北京、南京、重庆、苏州、昆明等城市轨道公司成立的专家委员会聘我为主任或顾问，上述各城市均定期召开专家委员会研究轨道交通建设中存在的问题及有关的科研工作。2013年7月，重庆第二届专家委员会已满期，凌月明副市长聘请我继续担任第三届专家委员会主任。
2013年初，深圳也成立了院士专家工作站，要我领衔，也开展了3项课题研究。
回顾中国城市轨道交通协会的成立及专家委员会的工作
我国城市轨道交通由中央多个部门管理，如建设规划和工程项目的审批由国家发改委管，建设过程中的质量与安全问题归住建部管，运输问题归交通部管。且城市轨道交通趋于大发展，很多城市开始或筹备建设，如何从国家层面统一管理起来，真正做到又好、又快、又省，成立一个国家级的行业协会是十分必要的。我考虑再三认为找原国家计委副主任、原机械工业部部长、重庆市原市长、中国国际工程咨询公司原总经理包叙定商量是最合适的，因为包叙定同志在担任中国国际工程咨询公司总经理时，曾在2008年1月23日向国务院总理温家宝提呈过一个报告——“关于发展大城市轨道交通的几点意见”，他在报告的首页上写道：“培炎副总理并呈家宝总理，城市轨道交通是个大产业，在大城市的建设和发展中发挥着越来越重要的作用，我们进行了专题研究，现将意见报上，请阅示。”温家宝总理于2月5日亲自批示：“我国城市轨道交通处于重要的发展时期，应该统筹规划，加强指导，完善政策，鼓励创新，提高技术水平和经济、社会效益，走出一条适合我国国情的城市轨道交通发展道路，实现又好又快的目标。”而包叙定同志一贯积极地落实温总理批示的精神，最有可能挑此重担。于是我请焦桐善和北京城建院原院长宋敏华一起找到包叙定反映，希望他能出来领导成立一个全国性的行业协会，前后谈了3次，每次时间都长达3个小时以上。最后包叙定同志从各方面协调，得到国家发改委、民政部、住建部、交通部等领导同志的支持，同意成立中国城市轨道交通协会。为此包叙定同志下了很大功夫，总算得到批准，由国家发改委作为协会的主管单位。因为国家发改委原则上不再批准一级协会，所以得到批准不容易，且报请时任副总理的李克强批准，并在协会召开成立大会时题了词。2011年10月开成立大会时我正在301医院住院，没能参加。后来协会要成立专家委员会，提议我担任主任，开始我因为年老体弱，又有病在身，没有同意，后来考虑再三，我促成了协会成立，成立后我应该积极支持，最后还是同意担任专家委员会主任，在我力所能及的范围内尽可能为协会开展工作做些贡献。
协会专家委员会成立后，我曾主持召开过若干次专题研讨会，其中有一次是专门讨论如何提高城市轨道交通工程可行性研究报告的编写质量问题，部分专家认为，当前各城市轨道交通工程可行性研究报告千篇一律，存在将“可研报告”变为“可批投告”的倾向，因此，应强调结合各城市的规划布局、社会、人文、生态、环境、经济实力等特点深入分析城市轨道交通建设的必要性、紧迫性、工程地质和水文地质条件对建设城市轨道交通工程的适应性、技术方案与规模的可行性和经济合理性等。另一次研讨会是专门讨论城市轨道交通的科技创新问题，专家们认为，科技创新是我国国策，但目前在城市轨道交通行业中，尚缺乏采用创新产品的鼓励政策，致使科技创新产品在推向市场时困难重重，例如，外国的高科技产品可以享受免税待遇，而在价格处于优势。因此，建议中国城市轨道交通协会尽快向有关部门反映，完善相关的扶持政策，以促进城市轨道交通行业的科技创新。另外专家委员会还讨论过人才战略、优秀人才评选和奖励，以及举办城轨交通高级管理人员工商管理硕士（EMBA）班等问题。
2013年6月上旬，中国城市轨道交通协会在上海举办2013中国城市轨道交通论坛——城轨交通建设与城市发展，同时还举办了轨道交通设备展览会。在论坛上国家发改委李国勇司长和中国城市轨道交通协会会长包叙定做了主题演讲，同时还有多位主管城市轨道交通建设的市政府领导及上海申通地铁集团公司董事长介绍了北京、广州、南昌、西安、上海等地在轨道交通建设和运营中的经验和教训，最后我做了总结发言，特别提到要关注网络化运营的安全问题、人才储备和培养问题、规划的严肃性和约束力问题、建设规模和控制造价问题等。
智能城市中的智能交通
