“神皇我”合一思想最初是为了与基督教思想相对抗而出现的。它的形成和发展是日本思想界针对西方文化和政治势力对日本的渗透而不得不为了自我生存而作出的文化反映。因为，中国在鸦片战争中的失败，暴露了儒学的衰败；日本的德川幕府也危机四伏，穷于应付西方基督教文化与物质文明的入侵。在此情势下，一些日本思想家迫切地感到日本需要自己的思想武器，这个思想武器就是依托国学、复古神道而发展起来的西田哲学以及与仁斋学、阳明学、山鹿学一脉相承的“尊王攘夷”论。结果是，“神皇我”本体之思成为日本民族主义的现代公民宗教和政治意识形态的基本特色。它的底色是自然、生命；主体是皇、我人民；基轴是民族的生存与发展；表现形式是大和魂与武士道。“神皇我”合一的哲学语言符号是西田哲学、田边元哲学、加藤弘之理论、皇道哲学和世界史哲学等。这些理论无一例外，都极力鼓吹对外侵略和扩张。日本在二战中的失败仅仅表明了日本“神皇我”思想的发展告一段落，它在日本人精神、灵魂中的主导地位并未完全消失。二战后，日本经济的重新崛起证明了这种精神仍然存在。20世纪60年代后，在日本为军国主义招魂的行为屡屡出现及日本右翼保守势力坚持参拜靖国神社，说明了所谓“天照大神子孙天皇统领八百万神”的神人之思的阴魂未散。对此，包括中国在内的亚洲各国人民有理由保持应有的警惕。
2.神秘主义“天”、“道”本体之思
日本神秘主义“天”、“道”本体之思发端于日本儒学古学派之徂徕学，完成于日本水户学与国学。与中国儒家思想中“天”作为道德上的绝对者，以“天命”、“天理”高高在上压制、束缚、决定着“人事”和“人欲”不同，日本儒学古学派把“天”视为一个“至尊无比”的“万物所受命，而百神之宗者”或“不可得而测焉者也”。因此，人对“天”的态度只有一个“敬”字。如荻生徂徕言：“自古圣帝明王，皆法天而治天下，奉天道以行其政教。是以圣人之道，六经所载，皆莫不归乎敬天者焉。”徂徕在《辩道》中还主张，“夫鬼神乃圣人之所立，岂容疑耶。故谓无鬼神者乃不信圣人者也。夫卜筮者，传鬼神之言者也。——有神鬼，则有卜筮。”徂徕学强调“天命可畏”的崇拜大自然的、原始的敬天思想，对日本水户学代表人会泽正志的本体思想产生了重要的影响。如，会泽正志认为，“夫物莫威于天，故圣人器敬钦奉，不使天为死物，而使民有所畏敬悚服焉——民既畏敬悚服于天威，则不诳于诬天之邪说。”“兰学视天地为死物，徒知其有形状，而不知有精神，谓天地之理，而未尝知阴阳、鬼神之活动，变化有不可测也。是以不知天命之不可不畏，鬼神之不可不敬。与圣人神道设教之理，冰炭不相容。”“其所谓穷理者，足以使人渎神、慢天”。会泽正志还通过把徂徕学的“敬天论”与崇敬“神州”之“日神”联系在一起，建立了他的名分论(尊皇与日本至上主义)。如，会泽正志认为，“夫神州位于大地之首，朝气也，正气也。——朝气正气，是为阳。故其道正大光明，明人伦以奉天心，尊天神以尽人事，发育万物，以体天地生养之德。戎狄者屏居于四肢，暮气也。邪气也。”“一君二民，天地之大道也。虽四海之大，万国之多，而其至尊不宜有二。东方，神明之舍也。太阳之所生，——天气之所发，宜其首出于万国，君临于四方也。故皇统绵绵，君臣之分一定而不变，自太初以至今日。”于是，会泽正志就和复古国学一样，走上了非理性主义的神秘主义“尊皇论”与皇国至上主义。
