当时，明朝对于江南和浙西的税额很重。但是，贫农生活困难了，便会把田地卖给富家，富家势力扩大了，可以坐食田租，因为地位优越，还可以获得减免的特惠权。这样一来，大地主慢慢形成，增多了。他们设法避免科役，任意拖延征税。所以，贫农益发贫困，负担益发沉重，大地主可以更多地获得利益。有的贫农索性把土地和人身自由一齐卖给地主，成为农奴。虽然平等没有了，但是从此不用再怕催租缴税的官差。国家收入减少了之后，不得不把赋税徭役分摊到别的一些小农身上，结果更把小农驱人佃农或农奴的地位，越发增加了大地主的势力。
隆庆三年的时候，海瑞作为应天巡抚，曾实行他的社会政策，目的是摧残大户，贫农的田并人大户的，海瑞设法替他们夺还。后海瑞去世，沿江号哭相送的人百里不绝。但海瑞因为以“鱼肉缙绅，沽名乱政”被弹劾。
他看出了当时地主利益和小民利益的冲突，为了国家对付地主，又因为地主阶级的势力而失败。居正的时代，他用不着夺田还民，他用考成法，用国家的力量增加岁入，打击地主，同时也减轻贫民的负担。经过一系列的整理财政的计划，田赋得到整理了，国库渐渐充实了，经过嘉靖、隆庆两朝的耗费之后，从神宗即位到万历十年，国家称为富庶，有中兴气象，居正不可不谓立了一大功。
整饬学风
这也是张居正一个极大的改革。
明朝的学制，两京国子监是直辖中央的国立大学，与地方无干。各府州县有府学、州学、县学，生员有一定的名额，归各省提学官管辖。乡村中有社会、民间子弟自由入学，不受学额的限制，但也不强迫入学。当时的问题集中在地方学制的府州县学。
太祖洪武年间规定，府学四十人，州学三十人，县学二十人，日给廪膳，称为廪膳生员。每人每月领米一石，鱼肉盐醯，由官供给。宣宗宣德三年规定，府、州、县学各增加生员，学额与廪膳生员相同，他们没有领米的权利，但可以免役，即家中只要一人人学，可以三个免役。后来又添附学生员，他们同样没有廪米，但一样享受免役的权利。这些廪膳生员，增广生员，附学生员，可简称廪生，增生，附生有米可领，遇役可免；文理通顺，学问优好还可以考取举人进士，为国家做事，但大多数永远只是秀才，做一辈子的府州县生员。但他们领米免役，成为地方的特权阶级，这一群人物多了，连带关系便有了，遂渐渐在地方上形成一种势力，欺侮一般民众，有时压迫地方官吏。虽然满口孔子孟子，圣经贤传，讲道德，说仁义，但事实上已成为地方的祸害，形成学霸。
朝廷几次下令黜退行为不端的无耻之徒，慎选提学官，但都流于一纸空文。张居正认为若要整饬学风只有控制各省提学官，才可以控制生员。所以，他首先提出：“今后各提学官督率教官生儒，务将平日所司经书义理，着实讲求，躬行实践，以需他日之间；不许别创书院，群聚徒党，及号召地方游食无行之徒，空谈废业，因而启奔竞之门，开请托之路。违者：提学御史，听吏部督察院考察奏黜；提学按察司官，听巡按御史劾奏；游士人等，许各抚按衙门，访拿解发。”随后提出一系列计划，目的就是要打倒游谈之士，不许再创书院，要肃清学霸之源，要裁减学额；禁止纠众；考验文理。一切计划的执行，用考成法来衡量，遂不至于一如以前，当作具文看待。
张居正提出整饬学风的计划是需要有很大的决心的，如果他只是为自己的政治前途打算，或许会重新考虑这件事情，毕竟得罪的人太多了，从领导阶级到民众都有反对的呼声。但他咬定青山不放松，不怕个人的得失毁誉，所以能够取得当时的成功；也正因为他不顾人们物议，所以不免招致身后的诋毁。
整顿驿递
万历三年，居正决心整顿驿递，这是令他招怨的一件大事。
明代从北京到各省的交通干线都有驿站，这是当时唯一的交通制度。驿站有主管的官吏，马、驴、差役；水驿有船、水夫等。但这所有的一切都是来自民间。最初，夫役还可以享受免粮的特权。后来，这一特权也被取消了，交通干线附近的人员：成了国家的奴役。
照理说，驿站的存在是必要的。国家机构为维持中央和各省的交通，在交通工具尚未发达的明朝，驿站制度的建立是必需的，只是看这种制度如何运作了。
