在德川幕府重建日本封建制度之前很早就进入日本的儒学，长期作为“‘堂上人’的文化修养，和老庄思想一样，此前并没有发展成为一种独立的哲学思想”。宋学兴盛之前，日本思想上占主导地位的是僧侣主义的出世之“空”、“无”本体思想。因而，藤原惺窝、林罗山等日本朱子学大师，利用德川幕府为巩固自己的统治而重视利用儒学之机，通过对佛教出世主义的批判，倡导朱子“理”、“气”本体之思，打破了“贤士阶层(有空闲的阶层)在哲学思想领域为佛教所垄断”的格局，使宋学在日本大行其道，获得了意识形态上的主导地位。首先，作为日本朱子学奠基者，藤原惺窝对近代以来日本文化思想的形成与发展具有重要的影响。它主要体现在两个方面：一是开创了以中国儒学的入世主义精神彻底取代日本佛教中出世主义世界观的思想路径。僧侣出身的藤原惺窝，自还俗讲授儒学后，便致力于否定佛教的空寂思想，以促使日本人摆脱禅宗出世主义的束缚，从而为主张入世的儒学在日本获得独立的地位创造了必要的思想空间。如藤原言：“释氏既绝仁种，又灭义理，是所以为异端也。”他还认为，“西方极乐净土，不是来世，而即在所谓秽土的现世，即内在于各自心中深。”二是率先采用儒学的精神来诠释日本神道和“佛之本意”。如，他说，“日本之神道亦以正我心、怜万民、施慈悲为奥秘，尧舜之道亦以此为奥秘也。唐土曰儒道，日本曰神道，名变而心一也。”又，“天之本心在怜爱天地间之万物，使其繁荣也。”“此故，做人以施慈悲于人为最重要。”其次，作为德川幕府钦定官学的祖师，林罗山与安东省庵、贝原益轩等日本朱子学大师一样，批判朱熹的理先气后和太极为理之说，主张理、气合一的本体思想。如林罗山言：“太极，理也；阴阳，气也；太极之中本有阴阳，阴阳之中亦未尝不有太极。五常，理也；五行，气也。以是或有理气不可分之论。”“理气一而二，二而一。此宋儒之意也。然阳明子曰：理，气之条理，气，理之运用，由是思之，则彼有支离之弊，——要之，归于一心而已，唯心之谓乎？”“帝、天、性、心古今亘万世而一也。天人亦一也。理一也。”再如，贝原益轩认为，太极、道、阴阳都只是指气而言。如他在《大疑录》言：“理是气之理，理、气不可分而为二物，且无先后，无离合，故愚以为理、气决是一物，朱子以理、气为二物，是所以吾昏愚迷而未能信服也。”“夫天地之间，都是一气”；“故理、气根是一物。以其运动变化有作用而生生不息，谓之气；以其生长收藏有条贯而不紊乱，谓之理；其实一物也。”贝原益轩还进一步修正了宋学。他认为，“宋儒之学，以无极为太极之本，以无为有之本，以理气分之而为二物，以阴阳为非道。且以阴阳为形而下之器，分别天地之性与气质之性，以为二，以性与理为无死生。是皆佛老之遗意，与儒之先圣之说，异矣。——且，论守心法，曰主静，曰静坐，曰默坐澄心，体贴天理，皆偏于静，而不能时动静。”而“天地之神与人心之神明，本自一般，只有体统与各具分殊而已”。“人心所具仁义礼智四德，其根本究在何处？曰：其根本在天。出自天而赋予人心。”“顺从天地生育、惠爱人物之心，对于天地所生育、慈爱之人与万物，吾亦承天之心而惠爱之。应知是即仁心，奉行天地之道也。——奉天地为父母，吾身乃天地之子也。天下之民，与吾国为天地之子，故即我兄弟也”。
而与林罗山和贝原益轩等偏重于“气”的理气一元论不同，诸如伊藤直方、三宅尚斋和室鸠巢等日本宋儒大师强调理气一元论中的“理”。如，伊藤直方根据朱子的精神——“理”是人类理性同一性质的合理的东西，而从万物的生灭变化到吉凶祸福的变化都是“气”所致——主张要以理制气。他说，“天地间惟理气二者，故应有常有变。常者理也，变者气也。——按常理言，人皆应为圣贤。果无其气，则人物不生。其气有清浊，故有贤愚不孝之别。”“异端俗人外乎理而崇奉气之变，谓之神明而诚惶诚恐，是皆为气所迷也。”永田广志认为，伊藤直方的这一观点达到了“理性宗教的高度”。再如，三宅尚斋把“‘理’加以神秘化”。他认为，“‘千古一气，万物无二’；‘天地之间，只是一气流行而已’，但这个‘气’归根结底不过是‘理’的显现。”