2012年2月，中国工程院2012年重大战略咨询研究项目“中国智能城市建设与推进战略研究”正式立项展开研究。项目包括13个课题，其中课题三为“智能城市空间结构组织模式、智能交通与物流发展战略研究”，课题召集专家是邹德慈院士、吴志强教授和我3人。邹德慈负责智能城市空间结构组织模式，我负责智能交通，吴志强负责物流发展战略研究。项目组组长是中国工程院潘云鹤副院长，他对各个课题提出要求：一是要注意宏观与微观的结合；二是要考虑近期目标，又要兼顾长期规划；三是应将基本系统和典型城市研究紧密联合起来；四是要尽量做到边研究边推动。这个课题内容多，要求高，我就组织了北京交通大学、北京城建院、四通智能交通有限公司、北京交通发展研究中心的有关专家进行分工研究，制定的研究大纲包括如下内容：
（1）智能交通的背景与内涵；
（2）国内外智能交通的研究与发展状况；
（3）我国智能交通的建设需求分析；
（4）我国智能交通建设与推进的总体战略，重点研究智能交通发展的总体任务和各个领域自身的发展任务（包括道路交通、轨道交通、智能交通系统关键技术）；
（5）我国智能交通建设的关键技术与创新体系；
（6）我国智能交通的标准化与产业化；
（7）政策和实施保障措施。
课题研究范围非常广泛，包括了道路交通、轨道交通和对外交通枢纽，其中道路交通系统中要充分考虑人和自行车等慢行交通系统。总体目标是以推动城市发展，优化产业布局、改善民生为出发点，构建一个多制式协调发展，安全、节能、环保、高效、便捷的智能交通系统。
课题经大家努力工作已经结题。
两院（中国科学院、中国工程院）资深院士联谊会第二届理事会
两院资深院士联谊会是发挥资深院士作用的一个重要平台。随着时间推移，到2011年两院有资深院士已达426位（中国工程院193位，中国科学院233位）。利用好这个平台，充分发挥资深院士作用，是联谊会的基本责能。两院资深院士联谊会已成立了8年，第一届理事会已期满要换届，第二届理事会由两院各学部推举，并经与联谊会第一届理事会协商产生。第二届理事会由17名理事组成，包括3名两院院士、6名中国科学院院士和8名中国工程院院士，师昌绪院士是会长，我被推举进入理事会。
在2013年8月28—31日召开的第二届理事会第五次（扩大）会议上，我提出城市轨道交通行业中，自主创新技术推广难度极大，如信号系统的CBTC创新技术，北京交通大学花了十多年时间研究，并在实际工程中进行了中试，也做了示范工程，现在又投资进行了产业化生产，与国外三家龙头企业有了同等的技术水平，但是在国内各城市城轨交通工程投标中，遭遇重重困难，很难中标。科技人员尽管花费极大精力取得了创新科技成果，但还是很难得到推广应用，打击了科技人员的创新精神，而创新科技成果也只有在应用过程中才能得到完善提高。会议中多位理事也谈到其他领域中也存在同样的问题，建议理事会对此问题应给予关注，并建议以城轨交通中的创新科技成果推广为主题召开一次研讨会，并根据研讨会讨论的内容形成书面建议上报国务院和中央有关部委。2013年11月23日，由两院资深院士联谊会理事会和中国轨道交通协会联合主持，由北京交通大学承办，召开了城轨交通自主化技术推广应用研讨会，并对上述问题做出了决策。
培养博士研究生和博士后
2000年11月，我受北方交通大学的聘请，担任城市轨道交通研究中心主任，任务是做好学科建设、培养人才、科学研究等工作。
在人才培养方面，20世纪60年代，我在唐山铁道学院任教时，就培养过1名研究生。从受北方交通大学聘请到现在共培养博士后8名，博士生15名，在读的还有1名博士后和7名博士生，共计31名博士和博士后。从我自己当研究生开始，就一直认为做研究工作要结合实际，要研究现实工作中存在的问题，要做原创性的研究工作，要提高基础理论水平和专业知识。如周正宇同学的学位论文就是研究地铁隧道穿越桥区时，如何对被影响的桥梁进行主动保护的理论和技术，以免在施工中发生事故，做到“未病先治”；又如郑明远同学的博士论文是根据当前某些城市轨道交通规划与城市规划脱节现象，提出了轨道交通与城市空间整合规划的方法论，论文基于“轨道交通系统的形成实质是一个由于轨道交通‘嵌入’城市空间而对后者的形态及其历史形成的空间利益关系进行重组的过程”的基本判断，以“界面”作为考察规划对象的着眼点和核心分析工具，建构一个以行动者网络理论为载体的“轨道交通与城市空间整合规划方法论”；又如王明生同学的博士论文是基于当前城市轨道交通线路设计基于二维设计环境下平、纵断面交互设计，不易直观地发现各种潜在的冲突，需要内、外业反复验证，不仅效率低下，且易造成设计缺陷等问题，研究提出了三维可视化设计理论和方法，促进了城市轨道交通线路设计工作的发展。
在研究生培养过程中得到张弥教授（副导师）的协助，他对提高研究论文的质量做了大量工作。