太祖时代，关于驿站使用的规定非常严密，至于军国大事才有使用的权利，即使是公侯驸马都督奉命出差，也只许带随从一名。所以，当时人民还不感觉痛苦和驿站制度的暴虐。有一次，吉安侯陆仲亨从陕西回京，擅自使用驿站车马，太祖知道以后痛责道：“中原久经战火，现百姓刚刚开始休养生息，买马出丁，非常艰苦。倘使大家都和你一样，民间卖儿鬻女，也供给不起啊！”
但太祖的时代，永远地过去了。
以后的条例便逐渐地宽大，太祖时代，允许使用驿站的条例只有六条，嘉靖三十七年，便扩充到五十一条。
凡符合这五十一条的人都发给通行证。北京的通行证由兵部发出，各省的通行证由巡抚发出。虽然填发的机关有限，但是填发的范围却扩大了许多。兵部可以填发送给别人，各省亦可如此。领到通行证的人，没有交还的期限，只需领一张便可终身受用，自己不用还可转赠旁人，姓名不合，可以洗去重填。官员们到了驿站以后，百般索要：粮食、柴炭、酒肉、蔬菜、马甚至银两。交通干线附近的人民真是民不聊生，而官员们已经把这种索要视为特权了。
张居正提出：非奉公差，不许办理驿站通行证；不是军务，不许擅用金鼓旗号。虽系公差，人数太多，不论出于哪个衙门，俱不许应付；内外各官丁忧，起复，给由，升转，改调，到任等，俱不许开驿驰等等。
又规定自京往外省都由兵部给开通行证，回京后交还；无须回京者，交所到省份抚按衙门，年终一并交回兵部。
这些规定比起太祖时代的条例已经宽松多了，但是从太祖到神宗二百多年过去了，时代变了。其间有过类似的规定也成了一张废纸。但是张居正用考成法，用六科控制抚按，用内阁控制六科，章程条例都要切实执行，不容易成为一纸空文了。
张居正认定这是一件利民利国的大事，所以始终没有放松。执行的时候，从自己做起。一次，张居正的儿子要回江陵考试，他吩咐儿子自己雇车；父亲过生日，他吩咐仆人背着寿礼，骑驴回家祝寿。后来，他的弟弟病重，需回乡调理，保定巡抚遂开出一张通行证，张居正知道后随即交还。
整顿驿递，真不是一件容易的事，一切都从大官做起，地方的通行证由抚按衙门发出，所以便先整顿抚按。
甘肃巡抚侯东莱的儿子一次擅用驿驰，被言官提出弹劾。
甘肃虽然不是边疆最紧张的地方，但终究在北防位置重要，而且，东莱是一个应付鞑靼得力的边臣。张居正确实感到一些棘手，但是又不能因为一个巡抚的缘故破坏国家的法律，只得把东莱的儿子应得的官荫革去，以后再慢慢补救。
最棘手的还是内监和应为明朝表率的衍圣公。每年衍圣公自曲阜入京朝贡，沿途便骚扰不堪。张居正便协商规定衍圣公入朝三年一次，给交通干线附近的居民减少了不少惊恐和负担。
一条鞭法的推行
万历四年，张居正开始推行一条鞭法，所谓一条鞭法，并非张居正的发明，早在嘉靖年间就由部分有识之士在福建、江西等地开始实行了。最初由福建巡抚庞尚鹏提出，他主张把国赋、徭役及其他名目繁多的杂税，杂征、杂差统统合为一体，按照各家各部的具体情况重新核实编定，将有丁无粮的编为下户，有丁有粮的编为中户，粮多丁少和丁粮俱多的编为上户，这样，在总数确定后，按照丁粮比例，将所有赋役派到丁、粮里面，随同完纳。此即为一条鞭（编）法。但是，自那时起的五十年中，朝中对此争论不休，各陈利弊，以致政令屡行屡止，从来未成统一之策。
但张居正非常清楚，此举有利于人民，且能稳妥地确保国库收入。在他入阁之后，也曾几次支持过福建、江西一带的推行。假如居正是为自己谋利益，或为自己的阶层谋利益，便应当反对一条鞭法。中国传统的有正义感有见识的官僚是为民众谋利益，为国家谋利益的，所以万历四年，他决定推行一条鞭法，先在湖广推行，进行进一步的试验。办法一推行，便有人提到了种种的不便，甚至说条编便于士大夫而不便于小民。但经过一年的改革，他越发对此法感兴趣了。他一向认为再好的措施办法，没人去执行，也是空话，就在前不久，他看到户部奏请万历下诏，要追征田赋积欠，每年带征三成。
尽管这个办法欠妥，但他一想到一些富户确有拖欠顽习，拖欠久了也就不了了之了，倒是那些穷家小户势单力薄不敢违命。长此以往，不但国库收入不稳，而且也是一笔大大的糊涂账，所以他不得不票拟“准奏”。此诏一下，各地巡抚便纷纷上疏，说百姓愁叹田赋太重，朝廷催科太急，不得安生……由此，张居正看出了解决问题的根本办法应从改变赋役制度人手，而且户部缺乏一个明智的有办法的领导人。