如尚斋言：“天地之间，虽万殊，然要之不过理气而已。——气本于理而生，亦理之形而已。”永田广志认为，“尚斋除了把‘理’是精神的东西这个观点贯彻到底以外，还一元地来看待‘气’和‘理’二者，认为‘气’是‘理’的形，从而把物和灵魂的作用的原动力也归之于‘理’，把它提高为有活的运动力的(即使在现实运动中以‘气’的形态)精神的实体。”这样，他通过将朱子的理，由静变为动，而使之成为活动着的“理”，而发展了日本朱子学。又如，室鸠巢一方面主张，“天地之道，即尧舜之道；尧舜之道，即孔孟之道；孔孟之道，即程朱之道”，从而坚持了“理一而分殊”，一草一木都具备固有的“理”及“理先气后”等朱子学的原则。另一方面，他又把“理”作为对于事物的部分而言的整体，强调“理”虽为万物所分有，但在万物则为平等、一体的本质(太极)。此外，室鸠巢还认为，“道者阴阳也，阴阳者一仁心也”。而人之修养的目标就是要合于这个“一仁心”，而所谓的“一仁心”就“是赤子之心，”是“抛弃了人世利欲”的心。永田广志认为，他的这一思想“近似张横渠所说，‘无心之妙，非有心所能及’，接近于老庄的无为的观念”。
京都学派的“理气一元论”曾在日本曾盛极一时，但随着林罗山去世后林学的分化，它失去了在日本思想界的主导地位，渐渐地为古学派主张的“气一元论”所取代。而它的影响力的衰落导致新井白石等日本儒者在学理上对它展开了批判。如，新井白石说，“安东省庵主张天地之间，惟理与气。以为二，不是；以为一，亦不是。先儒之论，未能归一，岂管窥之所见哉？”罗整庵曰：“理须就气认取，然认气为理便不是，此处不容间发，最为难言。要之，人善观而默识之，只就气认理，两言明白分别，若与此看透，则多说亦无用。”“理只是气之理，当于气转折之处观之。往而来，来而往，不知其所以然而然。若有一物主宰其间而使之然，此即所以有理有名。易有太极，即谓此。若于转折之处，看得分明，自然头头皆合。此说极明，要须省悟。”与此同时，伊藤仁斋等日本儒者主张的“气一元论”逐步地取代了“理气一元论”在日本“贤士阶层”中的影响。
2.日本“仁斋学”之“一元气”论
生于1627年的伊藤仁斋在日本思想发展史上具有重要的地位。他开创的“气一元论”，从根本上破坏了被日本统治阶级视为神圣而崇高的朱熹哲学。而从思想源流看，仁斋“信汉儒以太极为一元气，而不信宋儒以理为天地之本”，显然受到中国无为人吴苏原《漫录》中阐发的《易经》本体思想的影响。如，仁斋以“盖天地之间一元气而已，或为阴，或为阳。两者只是盈虚、消长、往来、感应于两间，未尝止息。此即是天道之全体，自然之气机。万化从此而出，品汇由此而生”，作为他代表作《语孟字义》的开篇语。仁斋反对“太极、太虚是《理》，主张‘所谓太极云者，亦指此一元气而言耳’，断定‘所谓理者，反是气中之条理而已。理在气后’，断言：近日之天地，即万古之天地，万古之天地，即今日之天地，何有始终？何有开辟？认为，若以理为万物之本原则流入老、佛之学，则自不能不陷于虚无。因此，主张唯圣人能识天地之‘一大活物’，有动而无静，有善而无恶。盖静者动之止，恶者善之变，——非两者相对而并生，皆一乎生故也。因此，天地万物就像‘走马灯’似地生生变化，而‘理’的哲学却在静止的、死的状态上来理解天地，认为‘无极’是万物的根源。”永田广志认为，“从‘一元之气’活动来说明一切现象”是仁斋学本体思想的一个根本的特色。而“他的时空观：既不可谓天地有始终、开辟，则固不可谓无始终、开辟。然于其穷际，则虽圣人不能知之，况学者乎？故存而不议为妙矣”。同时，永田广志认为，伊藤仁斋认识到：“天下无理外之理，而不可以理尽。”“若先以穷理为主，则为理是求，玩心高远，殚力精微。”换句话说，他看到了人的认识能力(智与知)是有限的。因为，“道者，不待有人与无人，本来自有之物，满于天地，彻于人伦，无时不然，无处不在，岂可谓待人物各循其性质自然而后有之耶？”而“人同草木生，亦当同草木腐”，不过，“父祖虽身殁，然其精神则传之子孙”。