但是，王充认为，人天生就有善恶不同，这是由于所禀的气不同。“人之善恶，共一元气。气有多少，故性有贤愚。”（《论衡·率性》）不过，这种天生的状况，通过后天的教育是可以改变的：“其善者，固自善矣；其恶者，故可教告率勉，使之为善。”（《论衡·率性》）尤其是中人：“夫中人之性，在所习焉。习善而为善，习恶而为恶也。”（《论衡·本性》）而人的寿命和富贵，也是由人所禀的星象决定的。“天施气而众星布精，天所施气，众星之气在其中矣。人禀气而生，含气而长，得贵则贵，得贱则贱。贵或秩有高下，富或资有多少，皆星位尊卑小大之所授也。”（《论衡·命义》）
王充学术的重心，是批评当时的谶纬之说，这主要是在认识论方面展开的。《论衡》的很多篇目都是鲜明的标志。
在王充看来，理论的成立，一是需要经过大脑的分析、判断等理性整理，二是需要经过经验的验证，否则，是不可靠的。就是说，知识得以成立，一是内在逻辑，二是与经验相符合。他作《论衡》的准则就是：
论则考之以心，效之以事；浮虚之事，辄立证验。（《论衡·对作》）
“考之以心”，就是理论的内在逻辑；“效之以事”，就是用经验验证。他认为道家有逻辑而缺经验验证：“道家论自然，不知引物事以验其言行，故自然之说未见信也。”（《论衡·自然》）而墨家有经验而缺少逻辑：“夫论不留精澄意，苟以外效立事是非，信闻见于外，不诠订于内，是用耳目论，不以心意议也。夫以耳目论，则以虚象为言，虚象效，则以事实为非。是故是非者不徒耳目，必开心意。墨议不以心而原物，苟信闻见，则虽效验章明，犹为失实。”（《论衡·薄葬》）这样都不能获得真正的知识。
另外，王充认为，掌握知识的目的在于运用。如果仅从书本获得一知半解，不能在实际生活中运用，这也不算是有真知。“入山见木，长短无所不知；入野见草，大小无所不识。然而不能伐木以作室屋，采草以和方药者，此知草木所不能用也。夫通人览见广博，不能掇以论说，此为匿书主人，孔子所谓‘颂诗三百，授之以政，不达’者也，与彼草木不能伐采，一实也。”（《论衡·超奇》）
当然，只有从坚实的真知出发，才能作出正确的推断。一切预测和安排，都是根据所出现事情的蛛丝马迹，进行分析、判断来得出结论。“先知之见方来之事，无达视洞听之聪明，皆案兆察迹，推原事类”，这样才能从当前推论出未来，作出预测，“明福处祸，远图未然，无神怪之知，皆由兆类”。圣人也是如此：“如无闻见，则无所状。凡圣人见祸福也，亦揆端推类，原始见终，从闾巷论朝堂，由昭昭察冥冥。”（《论衡·实知》）“由昭昭察冥冥”，就是由确定可靠的事实，来推论还没有明确出现的、潜在的事物和事件。王充进一步说明认知的一般规律：
故夫可知之事者，思虑所能见也；不可知之事，不学不问不能知也。不学自知，不问自晓，古今行事，未之有也。夫可知之事，惟精思之，虽大无难；不可知之事，厉心学问，虽小无易。故智能之士，不学不成，不问不知。（《论衡·实知》）
天地之间，含血之类，无性（生）知者。（《论衡·实知》）
故夫难知之事，学问所能及也；不可知之事，问之学之，不能晓也。（《论衡·实知》）
这里的意思是，第一，有可知与不可知的事物。可知的，都能够被思维把握，被经验验证；不可知的，是思维和经验所达不到的。第二，所有的人，都是学而知之，而非生而知之。对于很多人们不可能知道的事，圣人也不例外。“事可知者，圣贤所共知也；不可知者，圣人亦不能知也。”“非圣人不能知，事有不可知。”“事有不可知，圣人不能知。”（《论衡·实知》）