日本古学派推崇古代先王之“古道”，以发挥人的主观能动性，在实践中创造与改变世界，为后来复古神道主张一切都是神的造化打下了本体论的基础。而古学派主张的“学问之道，以信圣人为先”，实际上是主张以“信”为本，又在方法论上为国学家和复古神道倡导回到日本古时“以信为本”的时代，指出了一条根本的路径。因为，以“信”为本，而不是以“理”、“德”为本，从根本上否定了作为“治心”之学的儒学；信先王之道，也很容易转为信奉日本的神之道或“祖神”之道，从而有利于为复古神道的发展。从政治意识形态看，日本“徂徕学”的出现，标志着日本近代民族自我意识的觉醒，它不仅通过否定宋学，强调经验主义的、神秘主义的“先王之道”，提高了日本人的民族自信心，还通过把“道”后退到先王时代，主张日本也有自己的先王之道；先王时期之道都是一样的等，拉平了日本与中国在文化上的地位。(中国的《六经》表明，经验主义的，神秘主义的时代在中国历史上确实存在过。)日本哲学史家永田广志认为、“徂徕学”的先王之道乃人为之道、造作之道的观点具有科学性，符合历史事实。但是，它为了“否定日本在理性思维能力上的差距，强调经验主义的神秘主义的价值观上的各民族平等地位”，又把“古代历史人类早期时期的社会生活和政治生活理想化”了。这种单向地复古，不利于人根据经验的科学的进步来发展、建立新的世界观。因而，“徂徕学”“预示了日本儒学落后于生活实践和自然科学的进步”，跟不上时代发展脚步。而继承了“徂徕学”的日本“水户学”在认识论上的特点不是宋学的穷理精神，而是‘徂徕学’的神秘主义，因而也“反对日本思想精神向第四个向度发展，强调第一个向度和儒家第二个向度”。
如果说日本“水户学”通过将中国儒学传统道德论上之“天”转变成“自然—天皇”而在哲学本体论和认识论完成了对日本传统儒学的改造；那么，日本国学家则通过将中国文化中传统的“道”改造为自然—神(皇)而确立了他们在日本思想中的主导地位。即是说，经过日本儒学古学派、“水户学”及国学改造之后，中国儒家泛神论及形而上本体意义上的“天”，在日本成了“天皇的代名词”，而“道”则成了日本的众神之道。换句话说，哲学本体论上的“道”，在日本指的是“神道”(神之道、神本体之道)而非“儒”、“老”之道。如，日本“徂徕学”的继承人古学派代表人之一太宰春台认为，“当今之世，所谓神道者，乃佛法中加入儒者之道而建立者也”，“今之神道，乃中古之前所未有，故亦不见于古时记录以及假名草纸之中。因此，应知圣德太子之时，尚未有神道——神道一词出于周易，圣人之道中之一义也。今人以巫祝之道为神道，——嗜学之者多，乃是大误，荒谬非理之事也。近来神道行于世，以此为我国之道，殊不知此神道为巫祝所传，乃极其微小之道也。”他还明确地说，“所谓神代，乃祀死人为神之代，如今可以说是被祭祀为神的人代”；“日本本来无所谓道者，近顷言神道者，将我国之道说得非常玄妙，不过后世之虚谈妄说而已。”显然，春台并没有看出神道之所以成为日本的“道中之道”，且像“变色龙”一样在日本人心灵中经久不衰的根本原因之所在。其根本原因在于：(一)经过日本思想史上长期进行的“神”的“佛化”和“儒化”之后，此“神之道”在思想理论根底上已初步具有哲学本体意义。事实上，这一思想在藤原惺窝、林罗山最初向日本皇室和公亲贵族宣讲中国儒家思想时已经有了端倪。如，藤原惺窝从中国儒学“厚生”与“以仁为本”的立场，来看待、解释神道及“佛之本意”。他说，“天之本心在怜爱天地间之万物，使其繁荣也。”“此故，做人以施慈悲于人为最重要。”这样一来，中国理性主义的“宋学精神”就被他“宗教化了”。藤原系统地进行了神道的“儒化”或儒学的神道化、佛化，开创了后世日本思想家不断进行糅合的神、儒、佛三教合一的思想进程。而随着佛教禅宗和宋学水平的提高，日本士大夫的理性思维能力，对世界进行抽象认识的水平也得到了很大的提高。再如，林罗山对佛教的批判成为后来明治维新时“废佛毁释”的思想源流，他的神道论对后世日本神本主义思想的发展也具有重要的影响。永田广志认为，林罗山的《神道传授》、《本朝神社考》等著作中的神道思想“继承了亲房以来的见解，认为三神器是智仁勇三德的象征”，因而“在神道史上有很大意义”。林罗山还提出了著名的“我朝神国”论，认为“神道乃王道”，“神道即理也”。即，他认为，“心外无别神，无别理。心清明，神之光也。行迹正，神之姿也。政行，神之德也。国治，神力也”。