即，归根结底，仁斋坚持了中国儒学的乐观主义人生观与世界观。中外学界普遍认为，日本仁斋学主要建立在吴苏原的《漫录》之上。如，在《漫录》中，吴苏原说：“何谓道？一阴一阳之谓道。何谓气？一阴一阳之谓气。然则阴、阳何物乎？曰气。然则何以谓之道？曰气即道，天地之初一气而已矣。”“气之混沦，为天地万物之祖。至尊而无上，至极而无以加，则谓之太极。及其分也，谓之阴阳。阴阳既分，万物由此出，故谓之道，非有二也。”“理也者，气得其理之名，非气之外别有理也。”仁斋的“气一元论”不仅受到同时代的诸如山鹿素行、荻生徂徕等日本古学派学者的支持，而且对后世日本哲学本体之思产生了重要影响。经过佐藤一斋、三浦梅园、安藤昌益、山鹿素行等思想家及其著作的广泛传播，“气一元论”的影响不断扩大，影响了一代又一代日本知识分子的思想。
如，佐藤一斋认为，“人和万物皆气所结，因此主张天地万物一体观。”但是，与此同时，一斋思想体系中不仅突出“不可捉摸的心”，而且将宿命论作为学术的重点。他“认为一切皆有命定，即天数，又称之为气数”。因为，“天地与我同一气，而数理则前定矣。”“所以达观者知道天道、人事都有必然的趋势，不但人无力，鬼神亦无力，因此最好时安分知足；知生死由命则不当畏死。”如一斋言：“前呼我者千古万古，后呼我者千世万世，假令我保寿万年亦一呼吸间耳。今幸而为人，庶几成为人而终斯已矣，那本原如此。”再如，三浦梅园《府君峦山先生行状》云：“大地者，惟是一气物。气之外无物。”“一气流行，为人为物。仰观俯察，惟人为灵。”“物之并立于天地，才各有长短，而以人比气，其短在本气，所长在神气。”而“禽兽之所以异人者，径行感应与情欲，而拙于思辨之运为也。故彼拙于神气之所运，我短于本气之所立。夫天地无私，奚独人灵？盖各有所长矣。”又如，安藤昌益认为，“‘一气’、‘一真气’的‘无始无终’的生生流转就是天地自然的实体。”“自然是‘一气之进退’，‘阴阳是自然进退之异名’，五行是‘一气’的相。‘五行是自然之无始无终之一神气，自感而小进为木，大进为火，小退为金，大退为水，中而为土。”总之，对安藤昌益而言，“自然就是‘自然而然’‘无始无终’的‘一真气’(或‘活真之总体’)；‘五行是五而一’；天地合作为‘小天地’的男女等也都是‘二而一之一真气’。”
亦如，山鹿素行认为，“‘气’(阴阳)是万物的终极因素，断定‘理’是事物之间的条理，排斥朱子的形而上学之‘理’。”而天地则是“无始无终”。“盈天地之间，所以为造化之功者阴阳也。天地人之全体也。互消长、往来、屈伸，生生无息。”素行还用“泛灵论式的鬼神表象把‘气’加以神秘化，原封不动地接受了‘精气为无，游魂为变’的《易传》的命题”。他认为，“‘鬼属阴，神属阳’，‘鬼神者幽远之间，无不通’，承认鬼神的‘感通’”。不过，素行的“气一元论”是不彻底的。因为，他又认为，“理气交感而万物生焉”，“理气妙合而有生生无息底，能感通知识者性也。——理气相合，则交感而有妙用之性。”“这样，‘理’就不仅仅是指简单的事物之理，而成为某种实体。”
伊藤仁斋等日本思想家提出“气一元论”，是为了使之成为巩固日本封建社会秩序基础的宗教，或一种“统治神学”。随着“气一元论”在日本的广泛流行，它对日本近代思想、社会政治的发展产生了以下重要的影响：一是刺激了日本复古神道及神本主义“天道”本体之思的发展，即以自然神灵崇拜和天皇崇拜，替换了中国思想中抽象的非人格的“天”、“道”本体。二是“气一元论”所内在的时间为无始无终，空间是无边无际的宇宙观逐渐地沉淀在日本思想之中，成为普通日本人认同的宇宙观中的重要组成部分。三是促进了日本唯物主义思想的发展，催生出诸如安藤昌益、山片蟠桃、新井白石、司马江汉、中江兆民、三木清等杰出的具有唯物主义思想倾向的学术大师和马克思主义者。四是促进了近代日本“尊王攘夷”运动和明治维新的发展。近代以来，诸如佐久间象山、吉田松因、西乡隆盛等日本维新志士和“实学”领路人在思想上都深受仁斋学、山鹿学或阳明学的影响。