然而，面对他的主要批判对象谶纬之说，王充更强调经验对于知识的验证。在这个知识的尺度下，王充对董仲舒的“天人感应”以及谶纬之说，做了一一批驳。他说：“事莫明于有效，论莫定于有证。”（《论衡·薄葬》）所以，王充反复强调经验对于理论观点的验证。
比如，他反对把打雷看做是天发怒的表现，认为：“雷者，火也。”而为了证明这一点，他从五个方面来验证：“以人中雷而死，即询其身，中头则须发烧焦，中身则皮肤灼焚，临其尸上闻火气，一验也。道术之家以为雷，烧石色赤，投于井中，石焦井寒，激声大鸣，若雷之状，二验也。人伤于寒，寒气入腹，腹中素温，温寒分争，激气雷鸣，三验也。当雷之时，电光时见，大若火之耀，四验也。当雷之击，时或燔人室屋及地草木，五验也。夫论雷之为火有五验，言雷为天怒无一效。然则雷为天怒，虚妄之言。”（《论衡·雷虚》）从而以解除人们对于天的恐惧心理。
对于把灾异看做是天对人的惩罚，王充也论证其荒谬。比如，关于“雨谷”之事，他认为这完全是一种自然现象，与人类社会的生活无关，只是这种现象在中原地区比较罕见。他说：“建武三十一年中，陈留雨谷，谷下蔽地。案视谷形，若茨而黑，有似于稗实也。此或时夷狄之地，生出此谷。夷狄不粒食，此谷生于草野之中，成熟垂萎于地。遭疾风暴起，吹扬与之俱飞，风衰谷集，坠于中国，中国见之，谓之雨谷。”（《论衡·感虚》）这完全是少见多怪。
王充还不同意把神鬼神秘化的说法。他说：“鬼者，归也；神者，荒忽无形者也。或说：鬼神，阴阳之名也。阴气逆物而归，故谓之鬼；阳气导物而生，故谓之神。神者，伸也，申复无已，终而复始。人用神气生，其死复归神气。阴阳称鬼神，人死亦称鬼神。”（《论衡·论死》）鬼神就是阴阳之气，生者为神，死者为鬼。这没有什么神秘的。
从这一朴素自然观出发，王充对于一些神话传说和民间鬼神传说，都采取批判态度。他批评《淮南子·天文训》“共工怒触不周山”：“儒书之言，殆有所见。然其言触不周山而折天柱，绝地维，消炼五石补苍天，断鳌之足以立四极，犹为虚也。”（《论衡·谈天》）从经验事实的角度来说，这当然是正确的。
王充在批判董仲舒“天人感应”和谶纬之说的基础上建立的哲学自然观，提出了一些可贵的思想和观念，尤其是强调知识成立的内在逻辑和外在经验验证。然而，虽然王充不信“虚妄”，但他的阴阳之气和神鬼之说，仍然是不能用经验验证的。他把自然万物的生成完全看成是偶然，自然即是偶然。这不仅在本体论上陷入了盲目的境地，也造成认识论上的一种悖论。而他的整个哲学理论还没有上升到思辨的水平。所以，从总体上说，这还是一种带有直观特征的素朴的自然观。这也内在地决定了王充的所有批判都是经验的、肤浅的，甚至还没有成为一种真正的哲学批判。
冯友兰先生说：“汉朝人是伟大的，但是他们的抽象思维的能力是比较低的，汉朝哲学家们的根本观念都还是具体思维的。例如，董仲舒所说的‘天’好像是一个活灵活现的玉皇大帝，坐在凌霄宝殿上发号施令，赏善罚恶。王充批判董仲舒所说的‘天’的时候，也是用具体思维的话。刘歆、扬雄所说的气，是一种有形有象的东西，是可以感觉的，只要人们有足够灵敏的感觉和工具。王充、张衡所说的气也是如此。至于董仲舒所说的气，那就更是如此了。这些观念都是图画式的，都是属于具体思维的。”[36]
汉人的这种哲学思维方式，在魏晋玄学中发生了质的改变。楼宇烈先生说：“从内容上讲，两汉神学目的论实际上是一种用阴阳五行、谶纬迷信神秘化了的儒家思想。而玄学则是一种把自然无为绝对化、抽象化，以道家思想为主，调和儒道的思想。从形式上讲，两汉神学目的论表现为宗教式的教条，而玄学则表现为思辨性的理论。”[37]我们在下文的考察中，将具体论述魏晋哲学自然观的深刻转变。