肉为什么不香！”铁铉至死骂个不停。审讯礼部尚书陈迪的时候，朱棣派人把他的儿子捉来杀掉，并且把鼻子、舌头割下来，塞给陈迪吃。陈迪边唾边骂，最后被凌迟处死，宗族被发配边疆的一百八十多人。刑部尚书暴昭被拔去了牙齿，然后把手脚斩断，还是骂个不停，最后被割断了脖子，绝气身亡。户部侍郎卓敬也是至死不屈，被灭三族。所有的被列为奸党的大臣就这样被残酷地迫害致死，至于被流放、被发配充军的更是不计其数。
为了不让方孝孺这么痛快地死去，朱棣决定最后处死他。让他经受一下丧失亲属的悲痛。朱棣下令搜捕方孝孺的亲属，每捕到一个，就让他看看，然后当着他的面，捆绑杀戮。方孝孺的妻子郑氏和两个儿子，知道在劫难逃，都事先上吊死了；两个女儿投了秦淮河；他的门生卢原质、郑公智、林家猷都因是方孝孺的学生而被杀，以凑足十族之数。方孝孺绝非冷漠无情的人，据说当他的弟弟方孝友被捆绑带到他的面前时，方孝孺泪如雨下，哭着向自己的兄弟说道：“兄弟呀，愚兄对不住你呀，今生今世我没有能给你什么帮助，反而拖累你，让你因我而死，愚兄每想到此事，便心如刀割。我的妻儿有什么罪，让他们也因我而死。我死没有什么，连累了你们，你不会怪我吧。”方孝友从容镇定，安慰他的兄长：“我知道你的个性，一个人为了自己的信念，什么都可以舍弃，我们理解你，兄长不必悲伤，人生天地之间，早晚必有一死。”然后又随口吟诵了一首诗安慰兄长：
阿兄何必泪潸潸，
取义成仁在此间。
华表柱头千载后，
旅魂依旧回家山。
在这次杀戮中，方孝孺的亲戚、门生，被处死的一共八百七十三人，被流放的或者发配边疆的数不胜数。
就连他们的后代也遭了殃，有的世代为奴，有的世代在边疆。
朱棣把他的亲族杀了以后，最后把方孝孺绑赴法场。
行刑的那一天，观看的人山人海，人们都为这位以身殉道的大儒愤愤不平，为他的死而悲伤。虽然围观的人很多，却很安静。但见方孝孺满脸血污，头发凌乱，在微风中飘动，好像在为死难的亲人招魂。自己的十族被朱棣所灭，该死的人都已经死了。方孝孺反而平静了不少，唯一遗憾的是没能为国锄奸。想到这里，仰天长叹，做了一首绝命词：
倔强的方孝孺没有理睬朱棣，拿过笔来，满怀怒火，奋笔疾书“燕贼篡位”；四个大字，然后猛地把笔掷在地上。
天降乱离兮孰知其由，
奸臣得计兮谋国用犹。
忠臣发愤兮血泪交流，
以此殉君兮抑又何求？
呜呼哀哉兮庶不我尤！
做完之后，随即被乱刀砍死。时年四十六岁。
其门人德庆侯廖永忠的孙子廖镛和弟弟廖铭，感慨方孝孺一家死得惨烈，就收拾了他的遗骸，葬于南京聚宝门外山上（今雨花台西侧山麓），死于宁海县城的方氏族人由义士收残骸投入井中，后称“义井”。他的著作当时被禁止流传，门人王徐暗辑为《缑城集》密藏，后文禁松弛以后，有《逊志斋集》、《秋崖集》在世间流传。
方孝孺的死，在朝野上下引起很大的震动。人们都为方孝孺不平，仁宗即位以后，就下诏以平民的身份对待方孝孺的后人，诏书上说：“惠帝的各位大臣，已经受到大量的杀戮。他们的先辈是官的，应该宽仁地对待，还给他们田地；发配到边疆的，留一人在边疆，其余的放还。”万历十三年三月，释放因为方孝孺案受牵连的人的后代，包括浙江、江西、福建、四川、广东各地共一千三百多人。
因方孝孺对汉中教育多有贡献，所以汉中人对他非常崇敬，在当地名宦祠中设位祭祀。到明万历初年，在文庙、学署的东面建专祠祭祀。康熙二十年郡守李仲颗重修。后来年久失修，乾隆四十五年，知县郭嵩重修。
以表示对方孝孺的怀念之情。方孝孺的祠堂经历明、清、民国，直到汉中解放后依然存在，20世纪50年代被拆毁。
据老人们回忆，方公祠有两幅楹联，一幅是：
做事效周公，试问成王安在；
殚忠侔卓敬，不负太祖相知。
另一幅是：
在当时称为正学先生，如公不愧；
问今世犹有读书种子，是谁之功。
方孝孺，作为一代大儒，在理学发展的历史上，树立了新的里程碑。他为汉中的教育，做出过巨大的贡献。他坚贞的品格和他宁死不屈的人格精神至今令我们敬仰。诛灭十族，千古奇冤。朱棣的暴戾行为令人发指，永远逃不脱历史的舆论的制裁。但是方孝孺受时代的局限，有愚忠的思想。他的那一套修身治国理念，也有封建的糟粕。方孝孺不仅对教育多有贡献，在其他方面，如哲学史、文化史，他都是一颗璀璨的明星。他那宁死不屈的精神，是我们人格精神的宝贵财富。我们还是用古人的一首诗作为结束吧：
瞻仰仪型感慨深，
勿看白日惨秋阴。
祠荒残碣苔重合，
木落空斋鸟自鸣。
仗节一身甘赤族。
褒忠千古见丹心。
西风遮莫吹双泪，
怕染缑城血满林！