(二)自然主义和神秘主义思想是日本文化的最根本的底色，自古以来，除了安藤昌益、山片蟠桃、中江兆民、三木清等极少数唯物主义者或马克思主义者，日本绝大多数思想家几乎无一例外都深受其影响，从而在心底中都或多或少地具有泛神论意义上的神本思想。如，“日本空前的‘破格的大思想家’、唯物主义者安藤昌益说：‘日本是天神初发之国，自然真本始神道。’‘自然之神道是五行小大进退而为一神。天地一神，日月一神明，男女一神，无始无终，常中不易之神。进而神妙，退而灵验，神妙灵验，真一神矣，故天地人物悉一神明所行也。’归根结底回到了神秘主义。”再如，日本阳明学代表人之一贝原益轩的世界观也“有不少神秘主义色彩”。他在《自娱集》的《事天地论》中认为，天人感应是可能的，主张人对于天地应该有报恩的思想。并由此展开，引申出儒学和日本固有神道思想可以结合在一起。贝原益轩的“神儒并行不悖论”的中心思想是，“天地之间，道一而已，故人道即是神道，神道即是天道，非有二也。苟有与天地神明之道不同者，即是非人道也。”又如，“日本近代哲学之父”西周提倡宗教自由，认为“匹夫匹妇可以信木石虫兽为神，高明博识之人亦可信天、信上帝”。因为，自然科学的发展不能完全否定基于信仰的宗教；超自然的不可知的神，虽不是自然的原因，但仍可作为人的精神生活道德生活的根据。如西周言：“信者，众德之源，百行之本”；“盖所谓圣哲之所谓信者，尽心知性之所致，其修己治人之道，众德百行，何莫不原于此耶？”“教门者，根于人智所不及之处，发于信者也。盛倡宗教自由，匹夫匹妇可以信木石虫兽为神，高明博识之人亦可信天、信上帝。”因而，“‘国之所以静宁康福’也是依据信仰的力量。”
事实上，春台的《辩道书》“引起了神官的痛恨”，并刺激了一些人对“徂徕学”倡导中国先王之道不满，促使他们积极寻找日本自己的先王之道，从而加快了作为一种世界观的日本国学的诞生。作为町人和农村地主文化思想意识的代言人，日本国学派由贺茂真渊、本居宣长及平田笃胤等而逐渐发展成为在日本思想界占有主导地位的文化思潮。以自然—神(皇)一体为“道”之本的思想在日本近代历史中以一种愈益显明的姿态表现了出来。对日本国学者来说，所谓道，指的一是“自然之道”，并认为，在这个意义上“日本什么都胜过中国”。如雨森芳洲言：“天下人心唯我国为淳厚近古，以今日视之，唐之与韩有所不如，岂非神圣之遗泽也。”再如，荷田春满强调，“神道者三：一曰神玺，仁也；二曰宝剑，武也；三曰镜，明也。我东尚质，未有以文之者。所谓三器者，本经也；人或有杂以释、老异端之学者，其去神道也远矣。”永田广志认为，春满的“三宝说实际上已经超出了神、儒合一，以儒教为神道的注脚”。又如，贺茂真渊认为，“天下之道最初都是自然走出来的如同荒野中的道路一般”，因而“老子所说的天地自然，才符合天下之道”。基于此，真渊尊崇日本古代的生活，将之称为“万叶精神”。这精神不但包含着古代的尚武主义，也包含着古代朴素的世界观。在《国意考》这本真渊的哲学代表作中，他指责“儒教所云强将天地之心缩小，成人为之物而已”，强调“尊古者必习古歌——诚朴无伪，知此则古世代之事亦以明矣”，以便以一种对“皇国之道”的崇拜之情，来“与春台乃至狄生的中华崇拜思想相对立”。真渊的这种思想极大地影响了他的弟子日本国学大师本居宣长。本居一生致力于光大日本之“和心”，以取代中国之“唐心”，苦心孤诣地建构了一个比较系统的神本思想体系。
其一，本居站在自然主义的立场反对儒教的人为制度，率真地肯定人类之自然欲求。如本居言：“在我国古代，无所谓仁、义、礼、智、信，那是日本语没有的”。以“我国兄弟姐妹通婚为禽兽”，不知“天意几时说到人与禽兽相违，一切受生者皆同一物，人虽暂时设立制度，其制度因国因地不同，和草木鸟兽也同样不同”。“以人为最贵，这是人类赞美自己，而侮辱其他，是中国人的习气，和鄙视四裔为夷狄同样不合事实。若谓人有智慧，动物没有，则智慧正是使人相互残杀的祸根，由动物看来，人就是最恶的了。”