正在此时，适逢辽东巡抚张学颜上书，提到了当地某大官在任时贪污受贿，巧取豪夺，非法放贷买田，逃避赋税，鱼肉乡民。张居正看完此疏后，心中欣喜，说道：
“好，好！不想学颜竟有如此头脑！”同在阁中奉职的吕调阳和张四维对视了一下，暗想：此疏我们也看过，并没有什么特别之处啊。张四维飞快地转动脑筋，心中暗动：莫非首辅抓住了这位官员的把柄？借此机会一泄心中之恨？故如此高兴。因而说道：“天作孽，犹可恕；自作孽，不可活呀！难怪首辅如此舒畅！”听着张四维的话中有话，张居正不觉心头一惊，仿佛不经意之间被马蜂蜇了一下。吕阁老与张阁老二人性情不同，吕调阳忠厚，因此，入阁三年，没有额外的争权欲望，在内阁中勤勉当值，每逢庆典，照例进宫蒙赏。但张四维就不同了，张四维，字子维，山西蒲州人。嘉靖三十二年进士。他是杨溥的同乡，王崇古的外甥，和居正也有密切的关系，他是一个手段与能耐都具备的人。因此，时动时潜、左右逢源。万历三年，任礼部尚书兼东阁大学士，入阁奉职。但他知道，虽名为大学士，实际上只是居正的一条尾巴，只要居正在，今后自己恐怕是难有作为……张居正没有看清楚忠厚的人和有才华的人究竟有什么不同。吕调阳和居正达成一种默契，并不觉得自己有什么苦痛，张四维就两样了，他或许可以遵守与居正的这个默契，但内心却充满怨愤，表面的恭谨之下暗暗积累着仇视。这成为张居正身后张四维极力报复的账本。
张居正听到四维的话之后，连连摇头：“张阁老所言差矣！居正不是气量褊狭之人！我所感到高兴的是发现了户部的理想人选！”沉吟片刻之后，他说道：“户部总管天下钱粮，干系重大。居正当事以来，力倡节俭，严戒浮尚，量入为出，开源节流，总算使国库入不敷出的状况略有改观。然此举并非固本之策。欲使国力强盛，还得从根本上人手。但现任户部尚书不善理财，今见学颜疏论，虽言贪官却由此生发议论地方赋役的诸多弊端，可谓言简意赅，一针见血，岂不是为我朝平添一户部尚书！故如此振奋！”
言罢，吕调阳似有所悟，点头称是。张四维却想：
从一份奏疏就可以决定户部尚书的命运？看来首辅安排人事真可谓独断专行！不知不觉中，胸中又积聚了几层妒火。遂沉下脸来，一言不发。
吕调阳却饶有兴趣地追问道：“首辅何以能够一眼确定张巡抚具有才干呢？”
张居正被四维刚才一刺已经警觉，他沉吟片刻，缓缓说道：“其实也非一眼看出。巡抚一职，可谓集‘六部’于一身，他的才干，居正早有耳闻。再说，他疏中所论甚有见地。”他停一停，拿起奏疏，用手指比划着找出一段：“你们听听：势豪大户，侵欺积滑；缙绅士夫，多事货殖；无名征求，多如牛毛，致使民力殚竭，不得安生。私家日富，公室日贫，非革弊不能厚下安民……”
“是的。赋役方面看来积弊甚多，早该兴利除弊了。”
吕调阳感叹道。
一直冷眼旁观的张四维接口道：“但不知首辅和未来的户部尚书如何革此弊政？四维记得福建巡抚推行的‘一条鞭法’收效不错呢。”“张阁老所提之事，居正亦痛感必要，只是具体做法尚未成熟。”张居正道。虽然四维语言冷傲令他不快，毕竟二人想到一起了，重提“一条鞭法”也可见他的确是个有眼光的阁僚。
不久，张居正与学颜相见，二人详细谈论了整饬赋役之事，由户部修疏奏请推行“一条鞭法”。
在张居正当世十余年的时间里，殚精竭虑，勤劳于国家，且舍生取义，不为毁誉所左右，兴利除弊，以法绳之天下。遂使万历以来，呈现中兴气象。
对他来说，伊尹、周公、诸葛亮甚为榜样，但是他却忽略了一点：神宗不是太甲、成王、后主。效忠国家即意味着藐视皇上、功高震主，权重遭忌，于是张居正尸骨未寒，明神宗，一个由他一手辅佐起来的皇帝便抄了他的家，逼死张府十几条人命，其长子敬修被严刑拷打，最后自缢身亡。张居正生前所有的封号恩赏一并剥夺，他的子孙数人也被充军。
张居正生前功绩也被一一废弛，整顿驿递的禁令取消了，颁布的考成法也名存实亡，裁汰的冗官也一律恢复了，“一条鞭法”也已经无法推行。凡是张居正所重用的人张学颜、方逢时、戚继光等人，均被遣返原籍……